Name: 用噻唑橙代替溴代或替代染料进行 DNA 电泳 (视频) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-03-31T13:00:00.000+00:00
Duration: 4 min 18 s
Description: 学习使用噻唑橙替代溴化乙锭进行DNA凝胶电泳检测，该方法可利用蓝光安全成像，减少DNA损伤，提高下游实验成功率，是一种简便经济的分子生物学技术。

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本工作获得了克里斯托弗纽波特大学提供给TDG的启动资金支持。&#160;

1. 凝胶制备
注意：有关常规凝胶电泳实验方案，请参见 P.Y. Lee，et al.14.&#160;
<ol>
	<li>将琼脂糖（约 1% w/v，可根据特定大小分离需求调整百分比）溶于缓冲液中（迷你凝胶（8 x&#160;7 cm）约需 70 mL）。常用缓冲液为 TAE（Tris-乙酸-EDTA，40 mM Tris，20 mM 乙酸，1 mM EDTA，pH 约 8.6）或 TBE（Tris-硼酸-EDTA，90 mM Tris，90 mM 硼酸，2 mM EDTA，pH 约 8.3）。</li>
	<li>加入硫唑橙（thiazole orange），使其终浓度为 1.3 μg/mL。
	<ol>
		<li>将硫唑橙溶于 DMSO 中，配制成 10,000 倍浓缩液（13 mg/mL）。硫唑橙对光不特别敏感，但不使用时应避光保存。该溶液在室温下可稳定保存数月；如需长期保存，可将溶液分装后冷冻（DMSO 在普通冰箱中会冻结）。使用前务必完全融化并充分混匀冷冻保存的溶液。&#160; 
		注意：凝胶也可在电泳后用硫唑橙染色（见步骤 2.6）。尽管硫唑橙相比溴化乙锭具有更高的安全性，但仍应遵循标准分子生物学实验室安全操作规范。&#160;</li>
	</ol>
	</li>
	<li>将琼脂糖、缓冲液和硫唑橙的混合物放入微波炉中加热，以溶解琼脂糖（约 60 秒）。此步骤通常称为“熔化”。如需要，可轻轻旋转混匀（5 秒）以促进溶解。&#160; 
	注意：如更方便，也可在微波加热后加入硫唑橙。</li>
	<li>将琼脂糖溶液稍冷却后，倒入含有合适梳子的凝胶制备装置中。</li>
	<li>让琼脂糖溶液凝固成胶。&#160;</li>
</ol>
2. 上样并运行凝胶电泳
<ol>
	<li>如果尚未将凝胶放入电泳装置中，请将其放置到位。</li>
	<li>加入电泳缓冲液（TAE 或 TBE，同上），直至完全覆盖凝胶表面。</li>
	<li>使用上样染料加载 DNA 样品（通常为 10 μL），并同时加入 DNA 分子量标记物作为参照。</li>
	<li>盖上盖子并连接电极（凝胶应朝向红色阳极（正极）方向进行电泳）。</li>
	<li>施加电压（对于小型凝胶通常约为 100 V，但根据凝胶尺寸可能需要调整电压，以防止损坏凝胶），直至上样染料迁移至适当距离（小型凝胶约为 4–7 cm，具体距离可根据实际应用情况有所变化）。 
	注意：与溴化乙锭及其他许多 DNA 结合染料类似，硫唑橙（thiazole orange）带正电荷。因此，这类染料在电场中的迁移方向与 DNA 相反。对于需要较长电泳时间以实现更好分离的样品，染料最终会与较小的 DNA 片段分离，导致染色信号减弱。在此情况下，应按照步骤 2.6 对凝胶进行染色。该现象并非硫唑橙特有，任何可逆结合 DNA 的带正电荷染料均会表现出类似行为（包括溴化乙锭、硫唑橙及其他类似染料）。</li>
	<li>若未在制胶前加入硫唑橙（步骤 1.2），则需将凝胶浸入含硫唑橙的缓冲液中进行染色。
	<ol>
		<li>配制足够量的含 1.3 μg/mL 硫唑橙的缓冲液（TAE 或 TBE），完全覆盖凝胶，并在轻微振荡条件下浸泡，直至条带清晰可见（约 20 分钟）。</li>
	</ol>
	</li>
</ol>
3. 噻唑橙琼脂糖凝胶的可视化（紫外透射仪）
<ol>
	<li>从电泳装置中取出凝胶，并放置在紫外透射仪上。 
	注意：紫外线对皮肤和眼睛有害。务必佩戴适当的眼部防护（护目镜）和面部防护（面罩）。手部应戴手套，并穿戴长袖衣物。</li>
	<li>如需要，可从凝胶中切下目标DNA条带（例如用于后续的酶切或连接反应）。在切割过程中，应尽可能缩短凝胶暴露于紫外光下的时间。紫外线（无论是否使用DNA染料）均会损伤DNA。&#160;</li>
	<li>使用 readily available 的试剂盒或方案从凝胶切片中提取DNA15。</li>
</ol>
4. 噻唑橙琼脂糖凝胶的可视化（蓝光透射仪或手电筒）
<ol>
	<li>从电泳装置中取出凝胶，并置于蓝光透射仪（最大发射波长约 470 nm）上。或者，也可使用蓝光 LED（约 470 nm）手电筒从上方或下方照射凝胶。 
	注意：尽管使用蓝光透射仪与溴化乙锭结合时灵敏度较低，但可通过此蓝光方案检测溴化乙锭染色的 DNA。</li>
	<li>使用琥珀色发射滤光片（约 560 nm 长通，可为护目镜或方形滤光片）过滤蓝光，以便观察 DNA 与硫唑橙复合物的荧光。&#160; 
	注意：若不使用琥珀色发射滤光片，由于蓝光激发光源强度较高，将极难观察到 DNA 条带。&#160; 
	警告：尽管蓝光不具备急性组织损伤能力（与紫外光不同），但长时间暴露于高强度蓝光可能损伤眼睛，因此应使用琥珀色发射护目镜或滤光片。</li>
	<li>如需进一步应用，可从凝胶中切下目标 DNA 条带。 
	注意：由于蓝光不会损伤 DNA，因此无需像步骤 3.2 中使用紫外光激发时那样迅速切下条带。</li>
	<li>使用现成的试剂盒或方案从凝胶切片中提取 DNA15。</li>
</ol>
5. 图像采集
<ol>
	<li>在凝胶成像装置中选择合适的激发和发射参数。硫唑橙的激发与发射波长（λex,max = 510 nm（488 nm 和 470 nm 也有较强激发，此外在紫外波长下也有强激发）；λem = 527 nm）与常见的可被蓝光检测的商用染料几乎相同，因此仪器可能已预设了可直接使用的滤光片参数。&#160; 
	注意：某些用于蓝光检测商用染料的滤光设置实际上使用有害的紫外光进行激发，因此在成像后需切割条带时应格外小心。若可能，在成像后需切取DNA条带时应使用蓝光激发光源。</li>
	<li>若缺乏配备合适滤光片的成像系统，可在相机与凝胶/蓝光激发光源之间放置一个琥珀色滤光片。</li>
</ol>

<ol><li>O'Neil, C. S., Beach, J. L., Gruber, T. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Thiazole+orange+as+an+everyday+replacement+for+ethidium+bromide+and+costly+DNA+dyes+for+electrophoresis%5BTitle%5D)+AND+%22Electrophoresis%22%5BJournal%5D)">Thiazole orange as an everyday replacement for ethidium bromide and costly DNA dyes for electrophoresis.</a> Electrophoresis. 39 (12), 1474-1477 (2018).</li>
<li>McCann, J., Choi, E., Yamasaki, E., Ames, B. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+carcinogens+as+mutagens+in+the+Salmonella%2Fmicrosome+test%3A+assay+of+300+chemicals%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Detection of carcinogens as mutagens in the Salmonella/microsome test: assay of 300 chemicals.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 72 (12), 5135-5139 (1975).</li>
<li>Evenson, W. E., Boden, L. M., Muzikar, K. A., O’Leary, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((1H+and+13C+NMR+Assignments+for+the+Cyanine+Dyes+SYBR+Safe+and+Thiazole+Orange%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Organic+Chemistry%22%5BJournal%5D)">1H and 13C NMR Assignments for the Cyanine Dyes SYBR Safe and Thiazole Orange.</a> The Journal of Organic Chemistry. 77 (23), 10967-10971 (2012).</li>
<li>Beaudet, M., Cox, G., Yue, S. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBeaudet%2C+M+%22Molecular+Probes%2C+Inc%22">Molecular Probes, Inc</a>. , USA. WO/2005/0333342 (2005).</li>
<li>Pfeifer, G. P., You, Y. H., Besaratinia, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mutations+induced+by+ultraviolet+light%5BTitle%5D)+AND+%22Mutation+Research%22%5BJournal%5D)">Mutations induced by ultraviolet light.</a> Mutation Research. 571 (1-2), 19-31 (2005).</li>
<li>Cariello, N. F., Keohavong, P., Sanderson, B. J., Thilly, W. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+damage+produced+by+ethidium+bromide+staining+and+exposure+to+ultraviolet+light%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">DNA damage produced by ethidium bromide staining and exposure to ultraviolet light.</a> Nucleic Acids Research. 16 (9), 4157(1988).</li>
<li>Hartman, P. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transillumination+can+profoundly+reduce+transformation+frequencies%5BTitle%5D)+AND+%22BioTechniques%22%5BJournal%5D)">Transillumination can profoundly reduce transformation frequencies.</a> BioTechniques. 11 (6), 747-748 (1991).</li>
<li>Lee, L. G., Chen, C. H., Chiu, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Thiazole+orange%3A+a+new+dye+for+reticulocyte+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Cytometry%22%5BJournal%5D)">Thiazole orange: a new dye for reticulocyte analysis.</a> Cytometry. 7 (6), 508-517 (1986).</li>
<li>Nygren, J., Svanvik, N., Kubista, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Interactions+Between+the+Fluorescent+Dye+Thiazole+Orange+and+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Biopolymers%22%5BJournal%5D)">The Interactions Between the Fluorescent Dye Thiazole Orange and DNA.</a> Biopolymers. , 1-13 (1998).</li>
<li>Svanvik, N., Westman, G., Wang, D., Kubista, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Light-Up+Probes%3A+Thiazole+Orange-Conjugated+Peptide+Nucleic+Acid+for+Detection+of+Target+Nucleic+Acid+in+Homogeneous+Solution%5BTitle%5D)+AND+%22Analytical+Biochemistry%22%5BJournal%5D)">Light-Up Probes: Thiazole Orange-Conjugated Peptide Nucleic Acid for Detection of Target Nucleic Acid in Homogeneous Solution.</a> Analytical Biochemistry. 281 (1), 26-35 (2000).</li>
<li>Yang, P., De Cian, A., Teulade-Fichou, M. P., Mergny, J. L., Monchaud, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Engineering+Bisquinolinium%2FThiazole+Orange+Conjugates+for+Fluorescent+Sensing+of+G-Quadruplex+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Angewandte+Chemie+International+Edition%22%5BJournal%5D)">Engineering Bisquinolinium/Thiazole Orange Conjugates for Fluorescent Sensing of G-Quadruplex DNA.</a> Angewandte Chemie International Edition. 48 (12), 2188-2191 (2009).</li>
<li>Fang, G. M., Chamiolo, J., Kankowski, S., Hovelmann, F., Friedrich, D., Lower, A., Meier, J. C., Seitz, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+bright+FIT-PNA+hybridization+probe+for+the+hybridization+state+specific+analysis+of+a+C+%E2%86%92+U+RNA+edit+via+FRET+in+a+binary+system%5BTitle%5D)+AND+%22Chemical+Science%22%5BJournal%5D)">A bright FIT-PNA hybridization probe for the hybridization state specific analysis of a C → U RNA edit via FRET in a binary system.</a> Chemical Science. 9 (21), 4794-4800 (2018).</li>
<li>Pei, R., Rothman, J., Xie, Y., Stojanovic, M. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Light-up+properties+of+complexes+between+thiazole+orange-small+molecule+conjugates+and+aptamers%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">Light-up properties of complexes between thiazole orange-small molecule conjugates and aptamers.</a> Nucleic Acids Research. 37 (8), e59-e59 (2009).</li>
<li>Lee, P. Y., Costumbrado, J., Hsu, C. Y., Kim, Y. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Agarose+Gel+Electrophoresis+for+the+Separation+of+DNA+Fragments%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Agarose Gel Electrophoresis for the Separation of DNA Fragments.</a> Journal of Visualized Experiments. (62), 1-5 (2012).</li>
<li>Vogelstein, B., Gillespie, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Preparative+and+analytical+purification+of+DNA+from+agarose%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Preparative and analytical purification of DNA from agarose.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 76 (2), 615-619 (1979).</li>
</ol>

作者无任何利益冲突需要披露。

尽管溴化乙锭具有已知的毒性，但它长期以来一直是分子生物学实验室中的常用工具。此外，溴化乙锭检测需要使用紫外光，而紫外光在检测过程中会损伤DNA。硫唑橙提供了一种廉价的替代方案，可取代溴化乙锭以及一些有用但昂贵的商业染料。&#160;
噻唑橙的优势因此是双重的。首先，噻唑橙可直接替代溴化乙锭使用。凝胶的制备方法与溴化乙锭完全相同，只需将噻唑橙作为染料替代（步骤1.2）。其检测灵敏度相似（约1–2 ng/泳道）1。更换染料无需额外设备，因为噻唑橙与溴化乙锭一样，可通过紫外光检测（步骤3）。然而，紫外光会迅速损伤DNA，可能导致后续实验（如连接和转化）失败1。此外，紫外光对皮肤和眼睛也有伤害，需采取严格的安全防护措施。&#160;
TO 的第二个优点是能够摆脱紫外光激发。使用蓝光检测（将步骤 3 替换为步骤 4）可消除对 DNA 的损伤，并降低对科研人员的潜在风险。TO 的蓝光激发与检测可通过蓝光透射仪或廉价的蓝光 LED 手电筒实现（两...

本方法旨在利用硫唑橙（TO）通过荧光检测技术在琼脂糖凝胶中鉴定DNA。由于硫唑橙成本较低且安全性良好，因此在本科生教学实验室以及从事分子生物学研究的实验室中具有特别优势，尤其适用于连接反应和克隆实验。
溴化乙锭仍是琼脂糖凝胶中DNA检测最常用的染料，主要原因是其价格非常低廉，且检测时仅需紫外光激发即可。溴化乙锭和硫唑橙均价格低廉，检测限均较低（1–2 ng/泳道）1。然而，与溴化乙锭相比，硫唑橙在两个主要缺点上有所改进。&#160;
首先，溴化乙锭是一种具有特殊操作、运输和处置要求的诱变剂2，而硫唑橙的诱变性较低（在Ames试验中诱变性低3–4倍）3,4，通常可随普通化学废弃物一同处置。
其次，溴化乙锭的检测需要使用紫外光。硫唑橙在需要时同样可以使用紫外光，但也可用蓝光进行检测。紫外光虽然被广泛使用，但存在几个明显的缺点。第一，它对人体皮肤和眼睛具有损伤性。尽管经过培训的专业人员可以安全地使用紫外光，但实验室中的紫外光意外照射导致皮肤或眼睛损伤（功能上类似于晒伤）的情况并不少见，尤其在经验不足的科研人员中更为常见。第二，紫外光对DNA样本具有极强的破坏作用5，这会降低后续实验（如连接和转化实验）的成功率1,6,7。TO可在蓝光下检测（λex,max = 510 nm（488 nm 和 470 nm 也有较强的激发效果）），蓝光不会造成皮肤损伤或DNA损伤（尽管任何高强度光源仍可能对眼睛有害），从而显著降低了对科研人员和样本的双重风险。&#160;
TO 并不是溴化乙锭唯一的荧光染料替代品；其优势在于成本。TO 于 20 世纪 80 年代被发现可作为网织红细胞染色剂8，并已广泛应用于多种基于 DNA 的荧光实验中9,10,11,12,13。目前，多家供应商均有销售 TO。TO 是其他一些更昂贵的、可在蓝光下检测的商用染料的母体化合物，在电泳过程中行为相似，可使用紫外光或蓝光进行检测1。此外，尽管某些染料对极低浓度 DNA 的灵敏度高于 EtBr 或 TO，但在常规电泳实验中，这些染料在许多情况下价格过高，难以普及使用。&#160;

<table><tbody><tr><td>2-对数DNA阶梯标记物</td><td>New England Biolabs</td><td>N0469S</td><td></td></tr><tr><td>琼脂糖（基因分析级）</td><td>Fisher</td><td>BP1356-100</td><td></td></tr><tr><td>蓝光手电筒</td><td>WAYLLSHINE (Amazon)</td><td>WAYLLSHINE Scalable Blue LED</td><td></td></tr><tr><td>ChemiDoc MP</td><td>Biorad</td><td>1708280</td><td></td></tr><tr><td>DMSO</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D8418</td><td></td></tr><tr><td>溴化乙锭</td><td>Fisher</td><td>BP1302-10</td><td>用于比较，非本实验方案必需</td></tr><tr><td>凝胶电泳装置（Owl Easy Cast）</td><td>Thermo Scientific</td><td>B1A</td><td></td></tr><tr><td>Qiagen Qiaquick 凝胶回收试剂盒</td><td>Qiagen</td><td>28704</td><td></td></tr><tr><td>Safe Imager 观察眼镜</td><td>Invitrogen</td><td>S37103</td><td>使用蓝光手电筒时必需。*</td></tr><tr><td>SafeImager 2.0（蓝光透射仪）</td><td>Invitrogen</td><td>G6600</td><td>可使用蓝光手电筒作为替代</td></tr><tr><td>SYBR Safe</td><td>Invitrogen</td><td>S33102</td><td>用于比较，非本实验方案必需</td></tr><tr><td>TAE（Tris-乙酸-EDTA）</td><td>Corning</td><td>46-010-CM</td><td></td></tr><tr><td>噻唑橙</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>390062</td><td></td></tr><tr><td colspan="4">*眼镜也随 Invitrogen G6600 一同提供</td></tr></tbody></table>

使用硫唑橙替代溴化乙锭或其他染料进行dna电泳

DNA Electrophoresis Using Thiazole Orange Instead of Ethidium Bromide or Alternative Dyes

使用琼脂糖进行DNA凝胶电泳是分子生物学实验室中常用的工具，可用于按大小分离DNA片段。分离后，通过染色对DNA进行可视化。本文演示如何使用噻唑橙对DNA进行染色。与常用的染色方法相比，噻唑橙具有灵敏度高、成本低、可被紫外光或蓝光激发（以避免样品损伤）以及比溴化乙锭更安全等优势。已配备使用溴化乙锭进行DNA电泳实验条件的实验室，通常可在无需对现有方案进行额外修改的情况下直接更换染料，并使用紫外光进行检测。若需采用蓝光检测以避免样品损伤，也可通过蓝光源和发射滤光片实现。已具备蓝光检测设备的实验室可直接更换染料，无需对现有方案进行任何额外调整。

硫唑橙可用于检测DNA，无需使用溴化乙锭，也无需使用会损伤DNA的紫外光。众所周知，溴化乙锭具有致突变性，因此将其从实验室中去除可能更具优势。紫外光会损伤DNA并显著降低转化效率，而蓝光则不会对DNA造成损伤。溴化乙锭、硫唑橙以及一种常见的可在蓝光下检测的商用DNA染料的检测限相似（图1，参见材料表），在小型凝胶中，这三种染料的检测限均为约1-2 ng/泳道1。
对于常见的应用，如切下经限制性内切酶消化的DNA条带，硫代橙（thiazole orange）尤为适用。使用蓝光激发检测DNA具有良好的稳定性和简便性，研究人员无需像使用紫外光检测时那样迅速切下DNA条带。本实验中，质粒经限制性内切酶切割以分离插入片段（图2，同一凝胶以三种不同方式成像）。插入片段在蓝光以及紫外光激发下均可被硫代橙清晰检测，从而确保后续实验可在避免DNA遭受紫外损伤的情况下顺利进行。
<p class...

本文介绍了一种利用噻唑橙在凝胶电泳实验中检测DNA的方案。使用噻唑橙可替代溴化乙锭，且可通过紫外光或蓝光实现荧光检测。

使用硫唑橙替代溴化乙锭或其他染料进行DNA电泳

使用琼脂糖进行DNA凝胶电泳是分子生物学实验室中常用的技术，可按大小分离DNA片段。分离后，……

本方案提供了一种简单且低成本的替代方法，用于在电泳过程中检测DNA，无需使用溴化乙锭。通过去除溴化乙锭，可采用紫外光或蓝光进行检测。蓝光不会对DNA造成损伤，从而提高了后续实验的成功几率。尝试这种方法非常简单，您只需将凝胶中的溴化乙锭替换为硫唑橙即可。首先，通过将约0.7克琼脂糖溶于70毫升的三羟甲基氨基甲烷-乙酸盐-EDTA或三羟甲基氨基甲烷-硼酸盐缓冲液中，制备1%的微型凝胶。接下来，将噻唑橙溶解于DMSO中，配制成10,000倍浓缩液。噻唑橙对光不特别敏感，但在不使用时应避光保存。对于长期储存，可将噻唑橙-DMSO混合液分装成小份后冷冻保存。然后，加入硫唑橙至终浓度为1.3微克/毫升，并将琼脂糖缓冲液与硫唑橙混合物微波加热约60秒，以溶解琼脂糖。将琼脂糖混合液倒入含有合适梳子的凝胶制备装置中，静置使琼脂糖溶液凝固成胶。若尚未将凝胶置于电泳装置中，则上样前应先将凝胶放入电泳装置内。然后加入TAE或TBE电泳缓冲液，直至完全覆盖凝胶表面。接着，使用上样染料加入10 µL DNA样品。同时加入DNA分子量标记物作为参考。盖上盖子并连接电极，在 mini-gel 中以 100 伏电压电泳，直至加样染料迁移约 4 到 7 厘米。如果在制胶前未加入噻唑橙，则将凝胶浸入含有噻唑橙的缓冲液中，在轻微振荡条件下染色约 20 分钟，或直至条带完全显现。如需使用紫外透射仪观察凝胶，需将凝胶从电泳装置中取出，并放置于紫外透射仪上。使用蓝光透射仪或手电筒观察凝胶时，将凝胶置于蓝光透射仪上，或从上方或下方用蓝光LED手电筒照射凝胶。使用琥珀色发射滤光片滤除蓝光，以便观察DNA与硫唑橙复合物产生的荧光，并保护染料。如需进行进一步的酶切或连接反应，可从凝胶中切下目标DNA条带，并使用现成的试剂盒或标准方案提取DNA。在凝胶成像装置中选择合适的激发和发射参数。若缺乏配备合适滤光片的成像系统，可在相机与凝胶蓝光激发光源之间放置一个琥珀色滤光片。溴化乙锭、硫唑橙以及一种常见的可被蓝光检测的商用DNA染料之间的检测灵敏度相似，在小型凝胶中，这三种染料每泳道的检测限均为1至2纳克。用硫唑橙染色的琼脂糖凝胶在经紫外光或蓝光透射仪或蓝光手电筒激发后可被检测到。尽管硫唑橙似乎比溴化乙锭的危险性更低，但仍应佩戴手套和护目镜等标准个人防护装备。

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生物化学

用噻唑橙代替溴代或替代染料进行 DNA 电泳

本文介绍了一种利用琼脂糖凝胶电泳分离DNA片段的基本实验方案。...

琼脂糖凝胶电泳分离DNA片段

我们近期报道了一种新型的荧光生成型DNA酶探针的构建方法，可用于建立一种简单、直接“混合即读”的荧光检测法以检测细菌。这些特殊的DNA探针可在特定细菌产生的粗制胞外混合物（CEM）存在下，催化切割经发色团修饰的DNA-RNA嵌合底物，从而将细菌的检测转化为荧光信号的产生。在本报告中，我们将描述关键的实验步骤，其中使用一种名为“RFD-EC1”的特异性DNA酶探针来检测模式菌株大肠杆菌（Escherichia coli, E.

利用荧光生成型DNA酶检测细菌

在本视频中，我们演示了使用红外荧光标记的DNA探针，通过电泳迁移率变动实验检测蛋白质-DNA相互作用的方法。当蛋白质与DNA探针结合时，会形成一个较大的复合物，在凝胶电泳中迁移较慢，并表现为发生迁移的条带。...

检测转录因子-DNA复合物的电泳迁移率变动分析

我们描述了一种多靶点显色整体原位杂交 原位 杂交（MC-WISH）过程在完整样本中 果蝇...

多靶标显色整体原位杂交 原位 杂交法用于比较基因表达区域 果蝇 胚胎

我们提出了一种用于识别影响转录因子（TF）DNA结合的非编码遗传变异的策略性方案和实验流程。本文提供了针对基因型依赖性转录因子DNA结合的电泳迁移率变动分析（EMSA）和DNA亲和沉淀分析（DAPA）的详细实验方案。...

利用电泳迁移率变动分析（EMSA）和DNA亲和沉淀分析（DAPA）筛选功能性非编码遗传变异

我们描述了一种利用改良石蕊试验比色检测大肠杆菌（E.

使用石蕊试验比色法检测细菌

本文以纯化的SOX-2蛋白与红外荧光染料标记的DNA探针为例，介绍了一种优化的荧光电泳迁移率变动分析（fEMSA）实验方案，用于解决一个重要生物学问题。...

使用红外荧光染料标记寡核苷酸的电泳迁移率 shift 实验优化方案

本方案通过凝胶电泳和凝胶成像观察近红外荧光标记DNA的变化，描述了DNA聚合酶合成修饰DNA的表征方法。丙烯酰胺凝胶可用于高分辨率成像短核酸片段的分离，这些片段根据大小不同而以不同速率迁移。...

利用近红外荧光标记DNA并通过聚丙烯酰胺凝胶电泳可视化的DNA聚合酶活性检测

该方法通过将凝胶浸泡在SYBR Green...

基于蓝光照射诱导甲臜沉淀的DNA染色方法

对DNA分子进行荧光显微镜染色可使科研人员在实验过程中观察到它们。在本方法中，DNA分子首先用荧光染料进行预染色，然后用对甲基化和非甲基化敏感的限制性内切酶进行消化。...

确定用花青染料染色的DNA是否可被限制性酶消化

本文介绍一种灵敏、快速且具有高分辨能力的凝胶后染色方法，可用于对带有RNA...

通过染后染色法在聚丙烯酰胺凝胶中对芒果标记的RNA进行荧光可视化

学习使用噻唑橙替代溴化乙锭进行DNA凝胶电泳检测，该方法可利用蓝光安全成像，减少DNA损伤，提高下游实验成功率，是一种简便经济的分子生物学技术。

使用硫唑橙替代溴化乙锭或其他染料进行DNA电泳

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