本方案介绍了如何在微孔板读数仪内制备、编程和操作一种集成32孔发光二极管(LED)的微孔板(LEMOS 2.0),用于光遗传学研究,从而实现对微生物培养物的高通量光遗传刺激以及定量基因表达检测。
本方案介绍了如何在微孔板读数仪内制备、编程和操作一种集成32孔发光二极管(LED)的微孔板(LEMOS 2.0),用于光遗传学研究,从而实现对微生物培养物的高通量光遗传刺激以及定量基因表达检测。
光遗传学控制能够实现光激活的基因表达调控,并为活细胞与电子系统之间提供可编程的接口。然而,光遗传学元件的常规原型构建仍受限于基础设施。现有的闭环平台通常需要恒化器、微流控装置、机器人操作或定制的光学传感器,这些设备可能增加成本、降低可及性,或限制测量性能。
本文介绍了 LEMOS 2.0,这是一种用于光遗传学研究的新型发光二极管(LED)集成微孔板,是一种低成本设备,可在标准微孔板读数仪内实现光遗传刺激和基因回路表征。LEMOS 2.0 在原始 LEMOS 平台的基础上进行了改进,将通量从 16 个微孔提升至 32 个微孔,并减少了相邻微孔之间的光泄漏,从而实现了以黑暗条件作为额外的光照状态。该设备由一个三维(3D)打印框架、位于每个微孔旁的可独立寻址 LED、可充电电池以及用于基于蓝牙的无线通信的板载微控制器组成。生物相容性聚二甲基硅氧烷(PDMS)微孔通过复制模塑法直接浇铸到设备中,使得光刺激能够透过透明模具作用于细菌培养物。该设备可适配标准微孔板读数仪,从而实现 光密度和荧光检测。
本方案描述了完整的LEMOS 2.0工作流程,包括设备制造、电路组装、Arduino编程、PDMS微孔板浇铸、酶标仪设置、菌株与培养准备、自动化实验运行、设备清洁以及荧光/OD600数据分析。作为示例,本方案采用了CcaSR光遗传系统,其中sfGFP的表达在绿光照射下被激活,在红光照射下被抑制。LEMOS 2.0旨在使光遗传扰动和基因表达表征更易于湿实验研究人员使用,无需专业的生物反应器或微流控设备,即可实现更快速的设计-构建-测试-学习循环。
光遗传学为活细胞与电子控制系统之间提供了可编程的接口。通过利用光来调控基因表达,可以以高时间精度、可逆性以及对培养基最小干扰的方式激活细胞行为1。当与荧光或生物发光报告系统结合时,光遗传系统能够以电子方式检测生物状态,并通过反馈回路进行调控1。这种双向光学接口已实现对细胞过程的网络遗传控制,包括基因表达、细胞生长和群体组成2,3,4。然而,许多成功的闭环光遗传系统需要专用的恒化器5、微流控装置4,6,7或机器人取样系统2,3,8,这可能限制其可及性,并阻碍常规的设计-构建-测试-学习循环。
酶标仪是测量微生物生长和基因表达动态最常用的仪器之一。它们能够对大量样本提供可靠的光密度和荧光测量结果,支持环境控制,并已整合到标准的合成生物学工作流程中9。然而,标准商用酶标仪的照明光路设计主要用于光学测量,而非在培养过程中对特定孔位进行可编程的光遗传学操控。因此,光遗传学实验通常需要额外的照明装置10,11,12,13,14、在刺激平台与测量平台之间进行机器人转移8,15,或使用定制的读出硬件5,16,17。这些额外步骤会降低时间分辨率,引入操作变异,并使闭环控制变得复杂。
为填补这一空白,此前已开发出用于光遗传学研究的嵌入式LED微孔板(LEMOS)18。LEMOS是一种与微孔板读板仪兼容的装置,其周围分布有可独立寻址的LED,对应各个培养微孔。该装置在整个实验过程中始终置于商用微孔板读板仪内,可在同一平台上实现光学刺激以及荧光/600 nm处光密度(OD600)的检测。在最初的设计中,LEMOS支持16个培养微孔,并已用于演示分批培养条件下开环光遗传刺激及基因表达的闭环反馈控制18。该装置与外部计算机同步,可在检测时间窗口关闭LED照明,从而最大限度减少对荧光和光密度读数的直接干扰。
本方案描述了LEMOS 2.0设备的更新版本及其在微生物培养物中进行光遗传学实验的应用。LEMOS 2.0被重新设计,将可独立寻址的培养微孔数量从16个增加到32个,提高了实验通量,使单次运行中可测试更多条件、重复组或控制器设计。设备设计还进行了改进,以减少光照微孔与相邻暗微孔之间的光泄漏,从而提高暗对照和空间模式刺激实验的可靠性。这些改进使该平台更适用于光遗传学比较表征、多条件控制器测试,以及已被使用微孔板读数仪的实验室常规采用。
LEMOS 2.0 专为需要重复进行 OD600 和荧光测量,并可编程控制红光、绿光、蓝光或黑暗状态照射的微生物批量培养实验而设计。所用酶标仪必须支持动力学 OD600 和荧光检测、温度控制、振荡功能,能够自定义 32 个 LEMOS 微孔的板布局,并能自动将测量文件导出至由 Python 控制脚本监控的文件夹。当前实现方案已使用 BioTek Synergy H1 酶标仪配合 BioTek Gen5 v3.14 软件完成验证;若使用其他酶标仪软件,则需对导出格式、文件解析器及屏幕自动化步骤进行相应修改。由于该设备使用的 LED 发射峰分别为 620–630 nm、515–525 nm 和 465–475 nm,用户应选择其激活和检测光谱与这些通道相匹配的光遗传学效应分子和荧光报告系统19,20。若更换新的宿主菌株、报告分子、光遗传系统、培养基、生长温度、采样间隔或控制器设计,可能需要重新校准 LED 强度、占空比范围、空白校正、荧光归一化参数以及控制器参数。
本方案涵盖了 LEMOS 2.0 的完整工作流程:设备制备、电路组装、Arduino 编程、聚二甲基硅氧烷(PDMS)微孔板浇铸、酶标仪设置、菌株与培养准备、自动化实验运行、设备清洗以及荧光/OD600 数据分析。尽管示例流程聚焦于细菌的光遗传基因表达调控,但该框架同样可适用于其他微生物菌株、荧光报告系统、光遗传效应系统及控制算法。通过将可编程光照与标准酶标仪检测相结合,升级后的 LEMOS 2.0 平台为批量培养中的高通量光遗传扰动及反馈控制实验提供了便捷的实现途径。
所有涉及实验动物的实验操作 Escherichia coli 菌株 MG1655 所有操作均在德克萨斯 A&M 大学指定的生物安全二级(BSL-2)实验室中进行。&M大学。细菌培养与操作均在经认证的二级生物安全柜中进行,并遵循标准防护指南。所有操作均在经德克萨斯农工大学审查并批准的指定防护条件下进行。&M 机构生物安全委员会(IBC),许可编号 IBC2023-044。
1. LEMOS 2.0 框架与 LED 阵列的制造
注意:开始制作 LEMOS 2.0 时,首先通过 3D 打印制作 LEMOS 2.0 框架,并将 LED 灯条置入设备主体。其目标是生成一个机械稳定的框架,使每个 LED 都位于对应的微孔旁边。此阶段 LED 的正确放置至关重要,因为错位会降低刺激均匀性,并增加微孔之间的光学串扰。
2. 电路组装与验证
注意:组装无线设备运行所需的电源、充电、微控制器、开关及 LED 连接。组装完成后,LEMOS 2.0 设备应能通过板载电池运行,通过充电模块充电,并接收来自外围 Arduino 板的 LED 指令。在连接 LED 灯带前,请逐一验证各电源连接,因为错误的电压布线可能损坏微控制器或 LED。
**注意**:本实验方案要求操作者预先熟练掌握焊接技能,包括相应的安全操作规范(例如使用吸烟器、佩戴护目镜及采取防烫伤措施)、电烙铁的维护保养以及基本的通孔/导线焊接技术。不具备相关经验的用户应在尝试本节步骤前接受培训。
3. 中央与外围 Arduino 开发板的编程
注意:对用于无线通信和LED控制的两块Arduino开发板进行编程。中央Arduino(Arduino Nano IOT 33)在实验期间连接至计算机,并负责中继来自Python脚本的指令。外围Arduino(Arduino Nano 33 BLE Rev 2)置于LEMOS 2.0设备中,用于控制LED阵列。在开始实验前,必须为两块开发板加载相应的程序草图。如需获得成功连接到另一设备的视觉指示,请取消Arduino脚本中列出行的注释:中央 – 第34行–37,黄色 LED 闪烁;外围设备 – 第99行–106,绿色 LED 闪烁。请在确认设备间连接成功后重新注释这些代码行。否则,闪烁的 LED 可能在设备置于酶标仪内时亮起,这可能会影响测量结果。
4. 通过复制模塑法制备聚二甲基硅氧烷微孔板
注意:采用复制模塑法,将光学透明的 PDMS 微孔直接浇铸在 LEMOS 2.0 框架内部。21聚二甲基硅氧烷微孔在酶标仪实验期间用于容纳细菌培养物,其底部必须清晰无气泡,以确保光密度测量的可靠性。600 及荧光测量。灰尘、气泡或固化不完全可能导致孔间差异,应在浇铸过程中避免。确保浇铸前通风橱表面清洁,因为聚二甲基硅氧烷中的任何灰尘或碎屑都会损害其光学透明度,导致光密度读数不一致。600 微孔读数。
**注意:** 处理未固化的PDMS时,请在通风橱内操作。避免皮肤接触固化剂。
5. 微孔板读板机配置与数据导出流程设置
注意:请配置酶标仪,以获取与 LEMOS 2.0 兼容的动力学测量数据并实现数据导出的自动化。该仪器必须能识别自定义的 LEMOS 2.0 微孔板布局,并采集光密度600 并在设定时间间隔进行荧光测量,将数据文件导出至由 Python 控制脚本监控的文件夹。在生物实验前使用无菌培养基进行基线测量,以确认 PDMS 微孔和酶标仪设置能产生一致的读数。本方案使用通过 BioTek Gen5 软件 v3.14 操作的 BioTek Synergy H1 微孔板读数仪。
6. 用于 LEMOS 2.0 实验的细菌培养物制备
注意:为 LEMOS 2.0 光遗传学时间进程实验准备细菌培养物。培养物制备需谨慎,因为起始密度和实验前的光照暴露会影响所测得的基因表达动态。演示菌株为 Escherichia coli (E. coli) 携带 pSR58.6 与 pNO286-3 的 MG165522pSR58.6 质粒包含超折叠绿色荧光蛋白sfgfp) 在 P 条件下cpcG2 以及组成型表达的CcaR、氯霉素抗性基因和一个pColE1复制起点。pNO286-3包含组成型表达的CcaS、壮观霉素抗性基因和一个p15A复制起点。这些质粒共同重建了一个绿光诱导、红光抑制的基因表达系统。pSR58.6和pNO286-3被转化至化学感受态细胞中。 E. coli MG1655 采用标准热激转化法23将培养板置于盒中,以保护细胞免受环境光影响,避免光遗传学回路过早激活。
7. LEMOS 2.0 光遗传学时间进程实验的启动
注意:启动自动化 LEMOS 2.0 实验需协调微孔板读数仪、中央 Arduino 控制板及 Python 控制脚本。运行期间,计算机负责协调微孔板读数仪测量、数据导出、蓝牙通信及 LED 驱动。必须保持 Gen5 软件窗口可见,因为 Python 脚本需基于屏幕自动化与微孔板读数仪软件交互。成功启动的标志包括:预期文件夹中出现导出的数据文件、终端输出确认蓝牙通信正常,以及每个控制间隔 LED 指令均得到更新。
8. 设备清洁、PDMS 去除与电池充电
注意:实验结束后,请清洁并重置 LEMOS 2.0 设备。移除细菌培养物和已使用的 PDMS 微孔,对可重复使用的框架和外壳进行消毒,并为下一次运行充电。清洁过程中,请避免将非 LED 电子组件暴露于乙醇中或使其受到过度的机械力。
9. 荧光与生长动态分析
注意:同步处理荧光信号与光密度值600 LEMOS 2.0 实验期间生成的数据。分析笔记本导入导出的酶标仪数据,应用空白和阴性对照校正,计算归一化荧光值,并生成时程曲线图。运行笔记本前,请确认微孔分配和条件标签与实验布局相符。
10. 故障排除
LEMOS 2.0 是一种具有32个微孔、兼容微孔板读数仪的平台24,可用于程序化光遗传学刺激和定量基因表达检测(图2A、B)。每个微孔均配备一个独立寻址的WS2812B发光二极管(LED),由Arduino Nano 33 BLE Sense Rev2通过Adafruit_NeoPixel库进行控制。该设备通过蓝牙与外部计算机通信,可在实验过程中实时更新光照指令。使用前,通过复制模塑法将新鲜的PDMS微孔浇铸至设备中(图2C、D)。在30 °C条件下,于LEMOS 2.0中在LED持续光照下培养的E. coli菌液在各微孔间表现出可重复的生长曲线,表明该设备支持在整个实验过程中进行细菌培养及微孔板读数仪检测18(图2E)。此外,在不同光照条件下,生长曲线相似,表明在此实验设置下,LED照射对细胞生长无显著影响。
为了展示光遗传学基因表达调控,采用了CcaSR v3.0系统22,这是一种由绿光激活、红光抑制的双组分系统,可调控sfGFP的表达(图3A)。在绿光照射下,CcaS发生自磷酸化,并将磷酸基团转移至响应调节因子CcaR,后者形成二聚体以激活PcpcG2启动子依赖的sfGFP表达。在红光照射下,CcaS发生去磷酸化,从而降低PcpcG2的活性并抑制sfGFP的表达。将CcaSR质粒转化至E. coli MG1655中,并用于本实验方案所述的实验(图3B)。实验过程中,微孔板读数仪每10分钟测量一次OD600和荧光值。为防止LED光照干扰光学测量,在每个10分钟间隔的开始和结束测量窗口期间,程序设定LED关闭(图3C)。
首先通过将黑暗条件下的微孔垂直或水平放置在持续绿光照射的微孔旁边,评估孔间串扰(图3D)。与无光照邻近微孔的黑暗微孔相比,毗邻持续绿光微孔的黑暗微孔在表达水平上未显示出显著增加,表明微孔之间的光泄漏极小。基于这些结果,在后续实验中采用255分之1的脉冲宽度调制(PWM)值,以在提供足够光刺激的同时最小化孔间串扰。
随后采用开环刺激来确定基于 LEMOS 的光遗传学控制的控制参数。该控制参数为绿光占空比,定义为每个激活照明窗口中分配给绿光的时间比例,其余照明时间则分配给红光。每个控制间隔持续 10 分钟,其中 LED 照明开启 8 分钟,关闭 2 分钟,以避免干扰酶标仪的测量。5% 至 80% 的绿光占空比可产生梯度化的 sfGFP 表达,表明占空比可作为光遗传调控的可调输入参数(图 3E)。当占空比从 5% 增加到 40% 时,表达速率上升;而在更高占空比下,表达速率无显著进一步增加(图 3F),提示系统在较长绿光刺激下趋于饱和。
最后,通过实施闭环反馈控制,验证 LEMOS 2.0 是否能够动态调节基因表达以达到预设的目标值25(图 4A)。控制系统各组成部分分配如下:执行器——LED,控制器——运行 PID 脚本的外部计算机,测量输出——经 OD600 标准化的 sfGFP 荧光强度。控制器将测得的 FL/OD600 值与设定的目标值进行比较,并更新下一个 10 分钟时间间隔内的绿光占空比。采用比例-积分-微分(PID)控制,其中每个周期中绿光照射的持续时间 tgreen 的计算公式如下:

其中,e(t) 表示在时间 t 时测得的 FL/OD600 信号与设定值之间的误差。K 为比例增益,τI 为积分时间常数,τD 为微分时间常数。闭环控制参数是基于此前报道的生长阶段基因表达模型(GEAGS 模型)选定的26。使用这些参数后,测得的信号能够趋近并跟踪目标 FL/OD600 设定值(图 4B)。
相应的占空比指令如图4C所示。柱高表示在每个8分钟光照窗口期间提供的绿光比例。占空比指令以离散的步长变化,因为控制器每10分钟更新一次输入。当sfGFP表达接近设定值时,绿光照射减少,红光照射增加。当测量信号达到设定值后,仍观察到较低水平的绿光输入。这种残余控制输入可能反映了微分项对设定值附近表达速率急剧变化的响应。这些结果表明,LEMOS 2.0能够在分批培养中实现基于模型引导的光遗传基因表达PID反馈控制。

图 1:实验过程中 LEMOS 2.0 软件的设置。示例截图显示在 VS Code 中运行的 Python 控制脚本(左侧),LED 命令在终端中逐条显示,同时发送至 Arduino 微控制器。文件资源管理器面板中可见包含主脚本及关联函数模块的项目目录。右侧的酶标仪软件显示一个正在进行的动力学测量循环;在每个循环结束时,Python 脚本通过 Gen5 接口自动触发下一次运行,并相应更新 LED 占空比命令。请点击此处查看此图的放大版本。

图 2:LEMOS 装置的构建与细胞生长特性表征。(A)LEMOS 装置的分解示意图,显示了 PDMS 微孔、刺激用 LED、电池、开关、微控制器、充电模块、装置框架和外壳。(B)组装完成的装置,其中 PDMS 微孔内充满去离子水。(C)在 LEMOS 装置中成型的 PDMS 微孔。改编自 Namboothiri 等(2026)18,采用 CC BY 4.0 许可。(D)用于微孔成型的 3D 打印模具。(E)大肠杆菌(E. coli)在 LEMOS 中于 30 °C 条件下的生长曲线(每组技术重复数 N = 3,分别在持续绿色光、红色光照射以及黑暗条件下培养)。请点击此处查看该图的放大版本

图3:LEMOS 中光遗传系统的表征及开环控制动力学。(A)CcaSR 双组分光遗传系统的质粒图谱:绿光(522 nm)激活 CcaS/CcaR 以促进 sfGFP 表达,红光(620 nm)则抑制表达。(B)使用 CcaSR 光遗传系统进行光遗传实验的操作流程。(C)LEMOS 操作示意图。在 12 小时的时间过程中,设备始终置于微孔板读数仪中。读数仪测量 sfGFP 荧光和 OD600, 然后将数据流传输至计算机,由计算机进行时间控制并运行 Arduino 程序。Arduino 程序指令板载微控制器在每次测量期间暂时关闭 LED 照明。改编自 Namboothiri 等(2026)18,采用 CC BY 4.0 许可。(D)绿光干扰对黑暗条件下未受刺激细胞的影响。在孔板布局中,绿色方框表示接受绿光照射的微孔(N = 9),灰色方框表示处于黑暗条件且周围微孔无光照干扰的微孔(N = 6),紫色方框表示垂直相邻于绿光微孔的黑暗微孔(N = 3),黄色方框表示水平相邻于绿光微孔的黑暗微孔(N = 3),蓝色方框表示装有对照菌株用于测量自发荧光的绿光微孔(N = 2)。(E)LEMOS 中以不同绿光占空比(5–80%,N = 3)作为驱动参数的开环响应。实线表示均值;阴影区域表示标准差。(F)在对数生长期中,不同占空比下的平均表达速率。N 表示技术重复次数。请点击此处查看该图的放大版本。

图 4:LEMOS 2.0 中的闭环反馈控制。(A)闭环操作示意图:微孔板读数仪作为传感器用于测量 FL/OD600,计算机作为控制器,LEMOS 2.0 装置通过驱动 LED 调控基因表达。该过程涉及活体细菌细胞中的基因表达。改编自 Namboothiri 等(2026)18,采用 CC BY 4.0 许可。(B)比例-积分-微分(PID)控制对 FL/OD600 设定点(SP = 18.5 × 105 a.u.)的跟踪结果。恒定光照对照组为绿色和红色(N = 3)。设定点跟踪运行结果以橙色线条表示(N = 3)。实线表示 FL/OD600 的平均值;阴影区域表示标准差。虚线表示设定点。(C)PID 控制器在闭环设定点跟踪过程中生成的典型占空比指令。柱高表示每个照明区间内提供的绿光比例。N 表示技术重复次数。请点击此处查看该图的放大版本。
| 平台 | 培养形式 | 检测方式 | 已实现的反馈控制 | 生长模式 | LEMOS 2.0 解决的限制 | |
| LEMOS 2.0 | 在酶标仪中使用32个PDMS微孔 | 商用酶标仪 | 基于模型的PID设定点追踪 | 振荡分批培养 | 本研究 | 本研究 |
| LEMOS 1.0 | 在酶标仪中使用16个PDMS微孔 | 商用酶标仪 | 基于模型的PI和PID设定点追踪 | 振荡分批培养 | 通量较低;暗条件兼容性有限 | 18 |
| 自动浊度恒定系统 + 机器人取样 | 浊度恒定系统 | 流式细胞术 + 光密度传感器 | PI、PID、MPC设定点追踪 | 连续培养 | 需要机器人取样;检测与调控之间存在延迟 | 2, 3 |
| 母细胞机器显微系统 | 单细胞微流控 | 活细胞显微成像 | 单细胞反馈 / MPC | 连续灌注 | 需要专用的微流控装置和显微镜 | 4, 6, 7 |
| Chi.Bio | 微型化浊度恒定系统 | 内置光密度/荧光传感器 | PI设定点追踪 | 连续培养 | 内置传感器的动态范围限制了荧光反馈性能 | 5 |
| Light Tube Array | 培养管 | 外部光密度/流式细胞术 | 仅开环控制 | 振荡分批培养 | 需手动取样;在线生长检测能力有限 | 10 |
| LAVA / LITOS / RainbowCap / Diya | 多孔光照装置 | 商用酶标仪 | 仅开环控制 | 分批培养 | 刺激与检测分离;自动化程度有限 | 12, 13, 14, 15 |
| Lustro | 96孔板光照系统 | 商用酶标仪 | 仅开环控制 | 分批培养 | 需要在刺激与检测之间进行机器人转移 | 8 |
| RT-OGENE | 兼容多孔板/微流控的载物台 | 基于相机的光密度/荧光检测 | 尝试闭环控制;受限于检测方式 | 静态分批培养 | 基于相机的检测和静态培养限制了控制性能 | 16 |
| optoPlateReader | 定制的96孔读数/刺激装置 | 内置光电二极管 | 开关式设定点追踪 | 振荡分批培养 | 报告基因/滤光片依赖性及较低的荧光灵敏度限制了检测灵活性 | 11,17 |
表1:LEMOS 2.0 与现有光遗传学平台的比较2,3,4,5,6,7,8,10,11,12,13,14,15,16,17,18。
补充图1:组装示意图。(A)设备内部弯曲的LED灯带和模制灯带。(B)Nano BLE Sense Rev 2焊接至升压转换器,升压转换器再焊接至电池充电模块。(C)“JST PH 2针电缆 – 母头连接器 100 mm”的原始版本与修改版本。(D)原始开关、修改后的开关、焊接的红色JST PH电缆,以及在底行两侧两个引脚之间焊接的短跳线。(E)将开关集成到电路组件中并为电路供电。(F)使用热熔胶固定的LED及LED灯带的侧视图。 请点击此处下载该文件。
补充图2: Arduino IDE 设置截图。(A)开发板管理器截图,显示搜索其中一个所需开发板的过程。(B)库管理器截图,显示两个所需的库。 请点击此处下载该文件。
补充文件 1. LEMOS 接线图。 请点击此处下载该文件。
补充文件 2:在 Gen5 中为 LEMOS 2.0 设置自定义板布局的方案。请点击此处下载该文件。
补充文件3:补充文件2中所述软件操作步骤的截图。 请点击此处下载该文件。
补充视频 1:包含以下步骤的组装视频。将 LED 灯带装入框架,使用热熔胶固定 LED 灯带,连接 LED 灯带之间及至电源的导线,以及最终与电子电路的组装。 请点击此处下载该文件。
本方案描述了LEMOS 2.0的制备与操作方法,LEMOS 2.0是一种嵌入LED的32孔微孔板,可在标准微孔板读数仪内进行光遗传学刺激及反馈控制实验。代表性实验表明,LEMOS 2.0支持微生物生长(图2E),在光照条件下未观察到显著的光毒性。此外,LEMOS 2.0减少了光泄漏至相邻暗条件微孔的现象(图3D),从而提高了暗对照及空间模式化刺激实验的可靠性。同时,LEMOS 2.0实现了基于占空比的光遗传学操控(图3E),并可在分批培养中实现基因表达的闭环PID控制(图4B)。
在光遗传学实验中,光漂白是一个重要的考虑因素,因为相同的光学工作流程既用于光刺激,也用于荧光信号读取27。LEMOS 2.0 使用商用 RGB LED,其包含三个发射峰分别位于 620–630 nm(红光)、515–525 nm(绿光)和 465–475 nm(蓝光)的二极管19。因此,在选择荧光报告蛋白和设定 LED 工作强度时,应尽量减少光刺激波长与荧光报告蛋白激发光谱之间的光谱重叠,同时维持足够的光输入以实现有效的光遗传调控。在本实验方案中,采用了 CcaSR 系统,其对绿光和红光的响应位于该系统已报道的广泛激活与失活波段内22,并使用 485 nm 激发光检测 sfGFP 荧光。由于用于 CcaSR 调控的绿光和红光刺激波长与 sfGFP 的激发波长相分离,且 LED 输出强度已降至 PWM 强度 1/255 仍能实现稳健的光遗传调控,因此 LED 刺激引起的光漂白预计非常有限。在长时间的时间过程实验中仍可能发生一定程度的光漂白;然而,在本研究所采用的条件下,其程度不足以掩盖所测得的光遗传诱导效应、占空比响应或闭环追踪动力学特征20。
多个步骤对于确保可靠性能至关重要。在制造过程中,每个LED必须与相应的微孔对齐,以保持刺激的均匀性并减少光学串扰。在电路组装过程中,升压转换器必须在连接微控制器和LED灯带之前设置为5 V。PDMS浇铸也需特别注意,因为气泡、灰尘、碎屑或固化不完全可能改变微孔底部的光学透射,导致OD600或荧光基线不一致28。因此,在进行生物学实验前,应使用无菌培养基进行基线测量。如果观察到某些孔的OD600读数相对于板上其他孔存在显著差异,则应检查这些孔是否存在前述制造缺陷。根据问题的严重程度,应将受影响的微孔从分析中排除,或完全重新浇铸微孔。
软件配置是导致实验失败的另一个常见原因。当前的工作流程依赖于酶标仪方法、Gen5 数据导出、Python 控制脚本,以及中央与外围 Arduino 板之间的蓝牙通信协调运行。导出路径和文件格式必须与 Python 脚本所预期的结构相匹配,并且在运行过程中 Gen5 窗口必须保持可见,因为自动化操作依赖基于屏幕的交互。在开始实验之前,应将 LEMOS 设备连接至中央 Arduino 板,并运行测试程序以验证所有 LED 均能正常点亮;在接种细菌培养物前,需识别并处理任何无响应的 LED,否则未被发现的故障将导致实验过程中光照条件失控。若用户将该工作流程适配至其他型号的酶标仪或软件平台,应保持相同的时序、测量、导出和解析逻辑,同时根据需要调整自动化层。
LEMOS 通过实现与测量时间间隔同步的自动执行操作,从而形成闭环控制18。本文对最初的 LEMOS 装置进行了升级,将微孔数量加倍,以提高通量。此外,优化后的微孔几何结构最大限度地减少了孔间光泄漏,使得在同一实验中可同时在光照和黑暗条件下测试光遗传回路。LEMOS 2.0 目前支持分批培养实验。由于在分批培养过程中,生长速率、资源可用性以及基因表达动态会发生变化,因此可能需要针对其他菌株、报告系统、光遗传系统或培养条件,重新校准 LED 强度、占空比范围、采样间隔和控制器参数等20。本文在表 1中提供了 LEMOS 2.0 与先前开发的用于开展光遗传学研究的平台之间的详细比较。未来的版本可引入板内通道或储液池,以实现培养基的可控交换与稀释,从而在维持更稳定生长条件的同时支持更长时间的实验。其他设计改进还可支持不同波长的 LED,或降低对基于屏幕的软件自动化的依赖。
作者声明无利益冲突。
作者 B.J.、T.S.B. 和 H.R.N. 获得了德克萨斯农工大学系统校长研究卓越计划的支持。&M 工程实验站。
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| 微型升压模块 3.7 V 至 5 V/8 V/9 V/12 V 升压板 带 LED 指示灯 | Amazon (Teyleten Robot) | ASIN: B0B4TB9QNY | [https://a.co/d/03ASKZPq](https://a.co/d/03ASKZPq) |
| Nunc OmniTray 单孔培养皿 | Thermo Scientific | 242811 | 外壳 |
| pNO286-3 | Addgene | 质粒 #107746 | 编码组成型表达的 CcaS |
| pSR58.6 | Addgene | 质粒 #63176 | 编码组成型表达的 CcaR 以及在 PcpcG2 启动子控制下的 sfGFP |
| 电烙铁和焊锡 | Various | — | 建议:细尖烙铁,使用助焊剂芯或松香芯焊锡。 |
| 壮观霉素(50 mg/mL 储存液) | Various | — | 工作浓度 50 µg/mL |
| 无菌培养管(14 mL 圆底) | Various | — | |
| SYLGARD 184 硅橡胶弹性体(基础剂 + 固化剂) | SYLGARD 184 | 固化剂与基础剂质量比为 1:10 | |
| USB-A 转 Micro USB 数据线 | Various | — | 用于将 Arduino 开发板连接至计算机。必须为支持数据传输的线缆,而非仅用于充电的线缆。 |
| USB-A 转 USB-C 充电线 | Various | — | 连接至电池充电模块 |
| 真空干燥器及真空泵 | Various | — | 用于对 PDMS 脱气 |
| WS2812B IC SPI RGB 像素 LED 灯带,100 LED/m,DC5V,IP30,黑色 | Amazon (BTF-LIGHTING) | ASIN: B088B8G8LD ; BTF-LIGHTING 部件号: WS2812B1M100LB30 | 可单独寻址的 LED 灯带。100 LED/m。电压:5 V。IP30 表示防水等级。黑色优于白色,因其反光较少。 |
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