整合网络药理学、代谢组学与in vivo验证凉血地黄汤在DSS诱导的溃疡性结肠炎小鼠中的作用

摘要

本方案描述了一种可重复的工作流程，结合网络药理学、非靶向代谢组学和体内验证，以阐明凉血地黄汤在葡聚糖硫酸钠诱导的溃疡性结肠炎小鼠模型中的多组分作用机制。

摘要

溃疡性结肠炎（UC）是一种慢性炎症性肠病，其特征为持续性肠道炎症和代谢紊乱。中药方剂在临床上广泛用于治疗炎症性疾病；然而，系统性实验方法在阐明其多组分、多靶点作用机制方面仍较为有限。本文介绍了一种可重复的实验方案，结合网络药理学、非靶向代谢组学和体内验证，研究凉血地黄汤（LXDHD）在葡聚糖硫酸钠（DSS）诱导的小鼠UC模型中的抗炎作用。该实验流程包括中药煎剂的制备、DSS诱导结肠炎建模、疾病活动度评估、组织病理学与血液学评价、血清细胞因子检测、基于液相色谱-质谱（LC–MS）的代谢组学分析以及计算网络分析。通过该整合性方法，成功建立了DSS诱导的结肠炎模型，且经LXDHD治疗后，疾病活动指数、结肠长度、组织病理学损伤、炎症细胞因子水平及代谢谱均出现可测量的改善。网络药理学与代谢组学分析进一步表明，该方案能够识别与治疗干预相关的关键靶点、通路及代谢物。这一可视化且标准化的工作流程为研究多组分中药方剂在炎症性肠病中的药理机制提供了实用的方法学框架，并可推广至其他中药方剂及疾病模型的研究。

引言

溃疡性结肠炎（UC）是一种慢性炎症性肠病，其特征是结肠黏膜发生持续性炎症¹，导致腹痛、腹泻、直肠出血和体重减轻等症状²。UC 的发病率在全球范围内呈上升趋势，给医疗系统带来沉重负担，并显著影响患者的生活质量³。尽管 UC 的病因尚未完全明确，但越来越多的证据表明，免疫反应失调、炎症性细胞因子过度产生、氧化应激以及代谢紊乱在疾病发生发展中起着核心作用^4,5。

目前，溃疡性结肠炎（UC）的治疗策略主要包括氨基水杨酸盐、糖皮质激素、免疫抑制剂以及靶向炎症性细胞因子的生物制剂⁶。尽管这些治疗方法可缓解症状并诱导病情缓解，但长期使用常伴随不良反应、高昂的治疗费用以及疗效反应的个体差异^7,8,9。此外，相当一部分患者无法实现持续缓解，凸显了对具有更好安全性及多靶点疗效的替代性或辅助性治疗策略的需求。

数百年来，传统中医药（TCM）被广泛用于治疗胃肠道疾病，并因其在溃疡性结肠炎（UC）等复杂炎症性疾病中潜在的治疗益处而日益受到关注¹⁰。与单靶点治疗不同，中医药方剂通常通过多种成分作用于多个靶点和通路发挥治疗作用，可能更有效地应对UC的多因素特性¹¹。临床与实验研究提示，某些中药处方可调节免疫反应、抑制炎症、保护肠道屏障完整性，并调节代谢稳态^12,13,14,15。

凉血地黄汤（LXDHD）是一个经典的中药方剂，传统上用于“凉血清热”，在临床上已应用于炎症性和出血性疾病¹⁶。该方剂由多种草药组成，包括Scutellaria baicalensis、Phellodendron chinense、Rehmannia glutinosa、Paeonia suffruticosa、Paeonia lactiflora、Sanguisorba officinalis、Platycladus orientalis、Saposhnikovia divaricata、Citrus aurantium、Angelica sinensis和Glycyrrhiza uralensis。现代药理学研究表明，其中多种组成草药及其活性成分具有抗炎、抗氧化和免疫调节作用^17,18,19。然而，LXDHD在溃疡性结肠炎（UC）中的整体治疗作用及其潜在机制尚未得到系统阐明。

网络药理学已成为探索多组分中药方剂与疾病相关分子靶点之间复杂相互作用的有效方法²⁰通过整合多个数据库的信息，网络药理学能够预测潜在的活性化合物、治疗靶点和信号通路，从而在系统层面揭示中药的作用机制²¹然而，网络药理学主要依赖数据库预测，无法直接反映 体内 代谢变化

代谢组学作为一种强大的工具，可用于全面分析代谢的整体变化，为疾病病理生理学及治疗反应提供补充性见解²²。在溃疡性结肠炎（UC）中，代谢组学分析已揭示脂质和氨基酸代谢以及与氧化应激相关通路的显著紊乱^23,24,25。将代谢组学与网络药理学相结合，有助于弥合预测的分子靶点与实际代谢表型之间的差距，从而提高机制解释的可靠性。

在本研究中，采用整合网络药理学、非靶向代谢组学及实验验证的策略，探究了LXDHD在葡聚糖硫酸钠（DSS）诱导的溃疡性结肠炎（UC）小鼠模型中的抗炎作用及其潜在机制。图1A）。这种整体方法学设计，将计算机预测与 体内 代谢组学与表型验证符合既定的严格研究框架²⁶采用网络药理学分析鉴定LXDHD治疗所涉及的活性成分、潜在治疗靶点及富集的信号通路。通过非靶向代谢组学分析，表征由UC引起的代谢变化及其经LXDHD干预后的调节效应。此外，关键结果通过以下实验进一步验证 体内 实验，包括疾病活动度评估、组织病理学变化、血液学参数和炎症性细胞因子水平检测。

通过整合计算预测、代谢谱分析和生物学验证，本研究旨在全面解析六味地黄汤（LXDHD）治疗溃疡性结肠炎（UC）所涉及的多成分、多靶点、多通路作用机制。该工作不仅为LXDHD作为UC潜在辅助疗法的应用提供了实验依据，同时也为研究其他复杂中药复方的作用机制提供了方法学框架。

方案

所有动物实验操作均遵循《实验室动物护理与使用指南》的规定，并经南京中医药大学附属医院动物伦理委员会批准（批准号：#2025DW-034-01；批准日期：2025年3月24日）。凉血地黄汤的制备按照《中华人民共和国药典》²⁷ 中描述的步骤进行。本实验方案所用的试剂、化学品和软件列于材料表中。

1. 凉血地黄汤（LXDHD）的制备

1. 根据LXDHD的标准配方制备干燥的中药材。表1中列出了11味组成药材的精确配方、植物学名称及规定的剂量。
   注意：使用前须由合格的生药学家对所有中药材进行鉴定，以确保其植物学来源和质量的一致性。保留鉴定记录以保证实验可重复性。
2. 粉末制备
   1. 将所有中药材在洁净、通风良好的环境中于室温下风干。
   2. 使用机械研磨机分别将每种药材研磨成细粉。
   3. 按照规定比例混合各药材粉末。
   4. 将混合粉末过80目筛（内径180 µm ± 7.6 µm），以确保颗粒大小均匀。
   5. 充分混匀过筛后的粉末。
      注意：均匀的粒径对提取效率的一致性至关重要。研磨不充分或混合不均可能导致化学成分的差异。
3. LXDHD水提物的制备
   1. 准确称取混合药材粉末，按1:10（w/v）的比例加入蒸馏水。
   2. 加热至沸腾，煎煮20分钟。
   3. 过滤煎液，收集滤液。
   4. 向药渣中加入新鲜蒸馏水，再次煎煮20分钟。
   5. 合并两次滤液，得到最终的LXDHD水提物。
      注意：采用两次煎煮法对于充分提取水溶性及中等溶解性成分至关重要。
4. 浓缩与储存
   1. 在减压或温和加热条件下浓缩合并后的煎液，直至达到所需浓度。
   2. 让提取物冷却至室温。
   3. 将制备好的LXDHD提取物于4 °C保存，并在48小时内使用。
      注意：避免反复冻融，因其可能导致生物活性成分降解，影响实验的可重复性。
5. 给药
   1. 给药前将提取物恢复至室温。
   2. 根据实验分组，通过口服灌胃方式向小鼠给予LXDHD浓缩水煎液，剂量按实验设计确定。

2. 动物实验设计

1. 动物与饲养条件
   1. 从经认证的实验动物供应商处获取雄性C57BL/6小鼠（6–8周龄，20–25 g）。
   2. 在标准实验室条件下饲养的家鼠，环境保持12小时光照/12小时黑暗循环，温度控制在22–25 °C，相对湿度为50%–60%。
   3. 在整个实验过程中为小鼠提供标准饲料和水的自由摄取。
   4. 实验前让小鼠适应环境至少7天。
      注意： 仅将活动正常且体重正常的健康小鼠纳入后续实验。
2. 分组与剂量计算
   1. 根据文中所述的人与动物剂量换算原则计算小鼠的LXDHD给药剂量 药理学实验方法学，基于标准成人体重70 kg及每日临床剂量8.4 g²⁸.
   2. 将小鼠随机分为以下各组（每组 n = 6）：正常对照组、DSS诱导的UC模型组、低剂量LXDHD组（1.09 g/kg）、高剂量LXDHD组（2.18 g/kg）和5ASA阳性对照组（100 mg/kg）²⁹.
      注意： 使用随机数字表进行随机分组，以尽量减少选择偏倚。
   3. 诱导溃疡性结肠炎及药物给药
      1. 在饮水中配制2.5%（w/v）DSS溶液。
      2. 给予DSS溶液 随意摄取 向模型组、LXDHD治疗组和5ASA组小鼠连续给药7天³⁰.
      3. 为正常对照组小鼠提供纯净饮用水。
      4. 在整个实验期间，每天通过口服灌胃法向治疗组分别给予相应剂量的LXDHD和5ASA。
      5. 向正常对照组和DSS模型组给予等体积的溶剂对照溶液。
         注意： 每次需新鲜配制DSS溶液，并每2天更换一次。不同批次的DSS在诱导结肠炎的效力上可能存在差异；使用新批次时应进行预实验。DSS诱导的溃疡性结肠炎模型成功建立的特征包括进行性体重下降、血性腹泻、疾病活动指数（DAI）评分升高以及明显的结肠缩短。上述指标及小鼠实验的方法学设计均符合既定的参考标准³¹.
3. 外源性代谢组学用空白血清与含药血清的制备
   1. 使用另一组健康的雄性C57BL/6小鼠。
   2. 将小鼠随机分为两组：空白组和 LXDHD 组。
   3. 以2.18 g/kg剂量通过口服灌胃法对LXDHD组给予LXDHD，每日1次，连续7天。
   4. 向空白组加入等体积的蒸馏水。
   5. 在末次给药后1小时采集血样。
   6. 按照前述方法处理血液样本以获取血清 第3.5节.

3. 疾病活动度评估

1. 每天监测体重、粪便性状及粪便出血情况。
2. 根据体重减轻、粪便性状和粪便出血情况计算疾病活动指数（Disease Activity Index, DAI）。具体的评分框架详见于 表3. 计算
   最终DAI评分作为这三个参数的平均值（或总和）³².
3. 在第8天结束时，使用1%戊巴比妥钠（30 mg/kg）对每组小鼠进行麻醉。从小鼠的眶后静脉丛采集约400 µL血液。随后，严格按照《美国兽医协会动物安乐死指南》（AVMA Guidelines for the Euthanasia of Animals），通过颈椎脱位法对动物实施安乐死以确保死亡。图1B).
   注意： 通过轻轻捏压后肢脚趾及足底表面确认麻醉是否充分；若无退缩反应，则表明麻醉深度足够。
4. 收集结肠组织并测量结肠长度，作为疾病严重程度的指标。
   注意： 结肠长度缩短被认为是DSS诱导结肠炎严重程度的标志性特征³³.
5. 获取血液血清
   1. 将部分采集的血液样本在室温下静置1小时，使其凝固。
   2. 将样品在1,000 × g下离心 × g 在4 °C下离心15分钟以获得血清。
   3. 定量检测血清中白细胞介素（IL）-1β、IL-6、IL-17、肿瘤坏死因子-α（TNF-α）和 IL-10 的水平。
   4. 采集结肠组织样本用于组织病理学分析。
   5. 使用剩余的血液样本进行外周血分析。
   6. 为代谢组学分析保留额外的血清样本。

4. 苏木精-伊红（H&E）染色

1. 用 4% 多聚甲醛固定结肠组织，至少 24 小时。
2. 通过梯度乙醇系列对组织进行脱水。
3. 用二甲苯透明组织，并包埋于石蜡中。
4. 使用切片机切割组织切片（厚度为 3–5 µm）。
5. 用二甲苯对切片进行脱蜡。
6. 通过梯度乙醇对切片进行复水。
7. 用苏木精染色切片以显示细胞核。
8. 用伊红对切片进行复染，以实现细胞质染色。
9. 在光学显微镜下观察组织病理学变化，并使用配套成像软件采集代表性图像。
10. 根据炎症严重程度、损伤深度和隐窝损伤情况评估组织学评分（HCS）。
11. 详细组织学评分标准请参见 Table 4。
    NOTE: 采集组织包埋、切片和染色的代表性图像，以增强实验方案的可视化效果。

5. 外周血分析

1. 使用含EDTA-K2抗凝剂的试管（每毫升血液含1.5 mg EDTA）采集外周血样本。
2. 轻轻倒置试管8–10次，以确保充分混匀。
3. 使用经物种特异性校准的三分群兽医血液学分析仪（Mindray BC-2600vet）分析血细胞计数。
4. 在4  °C条件下运输样本。
5. 采集后4小时内完成样本分析。
   注意：出现溶血或凝固的样本应排除在分析之外。

6. 酶联免疫吸附测定（ELISA）

注意：IL-6、IL-17、IL-1β 和 TNF-α 是关键的促炎性细胞因子，而 IL-10 是关键的抗炎性细胞因子。这些细胞因子反映了炎症反应的存在及其严重程度³⁴。
检测这些细胞因子对于理解炎症过程以及评估抗炎治疗的效果至关重要。

1. 从眶后静脉丛采集血液样本。
2. 在室温下静置样本，使其凝固1小时。
3. 在4 °C条件下，以1,000 × g离心15分钟，分离血清。
4. 使用商用ELISA试剂盒检测血清中IL-1β、IL-6、IL-17、TNF-α和IL-10的水平。
5. 使用配备标准数据采集软件的酶标仪测定吸光度。
6. 根据标准曲线计算细胞因子浓度。
   注意：所有样本和标准品均需设复孔检测，以减少技术误差。

7. 凉血地黄汤的液相色谱-质谱分析

1. 样品制备
   1. 准确称取 10 g LXDHD 混合生药粉。
   2. 将粉末溶于 30 mL 热水中。
   3. 超声提取 30 分钟。
   4. 取 100 µL 提取液与 400 µL 甲醇混合。
   5. 涡旋振荡 10 分钟。
   6. 在 14,000 × g 条件下离心 10 分钟。
   7. 收集上清液作为待测溶液。
2. 液相色谱–质谱（LC–MS）条件
   1. 使用配备 Q 型质谱仪的液相色谱系统进行色谱分离。
   2. 采用 C18 色谱柱（150 × 2.1 mm，1.8 µm）。
   3. 流动相设置如下：A 相为含 0.1% 甲酸的水溶液，B 相为甲醇。
   4. 流速设为 0.30 mL/min。
   5. 色谱柱温度设为 35 °C。
   6. 进样体积设为 5 µL。
   7. 采用以下梯度洗脱程序：
      0–2 分钟，5% B；
      2–15 分钟，5–95% B；
      15–18 分钟，95% B；
      18–18.1 分钟，95–5% B；
      18.1–22 分钟，5% B。
   8. 质谱参数设置如下：鞘气流速 35 arb，辅助气流速 10 arb，喷雾电压分别为 3.5 kV（正离子模式）和 2.8 kV（负离子模式），毛细管温度 320 °C，辅助气加热温度 350 °C。
   9. 在正离子和负离子模式下采集质谱数据，全扫描范围为 m/z 100–1500（分辨率：70,000）。
   10. 以 17,500 分辨率进行数据依赖性二级质谱（dd-MS2）扫描。
   11. 使用 mzCloud 数据库处理原始数据并鉴定化合物。

8. 血清非靶向代谢组学分析

1. 血清样本制备与质量控制（QC）
   1. 将血清样本置于冰上解冻。
   2. 取 50 µL 血清转移至 1.5 mL 离心管中。
   3. 加入 200 µL 冷的甲醇/乙腈（1:1, v/v）。
   4. 涡旋振荡 1 分钟以沉淀蛋白质。
   5. 冰上孵育 15 分钟。
   6. 在 4 °C 条件下，以 14,000 × g 离心 15 分钟。
   7. 将上清液转移至新管中。
   8. 使用真空浓缩仪将提取物干燥。
   9. 用 100 µL 乙腈/水（1:1, v/v）重新溶解残渣。
   10. 充分涡旋振荡。
   11. 再次在 4 °C 条件下，以 14,000 × g 离心 15 分钟。
   12. 收集上清液用于液相色谱-质谱（LC-MS）分析。
   13. 通过混合每个样本的 10 µL 等分试样制备 QC 样本。
   14. 每分析 8–10 个实验样本插入一个 QC 样本，以监测仪器的稳定性和重复性。
2. LC-MS 采集参数设置
   1. 使用配备 C18 色谱柱（150 × 2.1 mm, 1.8 µm）的液相色谱系统进行色谱分离。
   2. 设置柱温为 35 °C。
   3. 设置流速为 0.30 mL/min。
   4. 设置进样体积为 2 µL（正离子模式）或 5 µL（负离子模式）。
   5. 使用溶剂 A（含 0.1% 甲酸的水溶液）和溶剂 B（含 0.1% 甲酸的乙腈溶液）。
   6. 采用线性梯度洗脱程序。
   7. 在正离子和负离子 HESI 模式下运行质谱仪。
   8. 设置质谱扫描范围为 m/z 100–1500。
   9. 喷雾电压设为 3.5 kV（正离子）和 2.8 kV（负离子）。
   10. 毛细管温度设为 320 °C。
3. 数据处理与差异代谢物鉴定
   1. 将原始 LC-MS 数据（.raw 文件）导入软件。
   2. 进行峰对齐、峰提取和基线校正。
   3. 将提取的峰面积特征归一化至总离子强度。
   4. 通过比对精确质量数（质量误差 < 5 ppm）和 MS/MS 碎裂模式，利用 mzCloud 和 ChemSpider 数据库鉴定代谢物。
   5. 进行多变量统计分析（PCA 和 OPLS-DA/PLS-DA）。
   6. 根据以下阈值定义差异代谢物：VIP > 1.0 且 p < 0.05（Student’s t 检验）。

9. 网络药理学分析

注意：采用网络药理学方法预测LXDHD在UC中的活性成分和关键靶点^35,36。该方法包括数据库挖掘、化学信息处理、生物活性数据获取、蛋白靶点检索、基因表达谱分析、相互作用网络构建以及通路富集分析^37,38。

1. 活性化合物筛选
   1. 利用传统中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库（访问日期：2025年12月10日），以口服生物利用度（OB）≥ 30% 和药物相似性（DL）≥ 0.18 为条件检索活性化合物。
   2. 通过在 PubMed 和 Web of Science 数据库中进行文献检索（2025年12月10日至15日）补充化合物信息。
   3. 利用 UniProt 数据库（访问日期：2025年12月15日）对靶点进行标准化处理。
2. 疾病靶点识别
   1. 从 GeneCards、OMIM、TTD 和 DrugBank 数据库中收集与溃疡性结肠炎（UC）相关的靶点（访问日期：2025年12月15日）。
3. 网络构建与分析
   1. 使用 R 软件中的 VennDiagram 包识别交集靶点。
   2. 利用 Cytoscape 软件构建网络。
   3. 使用 NetworkAnalyzer 插件和 CytoNCA 插件进行拓扑结构分析。
4. 蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络构建与核心靶点识别
   1. 将交集靶点导入 STRING 数据库。
   2. 限定物种为 Homo sapiens。
   3. 移除孤立节点。
   4. 设定 PPI 评分阈值 > 0.9。
   5. 导出数据并在软件中进行分析。
   6. 计算度中心性（DC）、介数中心性（BC）、特征向量中心性（EC）、接近中心性（CC）、邻域连通性（NC）和局部平均连通性（LAC）。
   7. 基于中位数进行筛选，生成子网络并识别核心靶点³⁹。
5. GO 与 KEGG 富集分析
   1. 使用 R 及 Bioconductor 软件包进行 GO 与 KEGG 富集分析。
   2. 使用的 R 软件包包括 org.Hs.eg.db、clusterProfiler、DOSE、enrichplot、stringi 和 ggplot2。
   3. 设定显著性阈值为 p = 0.05 和 q = 0.05。
   4. 对分子功能（MF）、生物过程（BP）和细胞组分（CC）三个类别进行 GO 分析。
   5. 进行 KEGG 通路富集与分类分析⁴⁰。
6. 分子对接
   1. 从 TCMSP 下载化合物的 SDF 格式结构文件。
   2. 从 AlphaFold 下载蛋白质的 PDB 格式结构文件。
   3. 使用四川大学（中国成都）CADD 实验室提供的 CB-DOCK2 在线服务器进行分子对接。
   4. 相应地定义受体和配体文件。
   5. 记录最佳结合构象及结合能。
      ​注意： 分子对接采用遗传算法进行⁴¹，结果按结合能排序。

10. 统计分析

1. 使用 GraphPad Prism 软件进行统计分析。
2. 定量数据以均值 ± 标准差（SD）表示。
3. 采用 Shapiro–Wilk 检验进行正态性检验。
4. 采用 Brown–Forsythe 检验进行方差齐性检验。
5. 对于符合正态分布的数据，采用单因素方差分析（one-way ANOVA）结合 Tukey 事后检验。
6. 对于非参数数据，采用 Kruskal–Wallis 检验结合 Dunn 检验。
7. 将 p < 0.05 视为具有统计学显著性。
   注意： p 值越小，表示组间统计学差异越大。

结果

溃疡性结肠炎中LXDHD的网络药理学分析

采用网络药理学方法预测了LXDHD在UC中的潜在治疗靶点和分子作用机制。从TCMSP数据库中共筛选出211种具有优良药代动力学特性的化合物，其中包括来自黄芩（Scutellaria baicalensis）的36种、来自黄柏（Phellodendron chinense）的37种、来自地黄（Rehmannia glutinosa）的10种、来自牡丹（Paeonia suffruticosa）的11种、来自川赤芍（Paeonia veitchii）的29种、来自炒地榆（carbonized Sanguisorba officinalis）的5种、来自炒侧柏叶（carbonized Platycladus orientalis）的22种、来自防风（Saposhnikovia divaricata）的18种、来自枳实（Citrus aurantium）的...

讨论

本方法展示了一种可视化的、可重复的实验流程，通过整合网络药理学、非靶向代谢组学和体内验证，研究中药复方在DSS诱导的溃疡性结肠炎（UC）小鼠模型中的抗炎作用。与传统药理学研究主要关注孤立的机制性结论不同，本方案更强调方法学框架本身的严谨性，同时揭示关键的生物学见解。该整合式工作流程的主要优势在于能够克服单一分析方法固有的局限性。传统的网络药理学高度依赖静态的纯计算机模拟数据库，常导致假阳性率较高，且无法考虑体内生物转化过程。通过系统性地将计算预测与外源性代谢组学及体内表型验证相结合，本方案将预测的分子靶点直接与确证的药物来源循环代谢物相联系，过滤掉生物不可及的化合物，为多组分药物评价提供了可靠的框架⁴²。

从生物学角度来看，该工作流程的应用成功证明了LXDHD通过调控炎症和代谢靶点的复杂网络，缓解了DSS诱导的结肠炎。整合分析鉴定出STAT3、IL-1β和TNF为核心枢纽。从机制上讲，STAT3在肠道黏膜免疫中发挥关键作用，其过度激活会驱动下游促炎细胞因子的转录。STAT3与循环代...

材料

本文使用的材料清单

姓名	公司	目录编号	评论
5-氨基水杨酸（5-ASA）	Sigma-Aldrich	A3537	溃疡性结肠炎的阳性对照药物；以100 mg/kg剂量经口灌胃给药。
乙腈（LC-MS级）	Merck	100030	用于代谢组学样品制备及LC-MS流动相。
AlphaFold蛋白质结构数据库	EMBL–欧洲生物信息学研究所	https://alphafold.ebi.ac.uk/	用于获取目标蛋白质预测的三维结构的数据库。
当归（Angelica sinensis）	江苏省中医院	批号：2409001	六味地黄合剂（LXDHD）的组成药材（剂量：1.6 g）。
CB-Dock2	CADD实验室	https://cadd.labshare.cn/cb-dock2/	用于分子对接及配体–蛋白质结合模式预测的网络平台。
枳壳（Citrus aurantium）	江苏省中医院	批号：2409001	六味地黄合剂（LXDHD）的组成药材（剂量：0.5 g）。
Compound Discoverer软件	赛默飞世尔科技	版本3.3	用于LC–MS数据处理和化合物鉴定。
CTAn软件	Bruker	版本1.17	用于Micro-CT三维图像重建及骨侵蚀分析。
Cytoscape	Cytoscape联盟	版本3.8.0	用于网络构建与可视化的软件。
葡聚糖硫酸钠（DSS）	MP Biomedicals	160110	分子量36,000–50,000 Da；用于诱导小鼠溃疡性结肠炎。
EDTA-K2抗凝管	国药集团化学试剂有限公司	N/A	用于外周血采集。
伊红染色液	Biosharp	N/A	用于H&E染色中的细胞质复染。
乙醇	成都科隆化工有限公司	64-17-5	用于组织脱水。
甲酸（LC-MS级）	Merck	5.33002	用于LC-MS流动相配制。
甘草（Glycyrrhiza uralensis）	江苏省中医院	批号：2409001	六味地黄合剂（LXDHD）的组成药材（剂量：0.5 g）。
GraphPad Prism	GraphPad软件公司	版本9.0	用于统计分析与图形呈现。
血细胞分析仪	迈瑞	BC-2600vet	三分类兽用血细胞分析仪，用于血液常规分析。
苏木精染色液	Biosharp	BL700B	用于结肠组织切片的H&E染色。
高速离心机	日立	CT15E/CT15RE	用于血清及样品制备。
IL-10 ELISA试剂盒（小鼠）	美曼生物	MM-0176M2	用于检测血清IL-10水平。
IL-17 ELISA试剂盒（小鼠）	Abclonal	RK00039	用于测定血清IL-17水平。
IL-1β ELISA试剂盒（小鼠）	Abclonal	RK00006	用于检测血清IL-1β水平。
IL-6 ELISA试剂盒（小鼠）	Abclonal	RK00008	用于定量血清IL-6水平。
ImageJ（Fiji）软件	美国国立卫生研究院（NIH）	版本1.53c	开源软件，用于图像处理与定量分析。
Leica Application Suite X（LAS X）	Leica显微系统	版本3.7	用于采集组织病理切片图像的成像软件。
甲醇（LC-MS级）	Merck	106035	用于代谢组学样品制备及LC-MS流动相。
小鼠（雄性C57BL/6）	奥康生物技术有限公司	N/A	实验动物（6–8周龄，20–25 g），用于DSS诱导的UC模型。
mzCloud数据库	赛默飞世尔科技	https://www.mzcloud.org/	用于MS/MS谱图匹配的数据库。
光学显微镜	Leica	DM500	用于组织病理学观察。
赤芍（Paeonia lactiflora）	江苏省中医院	批号：2409001	六味地黄合剂（LXDHD）的组成药材（剂量：0.6 g）。
牡丹皮（Paeonia suffruticosa cortex）	江苏省中医院	批号：2409001	六味地黄合剂（LXDHD）的组成药材（剂量：0.5 g）。
多聚甲醛（4%）	国药集团化学试剂有限公司	N/A	用于结肠组织的固定。
病理切片机	Leica	RM2016	用于制备石蜡组织切片。
黄柏（Phellodendron chinense）	江苏省中医院	批号：2409001	六味地黄合剂（LXDHD）的组成药材（剂量：0.5 g）。
侧柏叶炭（Platycladus orientalis）	江苏省中医院	批号：2409001	六味地黄合剂（LXDHD）的组成药材（剂量：0.7 g）。
Q Exactive高分辨质谱仪	赛默飞世尔科技	Q Exactive	基于Orbitrap的质谱仪，用于LC–MS分析。
R软件	统计计算R基金会	版本4.2.1（https://www.r-project.org/）	用于GO和KEGG富集分析的软件。
生地黄（Rehmannia glutinosa）	江苏省中医院	批号：2409001	六味地黄合剂（LXDHD）的组成药材（剂量：2.1 g）。
地榆炭（Sanguisorba officinalis）	江苏省中医院	批号：2409001	六味地黄合剂（LXDHD）的组成药材（剂量：0.6 g）。
防风（Saposhnikovia divaricata）	江苏省中医院	批号：2409001	六味地黄合剂（LXDHD）的组成药材（剂量：0.3 g）。
黄芩（Scutellaria baicalensis）	江苏省中医院	批号：2409001	六味地黄合剂（LXDHD）的组成药材（剂量：0.5 g）。
戊巴比妥钠（1%）	Sigma-Aldrich	P3761	用于样本采集前的动物麻醉。
SoftMax Pro软件	分子器件公司	版本7.1	与酶标仪配套使用的数据采集与分析软件，用于ELISA。
STRING数据库	STRING联盟	https://string-db.org/	用于蛋白质–蛋白质相互作用分析的数据库。
TCMSP数据库	TCMSP平台	https://tcmsp-e.com/	用于筛选活性成分及预测药物靶点的数据库。
TNF-α ELISA试剂盒（小鼠）	Abclonal	RK00027	用于测定血清TNF-α浓度。
Ultimate 3000 RS LC系统	赛默飞世尔科技	Ultimate 3000 RS	与质谱联用的超高效液相色谱系统。
超声波清洗机	昆山超声仪器有限公司	KQ3200E	用于LXDHD的超声提取。
UniProt数据库	UniProt联盟	https://www.uniprot.org/	用于基因与蛋白质名称标准化的数据库。
涡旋混合器	北京普析科技有限公司	LC-Vortex-P1	用于样品混匀。
Welch AQ-C18色谱柱（150 × 2.1 mm，1.8 μm）	Welch Materials	AQ-18-15021	用于代谢物及中药成分分离的色谱柱。
二甲苯	成都科隆化工有限公司	1330-20-7	用于组织学处理中的透明步骤。