染色质剪切：一种利用酶消化法生成染色质片段的方法

— 转录因子是一类能够结合到DNA特定位点以调控基因表达的蛋白质。转录因子发生错误会改变其正常功能，导致基因过度表达，从而引发癌症。为了研究转录因子在基因调控中的作用，可以进行染色质免疫沉淀实验（CHIP），而染色质剪切是CHIP实验流程中的关键步骤。

对于染色质剪切，通过添加甲醛来稳定DNA-蛋白质复合物。甲醛通过形成共价键将蛋白质交联到相应的DNA序列上。接下来，使用适当的裂解缓冲液裂解细胞，释放出含有交联DNA-蛋白质复合物的染色质，并进行离心。利用微球菌核酸酶（micrococcal nuclease）对染色质进行剪切。该酶在核小体之间切割染色质，并消化游离的DNA末端。离心混合物后，收集上清液。

将上清液加样到TBE琼脂糖凝胶上，以分析DNA片段的合适大小。在凝胶两端施加电场，使带负电荷的染色质DNA向阳极移动。较小的片段在凝胶中迁移得更远。剪切后的染色质在凝胶上呈现为弥散条带。在以下实验方案中，我们将使用超声处理对慢性髓系白血病细胞系的染色质进行剪切。

— 首先，取一个1.5毫升离心管，加入1毫升37%甲醛溶液；另取一个1.5毫升离心管，加入1毫升1.25摩尔甘氨酸溶液，并取一个5毫升离心管，加入4毫升PBS缓冲液。接着，在细胞刺激完成后，按照文本方案离心收集细胞，将细胞重悬于500微升PBS中，并将离心管置于装有冰块的盒子中。向细胞悬液中加入13.5微升37%甲醛溶液，通过上下吹打混匀。

然后，将悬液在室温下孵育。随后，加入 57 微升 1.25 摩尔的甘氨酸以终止固定，并将该悬液在室温下继续孵育 5 分钟。孵育结束后立即置于冰上，于 4 摄氏度以 500 × g 离心 5 分钟。然后吸除上清液。接下来，用 1 毫升预冷的 PBS 在 4 摄氏度、200 × g 条件下洗涤细胞两次，每次 5 分钟，并移除上清液。通过上下吹打，将细胞沉淀重悬于 5 毫升裂解缓冲液-1 中。

然后将样品置于冰上，振荡孵育10分钟。之后，在4摄氏度下以500 × g离心5分钟。接着，用移液器小心吸去上清液。在5毫升裂解缓冲液-2中重悬细胞，并反复吹打混匀。然后将细胞置于冰上，振荡孵育10分钟。孵育结束后，在4摄氏度下以500 × g离心5分钟，并小心吸去上清液。

接下来，用含有1×蛋白酶抑制剂的剪切缓冲液-1重悬细胞沉淀。然后将细胞悬液置于冰上孵育10分钟。取140微升细胞悬液转移至超声破碎管中，注意避免产生气泡。将管子放入7摄氏度的聚焦式超声仪中，超声破碎10至7.5分钟。将细胞悬液转移至1.5毫升离心管中。在4摄氏度下以15,700 × g离心10分钟，收集上清液至新的离心管中。