Experimental Design for Laser Microdissection RNA-Seq: Lessons from an Analysis of Maize Leaf Development

Robyn M. Johnston; Anne W. Sylvester; Michael J. Scanlon

doi:10.3791/55004

JoVE Journal
Biochemistry

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

JoVE Journal Biochemistry

Experimental Design for Laser Microdissection RNA-Seq: Lessons from an Analysis of Maize Leaf Development

激光显微切割RNA测序实验设计:从玉米叶片发展的经验分析

Full Text

10,055 Views

10:08 min

March 5, 2017

DOI: 10.3791/55004-v

Robyn M. Johnston¹, Anne W. Sylvester², Michael J. Scanlon¹

¹Plant Biology Section, School of Integrative Plant Science,Cornell University, ²Department of Developmental Genetics,University of Wyoming

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

许多发育上重要的基因具有细胞或组织特异性的表达模式。本文描述了 LM RNA-seq 实验，以鉴定与野生型相比在玉米叶片-鞘边界和 lg1-R 突变体中差异表达的基因。这里讨论的实验考虑适用于其他发育现象的转录组学分析。

该方法的总体目标是量化特定细胞或细胞结构域中的转录本积累，以便可以在不同结构域之间或突变型和野生型样品中的等效结构域之间进行比较。这种方法可以帮助回答发育生物学中的关键问题，例如器官结构域是如何指定的或特定突变如何影响基因表达。该技术的主要优点是转录本积累可以以微小、精确定义的结构域进行量化，这些结构域太小而无法手动解剖。

在开始此程序之前，在标准条件下将玉米幼苗培养成平地至两周龄。要解剖侧面切片的芽尖，首先在土壤线下方切除幼苗。然后用剃须刀片从茎的基部去除薄片，直到看到一个被一两片成熟叶子包围的椭圆形平静。

View the full transcript and gain access to thousands of scientific videos