本研究整合了网络药理学、经验证的分子对接以及 体外 评估候选化合物与靶点之间关系的实验 冬虫夏草 成分及与慢性肾小球肾炎相关的过程。 β-选择β-谷甾醇进行化合物水平验证,发现其可减轻系膜细胞模型中的炎症和促纤维化激活。
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本研究整合了网络药理学、经验证的分子对接以及 体外 评估候选化合物与靶点之间关系的实验 冬虫夏草 成分及与慢性肾小球肾炎相关的过程。 β-选择β-谷甾醇进行化合物水平验证,发现其可减轻系膜细胞模型中的炎症和促纤维化激活。
慢性肾小球肾炎(CGN)以持续性炎症损伤和进行性纤维化重塑为特征,然而基于天然产物的干预措施所涉及的化合物-靶点关系尚未完全阐明。本研究整合了网络药理学、经验证的分子对接以及 体外 评估候选组分的实验 冬虫夏草 (C. sinensis)在CGN相关病理过程中的作用。CGN相关病理过程的候选成分 C. sinensis 筛选了相关基因,并将中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform)获取的化合物相关靶点与CGN相关基因取交集。通过功能富集分析和蛋白质-蛋白质相互作用分析,筛选出关键的生物过程和核心靶点。 PTGS2 被确定为一个关键的重叠靶点。采用与塞来昔布结合的COX-2结构进行分子对接。对共结晶的塞来昔布配体进行重新对接,重现了晶体结构中的结合构象,RMSD为0.876 Å,支持对接方案。 β-β-谷甾醇和亚油酸乙酯对COX-2对接区域表现出预测的相容性,结合亲和力分别为−7.2和−7.5 kcal/mol。 β-选择β-谷甾醇在HBZY-1大鼠肾小球系膜细胞中进行化合物水平的验证。在0.5–10 µM, β-sitosterol 未显著降低细胞活力。在脂多糖(LPS)刺激的细胞中, β-sitosterol 减少 Tnf, Il6,以及 Ptgs2 表达降低,前列腺素 E2(PGE2)生成减少,以及环氧合酶-2(COX-2)蛋白丰度下降。在转化生长因子 β1(TGF-β1)-处理的细胞, β-sitosterol 减少 Col1a1 和 Acta2 表达降低α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)蛋白丰度。这些发现提供了具有假设生成意义的证据,表明 β-sitosterol 可调节系膜细胞模型中的炎症和促纤维化激活,但尚未证实其对 COX-2 酶的直接抑制作用或在慢性肾小球肾炎(CGN)中的治疗功效。
慢性肾小球肾炎(CGN)是一组异质性的肾小球疾病,可进展为慢性肾脏病和终末期肾病1。其特征为持续性肾小球损伤、炎症激活以及进行性纤维化重塑2,3。尽管在部分患者中使用糖皮质激素和免疫抑制剂进行治疗,但许多病例仍难以实现长期疾病控制,且治疗相关不良反应较为常见1,4,5。CGN的进展涉及多种相互作用的病理过程,包括免疫激活、内皮功能障碍、氧化应激以及细胞外基质积聚3,6,7。因此,识别连接炎症反应与促纤维化反应的关键分子节点,可能有助于提出可验证的假说,以指导针对疾病相关干预策略的研究。
Cordyceps sinensis (C. sinensis)在肾脏相关临床及实验研究中已有应用,据报道在多种疾病模型中具有抗炎、抗凋亡和细胞保护作用8,9,10。然而,其潜在活性成分与肾小球肾炎相关靶点之间相互作用的分子机制仍不明确11。鉴于 C. sinensis 成分复杂以及慢性肾小球肾炎(CGN)机制的异质性,网络药理学为筛选潜在化合物-靶点-通路关系提供了有效的研究框架12,13。
本研究整合了化合物筛选、靶点检索、疾病-基因交集分析、功能富集、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、分子对接以及体外验证,以探索C. sinensis候选成分与CGN相关病理过程之间的潜在分子关系。PTGS2(前列腺素内过氧化物合酶2)从化合物-疾病网络中被优先识别为核心靶点,并采用塞来昔布结合的环氧化酶-2(COX-2)结构进行分子对接分析,同时通过重新对接验证其可靠性。根据网络分析结果、分子对接数据以及既往关于抗炎和抗纤维化活性的研究证据,选择β-谷固醇作为代表性候选化合物进行下游验证14,15,16。采用脂多糖(LPS)刺激的系膜细胞评估炎症活化及COX-2/前列腺素E2(PGE2)相关反应,同时构建转化生长因子β1(TGF-β1)诱导的细胞模型以评价促纤维化标志物的表达水平。
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网络药理学与生物信息学分析基于公开可用的数据库,未涉及人类受试者或动物。 体外 实验使用已建立的细胞系进行,根据机构要求无需伦理审批。
候选成分筛选与靶点获取
2025年7月13日,使用“冬虫夏草”作为检索词,从传统中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中获取候选成分及其相应靶点。保留预测口服生物利用度不低于30%且类药性不低于0.18的化合物。共有七种候选成分同时满足上述筛选标准。从TCMSP中记录各候选成分的分子量、口服生物利用度、类药性及其他可获得的药代动力学参数,用于描述性比较。
与保留成分相关的化合物-靶点信息直接从TCMSP下载获得。在构建非冗余靶点集合时,手动去除了重复的靶点条目,但保留了原始的化合物-靶点关系,用于后续网络构建。由于TCMSP提供的靶点名称为全称形式,而非标准化的基因符号,因此将每个靶点在UniProt数据库(访问时间为2025年7月14日)中进行比对,选择对应的人源条目,并将靶点名称转换为其官方基因符号。该标准化的化合物-靶点数据集用于疾病靶点交集分析及化合物-靶点网络分析。
肾小球肾炎相关基因的收集与靶点交集分析
2025年7月14日,使用检索词“glomerulonephritis”从GeneCards、DisGeNET、PharmGKB和Therapeutic Target Database中获取与疾病相关的基因。对于GeneCards,保留相关性评分高于中位数10的条目。根据其他数据库中经过审编的疾病-靶点注释信息,纳入符合条件的条目。基因名称被标准化为官方人类基因符号,并去除重复条目。该过程共获得1,134个唯一的与肾小球肾炎相关的基因。由于检索使用了更广泛的术语“glomerulonephritis”,因此所得数据集被认为与慢性肾小球肾炎相关的分子过程相关,而非特指某一种组织病理学亚型。
使用 R 语言将 TCMSP 数据库获得的化合物相关靶点与疾病相关基因集进行交集分析,共筛选出 23 个交集靶点。采用 R 软件包 venn 绘制维恩图,并利用 Cytoscape 构建和可视化化合物-交集靶点网络。候选成分与交集靶点之间的关系总结于表 1中。
功能富集与蛋白质-蛋白质相互作用分析
使用 R 语言中的 clusterProfiler 和 org.Hs.eg.db 对基因本体(Gene Ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)进行富集分析。基因本体分析涵盖生物过程(biological process)、细胞组分(cellular component)和分子功能(molecular function)三个类别。采用 Benjamini-Hochberg 方法对 P 值进行多重检验校正,保留校正后 P 值低于 0.05 的条目或通路。通过独立生成的柱状图和点状图展示富集的条目和通路。
将23个重叠靶点提交至STRING数据库,选择物种为智人(Homo sapiens),并设置最低相互作用评分大于0.4。将所得的蛋白质-蛋白质相互作用网络导入Cytoscape软件。利用CytoNCA插件,基于节点度(degree)、介数中心性(betweenness centrality)、接近中心性(closeness centrality)、特征向量中心性(eigenvector centrality)、局部平均连接性(local average connectivity)和网络中心性(network centrality)对网络拓扑结构进行评估。枢纽靶点(hub targets)定义为上述六项参数值均高于网络对应中位数的节点。该分析共优先筛选出9个枢纽靶点用于后续解读。
分子对接与再对接验证
采用塞来昔布结合的环氧合酶-2 结构(PDB ID 3LN1)进行分子对接。受体准备过程中保留 A 链及其相关的血红素基团作为受体,移除晶体水分子及共结晶的塞来昔布配体。将塞来昔布的天然构象从 A 链中单独提取,用于重新对接验证。使用 AutoDockTools 添加极性氢原子和 Gasteiger 电荷,并将受体保存为 PDBQT 格式。PDB ID 3LN1 是一种小鼠 COX-2 与塞来昔布结合的 2.40 Å 分辨率结构。β-谷甾醇和油酰乙酸酯的结构取自 PubChem,并使用 Open Babel 进行处理。添加氢原子和 Gasteiger 部分电荷,指定可旋转键,并将每种配体转换为 PDBQT 格式。塞来昔布、β-谷甾醇和油酰乙酸酯均使用 AutoDock Vina,采用相同的受体和搜索参数进行对接。
对接盒以原生塞来昔布结合区域为中心,坐标如下:center_x = 30.9886,center_y = -22.2836,center_z = -16.5072,size_x = 26 Å size_y = 26 Å size_z = 26 Å穷举值设为16,输出构象数设为10,能量范围设为3 kcal/mol。根据最低预测结合能选出最优构象用于可视化分析。为验证对接流程的可靠性,在相同条件下对原晶态塞来昔布进行重新对接,并使用PyMOL计算其晶体结构构象与重新对接构象之间的重原子根均方偏差。当根均方偏差小于2时 Å 被视为参考姿态的可接受重现。位于4Å以内的残基 Å 在 PyMOL 中确定了每个对接配体的结合位点。对接评分和构象应被解读为对结构相容性的估计,而非靶点结合或酶抑制的直接证据。
细胞培养与化合物制备
HBZY-1 大鼠肾小球系膜细胞在含 10% 胎牛血清和 1% 青霉素-链霉素的高糖 Dulbecco 改良 Eagle 培养基中培养,培养条件为 37 °C、5% CO₂ 及湿润环境。所有实验均使用第 2 至 7 代细胞,并在使用前验证无支原体污染。β-谷甾醇和塞来昔布作为化学定义化合物使用。将 β-谷甾醇溶于无水乙醇中,配制成 10 mM 储存液(约 4.15 mg/mL)。必要时,短暂超声处理并加热至 50–60 °C,以获得肉眼可见澄清的溶液。塞来昔布溶于二甲基亚砜中,配制成 10 mM 储存液(约 3.81 mg/mL)。储存液分装后于 −20 °C 保存。 给药前,将储存液直接稀释至预热的培养基中,并立即混匀。
每个实验中均匹配了溶剂的浓度。在细胞活力检测中,由于所测试的最高β-谷固醇浓度为20 µM,因此所有组别的最终乙醇浓度均调整为0.2%(v/v)。在脂多糖(LPS)诱导的炎症实验中,所有组别的最终乙醇和二甲基亚砜浓度分别调整为0.1%和0.01%(v/v)。在转化生长因子-β1(TGF-β1)诱导的促纤维化实验中,所有组别的最终乙醇浓度均调整为0.1%(v/v)。对照组、LPS组和TGF-β1组均加入相应溶剂的等体积溶液。
细胞活力检测
将细胞以每孔100 µL完全培养基中含5 × 103个细胞的密度接种于96孔板中,孵育24 h使其贴壁。为评估β-谷固醇的作用浓度范围,细胞分别与0.5、1、5、10或20 µM的β-谷固醇共孵育24 h。在脂多糖相关的细胞活力检测中,细胞先用1、5或10 µM的β-谷固醇预处理2 h,随后加入1 µg/mL脂多糖继续作用24 h。
处理组包括对照组、0.5 µM β-谷固醇组、1 µM β-谷固醇组、5 µM β-谷固醇组、10 µM β-谷固醇组、20 µM β-谷固醇组、LPS组、LPS联合1 µM β-谷固醇组、LPS联合5 µM β-谷固醇组以及LPS联合10 µM β-谷固醇组。每孔加入10 µL Cell Counting Kit-8试剂,培养板于37°C孵育2小时。随后在450 nm处测定吸光度。通过减去无细胞空白孔的读数来计算细胞活力,并以对照组为基准进行相对表达。每种处理条件在六次独立的生物学重复实验中各设六个技术重复孔。每次实验中的技术重复孔数值取平均值,生成一个生物学重复值用于统计分析。
LPS诱导的炎症活化
进行炎症激活实验时,将HBZY-1细胞以每孔2 × 105个细胞的密度接种于6孔板中,待细胞融合度达到约70%–80%后进行处理。处理前,细胞在添加1%胎牛血清的培养基中维持培养12小时。在脂多糖(LPS)刺激前2小时,加入β-谷固醇或塞来昔布。随后,细胞暴露于1 µg/mL LPS中持续24小时。
实验分组包括对照组、10 µM β-谷甾醇组、LPS组、LPS联合1 µM β-谷甾醇组、LPS联合5 µM β-谷甾醇组、LPS联合10 µM β-谷甾醇组,以及LPS联合1 µM塞来昔布组。塞来昔布作为功能阳性对照,用于抑制COX-2依赖性前列腺素的产生。处理结束后,收集培养上清液用于PGE2测定;细胞则单独收集,用于Tnf、Il6和Ptgs2的定量实时PCR分析,以及COX-2的蛋白质印迹分析。
TGF-β1诱导的促纤维化活化
采用独立的TGF-β1诱导模型评估促纤维化活化。将HBZY-1细胞以每孔2 × 105个细胞的密度接种于6孔板中,并在含1%胎牛血清的培养基中培养12小时后进行处理。细胞先用β-谷甾醇预处理2小时,随后用10 ng/mL重组TGF-β1刺激48小时。
处理组包括对照组、β-谷甾醇(10 µM)、TGF-β1、TGF-β1 + β-谷甾醇(5 µM)以及 TGF-β1 + β-谷甾醇(10 µM)。处理结束后,收集细胞用于Col1a1和Acta2的实时定量PCR分析,以及α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)的蛋白质印迹分析。
定量实时 PCR
采用基于苯酚-硫氰胍的RNA提取试剂,按照制造商提供的说明书从处理后的细胞中提取总RNA。使用分光光度计测定RNA浓度和纯度。仅A260/A280比值在1.8–2.0之间的样品用于逆转录。每个样品取1 µg总RNA,在终体积为20 µL的反应体系中逆转录生成互补DNA。将所得互补DNA用无核酸酶水稀释5倍后用于定量PCR。定量PCR反应总体积为20 µL,包含10 µL 2× SYBR Green预混液、各0.4 µL的10 µM正向和反向引物、2 µL稀释后的互补DNA以及7.2 µL无核酸酶水。扩增程序包括:95 °C预变性30 s,随后进行40个循环(95 °C变性5 s,60 °C退火-延伸30 s)。之后进行熔解曲线分析(65 °C至95 °C),以验证扩增产物的特异性。
检测的基因为 Tnf、Il6、Ptgs2、Col1a1、Acta2 和 Gapdh。Gapdh 作为内参基因。相对基因表达量采用 2−ΔΔCt 法计算,以对照组作为校准样本。引物序列见补充表1。每个样本均进行技术重复三次,共完成六次独立的生物学实验。技术重复所得数值在统计分析前取平均值。
采用酶联免疫吸附测定法检测PGE2
LPS 刺激 24 小时后收集培养上清液,在 4 °C 条件下以 1,000 ×g 离心 10 分钟以去除细胞碎片。根据制造商说明书,采用 commercially available enzyme-linked immunosorbent assay kit 检测 PGE2 浓度。
标准品和样品均以复孔形式加入检测板中。在完成抗体结合和显色步骤后,使用酶标仪在450 nm处记录吸光度。PGE2浓度通过四参数逻辑拟合标准曲线确定,并以pg/mL表示。共分析了六次独立细胞实验的上清液。每个生物学样本的复孔测量值在统计分析前取平均值。
蛋白质印迹
将处理后的细胞加入含有蛋白酶抑制剂混合物的放射免疫沉淀分析缓冲液中裂解。裂解液在冰上孵育30分钟,然后在4 °C下以12,000 × g离心15分钟。使用二辛可宁酸蛋白检测试剂盒测定上清液中的蛋白浓度。取等量蛋白(每泳道30 µg)与上样缓冲液混合,并在95 °C变性5分钟。LPS实验的蛋白在10%十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶上分离,而TGF-β1实验的蛋白则在12%凝胶上分离。分离后的蛋白随后转移至聚偏二氟乙烯膜上。
使用含0.1% Tween 20的Tris缓冲盐水(TBS)配制5%脱脂牛奶,在室温下封闭膜1小时,随后在4 °C下与一抗孵育过夜,所用一抗包括COX-2(1:1000)、α-SMA(1:1000)和GAPDH(1:5000)。COX-2在LPS实验的样品中进行分析,而α-SMA在TGF-β1实验的样品中进行分析。洗涤后,膜在室温下与辣根过氧化物酶标记的二抗(1:5000)孵育1小时。使用增强型化学发光底物显色,并通过化学发光成像系统捕获蛋白条带。COX-2的曝光时间约为10秒,α-SMA为10秒,GAPDH为2秒。
使用 ImageJ 对条带强度进行定量。COX-2 和 α-SMA 信号均以相应的 GAPDH 信号为对照进行归一化处理。Western 印迹实验所用蛋白样品来自六次独立的细胞培养与处理实验。
统计学分析
统计分析使用 GraphPad Prism 软件进行。数据以均值 ± 标准差表示。每项定量分析均进行了六次独立的细胞培养和处理实验,每次独立实验代表一个生物学重复。来自同一次生物学实验的技术重复测量值在统计分析前取平均值,不视为独立的观测值。
在细胞活力检测中,每个生物学实验的每种条件均包含六个技术重复孔。每个生物学样本的定量 PCR 反应均设置三个技术重复,PGE2 测定设置两个重复。Western blot 定量基于六个独立制备的蛋白质样本。因此,每个定量柱状图包含六个独立的生物学重复数据值。
采用单因素方差分析,随后进行 Tukey 多重比较检验,对多个组之间的差异进行分析。双侧 P 值 < 0.05 被视为具有统计学意义。个体生物学重复值与均值和标准差一并显示。
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候选成分筛选、靶点检索与靶点交集
鉴定候选化合物-疾病重叠靶点的工作流程如图1A所示。C. sinensis的7种候选化合物满足预设的筛选标准(OB ≥30% 且 DL ≥0.18),分别为花生四烯酸、亚油酸乙酸酯、β-谷固醇、过氧麦角甾醇、麦角甾醇、棕榈酸胆固醇酯和CLR(表2)。同时,从GeneCards、DisGeNET、PharmGKB和TTD数据库中共检索到1,134个与肾小球肾炎相关的基因,其在四个数据库中的分布情况如图1B所示。对化合物相关靶点集合与疾病相关基因集合进行交集分析,共鉴定出23个重叠靶点(表1,图1C)。相应的化合物-重叠靶点网络如图1D所示,展示了代表性候选化合物、重叠靶点与CGN之间的关系。这些重叠靶点包含多个与炎症调控、细胞凋亡及血管相关信号通路有关的基...
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本研究整合了网络药理学、参考配体验证的分子对接以及化合物水平的实验,以验证从C. sinensis候选成分中推导出的与PTGS2相关的假设。七种成分符合预设的TCMSP筛选标准,其中23个靶点与肾小球肾炎相关基因集重叠。蛋白质相互作用分析筛选出九个核心靶点,选择PTGS2进行分子对接和实验验证。塞来昔布的重新对接重现了其晶体结构构象,而β-谷甾醇和乙酸亚油酯在COX-2对接区域表现出中等程度的预测结合能力。在HBZY-1系膜细胞中,β-谷甾醇可降低脂多糖(LPS)诱导的炎症基因表达、COX-2蛋白水平及PGE2的生成,并减少TGF-β1诱导的促纤维化标志物表达。这些结果将计算筛选结果与细胞表型联系起来,但仅支持一种候选调控关系,而非明确的治疗机制。
富集分析结果表明,重叠靶点涉及与炎症刺激、细胞应激、脂质调控、血管功能及组织重塑相关的生物学过程。对脂多糖和细菌产物反应的富集结果与用于实验验证的炎症模型一致。TNF、IL-17、AGE-RAGE 和 HIF-1 相关通路也为肾小球炎症及不良适应性重塑提供了合理的功能背景
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作者声明不存在任何竞争利益。本研究使用了基于人工智能的工具(ChatGPT,OpenAI)辅助语言润色及示意图的初步设计。生成式人工智能被用于协助绘制图1A和图7的初步图形草稿,随后由作者进行审阅和修改,以确保其与所报告的方法和结果保持一致。所有由人工智能辅助生成的内容均经过作者的批判性评估并获其批准。作者核实了最终的图示内容,并对稿件的完整性与准确性承担全部责任。
本研究由中西医结合肾病特色专科(ZYTSZK2-3)和从慢性病管理角度探讨慢性肾脏病中医干预策略的研究(202240169)资助。
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| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| 无水乙醇 | Sigma-Aldrich/Merck | E7023 | 200 proof,未变性,分子生物学级乙醇;用于β-谷固醇储备液的溶剂。 |
| AutoDock Vina | Scripps Research | Version 1.1.2 | 分子对接模拟 |
| 生物安全柜 | Thermo Fisher Scientific | 1300 Series A2 | 无菌细胞培养操作 |
| 塞来昔布 | MedChemExpress | HY-14398 | 选择性COX-2抑制剂,作为阳性对照;以DMSO配制10 mM储备液。 |
| 细胞计数试剂盒-8 | Dojindo Molecular Technologies, Inc. | CK04 | 基于WST-8的比色法细胞活力检测;在450 nm处测定吸光度。 |
| 化学发光成像系统 | Bio-Rad Laboratories | ChemiDoc MP | Western blot图像采集 |
| clusterProfiler R软件包 | Bioconductor | Version 4.10.0 | GO和KEGG富集分析 |
| CO2细胞培养孵箱 | Thermo Fisher Scientific | Forma Series II 3111 | 细胞培养条件:37 °C,5% CO2 |
| COX-2 (D5H5) 兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 12282 | 经Western blot验证可用于人、小鼠和大鼠COX-2检测;使用稀释比为1:1,000。 |
| CytoNCA插件 | Cytoscape App Store | Version 2.1.6 | 枢纽靶标拓扑学分析 |
| Cytoscape软件 | Cytoscape Consortium | Version 3.8.0 | 网络可视化与分析 |
| 二甲基亚砜 | Sigma-Aldrich/Merck | D2650 | 经无菌过滤的BioReagent级试剂,≥99.7%;用于塞来昔布储备液的溶剂。 |
| DisGeNET数据库 | 整合生物医学信息学组 | 不适用 | 用于检索肾小球肾炎相关疾病-基因信息 |
| 杜氏改良伊格尔培养基(DMEM) | Gibco/Thermo Fisher Scientific | C11995500BT | HBZY-1细胞培养的基础培养基 |
| 增强型化学发光底物 | Beyotime Biotechnology | P0018S | Western blot条带显影 |
| 胎牛血清 | Gibco/Thermo Fisher Scientific | 10099-141C | 细胞培养用血清添加剂 |
| GAPDH (D16H11) 兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 5174 | Western blot上样对照;可识别人、小鼠和大鼠GAPDH;经实验室优化后使用稀释比为1:5,000。 |
| GeneCards数据库 | Weizmann Institute of Science | NA | 检索与肾小球肾炎相关的基因 |
| GraphPad Prism | GraphPad Software | Version 9.0.0.121 | 体外实验数据的统计分析 |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Proteintech Group | SA00001-2 | 用于兔源一抗的二抗 |
| ImageJ软件 | National Institutes of Health | Version 1.54 | Western blot条带密度分析 |
| 倒置相差显微镜 | Olympus | CKX53 | 细胞形态学观察 |
| org.Hs.eg.db R软件包 | Bioconductor | Version 3.18.0 | 用于富集分析的人类基因注释 |
| 青霉素-链霉素溶液 | Gibco/Thermo Fisher Scientific | 15140122 | 细胞培养用抗生素添加剂 |
| PGE2检测试剂盒 | R&D Systems, a Bio-Techne品牌 | KGE004B | 适用于多种物种的细胞培养上清液竞争性ELISA;检测范围为39–2,500 pg/mL;在450 nm处进行比色检测。 |
| PharmGKB数据库 | 药物基因组学知识库 | NA | 疾病相关靶标检索 |
| PubChem数据库 | 美国国家生物技术信息中心 | NA | 配体结构检索 |
| PVDF膜 | Millipore/Merck | IPVH00010 | Western blot蛋白转膜用膜 |
| PyMOL分子图形系统 | Schrödinger, LLC | Version 2.6.2 | 对接构象可视化 |
| R软件 | R统计计算基金会 | Version 4.3.2 | 靶标交集与富集分析 |
| 大鼠肾小球系膜细胞系(HBZY-1) | Procell Life Science & Technology Co., Ltd. | CL-0117 | 体外系膜细胞验证模型 |
| RCSB蛋白质数据库 | 结构生物信息学协作研究组织 | PDB ID: 3LN1 | 获取PTGS2/COX2晶体结构 |
| 重组人TGF-β1蛋白 | PeproTech, a Thermo Fisher Scientific品牌 | 100-21-10UG | HEK293细胞表达的重组人TGF-β1;以10 ng/mL浓度进行促纤维化刺激。 |
| SDS-PAGE电泳系统 | Bio-Rad Laboratories | Mini-PROTEAN Tetra | 通过SDS-PAGE进行蛋白质分离 |
| STRING数据库 | ELIXIR/STRING联盟 | Version 12.0 | 蛋白质-蛋白质相互作用网络构建 |
| TCMSP数据库 | 中药系统药理学数据库 | NA | 筛选冬虫夏草候选化合物 |
| 治疗靶点数据库 | 创新药物研究与生物信息学组 | NA | 治疗靶点检索 |
| α-SMA一抗 | Proteintech Group | 14395-1-AP | 检测α-SMA蛋白表达 |
| β-谷固醇(纯度 >98%) | MedChemExpress | HY-N0171A | CAS 83-46-5;用于细胞处理的明确化合物;以无水乙醇配制10 mM储备液。 |
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