用于抗倍体植入前基因测试的半导体测序

我们在这里介绍的协议是一种快速和低成本的半导体，基于测序的方法，用于筛选胚胎中的非倍体。执行模板扩增的精炼协议以及测序库的排列使PGTA检测具有可重复性、高吞吐量、成本效益和节省时间。此半导体音序器的运行时间只有两到四个小时。

将从接收样品缩短为五天的周转时间。此方法为非倍体筛选、拷贝数变异和单核苷酸多态性调用提供基因组测序。由于不同的测序化学，此协议编写的库不能直接在其他测序系统上排序。

但同一的测序器，但不同的库准备，它能够做非侵入性产前筛查。演示该程序将是郭湘春，一个技术员从我们实验室。要开始测序，每个稀释库的涡流，并在微型离心机上短暂旋转四次，每次旋转三秒钟。

然后，采取每个库的五微升，池入无核，一点五毫升管。漩涡混合库，在迷你离心机上短暂旋转三秒钟。将 150 微升的破碎溶液添加到两个新的恢复管中。

安装新的恢复管、恢复路由器和放大板。将油瓶倒置三次。混合。确保机油和回收液至少已满三分之二。

旋转主混合PCR缓冲液30秒，在迷你离心机上短暂旋转3秒钟。旋转球体颗粒和混合库一分钟，并在微型离心机上短暂旋转三秒钟。接下来，准备2400微升结扎混合，通过添加172微升无核酸酶，8微升的混合库，120微升的酶混合物，和100微升的球体颗粒，到管内含有2000微升的主混合PCR缓冲液。

将移液器设置为 800 微升，并通过样品端口将连接混合物加载到反应过滤器中。将油瓶倒置三次，使用 P1000 移液器将 200 微升反应油添加到反应过滤器中。选择程序质子，然后选择辅助按钮，以确保设备已正确设置，按照显示器上的说明。

然后单击"下一步"以启动程序。将乳液PCR产品样品装载100微升，洗涤珠130微升，ES洗涤溶液300微升，将熔离溶液装入8管条。将八根管条放在浓缩系统中。

安装移液器尖端和新的零点两毫升管，然后启动程序。将零点两毫升管在 15，500 倍 G 下离心五分钟。丢弃上一杯，并保留十微升的浓缩产品。

将200微升无核酸水加入管中，通过涡流混合。再次将零点两毫升管离心。丢弃上一杯，并保留10微升的浓缩产品。

将 90 微升无核酸水加入管中，通过涡流混合。要准备模板，请旋转正控并短暂旋转。在浓缩产品的100微升中加入5个正控微升。

涡流和离心机在15，500次G下5分钟。丢弃上一点，并保留模板的 10 微升。接下来，向模板管添加 20 微升测序底片和 15 微升退火缓冲液。

旋转管，在迷你离心机上短暂旋转三秒钟。用加热盖将管子孵育在热循环器中。然后向管中加入10微升的装载缓冲液。

通过上下移液混合。通过上下移液将 55 微升样品混合，将样品加载到芯片的加载井中。保持用过的移液器尖端和零点两毫升PCR管。

当一些样品进入芯片时，将芯片放在芯片微型离心机上。检查位置并离心芯片 10 分钟。通过将500微升退火缓冲液和500微升无核酸酶水加入一点5毫升管中，准备50%退火缓冲液。

准备冲洗溶液，将500微升退火缓冲液和500微升100%2-丙醇加入一点5毫升管中。然后，准备发泡混合物，将 50% 退火缓冲液的 49 微升和发泡溶液的一微升添加到两个新的一点五毫升管中。移液器空气进入其中一个发泡混合物，并加载120微升的气泡到装载井。

将过量排出的液体从出口井转移到装载井，并在芯片微型离心机上离心30秒。对第二个发泡混合物重复该工艺。将 50% 退火缓冲液的 55 微升添加到零点两毫升管中。

使用保持的移液器尖端上下移液器。将退火缓冲液的所有 55 微升加载到装载井。在指定的芯片微型离心机上将芯片离心 30 秒。

将冲洗溶液的100微升装入芯片装载井，然后从出口井中丢弃排出的液体。重复此加载步骤一次。将100微升的50%退火缓冲液装进芯片负载井中。

重复此加载步骤共三次。将 50% 退火缓冲液中的 60 微升和测序酶的 6 微升加入新的一点五毫升管中。通过上下移液混合。

慢慢移液器65微升这种混合溶液进入芯片加载井，避免气泡。使芯片远离光线，并在室温下孵育五分钟。最后，在孵育后，立即将芯片加载到音序器上，然后单击屏幕上的"开始测序运行"以开始排序。

对186个裂解阶段和1135个胚胎进行回顾性统计分析，导致两种样本的WGA成功率超过95%。裂解阶段组的测序质量控制失败率为3.4%，在囊肿阶段组中只有1.9%。除了异常，测序数据还可用于其他分析。

例如，大小小于 5 兆基的拷贝数变化，或 mycondrial DNA 分析，具体取决于测序深度和质量。随着拷贝数调用的改进，研究人员可以进一步研究人类早期胚胎中染色体马赛克的未来。