本研究提出了一种整合分子对接与分子动力学的计算工作流程,用于评估橄榄苦苷与多种阿尔茨海默病相关关键蛋白的相互作用,揭示了其在多个靶点上的预测结合模式及复合物初步稳定性。
研究文章
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| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| AmberTools 24.8 | AmberMD 开发团队 | N/A;https://ambermd.org/AmberTools.php | 用于拓扑结构准备和分子模拟文件处理。通过 conda-forge 安装。 RRID: SCR_018497 |
| AutoDock Tools 1.5.7 | Scripps 研究所 | N/A;https://autodocksuite.scripps.edu/adt/ | 用于受体和配体准备以及 PDBQT 文件生成。 RRID: SCR_012746 |
| AutoDock Vina 4.2.6 | Scripps 研究所 | N/A;https://vina.scripps.edu/ | 用于分子对接计算的对接引擎。版本应根据实际执行的工作流程环境进行报告。 RRID: SCR_011958 |
| Avogadro 2.0.0 | Avogadro 化学软件 | N/A;https://avogadro.cc/ | 用于配体可视化、力场分配和能量最小化。 RRID: SCR_015983 |
| Conda 25.3.1 | Anaconda, Inc. / conda-forge 社区 | N/A;https://docs.conda.io/ | 在计算工作流程中使用的包和环境管理器。 RRID: SCR_018317 |
| Discovery Studio Visualizer 2025 | Dassault Systèmes | N/A;https://discover.3ds.com/discovery-studio-visualizer-download | 用于蛋白质可视化和预处理。 RRID: SCR_008398 |
| DoGSiteScorer / ProteinsPlus | ZBH 生物信息学中心 | N/A;https://proteins.plus/ | 用于结合位点预测和口袋可成药性评分。 RRID: 未提供 |
| ff19SB 力场 | AMBER 力场家族 | N/A;https://ambermd.org/ | 用于分子动力学系统准备的蛋白质力场。 RRID: 未提供 |
| GAFF2 力场 | AMBER 力场家族 | N/A;https://ambermd.org/ | 用于分子动力学系统准备的配体力场。 RRID: 未提供 |
| Google Colab | N/A;https://colab.research.google.com/ | 用于执行工作流程的云端笔记本环境。运行时类型:Python 3;硬件加速器:T4 GPU。 RRID: SCR_018009 | |
| Mamba 2.1.1 | QuantStack / conda-forge 社区 | N/A;https://mamba.readthedocs.io/ | 用于安装 Conda 包的快速包管理器。 RRID: 未提供 |
| Matplotlib 3.10.0 | Matplotlib 开发团队 | N/A;https://matplotlib.org/ | 用于生成分子动力学分析图表。 RRID: SCR_008624 |
| MDAnalysis 2.8.0 | MDAnalysis 开发团队 | N/A;https://www.mdanalysis.org/ | 用于轨迹处理和结构分析。 RRID: SCR_025610 |
| MDTraj 1.11.1 | MDTraj 开发团队 | N/A;https://www.mdtraj.org/ | 用于分子动力学轨迹处理和分析。 RRID: 未提供 |
| Miniforge | conda-forge 社区 | N/A;https://github.com/conda-forge/miniforge | 基于 Conda 的环境分发工具,用于安装科学依赖项。 RRID: 未提供 |
| NumPy 2.0.2 | NumPy 开发团队 | N/A;https://numpy.org/ | 在计算工作流程中使用的数值计算依赖项。 RRID: SCR_008633 |
| Open Babel 3.1.0 | Open Babel 项目 | N/A;https://openbabel.org/ | 用于分子文件格式转换。 RRID: SCR_014920 |
| OpenMM 8.5.1 | OpenMM 开发团队 | N/A;https://openmm.org/ | 用于系统设置、平衡和生产模拟的分子动力学模拟引擎。 RRID: SCR_000436 |
| pandas 2.3.3 | pandas 开发团队 | N/A;https://pandas.pydata.org/ | 用于表格数据处理和分析结果输出。 RRID: SCR_018214 |
| ParmEd 4.3.1 | ParmEd 开发团队 | N/A;https://parmed.github.io/ParmEd/html/index.html | 用于拓扑和参数文件处理。 RRID: 未提供 |
| PASS-Way2Drug 服务器 | Way2Drug | N/A;https://www.way2drug.com/passonline/ | 用于预测生物活性谱型分析。 RRID: SCR_001971 |
| PDBFixer 1.12 | OpenMM 开发团队 | N/A;https://github.com/openmm/pdbfixer | 在需要时用于蛋白质结构修复和准备。通过 conda-forge 安装。 RRID: 未提供 |
| pkCSM 服务器 | 墨尔本大学 | N/A;https://biosig.lab.uq.edu.au/pkcsm/ | 用于预测 ADMET 谱型分析。 RRID: 未提供 |
| ProLIF | ProLIF 开发团队 | N/A;https://prolif.readthedocs.io/ | 用于蛋白质-配体相互作用指纹分析。运行时导入报告的版本为 0+unknown。 RRID: 未提供 |
| PubChem 数据库 | 美国国家生物技术信息中心 / 国立卫生研究院 | N/A;https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ | 用于配体结构检索。 RRID: SCR_004284 |
| py3Dmol 2.5.4 | py3Dmol 开发团队 | N/A;https://3dmol.csb.pitt.edu/ | 用于笔记本工作流程中的分子可视化。 RRID: 未提供 |
| PyMOL 3.1.6.1 | Schrödinger, LLC | N/A;https://pymol.org/ | 用于分子可视化和结合口袋坐标的检查。 RRID: SCR_000305 |
| Python 3.12.13 | Python 软件基金会 | N/A;https://www.python.org/ | 用于执行计算工作流程的编程语言。 RRID: SCR_008394 |
| pytraj 2.0.6 | AmberMD / pytraj 开发团队 | N/A;https://amber-md.github.io/pytraj/latest/index.html | 用于轨迹处理和分析。 RRID: 未提供 |
| RCSB 蛋白质数据库 | 结构生物信息学研究协作组织 | N/A;https://www.rcsb.org/ | 用于蛋白质结构检索。 RRID: SCR_012820 |
| RDKit 2025.03.1 | RDKit 开发团队 | N/A;https://www.rdkit.org/ | 用于配体结构的化学信息学处理。 RRID: SCR_014274 |
| SciPy 1.17.1 | SciPy 开发团队 | N/A;https://scipy.org/ | 用于轨迹分析中的统计分析、聚类、插值和距离矩阵处理。 RRID: SCR_008058 |
| seaborn 0.13.2 | seaborn 开发团队 | N/A;https://seaborn.pydata.org/ | 用于分析结果的绘图和可视化。 RRID: SCR_018132 |
| SWISS-MODEL | 瑞士生物信息学研究所 | N/A;https://swissmodel.expasy.org/ | 在需要时用于结构建模或重建。 RRID: SCR_018123 |
| TIP3P 水模型 | 原始 TIP3P 水模型 / AMBER 兼容实现 | N/A;https://ambermd.org/ | 用于分子动力学溶剂化的水模型。 RRID: 未提供 |
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