2015年11月30日
我们概述了一种用于处理全血以获取多种组分以供进一步分析的方法。我们优化了一个简化的操作流程,可在非临床环境下快速、高通量地同时处理多个全血样本。
本实验方案的总体目标是提供一个简化的流程,以实现快速、高效的眼科样本通量处理,并同时处理全血样本。在非临床环境下,采用重叠方式进行真空采血管样本处理,以便高效地分离出高质量的DNA、RNA、外周血单个核细胞(PBMC)、血清以及血浆和红细胞的残留组分。处理流程首先对血清真空采血管进行离心,然后从一个含有真空采血管的试管中取出部分样本用于DNA提取,接着对试管进行离心处理。
随后,在完成DNA提取后,可从K2 EDTA真空采血管中进行白细胞来源的RNA提取。将每支真空采血管中的血液分别通过滤器过滤,并用PBS洗涤,然后加入RNA稳定剂,再返回含有真空采血管的试管中。吸除残留血浆后,用PBS洗涤单个核细胞层。
在离心过程中,收集残留的红细胞,并对分离出的血清进行分装。最后,将PBMC保存在细胞冻存液中。最终,可在采集后两小时内获得高质量的新鲜血液组分,所有可用于检测的样本均可在两天内准备就绪。
与现有方法相比,该技术的主要优势在于其操作可在非临床环境中同时进行,从而在两天内即可获得起始材料,用于多种下游应用,包括微阵列、表观遗传学实时逆转录聚合酶链式反应(R-T-P-C-R)以及流式细胞术分析。本次实验操作将由我的实验室主管 Amy Weckl 进行演示。开始全血样本处理时,请确保缓冲液、离心机和加热块均已准备就绪。
在样本追踪单上记录真空采血管的送达时间。收到样本后,在标本记录单上记录血清分离开始时间,并立即开始处理:将7 mL血清真空采血管在关闭刹车和加速度的条件下进行离心。
在 BSL 二级细胞培养操作台中记录 DNA 提取的开始时间。使用带气溶胶盖的水平转子,在 4°C 条件下以 1300 ×g 离心 20 分钟,对血清真空采血管进行离心。将含有分离胶的真空采血管轻轻倒置 5 次,然后从其中一根采血管的上层取 200 微升全血,分别加入到两管各含 20 微升蛋白酶的分装管中。
将蛋白酶和血液微量离心管留在生物安全柜中,并继续对含有空泡容器的细胞进行离心。离心前,记录单个核细胞(PBMC)分离的开始时间,该时间必须在采血后两小时内。
将已置于气溶胶密闭容器中的含真空采血管倒置8到10次。然后在22摄氏度、1600 ×g条件下,以关闭刹车和加速度的设置离心真空采血管30分钟。返回生物安全柜中的DNA提取样品,向每个含有蛋白酶和血液的微量离心管中加入200 µL Buffer AL。
盖上管盖,将管子从生物安全柜中取出。随后涡旋振荡15秒。振荡后立即进行瞬时离心处理。
按照随附的文字实验方案进行DNA提取,直至在Ellucian上从柱子中洗脱出DNA。每名受试者的两个柱子的DNA合并,每名受试者总产量为800微升。记录白细胞RNA提取的开始时间。
用转移针刺穿K2 EDTA真空采血管的橡胶隔膜。在组装K2 EDTA试管系统后,保留护套和螺帽以备后续使用。使用金属刮勺的一端安全地卸下针头,并将针头插入一个空的10毫升真空采血管中。
颠倒K型EDTA真空采血管滤器接收管组件以完成装置安装。过滤并用3毫升PBS洗涤后,使用新的10毫升注射器吸取3毫升RNA稳定剂。冲洗滤膜,确保RNA稳定剂保持连接状态。然后在不回抽活塞的情况下将注射器从滤器上拆下。
用转移穿刺针上保留的鞘管和螺帽密封滤器的进样口和出样口,并使滤器保持被RNA稳定剂饱和的状态。将滤器在零下80摄氏度条件下保存至少两小时,直至有时间完成RA的分离。一旦真空采血管被送回生物安全二级(BSL-2)生物安全柜,取下塞子,使用血清学移液管吸取顶部血浆层1.5毫升,注意不要接近单个核细胞层。
将两个真空采血管中的血浆转移至一个5毫升冻存管中,然后记录采集的体积。使用血清移液管将剩余的血浆和单个核细胞层转移至一个15毫升锥形管中。
然后加入足量预先配制的1×PBS,使锥形管中的总体积达到15毫升。盖紧管盖并倒置混匀5次。随后在22摄氏度下,以300 ×g离心15分钟,离心时关闭刹车和加速功能。
返回生物安全柜中装有真空容器的瓶,收集红细胞(RBCs)。使用一支5又3/4英寸的巴斯德吸管轻轻搅动,使瓶内凝胶层外周松动,然后将其移除。用移液管吸取红细胞,并转移至一个5毫升的冻存管中。
然后记录体积。接着将血浆和红细胞冻存管转移至程序降温盒中,并在 -80 °C 条件下保存至少 24 小时。24 小时后,将样品转移至冻存盒中,并重新放回 -80 °C 环境进行长期保存。
离心完成后,将锥形管放回生物安全柜中,吸去上清液,保留500微升PBS,注意不要扰动沉淀。加入1倍体积的XPBS,使总体积达到10毫升,并重悬沉淀。轻轻盖紧管盖,倒置混匀5次。
然后在离心机的刹车和加速度关闭的条件下,以300 ×g、22摄氏度离心10分钟。离心后,将真空采血管中的上层血清部分分装至2毫升冻存管中,并记录体积。使用4个冻存管,每管分装200 µL。
将1000微升移入第二个冻存管中。然后将剩余体积分装至第三和第四个冻存管中。将冻存管转移至冻存盒,并于-80°C保存以长期储存。
记录冻存起始时间。继续进行PBMC分离。离心后将样本放回生物安全柜,尽可能吸除上清液,注意不要扰动沉淀。
将沉淀重悬于2.5毫升PBMC培养基一中。加入2.5毫升含有DMSO和RPMI的PBMC冻存培养基二。
将培养基加入先前制备的细胞悬液中,轻轻涡旋混匀。然后取10微升细胞悬液分装至微量离心管中。向该微量离心管中加入10微升0.4%台盼蓝染液,通过反复吹打数次充分混匀溶液。
接下来,取10 µL混合液加入细胞计数板中。混匀后三分钟内将盖玻片放入细胞计数仪。放大并聚焦于细胞。
然后选择进行细胞计数,以获得A-P-B-M-C计数。如果活细胞数超过每毫升300万个细胞,则将样本分装至最多五个冻存管中,每毫升细胞浓度至少为300万个细胞。在样本记录表中记录每支冻存管的细胞数量。
如果每毫升有核细胞数低于300万个,请参见配套文字方案了解后续操作步骤。最后,将冻存管转移至程序降温盒中,并置于零下80摄氏度环境中至少24小时。24小时后,将冻存管转移至冻存盒中,并将冻存盒置于液氮罐的气相中进行长期保存。
在样本记录表上记录冰柜的启动时间。白细胞RNA提取和滤膜处理方法经毛细管电泳后得到此凝胶图像。结果显示两条清晰条带,分别代表18S和28S核糖体RNA,降解程度极低。
在进行该操作时,重要的是要牢记准确记录至关重要。我们建议在开始时建立一个数据库,用于存储所有冻存管的信息,包括体积、浓度、质量、条形码和储存位置。有关样本管理的更多建议可在文字版实验方案中找到。
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本文概述了一种用于处理全血样本以获取多种分析组分的简化方法。该方案可在非临床环境下实现快速、高通量的样本处理。
在社区环境中快速、高质量地分离全血,可实现对多种生物样本的可扩展获取,用于转化医学研究和生物标志物发现。本方案可确保样本完整性及定量输出,对多组学分析至关重要,同时减少分析前变异,扩大人群代表性。该方法通过从非临床队列中获取可直接用于检测的DNA、RNA、外周血单个核细胞(PBMCs)和血清,增强了早期发现研究的管线能力。
本方案通过实现对多样化非临床人群生物样本的快速、可重复处理,架起了早期发现与转化研究之间的桥梁。