使用平板扫描仪，以收集拟南芥根向地反应的高分辨率时间失效图片

这个协议描述了用于快速收集拟南芥幼苗用市售的平板式扫描仪响应重力刺激的图像的处理。该方法允许对廉价，高容量的高清晰度图像适合用于下游分析算法捕获。

本视频的总体目标是说明一种基于扫描仪的方法，该方法在模型植物 opsis 中捕获根部热带响应的高分辨率图像。为了开始此协议，将来自指定种子库的种子种植在含有透明培养基的培养皿上 种子发芽指定时间段后，将培养皿从生长室中取出，准备扫描，然后放置在垂直方向的平板扫描仪中。然后将印版旋转 90 度并扫描指定的时间段。

图像保存在计算机或数据存储设备上，稍后用于图像处理。在图像采集之前，准备包含两个 B 扫描植物组织的 aga 板。首先，用 kim 抹布吸收 AGA 板盖子和侧面上收集的任何冷凝水。

接下来，涂抹大量 Triton X 100 以防止将来出现冷凝。最后，通过用微孔胶带包裹板以固定盖子并让通风开始图像采集来完成此过程。设置文件夹以将图像保存到所需位置。

每个文件夹名称都包含与要扫描的信息相关的元数据汇编。在此示例中，唯一 ID 年龄、大小和种子库是文件夹名称中包含的数据。然后，可以将此元数据复制并粘贴到文件夹名称中。

此协议假定使用多个扫描仪来收集图像，并提供将多个扫描仪连接到一台计算机的指令。因此，设置了三个文件夹来保存图像。下一步是设置指定收集时间的计时器。

由于此时仍有相当多的准备工作要做，因此请务必为计时器设置一点额外的时间。接下来，打开第一个扫描仪并打开 view scan 程序。在输入选项卡下，将源设置为正确的扫描仪，并将裁剪选项卡下的自动重复下拉框设置为无。

将预览区域设置为 Maximum （最大），然后按 preview（预览）。选择将捕获感兴趣区域的裁剪框，并将预览区域设置为裁剪框。然后再次预览图像。

要将收集的数据保存在所需位置，请按 输出 选项卡并找到与每个扫描仪对应的先前制作的文件夹名称。打开下一个扫描仪并重复视图扫描。为其他两个扫描仪设置方向，确保选择正确的文件夹来保存数据。

浏览每个选项卡并确保所有扫描仪设置都符合要求也很重要。我们的实验室发现，以下设置最适合正在进行的图像采集类型。但是，不同类型的影像集合可能需要其他设置。

选中所有设置后，选择输入选项卡，并将所有三个扫描仪上的自动重复下拉框设置为 continuous。将准备好的板放入扫描仪中，使幼苗水平定向，并暂时将背景的毛毡面靠在板上，以确保扫描仪的稳定性。如果与伙伴一起执行此协议，则让一个人将板旋转 90 度，并立即看到毛毡看到的背景，然后另一个人按下扫描按钮，两人都用弹力绳将背景固定到扫描仪上。

对扫描仪 2 和 3 重复此过程。每张图像大约需要 2 到 3 分钟才能完成扫描最终图像，如图所示。最好检查保存图像的文件夹，以确保所有文件夹都正确保存。

理想的做法是将扫描仪放在指定时间扫描时不受干扰的区域。考虑扫描区域的环境条件以确保理想的表型反应也是谨慎的。下图是使用本视频中描述的方法收集的数据的示例。

面板 A 和 B 以及 C 和 D 是单个扫描周期的第一个和最后一个图像。A 和 B 显示完整的扫描区域。虽然 C 和 D 是扫描区域的裁剪区域，显示单个印版，但可以观察到一些不一致之处。

图 A 显示了发芽和生长轨迹的变化。图 B 显示板可以积累冷凝水，而图像 C 和 D 被认为是良好的结果，因为幼苗在整个运行过程中生长茁壮且图像质量良好。本文中概述的程序适合在根成像领域中占有一席之地，因为它具有高通量和高分辨率，同时仍然相对便宜。

这种方法的另一个好处是，它可以很容易地进行定制，以适应特定研究小组的成像需求。该方法也被定制用于其他的成像。