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$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
取经转导并免疫标记后呈绿色荧光的锥体神经元。
使用共聚焦激光扫描显微镜采集神经元图像,并调整参数设置以确保最佳图像质量。
使用专业软件打开图像,并应用高斯滤波器以降低背景噪声。
通过首先估算树突直径,然后选择树突的起始点、路径和终点,实现半自动树突追踪。
对于自动树突棘分割,请选择重建树突直径,并设置树突体积阈值以表示实际的树突体积。
指定最小的树突棘头部直径和最大的树突棘长度。
调整代表树突棘的点的阈值,确保其定位于真实的树突棘头部。
设置参数,根据长度、头部直径和形态对树突棘进行分类。
生成带有树突棘的树突三维模型,并导出数据以供进一步分析。
在共聚焦显微镜下,每种条件下选择至少10个具有锥体形态和完整树突分支的健康神经元。为定量每根树突60至100微米的范围,使用40倍、数值孔径(NA)1.3的油镜和488纳米激光器进行成像,样品处的典型峰值功率约为20微瓦。
将像素大小设置为约80纳米,以正确采样树突棘。为采样整个神经元体积,采集Z堆栈图像,Z轴间距为150至300纳米,获得20到30个Z层面。为进行树突棘的三维定量分析,请使用以下分析软件设置。
预处理时,选择图像处理、平滑、高斯滤波,使用高斯滤波。将滤波宽度设置为等于 XY 平面上的像素尺寸。要对树突进行半自动追踪,可从 Slice 选项卡中的 Filament Tracer 模块使用距离工具估算树突直径。
接下来,在 Surpass 选项卡中,单击 Filaments 工具,并选择跳过自动创建以获得更好的鲁棒性。在随后显示的 Draw 选项卡中,选择 AutoPath 作为方法,Dendrite 作为类型,并输入估计的树突直径。使用指针的选择模式,将光标变为方框,按住 Shift 键并右键单击树突的起始点。软件将执行初步计算。
现在,沿树突移动指针。从起点开始,将显示一条黄色线条,代表最可能的树突路径。按住 Shift 键并左键单击树突的终点。要执行自动棘突分割,在模块界面中,点击“Creation”选项卡。在重建下拉列表中,选择“Rebuild Dendrite Diameter”并勾选“Keep Data”复选框,然后点击“Rebuild”。
设置阈值,使分割的体积与实际树突体积相对应。算法选择距离图中的最短距离,然后单击“下一步”按钮。在“切片”选项卡下,确定最小的树突棘头直径和最大长度。
然后在“Surpass”选项卡下输入参数。最小直径设置为200至300纳米,最大长度设置为4微米,是良好的起始值。不要勾选“Allow Spines”复选框,点击“Next”按钮。
接下来,调整种子点阈值,使代表树突棘的蓝色点定位到实际的树突棘头部。然后点击下一步。此时将执行核心计算,可能需要一定时间。要对树突棘进行分类,请在模块界面的“工具”选项卡下,点击“分类树突棘”。
在确认文本方案中所述的四个类别后,模块界面将根据分类结果生成四个新的纤维对象。最后,在“统计”选项卡中,单击“将所有统计数据导出到文件”以导出统计数据。