Name: 设计与低成本的使用，自动Morbidostat细菌的适应性进化在抗生素药物的选择 (视频) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-09-27T15:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 50 s
Description: 学习使用低成本自动Morbidostat研究细菌抗生素耐药性进化。该装置可实时监测细菌生长并动态调整药物浓度，为微生物学研究提供可重构的实验平台。

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作者谨此感谢许士璧教授和郑珍珍女士在理论分析和数值模拟方面提供的有益讨论和帮助。Y. T. Y. 感谢台湾科技部门资助项目编号为 MOST 103-2220-E-007-026 和 MOST 104-2220-E-007-011 的经费支持，以及中国台湾清华大学资助项目编号为 103N2042E1、104N2042E1 和 105N518CE1 的经费支持。

1. 病态恒化器装置的组装与预测试
<ol>
	<li>Morbidostat 的组装
	<ol>
		<li>在培养管管盖上用18号注射器针头打三个孔。剪取三段长约7 cm的聚乙烯管。将这三段聚乙烯管插入管盖的孔中。</li>
		<li>使用胶带包裹瓶盖边缘，作为聚二甲基硅氧烷（PDMS）混合物的模具。在150 ml塑料容器中，用牙签手动搅拌混合5 g A组分和0.5 g B组分PDMS。将混合物装入10 ml注射器中。
		<ol>
			<li>用注射器将PDMS混合物倒入盖子中。将整个盖子放入70 °C的烘箱中固化8小时，使PDMS完全固化。</li>
		</ol>
		</li>
		<li>将LED阳极与24号线径导线用烙铁焊接，将LED阴极与碳膜电阻焊接。将一个680 Ω碳膜电阻与一根24号线径导线焊接。使用电工胶带对导线连接处进行绝缘处理。</li>
		<li>将光电探测器的集电极与24号线焊接，并将光电探测器的发射极与一个100 kΩ碳膜电阻焊接。使用绝缘胶带包裹导线连接处。</li>
		<li>将发光二极管放置在培养瓶支架中。根据电路图进行连接。 补充材料 图2，将发光二极管连接至5 V电源供电。使用可检测红外光的数码相机确认LED是否正常工作例如， 手机摄像头</li>
		<li>将光电探测器放入培养瓶架中。按照电路图中的指示进行操作。 补充材料 图2将光电探测器连接至5 V电源供电。将导线连接至光电探测器电阻的两端，以测量电子控制板上的电压。</li>
		<li>在散热风扇的转轴上粘贴一块磁铁，作为磁力搅拌装置。需注意，风扇转轴与培养小瓶的对齐程度，以及培养小瓶与磁铁之间的间距，对于磁力搅拌装置的正常工作至关重要。</li>
		<li>将培养瓶的每一段聚乙烯管分别连接到对应微泵、培养基瓶和废液瓶的硅胶管上。开启泵运行1小时，测量从培养基瓶泵入培养瓶的总体积，以确定泵速。注意，典型的泵速应约为4 ml/hr，对应的稀释率为 D = 0.33 hr⁻¹。−1 用于培养管的12 ml工作体积。</li>
		<li>将整个装置置于中型摇床培养箱（34 cm × 34 cm × 43.5 cm）中。</li>
	</ol>
	</li>
	<li>预测试莫里博斯泰特装置
	<ol>
		<li>将散热风扇的电源电压设为 5 V，以启动其电机来测试磁力搅拌子。注意，搅拌动作可通过视觉观察进行检查。驱动散热风扇电机的电压通过脉宽调制（PWM）精确控制。</li>
		<li>制备一系列野生型 E. coli 样品在600 nm处的光密度值通常在0.07至0.3之间，用于校准。放置一个测试 E. coli 记录培养管中样品的光电探测器电压。
		<ol>
			<li>在酶标仪中加入约100 µl相同样品，测定其光密度。利用光电探测器电压与光密度的数据绘制校准曲线。注意，通常在此所用偏置方案下，光密度每变化1个单位，光电探测器电压约变化7.6 V。</li>
		</ol>
		</li>
	</ol>
	</li>
</ol>
2. 运行莫比多恒化器
<ol>
	<li>开始每日实验前的准备工作
	<ol>
		<li>准备一个培养管，配备三根内径为1/32英寸、外径为3/32英寸的超耐化学腐蚀Tygon软管作为进液口，用于构建如第1.1节及补充图1所示的装置。</li>
		<li>准备M9最小培养基（含0.2%葡萄糖）以及含有甲氧苄啶（TMP）药物的培养基。将培养基、培养基瓶、含药培养基瓶、废液瓶和培养管在121 °C条件下进行高压灭菌。 
		注意：TMP为储备液，用于后续配制达到表1中所示浓度的含药培养基，含TMP的培养基不进行高压灭菌。</li>
	</ol>
	</li>
	<li>运行致死恒化器（morbidostat）
	<ol>
		<li>实验第一天，在室温下解冻1 ml冷冻保存的野生型E. coli MG1655细胞5分钟，取120 µl细胞转移至含有约12 ml M9生长培养基的培养管中。从第二天起，每天在室温下解冻前一天保存的1 ml冷冻E. coli细胞5分钟，取120 µl细胞转移至含有约12 ml M9生长培养基的新培养管中。</li>
		<li>开启摇床培养箱，并将温度设定为30 °C，不进行振荡。</li>
		<li>启动致死恒化器，打开微泵、磁力搅拌装置和光密度测量系统。 
		注意：运行过程中采用反馈阈值算法控制药物注入。当测得的光密度超过预设阈值时，药物注入泵启动，同时培养基泵关闭；否则药物注入泵保持关闭，培养基泵持续运行。</li>
		<li>定时监测电压变化，以确认微生物的生长情况。 
		注意：由于反复冻融循环，E. coli细胞每天生长时会出现约4小时的延迟。</li>
		<li>约23小时后，关闭微泵的供电电压，取出培养管。向培养管中加入15%甘油，并将样品在-80 °C下冷冻保存。</li>
		<li>重复步骤2.2.1至2.2.5。</li>
	</ol>
	</li>
</ol>
3. 96 孔板格式中的抗生素敏感性测定
注意：使用96孔板读板仪进行生长速率测定，以确定抗生素抗性水平。
<ol>
	<li>将每日冷冻样品在室温下解冻 5 分钟，取 15 µl 细胞转移至含有约 15 ml M9 培养基的培养管中。培养至 600 nm 处的光密度达到约 0.1。将 15 ml 培养物分装至 1 ml 瓶中，并在此步骤中加入 TMP 药物，以获得如表 1所示的目标药物浓度。</li>
	<li>从步骤 3.1 中取 200 µl 样品，加入酶标仪的每个孔中，培养 12 小时5。在检测过程中，600 nm 波长处的光密度将自动记录。 
	注意：每个数据点均进行三次重复测量并取平均值，以确保数据的一致性。光密度随时间变化的数据可用于计算生长速率。</li>
	<li>绘制生长速率随药物浓度变化的曲线，以确定 IC50。注意，IC50 定义为生长速率降至最大生长速率的 50% 时所对应的药物浓度5。</li>
</ol>
4. 微流控装置中单细胞形态与抗生素敏感性的测量
<ol>
	<li>按照文献所述方法15，通过多层软光刻技术使用PDMS制备微流控装置。
	<ol>
		<li>采用光刻技术制备控制层和流动层的光刻胶模具。注意，对于控制层，使用负性光刻胶（约15 µm高度）和正性光刻胶（约8 µm高度），在洁净硅片上制作模具。</li>
		<li>分别以5:1和20:1的交联比例配制用于控制层和流动层的PDMS混合物。将混合物置于真空干燥器中脱泡1小时。</li>
		<li>将硅片上的控制层光刻胶模具暴露于三甲基氯硅烷（TMCS）蒸气中。通过将PDMS混合物（交联比例5:1）浇铸在控制层光刻胶模具的硅片上，制备厚度约为6 mm的控制层。在烘箱中80 °C条件下烘烤40分钟，持续1小时。</li>
		<li>通过旋涂PDMS混合物（交联比例20:1，转速3,000 rpm，持续60秒）在流动层光刻胶模具上制备流动层。在烘箱中80 °C条件下烘烤30分钟，持续1小时。</li>
		<li>使用剃刀将控制层切割成所需芯片尺寸（通常为3 cm × 2 cm），并手动剥离控制层。将控制层置于流动层上方，并在体视显微镜下进行对齐。将对齐后的组件在80 °C烘箱中固化过夜。随后，将组件浸泡在塑料容器中的250 ml去离子水中5小时，以溶解残留的TMCS。</li>
		<li>接着，使用20 G针头打出入孔，并通过空气等离子体处理（气压1.2 Torr，处理40秒）将整个弹性体键合至涂有空白PDMS层的玻璃载片上（PDMS交联比例5:1，转速2,000 rpm，持续30秒）。</li>
		<li>在80 °C条件下长时间烘烤36小时，以降低PDMS的细胞毒性。注意，此烘烤步骤对于最小化对细菌细胞的毒性至关重要。</li>
	</ol>
	</li>
	<li>芯片上生长实验
	<ol>
		<li>在将样品加载至微流控装置前，先用去离子水冲洗1小时，再用M9培养基冲洗1小时。</li>
		<li>在室温下解冻当日冷冻样品5分钟，并接种至含有新鲜M9培养基的新试管中。将样品置于37 °C摇床培养箱中过夜培养。</li>
		<li>用M9培养基将微生物样品稀释10倍，并通过将微生物样品容器加压至5 psi将其加载至微流控装置中。然后通过将药物培养基容器加压至5 psi，将TMP药物培养基加载至芯片中。通过驱动微流控芯片上两个腔室之间的微机械阀15分钟，实现微生物与药物的混合。</li>
		<li>将微流控芯片置于倒置显微镜上的显微镜培养箱中。使用安装在倒置显微镜上的CCD相机，每小时采集一次生长腔内的细胞图像，持续8小时。</li>
		<li>使用自定义程序脚本，基于细胞图像数据的阈值算法计算细胞数量18。注意，细胞数量数据通常在三个微流控腔室上取平均值。</li>
	</ol>
	</li>
</ol>

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</ol>

作者无任何利益冲突需要披露。

本文展示了一种由低成本组件构成的小型化病态恒化器装置。该装置记录的药物耐药性水平升高情况与先前报道的结果一致5。该装置专为药物耐药性的进化研究而设计，亦可潜在应用于许多其他实验。首先，可针对大量临床相关抗生素建立药物诱导突变的综合数据库。例如，通过简单增加实验中使用的药物数量，即可研究多重耐药性的进化路径。本文所报道模块的主要优势在于其灵活的可配置性，能够在不同实验条件下实现大规模、并行的实验操作。
尽管该概念已在微流控测量中得到验证，但通过将微流控技术与流体技术相结合，可显著提升其研究能力23。由于试剂消耗减少和人力需求降低，每次测量的成本（规模经济）大幅下降。在此，可从微流控平台中提取单细胞形态学数据。最近，单细胞微流控形态学检测已在临床微生物学实验室中成功应用，其性能可与标准的肉汤连续稀释试验相媲美24。随着微流控设备的日益普及，结合多种技术将能够实现大规模、高通量的实验室进化实验。
运行恒病培养仪（morbidostat）时有几个关键步骤。首先，由于磁力...

自从第一种抗生素药物青霉素问世以来，微生物的抗生素耐药性已发展成为一项全球性健康问题1尽管抗生素耐药性的获得可以进行回溯性研究 体内，这些实验的条件通常在整个进化过程中未能得到充分控制2或者，适应性实验室进化可用于揭示微生物物种在环境胁迫或抗生素药物选择压力下的分子进化过程。3最近，许多设计严谨的抗生素耐药性进化实验阐明了抗生素耐药性的产生机制。例如，Austin 团队在经过合理设计的微流控分隔环境中，证明了耐药性的快速出现。4新近开发的病态恒化器可在药物选择压力下诱导系统性突变5,6. 莫里布多斯泰特（morbidostat）是一种微生物筛选装置，可连续调节抗生素浓度以维持近乎恒定的菌群数量，相较于微生物学中使用的波动试验，是一项重大进步7,8在波动试验中，将抗生素以高浓度加入，筛选并计数存活的突变体。而在恒病器中，微生物持续受到药物压力，从而获得多重突变。
死亡率恒化器的工作原理类似于恒化器，后者是由 Novick 和 Szilard 于 1950 年发明的一种培养装置，通过持续供应营养物质并稀释微生物种群来维持恒定的种群数量9。自问世以来，恒化器已得到发展和改进。目前的微流控恒化器已达到纳升级和单细胞水平的容量。然而，这些设备不适用于适应性进化实验，因为此类实验需要较大的细胞群体以产生大量突变事件10,11。最近，工作体积约为 10 ml 的微型恒化器也被开发出来，以填补升规模生物反应器与微流控恒化器之间的空白12,13。
本文介绍了用于抗生素耐药性研究的一种低成本、自动化死亡率恒定器（morbidostat）的设计与使用方法。该模块可在微生物学实验室的摇床培养箱中使用，硬件需求极低。开源固件也可轻松针对适应性进化等特定应用进行定制，例如代谢工程3。最后，该死亡率恒定器已集成到一种用于抗生素敏感性测试的多重微流控平台中14。

<table><tbody><tr><td>环境振荡培养箱</td><td>BioSan</td><td>ES-20</td><td></td></tr><tr><td>Arduino Leonardo 开发板</td><td>Arduino</td><td>Leonardo</td><td></td></tr><tr><td>680 欧姆碳膜电阻</td><td>Digikey</td><td></td><td>LED 偏置电阻</td></tr><tr><td>100 k欧姆碳膜电阻</td><td>Digikey</td><td></td><td>光电晶体管偏置电阻</td></tr><tr><td>940 nm 发光二极管</td><td>Bright LED Electronic</td><td>BIR-BM13E4G-2</td><td>用于光密度测量</td></tr><tr><td>940 nm 光电晶体管</td><td>Kodenshi&amp;nbsp;</td><td>ST-2L2B</td><td>用于光密度测量</td></tr><tr><td>达林顿对 IC 东芝</td><td>Mouser</td><td>ULN2803APG</td><td>该 IC 驱动微型泵和磁力搅拌装置</td></tr><tr><td>5 V 直流无刷风扇</td><td>ADDA</td><td>AD0405LX-G70</td><td>规格：5 V 供电电压，80&amp;nbsp;mA；可在 www.jameco.com 购买</td></tr><tr><td>压电微泵</td><td>CurieJet</td><td>PS15I-FT-5L</td><td>压力 &gt; 3&amp;nbsp;kPa；流量 &gt;5 ml/min</td></tr><tr><td>Tygon 3350 软管</td><td>Saint Gobain</td><td>ABW00001</td><td>内径：1/32&quot;，外径：3/32&quot;，长度：50&#039;&amp;nbsp;</td></tr><tr><td>磁力搅拌子</td><td>COWIE</td><td></td><td>锥形，尺寸：10&amp;nbsp;mm × 4 mm</td></tr><tr><td>20 ml 玻璃闪烁瓶</td><td>DGS</td><td></td><td>Pyrex 玻璃，直径 28 mm，高度 61 mm</td></tr><tr><td>培养瓶支架</td><td></td><td></td><td>聚甲醛定制加工&amp;nbsp;</td></tr><tr><td>硅胶</td><td>Dow Corning</td><td>Sylgard 184</td><td>用于密封玻璃瓶</td></tr><tr><td>培养基瓶</td><td>VWR</td><td>66022-065</td><td></td></tr><tr><td>Difco M9 最小盐培养基 5×</td><td>BD</td><td></td><td>培养基</td></tr><tr><td>酪蛋白氨基酸</td><td>BD</td><td></td><td>培养基</td></tr><tr><td>葡萄糖</td><td>Sigma</td><td></td><td></td></tr><tr><td>细菌琼脂</td><td>Oxoid</td><td></td><td>用于制备琼脂平板</td></tr><tr><td>LB 培养基（Luria Bertani 培养基）</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>倒置显微镜</td><td>Leica Microsystems</td><td>Leica DMI-LED</td><td>用于微流控测量，使用 40× 物镜，数值孔径 NA = 0.55</td></tr><tr><td>显微镜培养箱</td><td>Live Cell Instrument</td><td>CU-109</td><td>用于微流控测量</td></tr><tr><td>电磁阀</td><td>Pneumadyne</td><td>S10MM-31-12-3</td><td>常开型，1.3 瓦，12 V 直流</td></tr><tr><td>USB 接口卡</td><td>Hobby Engineering</td><td>USBIO24-R 数字输入/输出模块&amp;nbsp;</td><td>用于微流控测量</td></tr><tr><td>空气压缩机</td><td>Rocker Scientific</td><td>ROCKER 440</td><td>微流控系统的压力源；最大压力 80 psi</td></tr><tr><td>公鲁尔锁接头转 1/8&quot; 插管</td><td>ValuePlastics.com</td><td>MTLL230-1</td><td>用于微流控控制</td></tr><tr><td>1/8&quot; 插管转 10-32 螺纹接口</td><td>ValuePlastics.com</td><td>B-1</td><td>用于微流控控制</td></tr><tr><td>母鲁尔锁接头转 10-32 螺纹接口</td><td>ValuePlastics.com</td><td>KFTL-1</td><td>用于微流控控制</td></tr><tr><td>NPN 达林顿晶体管，500 mA，40&amp;nbsp;V（2N6427）</td><td>DigiKey.com</td><td>2N6427GOS-ND</td><td>用于微流控控制</td></tr><tr><td>10 k欧姆碳膜电阻，0.25 W</td><td>DigiKey.com</td><td>P10KBACT-ND</td><td>用于微流控控制</td></tr><tr><td>钽电容，10&amp;nbsp;&amp;mu;F，25 V，10%</td><td>DigiKey.com</td><td>478-1841-ND</td><td>用于微流控控制</td></tr><tr><td>Andor CCD 相机</td><td>Andor</td><td>Zyla 4.2 Plus SCMOS</td><td>用于芯片上微流控成像</td></tr><tr><td>ELISA 酶标仪</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>双组分硅胶&amp;nbsp;</td><td>Momentive</td><td>RTV 615</td><td>用于微流控芯片制备</td></tr><tr><td>SU-8 光刻胶</td><td>Micrchem</td><td>SU8 2015</td><td>用于微流控芯片制备</td></tr><tr><td>AZ4620 光刻胶</td><td>Clariant</td><td>AZ 4620</td><td>用于微流控芯片制备</td></tr><tr><td>等离子清洗机</td><td>Harrick Plasma</td><td>PDC 32G</td><td>用于微流控芯片制备</td></tr><tr><td>20 号注射器针头</td><td>BD</td><td></td><td>用于微流控芯片制备</td></tr><tr><td>Labcycler</td><td>Sensoquest</td><td>Labcycler</td><td>PCR</td></tr><tr><td>DNA 聚合酶</td><td>Toyobo</td><td>KOD Plus</td><td>PCR 扩增</td></tr><tr><td>甲氧苄啶</td><td>Sigma</td><td></td><td></td></tr><tr><td>酶标仪</td><td>Biotek</td><td>Synergy H1 hybrid&amp;nbsp;</td><td>抗生素抗性测量</td></tr></tbody></table>

设计和使用低成本自动化病态恒定器在抗生素药物选择压力下进行细菌的适应性进化

Design and Use of a Low Cost, Automated Morbidostat for Adaptive Evolution of Bacteria Under Antibiotic Drug Selection

我们描述了一种低成本、可配置的病态恒化器，用于表征抗生素耐药性的进化途径。病态恒化器是一种细菌培养装置，能够持续监测细菌生长，并动态调整药物浓度，以在细菌进化获得耐药性过程中持续施加选择压力。该装置的工作体积约为10 ml，具备完全自动化功能，配备光密度检测系统以及用于培养基和药物输送的微泵。为验证该平台的有效性，我们测量了大肠杆菌（Escherichia coli）MG 1655逐步获得甲氧苄啶耐药性的过程，并将该装置与多重微流控平台整合，以研究细胞形态和抗生素敏感性。该方法可扩展应用于实验室中抗生素耐药性的研究，也可推广至代谢工程及其他细菌培养实验中的菌株适应性进化研究。

上述描述的耐药性动态监测仪在图1中进行了示意图展示。该耐药性动态监测仪的常规操作，包括实验性进化、抗生素敏感性测试和细胞形态检查，已在暴露于三甲氧苄啶（trimethoprim, TMP）的E. coli MG1655培养物中得到验证；TMP是一种常用的抗生素药物5,6。TMP可诱导产生非常显著的逐步递增的耐药性，且相关突变集中在二氢叶酸还原酶（dihydrofolate reductase, DHFR）基因周围。因此，TMP是验证耐药性动态监测仪运行效果的一种高效标准药物。每天，微生物的生长预计会超过预设的光密度阈值，从而触发药物注入，如图2a所示。药物注入后应抑制微生物生长，进而导致光密度下降。可能需要进行数次试验运行，以确定最佳药物浓度。经验上，当发现当前药物浓度无法有效抑制生长时，我们将药物培养基的浓度提高5倍。整个实验过程结束后，将每日冷冻保存的样品解冻，并用于测定IC50值，即药物耐药水平的定量指标。 图2b</st...

我们描述了一种低成本、可配置的病态恒定器，该装置通过动态调节药物浓度，实现对抗生素耐药性的表征。该设备可与多重微流控平台集成，该方法可扩展用于实验室中的抗生素耐药性研究。

我们介绍一种低成本、可配置的病态恒定器（morbidostat），用于表征抗生素耐药性的进化途径。该病态恒定器是一种细菌培养装置……

本实验的总体目标是利用莫里博斯塔特（Morbidostat）来表征抗生素耐药性的进化途径，该装置可持续监测细菌生长，并在细菌获得药物耐药性时动态调整抗生素浓度。该技术的主要优势在于其装置由低成本且易于获取的电子元件构成，且可根据特定需求轻松重新配置。实验操作将由本实验室的研究生刘柏成（Po Cheng Liu）和李奕台（Yi Tai Lee）进行演示。组装Morbidostat时，首先使用18号针头在培养瓶瓶盖上打三个孔。将三段聚乙烯管（每段长约七厘米）插入瓶盖的孔中。用胶带包裹瓶盖边缘，作为聚二甲基硅氧烷（PDMS）混合物的模具。然后，在一个150毫升的塑料容器中加入五克PDMS的A组分和0.5克B组分，用牙签手动搅拌。将混合物装入10毫升注射器中。接着，用该注射器将PDMS混合物注入瓶盖上。将整个盖子在 70 摄氏度下烘烤八小时，以固化 PDMS。接下来，使用电烙铁将 LED 阳极与 24 号导线焊接，并将 LED 阴极与碳膜电阻焊接。然后将一个 680 欧姆的碳膜电阻与另一根 24 号导线焊接。使用电工胶带绝缘导线连接处。将光电探测器的集电极与24号导线焊接，将光电探测器的发射极与一个100欧姆碳膜电阻焊接。然后使用电工胶带绝缘导线连接处。将发光二极管放置在培养瓶支架中。根据此处所示的电路图，连接发光二极管，并使用5伏电源供电。通过使用能够检测红外光的数码相机，确认LED正常工作。现在将光电探测器放置在培养瓶支架中。然后根据示意图连接光电探测器，并使用5 V电源为其供电。将导线连接至光电探测器电阻两侧，以测量电子控制板两端的电压。在散热风扇的转轴上粘贴一块磁铁，作为磁力搅拌装置使用。由于磁力搅拌装置由磁铁和冷却风扇构成，因此必须将风扇的支架与培养管对齐。同时，培养管与磁铁之间的距离也非常关键，以确保设备稳定运行。将培养管的每一段聚乙烯管分别连接到对应微泵、培养基瓶和废液瓶的硅胶管上。打开泵并运行一小时，测量从培养基瓶泵入培养管的总体积，以确定泵速。典型的泵送速率应约为每小时四毫升，对应于培养管工作体积为12毫升时的稀释速率D = 0.33每小时。装置组装完成后，将整个装置置于中等尺寸的摇床培养箱中。为预先测试 Morbidostat，将散热风扇的电源电压设置为 5 伏，以启动电机并测试磁力搅拌子。在按照文本方案制备一系列大肠杆菌样品并绘制校准曲线后，准备培养小瓶，并使用三段长度均为 7 厘米、内径为 1/32 英寸、外径为 3/32 英寸的超耐化学腐蚀 Tygon 软管作为进样口，以组装装置。制备含 0.2% 葡萄糖的 M9 最小培养基，以及含有药物甲氧苄啶（Trimethoprim 或 TMP）的 M9 培养基。然后在121摄氏度下使用高压灭菌器对培养基、培养基瓶、加药培养基瓶、废液瓶和培养小瓶进行灭菌。实验第一天，在室温下解冻一毫升冷冻的野生型大肠

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Research

科研

JoVE Journal

Genetics

遗传学

设计与低成本的使用，自动Morbidostat细菌的适应性进化在抗生素药物的选择

本文演示了一种针对特定目标序列构建随机突变文库的简单方案。我们展示了该方法如何在大肠杆菌（Escherichia...

在 E. coli 中进行蛋白质定向进化的诱变与功能筛选方案

来源：Liu, P. C., et al. 一种低成本、自动化莫比恒化器的设计与使用：用于抗生素药物筛选条件下细菌的适应性进化。 J. Vis. Exp. (2016)本视频展示了如何使用微流控芯片在甲氧苄啶抗生素胁迫条件下，对野生型和耐甲氧苄啶的大肠杆菌（E.

在微流控芯片上培养细菌以研究抗生素耐药性

来源： Jian, X., et al., 利用微生物微滴培养系统（MMC）实现微生物自动化培养与适应性进化。J. Vis. Exp.

利用微生物微滴培养系统进行细菌的适应性进化

细胞生长速率是一个受调控的过程，也是决定细胞生理状态的主要因素。利用恒化器进行连续培养，可通过营养限制对外部细胞生长速率进行控制，从而有助于研究调控细胞生长的分子网络，以及这些网络如何演化以优化细胞生长。...

化学恒定器在微生物系统生物学中的应用

我们开发并验证了一种小型化微型恒化器阵列，该装置由 readily available...

多重恒化器阵列的设计与应用

细菌在其生命周期中可能积累有害或有益的突变。在细胞群体中，携带有益突变的个体可能迅速战胜其他个体。本文介绍一种简单的方法，通过使用荧光标记的个体，随时间推移可视化细菌群体内的种内竞争。...

通过共培养荧光标记菌株监测细菌种群内的种内竞争

本文介绍了一种利用恒化器培养技术在特定条件下对微生物进行适应性实验室进化的实验方案，并讨论了进化菌株的基因组分析方法。...

使用恒化器进行微生物适应性实验室进化的操作步骤

本文介绍了一种用于检验多拷贝质粒在抗生素耐药性进化中作用的实验方法。...

检测多拷贝质粒在抗生素耐药性进化中的作用

使用 eVOLVER 设计自动化、高通量、连续细胞培养实验

快速高效地定量细胞内结核分枝杆菌（M.

用于结核病宿主导向疗法临床前测试的自动化培养系统

本方案提供了一种通过自动化辅助的基因文库构建与评估，对基因编码的生物传感器进行系统性全局优化的方法。该方法结合实验设计（design-of-experiment）策略，以简化实验流程，并实现对基因元件的选择，从而将生物传感器调节至特定的设计目标。...

利用实验设计与自动化工作流程实现基因编码生物传感器设计空间的高效采样

学习使用低成本自动Morbidostat研究细菌抗生素耐药性进化。该装置可实时监测细菌生长并动态调整药物浓度，为微生物学研究提供可重构的实验平台。

设计和使用低成本自动化病态恒定器在抗生素药物选择压力下进行细菌的适应性进化

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