本方案描述了通过延时显微镜对来自年轻或衰老前体细胞的酿酒酵母 Saccharomyces cerevisiae 配子进行基于微流控技术的寿命分析。
本方案描述了通过延时显微镜对来自年轻或衰老前体细胞的酿酒酵母 Saccharomyces cerevisiae 配子进行基于微流控技术的寿命分析。
Saccharomyces cerevisiae 通过不对称细胞分裂逐渐衰老,将与年龄相关的损伤保留在母细胞中,同时产生年轻的子细胞。配子形成过程能够完全重置老化细胞的复制性寿命,从而将衰老时钟回拨至下一代。尽管酵母中配子形成介导的年轻化现象已有报道,但尚缺乏高通量定量评估复制性寿命重置的技术。此前用于量化配子形成后年轻化程度的方法局限于低通量、劳动密集型的操作,依赖对单个细胞进行反复的手动显微操作。本文详细描述了一种基于微流控技术的显微镜检测方法,可实现对 S. cerevisiae 配子形成过程中年轻化所需因素的系统性表征。该方法利用两种惰性遗传修饰,实现基于微流控平台对配子复制性寿命的评估。在完成年龄分选和四分体解离后,将条件性不育的配子加载至基于微流控的成像装置中,并通过配子特异性标记物进行识别。长期的延时成像可实现对来自年轻和老化前体细胞的配子复制性寿命进行可靠追踪与比较。本文提供了一个分步操作方案,可用于系统性定量配子寿命,并高通量鉴定介导 S. cerevisiae 配子形成过程中细胞年轻化的分子因子。
Saccharomyces cerevisiae 细胞在有丝分裂过程中通过不对称分裂进行复制性衰老,将与年龄相关的损伤保留在母细胞中,同时产生年轻的子代细胞1,2,3,4。因此,酵母的复制性寿命是有限的,定义为单个母细胞在最终分裂并进入衰老和死亡之前所产生的子代细胞数量。引人注目的是,如果一个年老的 S. cerevisiae 细胞完成减数分裂(配子形成),所有产生的配子的复制性寿命将被完全重置,使其无法与来自年轻前体细胞的配子相区分5,6,7,8,9(图1A)。自从首次发现酵母中减数分裂过程中的年轻化现象以来,已鉴定出多个在减数分裂期间清除年龄相关损伤的重要因子,但由于缺乏高通量技术,研究这些通路对配子寿命影响一直存在挑战6。历史上,配子复制性寿命的量化依赖于使用荧光显微解剖显微镜人工计数细胞分裂次数,即通过连续计数并手动移除产生的子代细胞,在数天内完成对配子复制性寿命的评分7。尽管该技术可用于分析配子的复制性寿命,但其劳动强度大且耗时,导致过去十年中该方法在领域内的应用极为有限10,11。自首次发现减数分裂年轻化以来,尚未有特定的分子通路被证实直接参与该过程7,这一事实凸显了现有技术的局限性,以及建立一种自动化、高通量检测方法的迫切需求。
近年来,基于微流控的新方法已取代通过显微操作对复制寿命进行定量分析,从而无需手动分离子代细胞12. 已设计出不同的捕获装置,用于在成像室中捕获并保留母细胞,在其整个复制性寿命期间持续灌注新鲜培养基,同时将新形成的子代细胞冲走。通过并行设置多个成像室,可在单次实验中于数天内对不同遗传背景的数百个细胞进行复制性寿命的测定。13,14,15,16,17,18,19尽管基于微流控的技术目前已被广泛用于研究营养生长状态下的单倍体酵母细胞,但该技术在酵母配子复制性寿命测定中的应用迄今尚未见报道。
使用微流控装置评估 S. cerevisiae 配子复制寿命存在三大技术与生物学障碍。首先,在配子形成过程中,二倍体酵母细胞经历两次减数分裂,形成一个紧密排列的四分体,其中包含四个单倍体配子,两种交配类型 MATa 和 MATα 以 2:2 的比例分离(图 1A)。因此,当将 MATa 和 MATα 配子载入微流控装置时,分泌的交配信息素会诱导邻近细胞产生交配反应,导致细胞生长停滞、形态异常,并造成微流控装置堵塞。其次,四分体子囊中的四个配子在萌发过程中不会自然分离。因此,若不进行人工分离,只能将完整的四分体捕获于微流控腔室中。未分离四分体的捕获效率较低,且四个仍相连的配子各自的分裂过程难以追踪,使得无法评估每个单独配子的复制寿命。第三,若在载入微流控装置前将四分体分离为单个配子,则这些配子显著小于营养生长状态的细胞,无法被标准捕获结构所捕获(图 2A–C)。
为了克服这些局限性,Spiri 等人于 2026 年9结合了惰性遗传修饰、四分体分离与配子出芽生长以及配子特异性标记,实现了基于微流控技术的高通量配子复制性寿命定量分析,并对酿酒酵母(S. cerevisiae)中配子发生过程中细胞 rejuvenation 所需的因素进行了表征(图 1B–F)。首先,为防止萌发后交配,同时不影响常规遗传杂交,研究人员构建了一种条件性不育等位基因(图 3A)。其次,为了将四分体分离为单个配子,采用了 Zymolyase 处理(可削弱孢子外壁)并结合机械操作。第三,为了高效识别配子(即使在分离后以及使用标准微流控捕获装置所需的短暂出芽生长之后),引入了一种长寿命且稳定保留的配子特异性荧光报告系统。利用该方法,可从先前分选的年轻和衰老前体细胞来源的单个配子中进行分离,并将其加载至微流控装置中,进行长达 72 小时的连续延时成像,从而实现对来自年轻和衰老前体细胞的配子复制性寿命进行定量分析与比较9。本文所述的详细实验方案显著提高了对年轻和衰老前体细胞中配子寿命分析的可行性与通量,有助于直接鉴定介导配子发生过程中细胞 rejuvenation 的分子通路。
本实验方案中所用试剂和设备的详细列表见材料表。
1. 创始细胞的复制性衰老
注意:以下方案中所有实验均在具有 SK1 遗传背景的二倍体 S. cerevisiae 细胞中进行,其基本遗传背景如下:pPMA2-PMA2-eGFP, ste5::NATR-pTet07.1-STE5, pRNR2-TetR-TUP1, pTetO7.1-TetR, flo8Δ, amn1D368V。所有在玻璃烧瓶中培养的菌液,其培养体积不得超过烧瓶体积的 1/5,以确保充分通气。
2. 老年始祖细胞的分离
注意:将 PBS(pH 7.4)+ BSA(5 g/L)在 4 °C 下保存,并在实验过程中保持冰上放置。
重悬细胞沉淀时,应确保充分重悬并混匀,以避免堵塞柱子并最大化分选效率。为提高衰老细胞群体的纯度,通过将第一次分选柱的流出液重新加载至新的第二根分选柱,进行连续两次分选。该操作可获得衰老细胞群体,且来自年轻细胞的污染极少(纯度为 90–98%)。衰老细胞对机械应力敏感;使用移液管轻柔地吹打重悬细胞沉淀。
3. 芽痕和生物素的荧光标记
注意:用荧光染料标记细胞时,孵育过程中应避免光照。在诱导配子形成后5小时,将标准配子形成诱导培养基中的配子形成诱导培养物经滤膜除菌,即可获得条件化配子形成诱导培养基。将条件化配子形成诱导培养基用封口膜密封后于4 °C保存。
4. 配子发生的诱导及年龄分选分析
警告:甲醛具有毒性且对人有刺激性;操作时应在化学通风橱中进行,并穿戴适当的个人防护装备(PPE)。
5. 图像分析以评估生物素标记效率及芽痕数量
暂停点:验证年龄分选效果的图像分析可在最方便的任意时间点进行。但建议在继续本方案其余步骤之前,先确认分选效率。
注意:图像使用自定义的半自动化 Fiji/ImageJ(ImageJ2,V. 2.14.0/1.54m)20,21 宏进行量化。每个宏的输入参数相关具体说明已在宏的头部注明,需根据各自的输入数据进行相应调整。
6. 评估减数分裂的效率并分析四分体的年龄
注意:必须重新验证四分体的年龄分离,以排除减数分裂过程中因年龄相关因素导致的细胞去富集现象。采用与步骤5中所述相同的分析流程(用于分析生物素标记效率和出芽疤痕数量的图像分析),但区别在于,仅对减数分裂后条件下的四分体进行裁剪并用于分析,因为只有四分体内的配子才能在Zymolyase处理中存活,从而构成配子群体。图像通过自定义的半自动化Fiji/ImageJ(ImageJ2,V. 2.14.0/1.54m)20,21宏进行量化分析。各宏对输入参数的具体说明已在每个宏的头部注释中注明,需根据各自的输入数据进行相应调整。
暂停点:在进行孢子分离操作时,可取出初始培养物的等分试样(100 μl)置于离心管中留作计数,用于后续孢子形成效率的统计。
7. 四分体分离为单个配子
注意:经Zymolyase处理后,细胞具有很强的粘性;重悬细胞沉淀时需小心操作,避免吸出或丢失细胞。YPD(含2%葡萄糖)中加入氨苄青霉素(100 µg/mL)需在实验当天新鲜配制,并经滤膜除菌,以去除任何不必要的杂质或沉淀物。
注意:β-巯基乙醇具有毒性和挥发性;须在通风橱中操作,并穿戴适当的个人防护装备。
8. 微流控装置制备
注意:本节描述了根据制造商的建议,使用倒置荧光显微镜和环境控制培养室搭建微流控装置(图2A–C)的操作流程。在整个搭建过程中,使用70%乙醇对工作区域、剪刀、管路和手套进行消毒,以降低污染风险。为减少实验过程中细胞聚集和堵塞的风险,需在培养基中添加Pluronic F-127。实验前一天,将5 g Pluronic F-127粉末(10 g/L)溶解于500 mL YPD(2%葡萄糖)培养基中,加入氨苄青霉素(100 µg/mL),并在使用前1–2小时进行过滤除菌。在微流控装置搭建过程中,确保培养基注射器和管路中无残留气泡。
9. 配子加载至微流控装置
注意:所有条件下的细胞加样必须在1小时内完成,以避免配子过早发生细胞分裂。若未做到,将导致新生成的子代细胞稀释配子,从而影响对总复制性寿命的精确评估。针对每种条件和基因型,需加载两个成像单元,以获得两个技术重复样本用于分析。
10. 图像采集
注意:一旦泵开始运行并完成质量控制,需在 t0 时间点对每个腔室的 FITC 和明场通道进行全视野成像(包含被捕获细胞的区域),以识别配子(图 1E 以及 图 3D、E)。成像条件取决于具体系统和实验需求,可相应调整。例如,使用 40 倍物镜,每个位置在 FITC 和明场通道中采集 2 × 27 张图像,并采集三层 z 轴切片,层间间距为 3–8 µm,以补偿单个单元内不同区域的焦平面差异。在完成 t0 时间点的图像采集后,对同一视野进行时间间隔为 15–20 分钟的延时成像,持续 72 小时,以覆盖配子的完整复制寿命(图 3D、E)。延时成像仅在 DIC 通道中进行,以避免在 FITC 通道中反复成像导致的累积光毒性。
11. 样品纯化
12. 配子复制性寿命分析
注意:为量化时间延时实验结束后配子的复制寿命,需对图像进行处理,并统计配子的复制寿命(图1F)。图像处理方法取决于显微镜配置和具体需求。简而言之,将每种条件(同一成像单元)下的明场时间延时图像拼接成一个超堆栈。如有必要,对明场时间延时超堆栈和 t0 FITC 图像进行裁剪和重设尺寸,使特定点的 X-Y 坐标在所有图像中保持一致。使用自定义的半自动化 Fiji/ImageJ(ImageJ2,V. 2.14.0/1.54m)20,21 宏对图像进行量化分析。各宏的输入参数具体说明见其头部注释,需根据各自的输入数据进行相应调整。每种基因型和条件下,每个技术重复需测量 200 个细胞的复制寿命。将两个技术重复的计数结果合并,以获得可靠的复制寿命测量值。重复整个实验以获得独立的生物学重复。
暂停点:在完成实验方案的实验部分后,可在任意方便的时间点进行图像分析,以评估配子的复制寿命。
评估复制性年龄分离及配子形成效率
为了比较不同年龄前体细胞来源配子的复制寿命,必须确保细胞群体具有足够的年龄差异和纯度。为了将获得的衰老细胞群体纯度提高至90–100%,对标准的年龄分离方案进行了关键性改进,即在第一次分选后,将衰老细胞的洗脱液重新加载到新的层析柱上进行第二次分选9。为了评估经过两次分选的衰老细胞和年轻细胞群体的纯度与年龄,需进行芽痕和生物素染色,并对每种条件下的约50个细胞进行成像。麦芽凝集素(Wheat germ agglutinin)可特异性结合芽痕,芽痕是酵母细胞壁上富含几丁质的环状结构,每次出芽后均会留下一个,因此可揭示细胞精确的复制年龄(图1C 和 图4A)22。配子发生前细胞的图像按照方案第5步中描述的图像分析流程进行分析。
本研究所描述的连续分选方案能够稳定获得年轻细胞群体,其中生物素标记的细胞仅占约3.63%,平均复制年龄为1.16;而衰老细胞群体中生物素标记的细胞约占96.74%,平均复制年龄为8.55(图4B、C)9。若通过生物素染色评估发现,衰老或年轻细胞群体的纯度低于80%,则终止实验。在理想的实验中,年轻与衰老细胞群体之间的平均年龄差应至少达到6个细胞分裂周期;若分离效果低于4个细胞分裂周期,则终止实验。
在配子形成诱导培养基中培养24小时后分析配子形成效率。在所述条件下,年轻细胞中有79.8%,衰老细胞中有78.89%成功形成形态上明显可区分的四分体(对照基因型,图4D)9。配子形成效率偏低并非本方案的严格瓶颈,但会降低配子产量,使后续步骤更具挑战性且可重复性降低。因此,若配子形成效率低于30%,则配子分选时的细胞投入量加倍(4 × 8 OD600),以确保从衰老前体细胞获得足够数量的配子。
来自年轻前体细胞的减数分裂后四分体群体中,生物素标记细胞的纯度可重复地达到13.38%,平均复制年龄为1.31;而来自衰老细胞的四分体群体中,生物素标记细胞的纯度为97.34%,平均复制年龄为8.17(图4E、F)9。若在特定基因型中,分选后的四分体群体纯度变化超过20%,或衰老四分体的平均年龄相较于减数分裂前的衰老细胞群体减少超过3个分裂周期,则必须进行进一步评估(图4E、F)。
综上所述,连续磁珠分选可实现减数分裂前细胞的有效年龄分离,且年轻细胞(79.8%)与年老细胞(78.89%)的配子形成效率相当。细胞群体的复制年龄和纯度在配子形成前后各分析一次。重新验证四分体的年龄分离至关重要,以排除特定突变以年龄依赖的方式干扰配子形成的可能性,从而避免年老细胞在配子形成过程中发生特异性耗竭。
配子发生再生能力的评估
将减数分裂前的野生型细胞分选为年轻和年老的细胞群体,并按本文所述方法诱导其进入配子形成。通过量化每个四分体的出芽疤痕数量,以确定配子分离前及配子获得复制寿命前各群体的复制年龄(图5A)9。在进行延时成像后,对来自年轻和年老前体细胞的配子的复制寿命进行量化和比较,结果显示两者具有相似的中位复制寿命(分别为21次和22次分裂;p = 0.982;图5B),证实了本文所述方案能够捕捉到配子形成过程中的 rejuvenation(再生)现象。
利用该方法,我们发现通过选择性自噬降解受损的细胞组分对于配子发生过程中的 rejuvenation(恢复活力)是必需的9。介导受损组分通过液泡进行降解的自噬通路会随着年龄增长而衰退,导致细胞内受损组分积累增加23,24。Atg11 是选择性自噬中的主要支架蛋白,负责将核心自噬机制招募至标记特定 cargo(底物)的选择性自噬受体,在配子形成过程中其表达被动态上调9。为了验证通过选择性自噬清除损伤是否对配子发生过程中的 rejuvenation 至关重要,我们将处于配子发生前的 atg11Δ 细胞按年轻和年老细胞群体进行分选,并按照本文所述方案诱导其进行配子形成。在通过定量每个四分体的出芽瘢痕数量确认四分体群体的复制性年龄后(图 5C)9,分离四分体并测定配子的复制性寿命。对来自年轻和年老前体细胞的 atg11Δ 配子的中位复制性寿命进行定量分析显示,来自年老前体细胞的配子其复制性寿命显著且可重复地短于来自年轻 atg11Δ 前体细胞的配子(图 5D,重复实验1,p = 2 × 10-6;重复实验2,p = 3 × 10-6,相较于 图 5B)9。该结果表明,Atg11 介导的选择性自噬在由年老前体细胞衍生的配子实现完全 rejuvenation 过程中发挥关键作用,并证明本文所述实验流程可用于揭示产生完全 rejuvenated 配子所必需的组分。

图 1.配子发生过程中的返老还童现象及评估配子复制寿命的技术流程。(A) 在营养生长期间,芽殖酵母进行不对称分裂。新形成的子细胞出生时处于年轻状态,而母细胞则逐渐积累与衰老相关的损伤,最终进入衰老状态。单个酵母细胞的复制年龄可通过芽痕数量来指示,每次分裂后都会在母细胞壁上留下芽痕(上图)。通过营养耗竭(右侧向下箭头)可诱导配子发生。在此过程中,二倍体酵母进行对称分裂,产生包含四个同等年轻、具有两种交配类型的单倍体配子的四分体。即使来源于已复制衰老的前体细胞,其产生的配子的复制寿命也会被完全重置(下图)。当重新添加营养物质后,配子萌发并恢复有丝分裂生长,两种交配类型的配子结合后形成二倍体细胞(左侧向上箭头)。(B) 在第1天对起始细胞用生物素标记,并在最佳生长温度下的丰富培养基中过夜培养,以获得复制衰老的起始细胞和年轻的子细胞。(C) 在第2天,将生物素标记的起始细胞与磁珠偶联,随后通过磁性年龄分选将衰老的起始细胞与年轻的子细胞分离。接着检测生物素信号和芽痕荧光,以评估分选效率并验证所分离群体的复制年龄。然后将细胞在诱导配子发生的培养基中过夜孵育,以生成表达Pma2-GFP的四分体。(D) 在第3天,检测配子发生效率、生物素标记情况以及芽痕数量,以确认配子发生的完成情况及各群体的年龄分布。使用Zymolyase处理四分体3小时,以降解孢子壁并裂解未能完成配子发生的细胞,随后通过超声处理实现机械分离。分离后的配子允许其重新生长,以便更好地保留在微流控U型捕获结构中,然后将其加载至微流控装置。代表性图像显示被捕获在U型陷阱中的Pma2-GFP阳性配子(左)和Pma2-GFP阴性配子后代(右),通过明场和Pma2-GFP荧光(青色)进行观察。(E) 在实验第3至6天,利用基于微流控的长期延时成像技术测量配子的复制寿命。(F) 在第7天分析一种返老还童缺陷背景下的配子复制寿命时可能得到的假设结果。比例尺 = 5 µm。本图改编自Spiri等人的研究9。请点击此处查看该图的放大版本。

图 2.微流控装置制备。(A)一个成像单元的示意图。(i)培养基入口;(ii)细胞加样入口;以及(iii)培养基出口。实验过程中,新鲜培养基从培养基入口(i)流向培养基出口(iii),同时细胞加样入口(ii)被实心不锈钢针封闭。(B)包含10个独立成像单元的微流控装置示意图。(C)一个成像单元中PDMS U型捕获结构及其间距的图像,比例尺为100 µm。(D)微流控装置顶视图,所有细胞加样入口均插入实心不锈钢针,其中一个培养基出口连接中空不锈钢针及导管,用于培养基流通收集。(E)微流控装置侧视图,所有细胞加样入口均插入实心不锈钢针,其中一个培养基出口连接中空不锈钢针及导管,用于培养基流通收集。(F)微流控装置所有细胞加样入口均插入实心不锈钢针,所有培养基出口均连接中空不锈钢针及导管,用于培养基流通收集。(G)微流控装置所有细胞加样入口均插入实心不锈钢针,所有培养基出口均连接中空不锈钢针及导管,用于培养基流通收集,并安装于显微镜上。用于培养基流通收集的导管用胶带(绿色胶带)固定在显微镜载物台上,并导入废液收集容器中。(H)微流控装置所有细胞加样入口均插入实心不锈钢针,所有培养基出口均连接中空不锈钢针及导管,所有培养基入口均连接中空不锈钢针及导管并接入培养基注射器,装置安装于显微镜上。(I)微流控装置所有细胞加样入口均插入实心不锈钢针,所有培养基出口连接中空不锈钢针及导管,所有培养基入口连接中空不锈钢针及导管并接入培养基注射器,装置安装于显微镜上。来自培养基注射器的导管被胶带固定在显微镜载物台上(背景中的绿色胶带)。(J)当发生泄漏或成像单元过载时,如何将培养基注射器从微流控装置上拔下的示例。图2A–C改编自Jo等人的研究15。 图D–J改编自Spiri等人的研究9。 请点击此处查看该图的放大版本。

图3基于微流控技术的配子复制性寿命获取中的配子制备 (A条件性不育遗传系统的示意图。内源性启动子的 STE5,一种在感知交配信息素时信号转导所必需的支架蛋白,被替换为 pTetO7.1 启动子片段。在基础状态下,由组成型启动子驱动表达的四环素阻遏蛋白(TetR)结合 pTetO7.1 并抑制该启动子的转录。添加并结合无水四环素可诱导四环素阻遏蛋白发生构象变化,降低其与该启动子的亲和力。 pTet07.1 从而解除对转录的抑制 STE5 (B代表性单个z平面图像,分别显示分离前和分离后的年轻(左图)与年老(右图)四分体及配子,呈现明场与Pma2-GFP(青色)信号。C) 代表性 Pma2-GFP 阳性配子(左图)与 Pma2-GFP 阴性配子后代(右图)被捕获于基于微流控的装置中,显示明场与 Pma2-GFP(青色)。D) 代表性被捕获的配子在2小时内分裂两次。E代表性配子被捕获在微流控成像单元中,每5秒可视化一次th 分裂直至末端34th 54 小时时间跨度内的分裂过程。比例尺 = 5 µm该图改编自 Spiri 等人的研究。9. 请点击此处以查看此图的放大版本。

图4. 复制性年龄与配子形成效率的定量分析。 (A代表性不同年龄的减数分裂前最大强度投影细胞(左图)和减数分裂后四分体(右图),显示了用荧光标记的链霉亲和素(黄色)检测的生物素信号、用荧光标记的小麦胚芽凝集素(洋红色)标记的富含壳聚糖的出芽瘢痕,以及Pma2-GFP(青色)。B) 量化年轻(3.63 岁)和老年(19.75 岁)恒河猴外周血中生物素标记细胞的比例 ± 2.12%,平均值 ± 标准差(SD),3个重复,n值分别为172、54和68,以及老年组(96.74 ± 1.58 %,平均值 ± SD,3个重复,n值分别为63、66和55)野生型细胞群体,误差线表示SD。C) 通过评估年轻细胞(1.16)中的出芽疤痕数量来量化复制年龄 ± 0.41,平均值 ± SD,n = 3 个重复,n 分别为 172、54 和 68)以及老龄(8.55 ± 0.66,平均值 ± SD,3个重复,n值分别为63、66和55)野生型细胞群体。D) 四分体比例在年轻细胞(79.8 ± 9.43%;平均值 ± SD,3个重复,重复1和重复3的n = 300,重复2的n = 281)以及老年(78.89 ± 3.17%,平均值 ± SD,3 次重复,n = 300 每组)减数分裂后野生型细胞群体,误差线表示 SD。E) 年轻(13.38)细胞中生物素标记四分体所占比例的定量分析 ± 4.74%,平均值 ± SD,n = 3 个重复,n 值分别为 74、104 和 76)以及高龄(97.34 ± 2.33%,平均值 ± SD,3 次重复,n 分别为 40、73 和 39)野生型群体在配子发生完成后的结果,误差线表示 SD。F) 通过评估年轻细胞(1.31)中的出芽疤痕数量来量化复制年龄 ± 0.04,平均值 ± SD,3个重复,n值分别为74、104和76)以及老年(8.17 ± 0.54,平均值 ± SD,3个重复,n 分别为40、73和39)野生型四分体群体。比例尺 = 5 µm. 使用 Wilson 评分法计算置信区间。小提琴图中实线表示中位数,25th 和 75th 百分位数(虚线)。该图改编自 Spiri 等人。9. 请点击此处以查看此图的放大版本。

图5复制性寿命的定量分析 (A通过评估年轻细胞(1.3)中芽痕数量来量化复制年龄 ± 1.2,平均值 ± SD,n=76)和老年(7.8 ± 2.6,平均值 ± SD,n = 39)野生型配子群体,数据与图中所示相同 图4F 第3次重复。B年轻组(中位寿命 = 21,n = 420,223 例删失对象)与年老组(中位寿命 = 22,n = 361,213 例删失对象)复制性寿命的量化 p = 0.982,相较于年轻野生型配子)。数据来自两次技术重复实验的结果合并。C通过评估出芽疤痕数量来量化复制年龄 atg11Δ 四分体群体:重复1 年轻(0.53 ± 0.91,平均值 ± SD,n = 64)和老年(7.8 ± 1.8,平均值 ± SD,n = 44);重复2年轻(0.82 ± 1,平均值 ± SD,n = 62)和老年(7.9 ± 1.7,平均值 ± 标准差,n = 43)。D复制性寿命的定量分析 atg11Δ 用于两个独立生物学重复的配子:Rep.1 年轻组(中位寿命 = 22,n = 393,267 例删失个体)和年老组(中位寿命 = 20,n = 396,255 例删失个体) p = 2 × 10-6);Rep. 2 年轻组(中位寿命 = 22,n = 397,280 例删失对象)和老年组(中位寿命 = 20,n = 397,259 例删失对象, p = 3 × 10-6 与年轻组相比)。每个独立的生物学重复中,两个技术重复的计数结果被合并。E) 所有寿命实验中删失事件的百分比。虚线表示平均值(63.4%) ± 6.2 平均值 ± 删失样本的标准差(SD),来自 n = 6 次实验。采用Log-rank(Mantel-Cox)检验评估复制性寿命差异的统计学显著性;生存曲线上的刻度标记代表删失事件。小提琴图显示中位数(实线)、25th 和 75th 百分位数(虚线)。 p 数值已标出(ns = p > 0.05, * = p ≤ 0.05, ** = p ≤ 0.01, *** = p ≤ 0.001, **** = p ≤ 0.0001)。该图改编自 Spiri 等人的研究。9. 请点击此处以查看此图的放大版本。
补充图1:用于芽痕分析的感兴趣区域的选择。 代表性ImageJ截图,显示使用矩形感兴趣区域(ROIs)选定的单个细胞,并将其添加到ROI管理器中以进行后续分析。所选的ROIs以黄色框显示。 请点击此处下载该文件。
补充图2:芽痕数量的手动输入。 代表性ImageJ截图,显示用于手动输入每个选定细胞所识别的芽痕数量的对话框。通过旋转Y投影并观察麦芽凝集素信号来计数芽痕。 请点击此处下载该文件。
补充图3:生物素标记的手动分类。 代表性ImageJ截图,显示用于记录选定细胞是否为生物素标记阳性或阴性的对话框。数值1表示生物素阳性细胞,数值0表示生物素阴性细胞。 请点击此处下载该文件。
补充图4:微流控装置中感兴趣区域的选择。 代表性ImageJ截图,显示使用矩形感兴趣区域(ROI)选定的单个微流控U型捕获结构,并已添加至ROI管理器。每个ROI包含一个单独的U型捕获结构,用于后续分析。 请点击此处下载该文件。
补充图5:选定的微流控U型捕获区域的可视化。 代表性ImageJ截图,显示在选定单个U型捕获结构后,多个矩形感兴趣区域(ROI)叠加在微流控装置上的情况。通过ROI管理器中的“显示全部”功能同时显示这些ROI。 请点击此处下载该文件。
补充图6:微流控U型捕获结构中GFP阳性细胞的鉴定。 代表性ImageJ截图,显示用于判断GFP阳性细胞是否被捕获在选定U型捕获结构中的提示界面。荧光图像与明场图像并列显示,以辅助识别。 请点击此处下载该文件。
补充图7:GFP阳性细胞的手动分类。 代表性ImageJ截图,显示用于记录选定U型捕获装置内细胞GFP状态的对话框。数值1表示GFP阳性细胞,数值0表示GFP阴性细胞。 请点击此处下载该文件。
补充图8:复制性寿命的手动输入。 代表性ImageJ截图,显示在查看延时图像堆栈后用于输入单个细胞复制性寿命(RLS)的对话框。RLS定义为观察到的细胞分裂总数。 请点击此处下载该文件。
补充图9:复制性寿命的手动输入。 代表性的 Fiji/ImageJ 截图,显示在审阅明场延时图像序列后,用于输入单个细胞复制性寿命(RLS)的对话框。RLS 记录为所观察到的细胞分裂总数。 请点击此处下载该文件。
补充图 10:复制性寿命分析过程中终末状态的评估。 代表性 Fiji/ImageJ 截图,显示用于判断被分析细胞是否达到终末表型,或在终末停滞前被推出捕获区域的“是否终末?”提示框。 请点击此处下载该文件。
补充图11:复制性寿命分析中终端状态的记录。 代表性Fiji截图,显示在确定是否观察到终端表型后,选择终端状态值。 请点击此处下载该文件。
补充图12:终末细胞命运的选择。 代表性Fiji截图,显示用于指定分析细胞被审查的原因或其终末命运的提示界面。请点击此处下载该文件。
补充图 13:末端细胞形态的分类。 代表性 Fiji 截图,显示末端表型的选择,包括对停止分裂且呈现皱缩形态的细胞进行“皱缩”分类。 请点击此处下载该文件。
补充文件 1. 手动 ROI 选择和 TIFF 导出 Fiji 宏。 用于手动选择单个细胞作为感兴趣区域(ROIs),裁剪所选的 ROI,并将裁剪后的图像作为 TIFF 文件导出以供后续分析的自定义 Fiji/ImageJ 宏。请点击此处下载此文件。
补充文件 2. 单细胞三维及 Z 投影 Fiji 宏命令。自定义的 Fiji/ImageJ 宏命令,用于生成单个裁剪细胞的三维投影和 Z 投影图像,以用于后续的出芽痕和生物素标记分析。请点击此处下载该文件。
补充文件 3. 手动标记芽痕和生物素标记的 Fiji 宏。 自定义的 Fiji/ImageJ 宏,用于手动记录芽痕数量,并根据生物素标记状态对单个细胞进行分类。请点击此处下载该文件。
补充文件4. 手动ROI裁剪和TIFF导出——Open Images Fiji宏。自定义的Fiji/ImageJ宏,用于从t0 FITC图像和明场延时超堆栈中裁剪并导出相应的感兴趣区域,以用于后续配子复制性寿命分析。请点击此处下载该文件
补充文件5. 手动GFP、复制寿命(RLS)和终末表型注释Fiji宏。 自定义的Fiji/ImageJ宏,用于识别GFP阳性配子,手动记录复制寿命(RLS),确定终末状态,并在配子复制寿命分析过程中对终末或排出表型进行分类。 请点击此处下载该文件。
在此,我们提供了一种详细的实验方案,用于测量由不同年龄前体细胞衍生的酵母配子的复制寿命,该方案采用 Spiri 等人建立的基于高通量微流控技术的工作流程。9该技术可加速研究不同遗传背景下配子发生性 rejuvenation 的效率,并可用于揭示配子发生性 rejuvenation 这一保守过程的分子机制。最初在 W303 和 A3644a 菌株背景下,通过显微解剖实验作为读数,发现了配子发生能够重置酵母的复制性寿命。7由于难以将SK1菌株的早期少数子代细胞与配子分离,尽管该菌株被广泛用于配子发生研究,但无法评估其在配子形成过程中复制性寿命的重置情况。7在本方案的开发过程中,我们通过改造SK1菌株背景,将D368V点突变引入到 AMN1 位点以调控细胞分离并删除 FLO8 消除絮凝25,26此外,表达 STE5,一种对启动交配反应至关重要的信号支架蛋白,通过在内源位点引入无水四环素诱导的 Tet-OFF 系统进行条件性限制(图3A)27,28,29这导致了完全的条件性交配缺陷 MATa 和 MATα 细胞,从而在避免激活细胞间交配反应的同时实现遗传杂交 MATa 和 MATα 在实验过程中对配子进行标记。最后,为了鉴定配子并将其与短暂萌发后的营养细胞区分开,引入了一种转基因报告系统,该系统在其内源启动子驱动下表达Pma2-GFP融合蛋白。Pma2-GFP在配子形成晚期特异性表达,定位于配子的质膜,并在萌发后持续存在于多轮细胞分裂中。图1D, 图3B,C, 和 图 4A)9基于微流控技术的检测方法显著提高了配子发生 rejuvenation 程序研究的通量和可行性,相较于此前唯一可用的、耗时且需多日显微解剖的检测方法具有明显优势。该结果与通过显微解剖在 W303 和 A364 中获得的结果一致7,我们证明了在SK1菌株背景下,复制性寿命在配子发生后完全重置。此外,通过应用该方法,我们发现Atg11依赖性选择性自噬对于配子的完全年轻化至关重要(图 5B,D)(数据来源于 Spiri 等人)9.
根据所述方案(步骤8)设置并安装微流控装置(图2A–D)。在将微流控装置安装到显微镜上之前,需仔细检查盖玻片是否存在裂纹。操作微流控装置时应小心,避免损坏盖玻片。若发现裂纹,则不应使用该受损的成像单元,以防止实验过程中培养基泄漏至显微镜内部以及压力不均。尽管理论上仍可使用同一微流控装置中未受影响的其他成像单元,但建议更换为新的微流控装置,因为结构受损的盖玻片在实验过程中存在进一步扩展裂纹的高风险。接下来,需在显微镜下逐一检查每个成像单元,以确认PDMS结构的完整性及其与盖玻片的牢固键合。为降低实验过程中细胞聚集和堵塞的风险,需在培养基中添加Pluronic F-127,并在实验前对培养基进行过滤除菌以去除杂质。在接种细胞前,应使培养基在微流控成像单元中循环至少2小时,以确保成像单元充分预灌注培养基。若某一特定成像单元的U型捕获区域顶部积聚了大量杂质,阻碍细胞加载和培养基流动,则建议通过将其与培养基泵断开的方式将其从实验中移除(图2J)。当培养基完全分布至所有成像单元后,需获取感兴趣区域(ROI)的测试图像,以校正单个成像单元内部以及整个微流控装置不同区域之间的焦平面差异。若微流控装置存在内部倾斜,可通过微调载物台倾斜角度来缓解该问题。或者,也可通过在每个位置和时间点采集3层z轴切片(z轴间距为3–8 µm)来补偿单个成像单元内的焦平面差异。
为了将四分体分离为单个配子,将减数分裂后按年龄分选的培养物用Zymolyase孵育3小时(图1D)。该酶可特异性降解酵母的细胞壁,削弱包裹配子的四分体子囊结构,并裂解非配子细胞(图1D)。分离后的配子因其自身细胞壁的保护而得以存留,这些细胞壁对酶解作用更具抗性,从而避免发生裂解。完成四分体分离后,应检查分离出的配子,以确认四分体已充分解离且配子完整性良好。若仍有超过30%的细胞以完整四分体形式存在,可增加超声处理循环次数以进一步解离(图3B)。如果完整四分体比例超过30%,建议终止实验,并更换新批次的Zymolyase重新开始,因为残留的四分体在后续生长过程中可能形成细胞团块,从而在微流控系统的加样和运行过程中引发问题。分离完成后,将配子培养物在丰富培养基中于30 °C继续培养3小时,时间足以使配子体积增大,便于其在微流控装置中被捕获,但又足够短暂,以确保大多数细胞尚未完成第一次分裂(图1D)。出芽生长后,需在光学显微镜下检查细胞,确认其体积增大并出现首个芽体。若某一特定基因型的配子在体积增大和开始分裂方面所需时间显著延长,则应相应调整培养时间,以确保配子能够高效被捕获。
将长满的细胞通过显微镜实时观察,小心地对注射器施加压力,手动加载至微流控成像单元中。需注意避免施加过大的压力,否则可能导致聚二甲基硅氧烷(PDMS)结构从盖玻片上脱落,从而损坏成像单元。持续施加压力,直至PDMS结构开始轻微变形,细胞开始流入成像区域。一旦细胞开始进入成像装置,随着细胞通过单元并进入各个捕获陷阱,应减小压力。若首轮捕获的细胞少于200个,则需重新施加压力,重复加载循环。理想加载状态的单元中,至少66%的陷阱被细胞占据,以在充分加载与过度加载之间取得平衡;过度加载会增加实验过程中发生堵塞的风险。过度加载的成像单元在U型捕获区域上方及内部存在过多细胞和碎片,可能阻碍成像单元内的培养基流动。若多个成像单元共用泵,且其中一个单元意外过载,应将该单元从培养基泵上拔下,以防止泵因堵塞而停转,从而避免影响其他实验组(图2J)。所有实验条件的加载需在1小时内完成,以避免配子过早分裂,导致配子被子代细胞稀释,进而影响对复制性寿命的精确评估。当所有条件的加载完成且恢复培养基流动后,应仔细检查微流控装置是否存在重新插入的加载口漏液现象。若发现泄漏,应小心取出实心不锈钢针,并重新将其插入加载口以解决问题。若无法阻止泄漏,则应将成像单元从培养基泵上拔下,以防止实验过程中液体渗漏至显微镜内(图2J)。若成像单元出现过载,表现为前几个捕获陷阱周围细胞数量过多及存在大量碎片,也应将其从培养基泵上拔下,以防止因培养基流动减少导致背压升高,引起泵在实验过程中停转(图2J)。
本研究所使用的定制开放式U型捕获微流控装置专为SK1菌株设计,相较于其他捕获结构,可在空间上对细胞施加更小的限制,从而捕获更宽范围的复制性寿命动态变化,最大限度地降低此前报道中可能对寿命产生的干扰效应30。然而,这种开放式设计存在一个缺点:细胞可能在衰老尚未被观察到之前便提前弹出,主要原因是在复制性生命的最后几次分裂过程中细胞体积显著增大(在SK1中已明确观察到,且不可避免),或由于微流控系统在长时间运行中出现微小的压力异常。因此,在装置制备和细胞加载过程中必须格外注意,避免将任何空气引入微流控系统。为避免在评估配子复制性寿命时产生偏差,我们在时间延时实验开始时加载的每一个配子均被计入统计,直至完成200个配子的分析。在衰老前即被弹出的细胞在分析中被严格归类为删失样本。我们发现,不同基因型之间的删失率具有可比性(图5E,删失样本 = 63.4% ± 6.2,均值 ± 标准差),且弹出频率与观察到的寿命表型之间无系统性关联。尽管目前尚未观察到此类情况,若分析细胞中弹出率超过80%,我们建议重复实验。因此,尽管细胞弹出是该检测方法中删失数据的重要来源之一——部分原因在于我们计入了每一个加载的配子,即使其在最初几次分裂中即被弹出——但我们未发现不同基因型间弹出率的差异可解释所报道的寿命差异。采用此方法,复制性寿命可实现一致且稳健的测量。为在后续实验中减少弹出事件,目前正开发和测试具有新型捕获结构的装置。
尽管本方法在量化配子发生重置寿命方面的通量显著高于先前存在的方法,但仍需由经过训练的科研人员手动计数每个配子的细胞分裂次数,因此数据分析目前是该方法的一个局限性。近年来在机器学习领域取得的进展,为实现酵母复制性寿命分析的自动化提供了有前景的策略,有望克服上述局限31。其中尤为有前景的是一种近期发表的方法——BudFinder,该方法采用在大规模酵母成像数据上以自监督方式预训练的掩码自动编码器,并利用其优化一个变换器模型,以直接检测细胞分裂事件32。与以往方法相比,该方法显著减少了模型优化过程中所需的手动标注分裂事件数量。令人振奋的是,利用本方案已生成并完成标注的大量数据,非常适合采用类似方法,在未来实现配子复制性寿命分析的自动化,从而突破当前的技术瓶颈。此外,在未来应用中,本方案可便捷地与已建立的生物标志物及复杂的表达系统相结合,以鉴定介导酿酒酵母(S. cerevisiae)配子发生过程中细胞年轻化的分子机制和相关因子,进而推动对该保守生物学过程的深入理解。
作者声明无竞争利益。
感谢Brar实验室和Ünal实验室的现任及前任成员对本文稿的深入讨论和宝贵意见。S.S. 获得瑞士国家科学基金会流动奖学金(P500PB_214421)资助;G.A.B. 获得美国国立卫生研究院(R01AG071869)资助;T.L.S. 获得Norn集团、Hevolution基金会和Rosenkranz基金会颁发的长寿推动计划资助;E.Ü. 获得美国国立卫生研究院(R01AG071801)和Astera研究所的资助。
| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| 1000 mL 真空过滤/储存瓶系统 | Corning | 431098 | 0.22 µm 孔径,54.5 cm2 PES 膜,无菌。室温保存。 |
| 20 mL 注射器 | Becton, Dickinson and Company (BD) | 302830 | 20 mL 鲁尔锁注射器。室温保存。 |
| 5 mL 注射器 | Becton, Dickinson and Company (BD) | 14-829-45 | 5 mL 鲁尔锁注射器,室温保存。 |
| 氨苄青霉素 | Alpha Teknova | A9510 | 重悬于水中后于 -20 °C 保存 。 |
| 抗生物素磁珠 | Miltenyi Biotechnology | 130-097-046 | 4 °C 保存。 |
| β-巯基乙醇 | MilliPORE SIGMA | M625-250mL | 4 °C 保存。 |
| 牛血清白蛋白(BSA) | MilliPORE SIGMA | A4503-100G | 4 °C 保存。 |
| Clay Adams Intramedic 鲁尔短管接头 | Becton, Dickinson and Company (BD) | 427565 | 23 号规格,室温保存。 |
| 比色皿 | Bio Rad | 2239955 | 半微量一次性聚苯乙烯比色皿。室温保存。 |
| 乙醇 | NA | 多种 | |
| EZ-Link Sulfo-NHS-LC-生物素 | ThermoFisher Scientific | 21335 | 用于标记始祖细胞以进行复制性衰老研究的生物素 |
| Fiji 软件 | https://fiji.sc/ | NA | 版本:Fiji/ImageJ(ImageJ2,V. 2.14.0/1.54m) |
| 荧光标记链霉亲和素 | ThermoFisher Scientific | S11225 | Alexa Fluor 546 偶联物,分装后于 -20 °C 保存。 |
| 荧光标记麦胚凝集素 | ThermoFisher Scientific | W11263 | Alexa Fluor 350 偶联物,分装后于 -20 °C 保存。 |
| 甲醛 | ThermoFisher Scientific | F79-1 | 37%,4 °C 保存。 |
| 配子形成诱导培养基 | NA | 实验室自制,遵循标准配方 | 2% 乙酸钾,氨基酸补充物及氨苄青霉素(40 mg/L 腺嘌呤,40 mg/L 尿嘧啶,10 mg/L 组氨酸,10 mg/L 亮氨酸和 10 mg/L 色氨酸,100 μg/mL 氨苄青霉素) |
| 甘氨酸 | ThermoFisher Scientific | BP381-1 | 100%,200 证明。室温保存。 |
| 中空不锈钢针 | iBiochips | HSP-100 | 型号:0.28” 外径,0.016” 内径,0.500” 长,室温保存。 |
| 倒置荧光显微镜 | NA | NA | |
| Legato 200 注射泵 | kdScientific | 788200 | 室温保存。 |
| Legato 200/210 塑料或玻璃 6/10 多孔支架 | kdScientific | 788300 | 室温保存。 |
| 光学显微镜 | NA | NA | |
| 低吸附管 | USA Scientific | 1415-2600 | 室温保存。 |
| LS 柱 | Miltenyi Biotechnology | 130-042-401 | 室温保存。 |
| 微流控装置 | iBiochips | ADU-10, (#18++ 型 AD 芯片) | 室温保存。 |
| 非 DEHP 医用级管路 | iBiochips | MTB-100 | 内径 = 0.202”,外径 = 0.060”,壁厚 = 0.20”,室温保存。 |
| PBS | NA | 实验室自制,遵循标准配方 | 配制 1 L:PBS pH 7;PBS pH 8;PBS pH 8 + 100 mM 甘氨酸, PBS pH 7.4 + 0.5% BSA |
| Pluronic F-127 | MilliPORE SIGMA | P2443 | 室温保存。 |
| 预分离滤器 | Miltenyi Biotechnology | 130-041-407 | 孔径 30 µm |
| QuadroMACS 分离器及起始试剂盒 | Miltenyi Biotechnology | 130-091-051 | 室温保存。 |
| 实心不锈钢针 | iBiochips | SSP-200 | 外径 0.027”,内径 0.500”,室温保存。 |
| 超声波破碎仪 | Branson | 100-132-1623R & 101-135-066R | |
| 分光光度计 | NA | NA | |
| 试管旋转仪 | NA | NA | |
| Y+A8+2:29+2:31+A8+2+2:33 | Brar-Ünal 酵母菌株数据库 | pÜB42275 | trp1::pPma2-Pma2-eGFP::TRP1, ste5::NatR-pTet07.1-STE5, ura3::pRNR2-TetR-Tup1, pTetO7.1-TetR::URA3, flo8Δ, Amn1D368V |
| 酵母菌株 2 | Brar-Ünal 酵母菌株数据库 | pÜB48561 | atg11Δ::KanMX, trp1::pPma2-Pma2-eGFP::TRP1, ste5::NatR-pTet07.1-STE5, ura3::pRNR2-TetR-Tup1, pTetO7.1-TetR::URA3, flo8Δ, Amn1D368V |
| YPD(YEP + 2% 葡萄糖,添加 Trp 和 Ura) | NA | 实验室自制,遵循标准配方 | YPD(1% 酵母提取物,2% 蛋白胨,2% 葡萄糖,22.4 mg/L 尿嘧啶,80 mg/L 色氨酸)。 |
| Zymolyase 100T | MP Biomedicals | 8320932 | 重悬于水中后分装,于 -20 °C 保存。 |
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