粪便微生物DNA提取：研究环境富集对小鼠肿瘤模型中微生物组多样性的影响

环境富集（Environmental enrichment，简称 EE）是指通过改变饲养环境参数，以对多种疾病（如癌症）产生有益影响。在荷瘤小鼠中，环境富集可激活免疫系统并减轻炎症，从而改善肠道微生物群，并提高生存率。为研究肠道微生物群的变化，需在含有小鼠粪便的试管中加入适量的粪便裂解缓冲液。

将样品离心，并将上清液转移至新的微量离心管中。加入可使DNase和RNase变性的胍盐氯化物裂解缓冲液。接着加入乙醇，并将样品转移至硅胶离心柱中。

乙醇有助于DNA结合硅胶膜。离心样品。随后，将吸附柱转移至新的微量离心管中，并向吸附柱中加入洗脱缓冲液以洗脱DNA。

离心样品并弃去柱子。将样品转移至PCR管中，进行PCR扩增DNA。将DNA上样到琼脂糖凝胶，通过电泳分析微生物DNA的大小。在以下实验方案中，我们将从粪便中分离DNA，以分析运动消瘦（EE）对肿瘤发生小鼠结肠微生物群的影响。

— 按照粪便病原体检测试剂盒说明书，使用商用试剂盒从粪便样本中提取微生物DNA。操作时，将样本从-80°C冰箱中取出，并置于干冰上转移并称重。随后，根据文本方案所述条件设置PCR反应，扩增微生物DNA。接着，使用磁珠纯化PCR产物。

进行纯化时，首先将扩增产物PCR板短暂离心，以收集反应产物。接着，涡旋振荡磁珠使其均匀分散，并将20 µL等分试样转移至各反应孔中。通过缓慢移液10次，充分混匀磁珠与溶液。然后，静置5分钟使磁珠沉降。

接下来，将PCR板置于磁力架上，静置2分钟，待磁珠被磁力吸附后使上清液澄清。然后，移除并弃去上清液。随后，保持PCR板仍在磁力架上，向每孔磁珠中加入200 µL新鲜的80%乙醇，并静置30秒。接着，小心移除上清液。

重复此洗涤步骤一次，并让磁珠在空气中干燥10分钟。现在，将反应产物从磁珠上洗脱：先将孔板从磁力架上取下，然后向每个孔中加入52.5微升Tris。用移液器缓慢吹打全部液体10次，使磁珠充分混匀至溶液中。随后，像之前一样将磁珠置于磁力架上静置，然后将50微升上清液转移至新的洁净PCR板中。用透明粘性封板膜封板，并于-20摄氏度保存，最长可保存一周。