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方法文章

向早衰期人成纤维细胞递送端粒酶mRNA的优化反向转染方案

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DOI:

10.3791/71538

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2026年8月18日

* These authors contributed equally

本文内容

摘要

本文介绍了一种优化的反向转染方案,可高效将核苷修饰的人端粒酶逆转录酶(hTERT)mRNA(hTERT mRNA)递送至衰老的人成纤维细胞。通过预先在培养表面包被hTERT mRNA-脂质复合物,可增强细胞对mRNA的摄取,从而实现端粒酶激活、端粒延长及部分细胞年轻化。然而,培养细胞最终会重新进入衰老状态或危机期,不会发生永生化。

摘要

细胞衰老伴随着细胞生理学的深刻变化,包括细胞膜流动性降低、内体运输受损、内吞能力减弱以及细胞外RNase活性增强,这些因素均会阻碍mRNA的有效递送。这些障碍限制了RNA技术在衰老细胞中的应用,特别是对于递送较大的治疗性转录本。本方案描述了一种优化的反向转染方法,可高效地将修饰的信使RNA(mRNA)递送至衰老的人类成纤维细胞。尽管本研究以人端粒酶逆转录酶(hTERT)mRNA作为模型转录本,但该工作流程可广泛适用于其他mRNA。与传统转染方法不同——传统方法是在细胞贴壁后将RNA-脂质复合物加入培养基中,反向转染则是在接种细胞前先将复合物沉积于培养表面,从而使贴壁过程中的细胞与转染复合物直接接触。为最大化转染效率,本方案采用了核苷修饰的mRNA(含假尿苷和5-甲基胞苷)、延长的poly(A)尾、优化的复合物形成时间、RNase抑制剂、氯喹介导的内体pH瞬时升高、较高的细胞接种密度以及延长的孵育时间。采用该方法,在递送5 kb的hTERT mRNA转录本后,衰老成纤维细胞的转染效率可达约50%–80%。转染后24–48小时检测到端粒酶活性达到峰值。单次转染周期即可检测到端粒明显延长,而连续三次转染则导致显著但有限的端粒延伸。在转染后72–96小时内可观察到衰老相关表型的部分逆转,包括衰老相关β-半乳糖苷酶活性降低、p16和p21表达减少、细胞形态恢复以及复制性寿命延长。递送的hTERT mRNA在72–96小时内被降解,未观察到细胞永生化现象。该方案为向衰老细胞进行瞬时mRNA递送提供了一种实用方法,并可能适用于多种细胞类型和物种。

引言

逆转录转染方法是一种针对衰老细胞的关键性技术改进,可克服衰老细胞对常规转染方法所造成的基本障碍。与正向转染(即先将细胞接种并使其贴壁,再加入转染复合物)不同,逆转录转染是将悬浮状态的细胞直接接种到预先形成的hTERT mRNA-脂质复合物上。该技术通过在细胞贴壁这一关键阶段——此时细胞膜重塑最为活跃——最大限度地使细胞暴露于转染复合物中,从而显著提高衰老细胞的转染效率。

该方案的核心概念转变在于将衰老细胞视为一个独特的递送难题,而非仅仅视为难以转染的年轻细胞变体。在细胞衰老过程中,膜脂质组成发生全局性改变,包括磷脂、鞘脂和胆固醇的变化,这些改变影响了膜的流动性、曲率以及蛋白质-脂质相互作用,同时促进了衰老相关分泌表型1,2,3。衰老细胞还表现出网格蛋白和小窝蛋白介导的受体介导内吞作用减弱,以及内吞运输路径的改变,部分原因是两亲蛋白-1(amphiphysin-1)表达下调以及小窝蛋白表达的代偿性变化,从而抑制了受体介导的摄取和信号传导4,5,6。与此同时,Rab7调控的晚期内体-溶酶体轴以及更广泛的内体-自噬-溶酶体(EAL)网络出现功能失调,其中Rab7作为内溶酶体成熟和自噬体-溶酶体融合的主要调控因子,在衰老和神经退行性疾病中其功能受到干扰7。

衰老细胞通常会上调溶酶体加工与适应系统(LYPAS)的多个组分,包括由TFEB/TFE3驱动的溶酶体生成和分子伴侣介导的自噬,从而增加溶酶体数量。然而,单个溶酶体常表现出腔内pH值升高、膜损伤以及蛋白水解能力改变,导致尽管溶酶体数量增多,但仍出现功能障碍8,9,10,11。总体而言,这些变化可更高效地将内吞物质导向降解性内溶酶体区室,从而增加递送的RNA或蛋白质在有效释放至胞质前即被降解的可能性9,10,11。逆转录转染直接作用于细胞贴壁过程中膜结构重塑的最早时间窗口,强制细胞与mRNA-脂质复合物之间形成持续且高亲和力的接触,从而至少部分绕过完全贴壁的衰老细胞中受损的稳态内吞作用4,5,6,12。

在RNA设计方面,本方案认为,在衰老背景下,简单的加帽加尾基础结构已不足够:必须进行完全的核苷修饰(例如,假尿苷或N1-甲基假尿苷联合5-甲基胞苷),以解偶联翻译过程与内涵体Toll样受体感知及I型干扰素的诱导。基础研究表明,将修饰核苷掺入RNA可抑制TLR3、TLR7和TLR8的活化,并显著降低树突状细胞的细胞因子产生,从而为当前核苷修饰mRNA平台降低的固有免疫原性提供了机制依据13近期关于mRNA-LNP疫苗和mRNA药物的综述强调,通过协同优化5′帽、非翻译区(UTRs)、编码序列和poly(A)尾,可提高mRNA的稳定性和翻译效率 体内 同时最大限度地减少先天免疫激活14特别是,poly(A) 尾巴的长度和结构已成为决定性因素 体外 转录mRNA的稳定性与翻译效率,推动了治疗性mRNA中延长或工程化设计poly(A)尾的研究15.

在此基础上,该方案在复合物形成和摄取过程中明确引入了针对胞外和内体RNase的保护措施,并利用氯喹等瞬时溶酶体趋向性试剂,实现了明确的内体逃逸窗口16,17。氯喹长期以来被用作内体屏障的功能探针,可通过促进内体膜的破坏,使核酸货物逃逸至胞质,从而显著增强siRNA或反义寡核苷酸的靶点结合与沉默效果18。同时,对LNP递送的mRNA进行的活细胞和超分辨率成像研究表明,有效递送的关键瓶颈在于早期内体/再循环内体中极为罕见的逃逸事件,而非初始摄取本身,这凸显了为mRNA治疗药物主动设计内体逃逸步骤的重要性19。

总体而言,与衰老相关的膜动力学、内吞运输、溶酶体加工以及天然免疫激活等方面的改变,为高效的mRNA递送造成了显著障碍。本文所述的反向转染策略旨在克服这些局限性,通过结合优化的mRNA工程设计、RNase保护、增强的内体逃逸能力,以及使贴壁细胞直接接触预先形成的mRNA-脂质复合物来实现。尽管本研究以hTERT mRNA作为模型货物,但该工作流程可广泛适用于将其他大型治疗性mRNA转录本递送至衰老细胞及难转染细胞群体20,21,22。

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方案

1. 体外 hTERT mRNA的转录

  1. 体外转录(IVT),使用 ARCA 和 ΨUTP
    1. 根据表1配制20 µL的IVT反应体系。若需要更高的产量,可按线性比例放大反应体系。
    2. 除T7 RNA聚合酶外,将所有反应组分加入无RNase的离心管中。最后加入T7 RNA聚合酶,轻轻混匀,并短暂离心。
    3. 在37 °C孵育0.5–4小时。
      注意:根据模板长度调整孵育时间。对于较短的模板(约500 bp),孵育约30分钟;对于较大的模板(约4 kb),孵育3–4小时。
  2. DNase处理
    1. 直接向IVT反应混合物中加入1 µL无RNase的DNase I。
    2. 在37 °C孵育15分钟。
      注意:应在IVT反应完成后直接进行DNase处理,无需事先纯化合成的mRNA。
  3. mRNA纯化
    1. 加入115 µL无核酸酶的H₂O稀释反应混合物。
    2. 按照试剂盒说明书,使用RNA纯化试剂盒对mRNA进行纯化。
    3. 用20–30 µL无核酸酶的H₂O洗脱纯化的mRNA。
    4. 通过分光光度法测定mRNA纯度,并在1.0–1.5%变性琼脂糖凝胶或低浓度聚丙烯酰胺凝胶上进行电泳,以验证RNA完整性。
  4. 加poly(A)尾
    1. 根据表2配制50 µL的poly(A)加尾反应体系。轻轻混匀反应组分,在37 °C孵育30–60分钟。
      注意:根据输入RNA的量调整孵育时间。
    2. 加入2 µL 0.5 M EDTA(pH 8.0)终止反应。
  5. 最终纯化与质量控制
    1. 按照试剂盒说明书,使用RNA纯化试剂盒对加poly(A)尾的mRNA进行纯化。
    2. 用20–30 µL无核酸酶的H₂O洗脱纯化的mRNA。
    3. 在进行转染前评估mRNA质量
      1. 在260 nm处测定mRNA浓度,并通过A260/A280和A260/A230比值确定纯度。选择A260/A280比值约为2.0、A260/A230比值大于2.0的mRNA样品。
      2. 使用凝胶电泳或RNA分析系统,按照说明书评估mRNA完整性。
      3. 通过RT-PCR或Bioanalyzer分析确认poly(A)尾长度,确保其长度在120至200个核苷酸之间。
      4. 将纯化的mRNA分装,于−80 °C保存,以尽量减少冻融循环次数。

2. 反向转染

  1. 第 −1 天:转染前准备
    1. 验证衰老表型
      1. 对代表性细胞样本进行衰老相关性 β-半乳糖苷酶(SA-β-gal)染色。确认超过 70% 的细胞呈阳性。
      2. 通过定量逆转录 PCR(qRT-PCR)或免疫荧光法确认衰老标志物(p16 和 p21)的表达。
      3. 测定细胞活力,并确认活力超过 90%。
    2. 准备试剂
      1. 将完全培养基预热至 37 °C。
      2. 将磷酸盐缓冲液(PBS)预热至 37 °C。
      3. 配制新鲜的 Opti-MEM I 培养基。
        注意:使用前请勿向 Opti-MEM I 中添加 RNase 抑制剂。
  2. 第 0 天:转染日
    注意:从试剂准备到转染细胞孵育,预计耗时约 3 小时。
    1. hTERT mRNA 的准备
      1. 将 hTERT mRNA 在冰上解冻。测定 mRNA 浓度,使用浓度在 0.5 至 1.0 µg/µL 之间的样品。
      2. 根据所用培养体系,用 Opti-MEM I 稀释所需量的 hTERT mRNA(表 3)。加入 RNase 抑制剂至终浓度为 0.5–1.0 U/µL,并轻轻混匀。
      3. 稀释后的 mRNA 在形成复合物前应保持在冰上。
        注意:应在使用前立即加入 RNase 抑制剂。请勿将 mRNA 与 RNase 抑制剂共同储存,因其在冻融后活性会下降。
    2. 转染试剂的准备
      1. 在无菌、无 RNase 的离心管中,将 6.0 µL 转染试剂与 100 µL Opti-MEM I 混合。通过移液轻轻混匀。
      2. 室温孵育 5 分钟。
        注意:对于较大的 hTERT mRNA 构建体(约 5 kb),建议优化转染试剂与 mRNA 的比例,推荐范围为每 100 ng mRNA 使用 0.4 至 0.6 µL 转染试剂。
    3. mRNA-脂质复合物的形成
      1. 将稀释后的 hTERT mRNA 溶液(100 µL)加入稀释后的转染试剂溶液(106 µL)中。通过移液轻轻吹打 5–6 次混匀。
      2. 室温孵育 15–20 分钟。
      3. 复合物形成时间不得超过 30 分钟。
      4. 通过观察溶液是否呈现轻微浑浊来确认复合物成功形成。
        注意:在复合物形成期间,同步进行细胞准备。
    4. 反向转染的细胞准备
      1. 吸除衰老细胞培养物中的培养基。
      2. 用预热的 PBS(每孔 6 孔板加 2 mL)洗涤细胞一次。
      3. 每孔加入 500 µL 0.05% 胰蛋白酶-EDTA。
      4. 在 37 °C 下孵育 3–5 分钟。
      5. 用含血清的 3 mL 完全培养基中和胰蛋白酶。
      6. 轻轻吹打细胞,获得单细胞悬液。
      7. 使用血细胞计数板或自动细胞计数仪测定细胞数量。
      8. 用完全培养基配制每孔含 2.0–2.5 × 105 个细胞的悬液。
        注意:避免长时间胰蛋白酶消化,因为衰老细胞对机械应力高度敏感。细胞应保持在悬液状态,反向转染前不得预先铺板。
    5. 反向转染
      1. 培养板的准备
        1. 向 6 孔板的每孔加入 500 µL 0.01% 多聚-L-赖氨酸,室温孵育 30 分钟。
        2. 使用前立即吸除包被液。
        3. 将 200 µL hTERT mRNA-脂质复合物加至每孔中央。
        4. 将培养板置于 37 °C、5% CO₂ 条件下孵育 30 分钟。
          注意:包被操作应与复合物形成和细胞准备同步进行。
      2. 细胞悬液的准备
        1. 将 2.0–2.5 × 105 个细胞悬浮于 1800 µL 无抗生素的完全培养基中。
        2. 轻轻重悬细胞,获得均匀的单细胞悬液。
          注意:转染期间应使用无抗生素的培养基。
      3. 将细胞悬液接种至复合物上
        1. 将 1800 µL 细胞悬液直接加至预先形成的 hTERT mRNA-脂质复合物上。
        2. 轻轻倾斜培养板,每个方向倾斜 2–3 次,使细胞均匀分布。
          注意:加细胞后请勿再次移液吹打,以免破坏 mRNA-脂质复合物。
      4. 细胞孵育
        1. 将细胞置于 37 °C、5% CO₂ 的湿润化培养箱中孵育 6–8 小时。
        2. 转染后 2–3 小时,通过光学显微镜观察细胞贴壁情况。
        3. 确认细胞均匀分布并开始贴附于培养表面。
          注意:若漂浮细胞或细胞碎片过多,可能提示转染相关的细胞毒性。

3. 细胞毒性的缓解

  1. 如果细胞损失超过20%,则将转染暴露时间缩短至48小时。
  2. 在转染期间,向培养物中添加10 µM ROCK抑制剂Y-27632,以提高细胞存活率。
  3. 转染6–8小时后,小心吸除转染培养基,尽量减少对部分贴壁细胞的扰动。每孔保留约100 µL残留培养基。
  4. 向每孔中加入1 mL新鲜预热的完全生长培养基,并补充15% FBS。
  5. 换液后立即加入氯喹,使其终浓度为10–20 µM。
  6. 将培养物置于含5% CO₂的湿润化培养箱中,在37 °C下继续孵育2小时。
  7. 用新鲜的完全生长培养基替换含氯喹的培养基。
  8. 将培养物放回培养箱中继续培养。
    注意:在整个恢复期间应监测细胞形态和活力。细胞大量脱落或出现过多碎片可能提示转染相关的细胞毒性。

4. 转染后分析

  1. 转染后24–48小时评估TERT蛋白表达。
  2. 根据标准实验室操作,通过蛋白质印迹法或免疫荧光染色检测TERT蛋白水平。
  3. 在相同时间区间内,使用适当的端粒酶活性检测方法测定端粒酶活性。
    注意:由于瞬时递送的hTERT mRNA发生降解,端粒酶活性通常在48小时后下降。
  4. 转染后48–72小时,采用单色多重定量PCR(MMqPCR)或等效的端粒长度分析方法评估端粒长度。
    注意:成功递送hTERT mRNA后,可能观察到可检测的端粒延长现象。
  5. 转染后7天评估衰老相关和 rejuvenation(再生)相关的表型
    1. 检测衰老相关β-半乳糖苷酶(SA-β-gal)活性。
    2. 检测p16和p21的表达水平。
    3. 评估Ki67的表达。
    4. 通过光学显微镜观察细胞形态。
      注意:将处理组培养物与未处理或模拟转染的衰老对照组进行比较,以评估衰老相关表型及增殖特性的变化。

5. 重复给药方案(可选)

  1. 按照第2–4节所述进行初次转染。
  2. 根据以下时间表重复转染:第0天:第一次转染;第5天:第二次转染;第10–12天:第三次转染。
  3. 将细胞维持为贴壁培养状态,在后续转染前不要进行胰酶消化。
  4. 按照第2.2.1–2.2.3节所述制备新鲜的hTERT mRNA–脂质复合物。
  5. 吸去每个孔中的培养基。
  6. 直接向每个孔中加入200 µL hTERT mRNA–脂质复合物。
  7. 加入复合物后立即向每孔加入800 µL新鲜完全F-10培养基。
  8. 将细胞置于含5% CO₂的湿润化培养箱中,在37 °C下孵育4–6小时。
  9. 用新鲜完全培养基替换转染培养基。
    注意:为尽量减少累积性转染相关细胞毒性,处理次数最多不超过三个转染周期。

6. 正向转染方案(2 µg/mL,6 孔板格式)

  1. 第 −1 天:细胞接种
    1. 使用 0.05% 胰蛋白酶-EDTA 消化衰老或早期衰老的成纤维细胞。
    2. 用完全培养基中和胰蛋白酶。
    3. 测定细胞数量和活力。
    4. 以每孔 2.0–2.5 × 105 个细胞的密度将细胞接种至 6 孔板中。
    5. 将细胞在含 5% CO₂ 的湿润化培养箱中于 37 °C 培养过夜,直至细胞汇合度达到约 60–80%。
  2. 第 0 天:hTERT mRNA–试剂复合物的制备
    1. 将一份核苷酸修饰的 hTERT mRNA 在冰上解冻。
    2. 在无 RNase 的无菌离心管(A 管)中,用 Opti-MEM 将 hTERT mRNA 稀释至终浓度为 2 µg/mL。
    3. 向 A 管中加入 RNase 抑制剂,终浓度为 0.5–1.0 U/µL,并轻轻混匀。
    4. 在另一支无 RNase 的离心管(B 管)中,用 Opti-MEM 稀释转染试剂,每 100 ng mRNA 使用 0.4–0.6 µL 试剂。
    5. 在轻柔混匀的同时,将 B 管中的溶液逐滴加入 A 管中。
    6. 将混合液在室温下孵育 15–20 分钟。
  3. 第 0 天:正向转染
    1. 确认细胞汇合度为 60–80%,且形态健康。
    2. 吸除培养基。
    3. 用 1–2 mL 预热的 PBS 洗涤细胞一次。
    4. 向每孔中加入 0.5 mL 预热的完全培养基或减血清培养基。
    5. 可选:加入氯喹至终浓度为 10–20 µM。
    6. 向每孔中加入 0.5 mL 在步骤 6.2.6 中制备的 hTERT mRNA–试剂复合物。
    7. 轻轻摇动培养板,使复合物均匀分布。
    8. 将细胞在含 5% CO₂ 的湿润化培养箱中于 37 °C 孵育 4–6 小时。
      ​注意:如有必要,衰老细胞的孵育时间可延长至 6–8 小时。
    9. 吸除转染液。
    10. 向每孔中加入 2.0 mL 新鲜完全培养基。
    11. 按照第 4 节所述进行转染后分析。
      注意:比较正向与反向转染条件时,应使用同一批次的 hTERT mRNA、相同的转染试剂和相同的标称剂量。

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结果

d2EGFP-T2A-hTERT modRNA 被设计为一个杂合开放阅读框,其中通过自剪切T2A肽将不稳定型EGFP(d2EGFP)报告基因与人TERT连接。所有构建体的完整核苷酸序列和蛋白序列均提供于 补充文件 1编码序列的两侧分别带有合成的5′非翻译区(UTR)和人β-珠蛋白的3′ UTR,以增强翻译效率和mRNA稳定性(图1A)。表达盒还包含一个合成的酶稳定序列(Es)和一个合成的转录增强序列(TEs),旨在提高T7聚合酶的持续合成能力并减少转录提前终止。在克隆至T7启动子下游后, 体外 使用抗反向帽类似物(ARCA)和修饰核苷酸(m5CTP 和 ΨUTP)进行转录,随后通过酶法添加多聚腺苷酸尾(约 120–200 nt),以生成带有帽结构、多聚腺苷酸化、高完整性的 d2EGFP-T2A-hTERT modRNA图1A).

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讨论

本研究将细胞衰老重新定义为一种独特的递送难题,而非增殖生理学的微小变异,并开发了一种针对衰老状态下的生物物理和免疫学限制而优化的端粒酶mRNA转染策略。衰老细胞具有硬化且富含胆固醇的细胞膜,以及降低的内吞活性,从而对核酸的有效递送构成了显著障碍。通过采用逆向转染方法,该方案利用衰老细胞在短暂贴壁期间发生的膜重塑过程及其膜可塑性增强的特性,使细胞与转染复合物的接触与摄取能力增强的时期实现同步3,4。代表性结果表明,与传统的正向转染相比,该策略显著提高了hTERT modRNA的递送效率和表达水平,从而实现更明显的端粒延长以及更强的与 rejuvenation(再生)相关的表型变化。

该方法的核心是一种多层mRNA工程技术,旨在克服衰老细胞中的三大主要障碍:升高的固有免疫信号、增强的RNA降解以及受损的翻译能力23,24,

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披露

J.M.S. 是 Transposon Therapeutics 的联合创始人兼科学顾问委员会主席。

致谢

本研究工作由美国国立卫生研究院(NIH)资助,资助项目编号为 P01 AG051449、R01 AG016694 和 R01 AG078925,授予 JS。

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材料

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假尿苷-5´-三磷酸(Pseudo-UTP- ΨUTP)New England BiolabN0433S假尿苷-5´-三磷酸(Pseudo-UTP)常用于降低体外转录 RNA 的免疫原性。
核糖核苷酸溶液套装New England BiolabN0450L包含 ATP、GTP、CTP 和 UTP 四种独立溶液
ROCK 抑制剂 Y-27632(盐酸二氢盐)Stem cell technologies72302Y-27632 是一种细胞可渗透的、高效且选择性的 Rho 相关卷曲螺旋蛋白激酶(ROCK)抑制剂。Y-27632 通过与 ATP 竞争结合催化位点,抑制 ROCK1(Ki = 220 nM)和 ROCK2(Ki = 300 nM) 
RT-PCR 级水Thermo FisherAM9935RT-PCR 级水(常标注为无核酸酶水)的主要功能是作为超纯溶剂,用于对污染极为敏感的酶促反应,任何污染均可能导致样本降解或扩增抑制。
SUPERase·In RNase 抑制剂 Thermo FisherAM2694SUPERase In RNase 抑制剂是一种非人源蛋白类抑制剂,可通过非共价结合抑制最常见的、具有干扰性的 RNase,包括 RNase A、B、C、1 和 T1。
SYBR Green I 核酸凝胶染料Thermo FisherS7563SYBR™ Green I 核酸凝胶染料的主要功能是在琼脂糖或聚丙烯酰胺凝胶中可视化和定量双链 DNA(dsDNA)。
TransIT-mRNA 转染试剂盒Mirusbio/ Millipore SigmaMIR 2250一种高效、低毒性的大 RNA 转染试剂
TRAPeze 端粒酶检测试剂盒Millipore Sigma S7700 TRAP(端粒重复扩增法)检测是一种广泛使用且灵敏的基于 PCR 的方法,用于检测和测量哺乳动物细胞及组织样本中的端粒酶活性。该方法包括三个主要步骤:端粒酶延伸端粒重复序列、通过 PCR 扩增这些产物,以及后续检测。
胰蛋白酶-EDTA(0.05%),含酚红Thermo Fisher25300054用于常规细胞传代(继代培养)和收获过程中从培养容器上解离贴壁哺乳动物细胞。

参考文献

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