2016年11月1日
核酸是评估生物系统的常见分析物;然而,酶学操作可能引入偏差,令人担忧。本文介绍了一种使用聚苯胺进行核酸无标记检测的方法。这种灵敏且成本效益高的传感器技术能够区分分子间单个核苷酸的差异。
本实验的总体目标是合成可分散于水中的聚苯胺,用于无标记检测核酸。该技术是一种经济高效的核酸检测方法。采用该技术的实验室会发现其操作简便、结果稳定且灵敏度高。
该技术的主要优势在于无需标记,可直接用于检测RNA和DNA,无需进行酶学操作。该技术在新型诊断技术领域具有应用潜力,且由于无需标记,可用于处理患者样本,操作步骤极少。直观的演示将有助于阐明传感器的工作原理。
该平台涵盖了聚合物科学和生物学,这些内容看似非常奇特,但实际上却异常容易实现。在250 ml圆底烧瓶中,将苯胺完全溶解于60 ml氯仿中。在600 RPM下搅拌5分钟后,用冰将溶液冷却至0至5摄氏度。
这通常需要15到20分钟。接下来,在圆底烧瓶中将十二烷基苯磺酸钠加入苯胺溶液,同时以600 RPM的速度搅拌。将过硫酸铵溶解于20 ml水中,并在30分钟内逐滴加入,以避免反应过热。
在 0 至 5 摄氏度下进行反应 24 小时。观察反应混合物在 15 分钟后最初变为乳白色,两小时后变为深棕色,24 小时后最终变为深绿色。然后让其继续在室温下放置 24 小时。
使用布氏漏斗过滤聚苯胺十二烷基苯磺酸钠溶液。将滤液与80 ml氯仿和120 ml水在分液漏斗中混合。室温孵育溶液24小时,然后从分液漏斗中收集深绿色的聚苯胺,未反应的十二烷基苯磺酸钠和过硫酸铵(APS)则保留在水相上清液中。
将PANI溶液用氯仿水稀释10倍,然后在微量离心管中加入200微升稀释后的PANI溶液与6.4微摩尔的探针DNA寡核苷酸,轻轻摇动15分钟使其混合。使用交联仪以每平方厘米1200微焦耳的紫外线照射PANI-DNA溶液2分钟。紫外线照射必须严格控制在指定剂量,这一点至关重要。
长时间暴露于紫外光会降低PANI的荧光变化,这可能是由于PANI与DNA之间发生了共价交联泄漏。在17,000 × g条件下离心6分钟,沉淀复合物,并用磷酸盐缓冲液(PBS)洗涤。再次离心沉淀后,重悬于PBS中。
向200微升PANI探针复合物中加入8微升100微摩尔的互补DNA寡核苷酸或目标核酸。在40摄氏度下轻轻摇动溶液混合物15分钟,进行杂交反应。然后在17,000 × g离心6分钟使PANI复合物沉淀,用PBS洗涤后重悬于水中。
将不同处理的PANI加入96孔微孔板中,在250纳米激发波长下,测定270至850纳米范围内的发射荧光。PANI的发射峰应在约500纳米处出现。为进行杂交双链的荧光显微镜检测,将PANI滴涂在硼硅酸盐玻璃盖玻片上,并在40摄氏度下干燥48小时。
在干燥的PANI薄膜上加入8 µL 100 µmol的探针,然后用紫外光照射2分钟。照射后,用PBS洗涤PANI探针膜,并在40 °C下干燥48小时。通过加入目标核酸进行15分钟的杂交反应。
这可以是生物样本或受控的目标寡核苷酸。随后用PBS洗涤。使用500纳米长通滤光片,在40倍放大下获取荧光图像。
图中显示了在紫外照射增强下聚苯胺(PANI)与DNA探针之间的静电相互作用。靶核酸的杂交引发双链形成,导致结构构象改变,从而使探针-靶标复合物从PANI表面解离。该图展示了在溶液和固体涂层介质中,有无探针存在时PANI荧光的变化情况。
荧光的增强是由于带负电荷的 DNA 产生的电子流,从而增加了聚合物的电子密度。当互补的目标寡核苷酸发生杂交时,探针会脱离,导致罗勒荧光的恢复。相反,与单个错配的目标寡核苷酸杂交则不会引起罗勒荧光的恢复。
该技术的主要创新之处在于采用弱紫外光实现精确相互作用,从而有助于区分非特异性结合与光诱导相互作用。一旦掌握,该技术操作本身耗时可达两小时,不包括感应时间和涂层干燥时间。在进行该实验时,需注意DNA可溶于水,而酸性茶液实际上会改变聚苯胺(PANI)的电子特性。
观看本视频后,读者应能充分理解如何合成水分散型聚苯胺,并利用其荧光特性检测核酸。读者将能够固定探针DNA并进行杂交以检测目标物。在操作单体时,需注意该合成过程具有危险性,必须在通风橱中进行,并佩戴护目镜、手套和实验服等防护装备。
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本文介绍了一种利用聚苯胺进行无标记核酸检测的方法。该技术成本低廉且灵敏度高,无需酶学操作即可区分单核苷酸差异。
无标记核酸检测通过消除引入变异性和成本的酶促步骤,解决了诊断开发中的一个关键瓶颈。基于聚苯胺的传感器能够直接、灵敏地检测单核苷酸差异,支持早期靶点验证和检测特异性评估。该方法通过提供一个稳健且低成本的平台,用于核酸靶向治疗药物的机制性风险排除,从而提高了先导化合物筛选中的预测可信度。
该方法适用于从靶点验证到检测优化,再到临床前分析的整个发现过程,提供了一个可在不同模式下重复使用的核酸检测平台。