2015年11月30日
本方案描述了一种用于检验以下假设的方法:有效地磁场(GMF)的逆转会诱导拟南芥(Arabidopsis thaliana)的差异基因表达并改变其形态。实验中采用八角形三轴赫姆霍兹线圈对系统,在植物生长室中人工产生逆转的地磁场条件。
本实验的总体目标是利用电源控制的赫姆霍兹线圈产生地磁场(GMF)的反向环境。最终结果表明,地磁场反向会影响植物的形态结构和基因表达。该方法有助于回答植物进化领域中的一些关键问题,例如地球磁场反向是否在植物进化与适应过程中发挥了作用。
该技术的主要优势在于,它可用于检测弱磁场对一种简单模式生物的潜在生物学效应,该生物可在精确控制的条件下大量重复培养。本次实验操作将由我实验室的阿尔贝托·博科(Alberto Bocco)和一名指导下的学生,以及我实验室的博士生基阿拉·阿(Kiara aa)和我团队中的副教授奇亚拉·贝尔特亚(CIA Bertea)共同演示。
首先,打开连接至三组亥姆霍兹线圈对的三个直流电源,并打开三轴磁力计,其探头已插入三轴线圈中。启动计算机并运行磁力计软件,以采集来自三轴磁力计的数据。这些电源还通过A-G-P-I-B接口连接至计算机,以便进行控制。
根据文本方案中的描述,调节电源电压,以产生具有反向磁场矢量的所需磁场。将拟南芥(Arabidopsis Aliana ecotype Columbia)种子置于经次氯酸钙溶液处理10至12分钟(25至28摄氏度,持续振荡)灭菌的1.5毫升离心管表面。随后用80%乙醇清洗种子两次,再用100%乙醇洗涤一次。
最后,用无菌蒸馏水冲洗。根据文本方案所述,在凝固前配制一升Murrah Shiga和SCOG改良培养基。将80毫升培养基倒入每个方形培养皿中,每皿放置30粒无菌种子。
然后用蜡膜密封培养板。将培养板在4°C黑暗条件下水平春化处理两天,以促进并同步萌发。春化处理结束后,通过在聚光灯上覆盖蓝色明胶膜来减少钠灯的红光成分,从而准备钠蒸气灯。
准备将培养皿暴露于正常或反向的地磁场(GMF)中。在温度控制为22摄氏度的环境中,将种子垂直放置并进行暴露处理。平行实验同时在三轴线圈外部和内部进行。
在8小时黑暗和16小时光照的光周期条件下培养。暴露处理后,拍摄培养皿的照片,以计算根长和叶面积。首先,测量培养皿的边长。
然后在 ImageJ 软件中打开培养皿的图像,使用直线工具绘制一条恰好穿过培养皿一侧的直线。在分析菜单中,选择“设置比例尺”,在“已知距离”框中输入实际距离,然后输入长度单位。
最后,点击全局选项,使根长的设置对所有测量均生效。使用手绘工具仔细沿根的轮廓进行追踪,然后通过分析菜单中的测量选项测定长度。
继续测量图片中的所有根系,并保存文件以供进一步的统计分析。对于图像菜单中的叶面积,使用调整选项,随后选择颜色阈值,选中单个叶片,然后在分析菜单中选择分析颗粒,保存各个测量数据用于统计分析。分别收集30个茎和30个根,并立即用液氮速冻。
然后在研钵中用液氮研磨,随后按照文中的实验方案分离总RNA;所有实验均使用含ROX作为内部参比染料的SYBR Green试剂,在实时定量系统上进行,反应体系为25 µL。使用文中列出的引物,并设置无逆转录酶对照以监测基因组DNA污染,同时设置无模板对照。每个退火和延伸阶段结束后读取荧光信号。
两个放大镜代表收集的数据,包括退火和解离曲线。导航至分析和设置界面,确保已选中实验解离阶段期间收集的数据集。针对所有运行的分析,通过在热循环程序中包含解离阶段,进行 55 至 95 摄氏度的熔解曲线分析。
通过结果选项卡中的解离曲线分析界面查看解离曲线图谱。使用实时PCR仪器配套软件分析所有扩增曲线。
为了获得CT值,需使用最适管家基因的表达水平对相对RNA水平进行校准和归一化。通过结果标签页进入扩增曲线分析界面。在分析、选择和设置界面中,选择需要分析数据的扩增阶段(上升期或平台期)。
然后从命令面板的荧光菜单中选择基线校正后的归一化荧光值。通过结果选项卡进入孔板样本值界面,以显示所选孔的CT值。
使用四种不同的参考基因对实时 PCR 的结果进行标准化。利用分析软件选择排名最高的基因,并选用最稳定的基因进行标准化。简要地在 Excel 工作表中整理输入数据,第一列为基因名称,第一行为样本名称。
然后从菜单栏中选择分析软件。使用对话框选择输入数据。接下来,勾选字段样本名称、基因名称,并仅选择简单输出。
点击运行按钮以执行分析,选择排名最高的基因为候选基因,该基因表达最稳定。在暴露10天后,对照植物的根长显著更长,小叶展开程度更大,相比之下,暴露于反向地磁场(GMF)条件下的植物在10天暴露后表现出较小的根长和较少展开的小叶。反向地磁场(GMF)的影响导致所有检测基因的表达发生剧烈变化,包括芥子蛋白、三个铜转运蛋白基因之一以及氧化还原响应转录因子1;图中柱状图表示标准误差,星号表示暴露于反向与正常地磁场(GMF)条件下的植物之间存在显著差异。
逆转地磁场(GMF)对地上部分基因表达无显著影响。然而,在根部基因表达中观察到显著的下调现象。在逆转GMF条件下,这些基因包括thal、aate过氧化物酶、aate过氧化物酶、一种铁超氧化物歧化酶、一种NADPH呼吸爆发氧化酶蛋白以及catalyst three。
一旦掌握,根据实验需求,该技术可在数分钟内完成。观看本视频后,您应能充分了解如何反转或改变地磁场,并对暴露于磁场中的植物进行形态学和遗传学研究。在实施该操作过程中,重要的是移除头盔线圈所包围区域内的任何磁场源。
头盔线圈及其发生器不得产生热量或振动,这一点非常重要。在最终数据记录完成之前,研究人员应处于对磁场暴露条件不知情的盲态。该技术已使磁感应领域的研究者能够探索磁场对植物进化、动物行为与导航以及人类细胞系的影响。
未来,我们希望在微重力条件下开展类似研究,以评估磁场变化在太空环境中对植物生长的影响。使用产生弱磁场的系统通常被认为没有危险性。然而,您仍应采取常规预防措施,并在使用如亥姆霍兹线圈对的电源等设备前,咨询合格电工的建议。
本方案描述了一种用于检验以下假设的方法:有效地磁场(GMF)的反转会诱导拟南芥(Arabidopsis thaliana)的差异基因表达并改变其形态。实验中采用三轴八边形亥姆霍兹线圈对系统,在植物生长室中人工产生反转的地磁场条件。
该方法可实现对弱磁场影响植物发育的可控性研究,为早期靶点验证中的机制性风险排除提供可扩展的模型。通过将地磁场变化与可测量的表型及转录变化相联系,支持在进化生物学中进行假设检验,并对非生物胁迫响应通路分析具有转化应用价值。该方法为评估环境因素对基因表达网络的影响提供了可重复的系统,有助于提高在非生物胁迫抗性相关靶点筛选中的预测可信度。
该方法适用于早期发现阶段的工作流程,用于评估表型的环境调节因子,以便在先导化合物筛选前降低靶点风险,尤其适用于非生物胁迫抗性研究项目。