基于免疫亲和的泛素化肽段提取:一种从纯化肽段组分中选择性提取泛素标记肽段的技术

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蛋白质的泛素化是指通过泛素(一种调控性小蛋白)的双甘氨酸残基,将其连接到底物蛋白的赖氨酸残基上。这会在底物蛋白与泛素之间形成一个赖氨酸-甘氨酸-甘氨酸连接。

为了分离泛素化标记的肽段,首先取肽段混合物。

用内切核酸酶酶混合物处理这些肽段。在处理过程中,酶Lys-C和胰蛋白酶在精氨酸残基处高效切割泛素化肽段,产生含有特征性二甘氨酸基序的肽段片段。

将这些肽片段加入抗体偶联的水凝胶微球悬液中。

这些抗体含有一个甘氨酸二聚体识别位点,可特异性结合泛素化肽段,形成肽-磁珠复合物。

离心以沉淀泛素化肽-珠复合物。弃去含有未泛素化肽的未结合上清液。

将复合物上样至滤膜装置中。离心以去除缓冲液并截留肽偶联的微珠。

加入酸化试剂以降低 pH 值,使肽段从磁珠上解离下来。

从滤液中回收游离肽。将它们加载到带有疏水基质的新滤器上。肽保留在基质中,而酸性盐被洗去。

使用合适的溶剂,使肽脱离。

将泛素化肽转移至新的离心管中,并干燥以去除任何残留的溶剂。

将一批与蛋白A琼脂糖珠悬液偶联的泛素化残基基序抗体均分为六等份。按照文稿中的说明溶解三个肽段组分,并离心去除碎片。

将三个组分的上清液加入珠子悬液中,同时将另外三个组分置于冰上,并在4°C下于旋转仪中孵育2小时。

然后,离心沉淀珠子。将上清液转移至新的一批珠子中,并与剩余的三份珠子悬液依次重复孵育步骤。

将上清液保存用于后续的全局蛋白质组分析,并将珠子转移至装有GF/F滤芯插头的200微升移液器吸头中。

将枪头放入配有离心管适配器的1.5毫升离心管中,用200 µL预冷的IAP缓冲液洗涤磁珠三次,随后用预冷的纯化水再洗涤三次。

每次洗涤之间,以200 × g 离心2分钟,确保柱子不干涸。最后一次洗涤后,用两轮各50 µL的0.15% TFA洗脱肽段。使用C18固相萃取小柱对肽段进行脱盐,并通过真空离心干燥。