PCR后DNA扩增产物的琼脂糖凝胶电泳：多重PCR产物分析及PCR反应效果评估方法

为了通过琼脂糖凝胶电泳分析多重聚合酶链式反应（PCR）产生的特定长度DNA扩增子（即扩增的DNA片段），需组装一个带有梳子的制胶托盘，以形成用于加样样品的加样孔。

将适当浓度的琼脂糖（一种线性多糖）溶于电泳缓冲液中，并加入荧光DNA染料，加热融化后倒入制胶板，静置凝固。

熔化的琼脂糖聚合形成具有微孔的三维凝胶。

将制备好的凝胶放入电泳槽中，凝胶带梳孔的一侧朝向负极阴极。电泳槽中应含有凝胶制备时所用的电泳缓冲液，以维持最佳导电性。移去梳子。

将PCR产物样品与上样染料溶液混合后加入凝胶孔中，以便监测样品的迁移情况。用已知长度的DNA分子量标记物（DNA ladders）上样至其中一个孔。开始电泳。

DNA扩增片段带有均匀分布的负电荷磷酸基团，在电场作用下从加样孔向正极阳极迁移，并由于较短片段比长片段具有更高的迁移率，从而根据长度实现分离。与此同时，凝胶中的带正电荷荧光DNA染料则朝相反方向移动，并与DNA扩增片段结合，插入到碱基对之间。

电泳结束后，使用紫外光成像凝胶。若PCR成功，染料嵌入的DNA扩增片段会以清晰的荧光条带显现，位置最接近预期扩增片段长度的DNA标记。可通过荧光强度估算扩增产物的产量。

根据生产商的建议，将琼脂糖凝胶粉末加入1x TBE缓冲液中，使其达到1.5（重量/体积）百分比，加热至溶解。

在制胶前，将溶解的凝胶溶液在流动水下短暂倾斜。每50微升凝胶溶液中加入5微升荧光核酸染料，并混匀。

组装并调平制胶托盘。根据样品数量适当插入梳子。将凝胶溶液倒入模具中，等待其凝固。

随后，将含有凝胶的模具放入电泳系统中的1× TBE缓冲液中。取5微升PCR产物与2微升上样染料在新的PCR条管中混合。将5微升混合物转移至凝胶的加样孔中。至少保留一个加样孔为空。在空孔中加入5微升DNA Marker作为参照。

连接电极，以每15厘米110伏的电压电泳约1小时。使用基于紫外光的凝胶成像系统检测代表PCR扩增产物的多条条带。