2019年4月1日
在本研究中,我们描述了一种分析 C924T 基因型的方法。该方案包括三个步骤:DNA 提取、聚合酶链式反应(PCR)扩增,以及在琼脂糖凝胶上进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析。
该方法有助于解答血栓形成与止血领域中的关键问题,特别是识别接受阿司匹林治疗的高危患者中更易发生动脉粥样硬化性血栓事件的个体。该技术的主要优势在于成本低廉、操作简便、使用方便、效率高,并可快速鉴定C924T多态性。尽管该方法可为动脉粥样硬化性血栓形成研究提供重要信息,还可应用于其他系统,例如涉及个体化医学或特定药物的多态性研究,以理解药理学上的个体反应差异。
演示该实验操作的是本实验室的技术员Sebastiano Ursi博士。配制pH为8.0的Tris EDTA缓冲液时,取200微升0.5摩尔EDTA和1毫升1摩尔Tris氯化物加入烧杯中,再用无菌水定容至100毫升,室温保存。接下来,通过加入所有试剂配制1升10倍浓缩电泳缓冲液原液,随后将缓冲液于室温保存。
接下来,通过加入所有试剂并用无菌水定容至100毫升来配制上样缓冲液。配制完成后,将染料在4摄氏度下保存数月。将50毫升10倍浓度TBE缓冲液加入450毫升水中,以制备1倍浓度TBE缓冲液溶液。
在600毫升烧杯中加入4克琼脂糖和200毫升1×TBE缓冲液,以制备200毫升2%琼脂糖凝胶。已凝固的琼脂糖凝胶若储存在室温下,可通过在沸水浴中60°C加热15至20分钟,或在微波炉中加热35分钟使其重新溶解,溶解时需加入少量水以补偿琼脂糖浓度的升高。将烧杯置于磁力搅拌器上持续搅拌约5分钟,直至琼脂糖悬浮均匀,然后在电热板上加热约10分钟,或在微波炉中加热3分钟,直至琼脂糖完全溶解。
DNA纯化后,通过移液器反复吹打管内液体,轻柔混匀新鲜的DNA样品。必须获得10至50纳克从人源样本中提取的高质量模板DNA。因此,我们更倾向于使用全自动DNA纯化方法,而非半自动或手动方法。
开始纯化前,首先通过测量260、280和320纳米处的吸光度来定量并计算DNA的纯度,然后使用无菌水稀释样品。接着,校准分光光度计。配制PCR反应时,在0.2毫升微量扩增管中加入所有试剂,配制总体积为25微升的PCR预混液。
然后将PCR管放入自动热循环仪中,扩增纯化的DNA样品。程序结束后,将反应管置于4摄氏度以终止反应。在DNA的无酶水中加入10倍酶缓冲液和每微升5单位的限制性内切酶,总体积为22.5微升。
接下来,将2.5 µL PCR产物加入一个新的PCR管中,然后向PCR产物中加入22.5 µL限制性消化反应混合液。将PCR产物与限制性消化主混合液在37°C孵育4小时,随后加入0.5 µg/mL溴化乙锭染色10分钟。将凝胶倒入凝胶托盘中,并插入加样孔梳子,使凝胶充分凝固。
现在将1× TBE缓冲液倒入电泳槽中,直至完全覆盖凝胶。使用细尖吸头将6 µL扩增后经消化的DNA加入凝胶的加样孔中,同时在另一相邻的加样孔中加入DNA Marker。随后,开启电泳仪。
为了鉴定 TBXA2R 基因中的 C924T 遗传多态性,进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析。在凝胶中,野生型主等位基因显示为 395 和 144 个碱基对的两条条带,而突变型次要等位基因则仅出现一条 539 个碱基对的条带,表明该位点未被限制性内切酶切割。有趣的是,杂合型等位基因则同时呈现 395、144 和 539 个碱基对的三条条带。
接下来,通过序列分析确认 C924T 多态性。高亮的序列表示该多态性位点。一旦掌握,若操作得当,该技术可在约八小时内完成。
在尝试此操作时,需要注意该方法仅适用于单次工作过程中少量的剪切操作和少数样本。完成此步骤后,可进一步采用其他方法(如剪切分析)来回答更多问题,例如涉及动脉粥样血栓形成过程的其他通路的重要性。该技术在建立后,为分子生物学领域的研究人员探索此疾病初始发生与发展过程中显著存在的遗传变异铺平了道路。
观看本视频后,您应能够充分理解如何通过PCR-RFLP样本的凝胶电泳分析,评估血栓素A2受体基因在C924T多态性位点的基因型。请务必注意,溴化乙锭和紫外光源的使用可能具有极高危险性,因此在操作过程中必须采取防护措施,例如佩戴手套、护目镜或面罩以及其他保护装置。
本研究介绍了一种通过三个步骤分析C924T基因型的方法,包括DNA提取、PCR扩增和限制性片段长度多态性(RFLP)分析。该技术在血栓与止血领域具有重要应用价值,可用于识别易发生动脉粥样硬化性血栓形成风险的患者。
基因多态性分析能够实现对易感动脉粥样硬化性血栓事件的患者亚群进行早期识别,有助于心血管药物研发中的风险分层。血栓素A2受体基因的C924T变异与阿司匹林反应个体差异之间存在机制性关联,可为靶点验证和患者筛选策略提供依据。该基因分型方法通过在高风险人群中建立基因型与表型结局之间的关联,为降低治疗假设风险提供了经济有效的途径。
该方法通过在先导化合物优化和临床前验证之前实现基于基因型分层的假设检验,契合了药物发现的连续过程。