2016年3月26日
由于缺乏特异性抗体,将基因表达定位到特定细胞类型可能具有挑战性。本文中,我们描述了一种通过结合双重荧光RNA原位杂交与免疫染色技术,实现基因表达同时三重检测的实验方案。
本实验的总体目标是利用双重荧光原位杂交结合免疫染色技术,同时检测脑组织切片中三种不同基因的表达。该方法有助于回答神经科学领域中的关键问题,例如:何种细胞类型表达我感兴趣的基因?该技术的主要优势在于,无需针对目标基因的优质抗体,即可将其表达定位到特定细胞类型。
总结该实验流程:第一天,对固定的组织切片进行切片处理,并与两种不同标记的 RNA 探针在室温下杂交过夜。第二天,将切片与靶向 FITC 标记探针的抗体在室温下孵育过夜。该抗体偶联了辣根过氧化物酶,在第三天可催化荧光酪胺的沉积。
然后,使用碱性磷酸酶标记的抗体来识别地高辛(DIG)标记的探针。在第四天,当与Fast Red溶液孵育时,该酶会催化形成荧光沉淀。随后,切片与针对目标蛋白的一抗在4℃孵育过夜。
最后,在第五天,使用荧光染料标记的二抗对这种蛋白进行可视化检测。开始该实验时,选择一个含有目的基因cDNA序列的DNA克隆,该克隆应位于带有RNA聚合酶启动子的质粒中。接下来,扩增该DNA克隆,使用小量质粒纯化试剂盒提取质粒,并利用T7和SP6通用引物对其进行测序。
用一种在cDNA有义链5'端切割的限制性内切酶消化10至20微克的质粒DNA。在37摄氏度下孵育1.5小时。然后取少量等分试样在琼脂糖凝胶上电泳,以确认质粒已完全线性化。
为纯化线性化质粒,加入十分之一体积的 3 M 醋酸钠、一体积的 10 mM Tris-HCl 平衡酚和一体积的氯仿-异戊醇。在室温下以 16,000 ×g 离心一分钟,收集上层水相。然后加入一体积的氯仿-异戊醇(IAA)。
在16,000 G下离心一分钟,收集上层水相。重复此步骤一次。然后加入两倍体积的乙醇,于-20摄氏度放置一小时或过夜。
随后,在 4°C 条件下以 16,000 ×g 离心 10 分钟。弃去上清液,并用 70% 冷乙醇洗涤沉淀。然后将沉淀重悬于 TE 缓冲液中,浓度为每 2.5 µL 含 1 µg cDNA。
合成两种探针时,首先选择合适的RNA聚合酶,然后配制体外转录反应体系,并用经DEPC处理的水将终体积调至20 µL。在37 °C下孵育1.5小时。
随后,取一微升转录反应产物在1%琼脂糖凝胶上电泳,以检测反应是否成功。凝胶应显示出线性模板以及一条明亮的探针条带。在此步骤中,使用冷冻切片机对冷冻组织切取15微米厚的切片。
将切片收集到显微镜载玻片上,并将载玻片放置干燥一小时,以确保组织牢固黏附于载玻片。该实验步骤成功最关键的要素是切片的质量。这在一定程度上取决于灌注和固定良好的组织,另一方面则依赖于切片技术,以获得平整且无RNase污染的切片。
然后,将两种探针加入预热至65摄氏度的杂交缓冲液中稀释,并充分混匀。每个载玻片上加300微升杂交混合液,盖上经烘箱烘烤过的盖玻片。随后,将载玻片置于湿盒中,于65摄氏度过夜孵育。
第二天,将切片转移至含有预热洗涤缓冲液的考普林瓶中,在65摄氏度下每次洗涤30分钟,重复两次。随后,在室温下用MABT洗涤液每次洗涤10分钟,重复三次。在此步骤中,使用疏水笔在组织切片周围画圈。
然后将切片置于湿盒中,于室温下用原位杂交封闭缓冲液孵育1小时。接着,将切片在4摄氏度下与辣根过氧化物酶标记的抗FITC抗体共同孵育过夜。随后,将切片放入盛有PBST的考普林瓶中。
用 PBST 每次 10 分钟,共洗涤三次,每次更换新鲜的 PBST。随后,向切片中加入荧光素酰胺,室温孵育 10 分钟。将切片放入考普林瓶中,用 PBST 每次 10 分钟,共洗涤三次。
随后,将切片在室温下用原位杂交封闭缓冲液孵育一小时。然后,将切片在4摄氏度下与碱性磷酸酶标记的抗地高辛抗体共同孵育过夜。之后,用MABT缓冲液洗涤三次,每次10分钟。
接下来,在室温下用 pH 8.2 的 0.1 摩尔 Tris-HCl 溶液洗涤载玻片两次,每次 5 分钟。过滤快红溶液,并将载玻片置于湿化 chamber 中,于 37 摄氏度下用快红溶液孵育。由于最佳显色时间可能有所不同,需定期使用荧光显微镜观察载玻片,以监测沉淀物的形成情况。
然后,用PBST洗涤三次,每次10分钟。进行免疫组织化学染色时,将切片置于湿盒中,于室温下用IHC封闭缓冲液孵育1小时。接着,将切片在4°C条件下与一抗溶液孵育过夜。
第二天,用PBST洗涤载玻片,每次10分钟,共洗涤三次。在室温下用二抗溶液孵育一小时。然后,再用PBST洗涤三次,每次10分钟。
随后,将切片在室温下部分干燥,并使用荧光封片剂封片。将切片放置干燥后再使用共聚焦显微镜进行成像。图中显示的是 Aspa 和 Mbp 的原位杂交结果,随后进行 OLIG2 的免疫染色以及钩染(hook-staining)的代表性图像。
Aspa 在部分皮层和胼胝体中的 MBP 阳性 OLIG2 阳性细胞中有表达。部分 Mbp 阳性 OLIG2 阳性细胞不表达 Aspa。进行该操作时,需注意保持切片及所有溶液无 RNase 污染。
观看本视频后,您应能充分理解如何利用 N-柠檬荧光蛋白抑制化和免疫组织化学技术研究基因表达模式。该技术可适用于多种不同来源和发育阶段的组织。
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本文介绍了一种在脑组织切片中同时检测三种不同基因表达的实验方案。该方法结合了双重荧光原位杂交(FISH)与免疫染色技术,使研究人员能够将基因表达定位到特定的脑细胞类型,即使在缺乏针对所有目标分子的合适抗体时也能实现。本方案以研究天冬氨酰基酰化酶(Aspartoacyclase, ASPA)基因在少突胶质细胞及其他脑细胞中的表达为例进行了示范。
在神经科学药物研发中,确定特定脑细胞类型中的基因表达对于靶点验证和机制性风险排除至关重要。该方法能够在无需依赖高质量抗体的情况下,同时检测三种基因,解决了靶点确认中的一个关键瓶颈。通过提供具有空间分辨能力的多重基因表达数据,该方法有助于中枢神经系统治疗药物研发早期的假设验证和项目组合优先级排序。
该方法适用于从靶点假设到先导化合物鉴定的发现连续过程,可在化合物筛选前提供作用机制方面的可信度。