2016年5月5日
大多数细菌感染都会形成生物膜。由于其所处的环境,与生物膜相关的细菌通常在表型上具有耐药性。因此,开发能够杀灭生物膜中细菌的新型抗菌分子成为当务之急。我们建立了一种检测方法,用于快速筛选可有效清除生物膜的抗菌化合物。
本实验的总体目标是利用与盖子相连的悬臂,在96孔板体系中简便且可重复地培养细菌生物膜,并通过活性染料进行抗生素敏感性测试。该方法有助于解答抗生素发现与开发领域的关键问题,通过研究生物膜相关细胞的活性,而这些细胞通常更能代表体内感染状态。该技术的主要优势在于,能够在三段式培养基体系中轻松地对已形成的生物膜进行干预,并利用常见的活性染料测定其抑制效果。
首先,在营养丰富的培养基中培养可形成生物膜的微生物。将金黄色葡萄球菌 Newman 菌株从甘油保存管接种至 10 毫升 Mueller-Hinton 培养基中。所有涉及 S.aureus 操作的实验步骤均须戴手套,并在生物安全柜内进行。
在37摄氏度下于旋转摇床上孵育16小时。将计算好的培养液体积加入离心管中,以10,000 G离心一分钟收集细胞沉淀。为制备生物膜接种物,吸除用过的培养基,并将细胞沉淀重悬于20毫升CRPMI培养基中。使用200微升多通道移液器,从25毫升储液器中向底部板A至G行的每孔加入125微升接种物。
在 H 行的每个孔中加入 125 微升无菌 CRPMI 培养基,作为无菌对照。取 peg 盖,将其置于板底上方,使 peg 朝下。小心地将各个 peg 与对应的孔对齐。
避免平板与插针发生物理接触。对齐后,小心地将盖子放下。用石蜡膜将盖子与平板密封,以防止蒸发,并将其放入可密封的塑料袋中,紧密封好。
尽量减少袋内空气体积,以降低蒸发。将培养板置于5%二氧化碳培养箱中,在37摄氏度下静置培养48小时。在进行生物膜挑战实验当天,取一块新的96孔板,向B至H行的每孔中加入100微升已平衡至室温的CRPMI。将最多四种待测化合物分别用1.0毫升CRPMI稀释至目标终浓度的2倍。
在 A1-A3 孔中加入 200 微升化合物 1,在 A4-A6 孔中加入 200 微升化合物 2,在 A7-A9 孔中加入 200 微升化合物 3,在 A10-A12 孔中加入 200 微升化合物 4。使用多通道移液器对测试化合物进行连续稀释。
首先,从 A 行向 B 行转移 100 µL,并混匀。以此方式继续逐孔转移 100 µL,每次转移后均需混匀,至 F 行停止。混匀后,将 F 行中的 100 µL 排入废液容器中。
不要将任何液体转移到 G 和 H 行。最后,使用多通道移液器向每孔加入 100 微升 CRPMI,使最终体积达到 200 微升。向一个新的无菌 96 孔板中每孔加入 200 微升磷酸盐缓冲液,该板的孔尺寸需与生物膜起始板完全相同。接着,从孵育后的生物膜起始板上移除塑料袋和石蜡膜。
垂直向上提起盖子,避免插针与培养板底部接触,以免损坏生物膜。保留底部部分用于后续的OD600分析。将带有插针的盖子放入含有PBS的培养板中,以冲洗掉浮游细胞。
将 peg 浸入 PBS 中 5 秒。取出后再次浸入,注意避免 peg 与孔壁碰撞。将清洗后的 peg 盖放入挑战培养板中。
避免 pegs 与底板之间发生不必要的接触,否则会破坏生物膜,导致结果不一致。用石蜡膜密封平板,并像之前一样放入可密封的塑料袋中。将平板置于 5% 二氧化碳培养箱中,在 37 摄氏度下静置培养 24 小时。
取生物膜起始板的底部,使用多通道移液器重悬各孔中的细菌。使用合适的微孔板读板仪测定OD600,以确认除H行的无菌对照孔外,其余各孔均有细菌生长。使用配备孵育腔且能够进行动力学荧光检测的微孔板读板仪,以检测刃天青(resazurin)的转化。设置持续24小时的动力学荧光检测程序,激发波长为530纳米,发射波长为590纳米。
将培养箱温度设置为 37 摄氏度,并每 20 分钟读取一次酶标板。根据制造商说明,设置酶标仪从酶标板底部进行测量。使用多通道移液器向无菌 96 孔板的每个孔中加入 200 微升 PBS,以准备洗涤酶标板。
然后,通过将 400 微升浓度为 0.8 毫克/毫升的刃天青(resazurin)储备液加入到 20 毫升 CRPMI 培养基中,制备生物膜回收培养基,使刃天青的终浓度为 16 微克/毫升。接着,使用多通道移液器将 150 微升生物膜回收培养基加入至新的 96 孔板的每孔中。将培养后的挑战板从培养箱中取出,转移至生物安全柜内,小心移除塑料袋和封口膜。
取下挑战板的插针盖,用 PBS 冲洗掉浮游细胞,方法同前,并保留挑战板底部用于后续的 OD600 分析。冲洗后,将插针盖放入含有生物膜回收培养基的板底部中。用石蜡膜包裹板的四周,注意不要遮挡周边孔的底部。
用封口膜包裹酶标板后,立即将其放入酶标仪中,并启动预先设置的刃天青动力学检测程序,进行为期24小时的动力学读数。为定量检测挑战过程中可能产生或不产生的浮游细胞生长情况,使用微孔板读板仪读取整个挑战板底部的OD600值。图中展示的是一个挑战板的示例布局,采用两倍系列稀释法对化合物浓度进行滴定。
将已形成的生物膜用新铜试剂或其铜复合物处理。24小时后,对挑战平板底部进行OD600测定,结果显示:新铜试剂铜复合物(而非单独的新铜试剂)在浓度为1.25微摩尔或更高时,可阻止处理后生物膜中活细胞的脱落及后续生长。随后,对相应的生物膜采用刃天青显色法进行检测。
24小时后进行肉眼观察,可对并行处理的多块平板快速给出有无生物膜存活的定性结果。活性生物膜会使刃天青(resazurin)变为粉红色,而生物膜被彻底清除的孔中则保持蓝色。通过动力学检测刃天青的还原反应,可揭示药物浓度依赖性的生物膜活性变化,本实验以庆大霉素(gentamicin)为例展示了该方法。
染料转化起始时间的浓度依赖性延迟,表明生物膜活力下降。在进行该操作时,应注意避免使小柱与孔壁发生碰撞。
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本研究介绍了一种在96孔板中培养细菌生物膜的方法,便于进行抗生素敏感性测试。该检测方法可用于评估抗菌化合物对生物膜相关细菌的作用,这类细菌通常对抗治疗更具耐药性。
与生物膜相关的Staphylococcus aureus因其耐药性和临床相关性,给抗生素发现带来了重大挑战。基于刃天青的 peg 板法可对化合物在生物膜状态下的功效进行稳健且可重复的评估,直接应对了关键的转化瓶颈。该平台有助于在早期筛选中建立预测信心,并为抗生物膜治疗候选药物的项目筛选提供依据。
该检测方法通过在可扩展的定量体系中直接评估抗生物膜活性,架起了早期发现与先导物识别之间的桥梁。