Name: 通过全基因组互惠性分析,对糖母菌菌种间热耐性差异的遗传图谱 (视频) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-08-12T14:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 8 s
Description: 了解全基因组互惠性分析技术RH-seq，用于解析酿酒酵母与奇异酵母间热耐性差异的遗传基础。该方法通过转座子诱变产生半合子库，结合高通量测序实现高分辨率遗传图谱绘制。

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感谢 J. Roop、R. Hackley、I. Grigoriev、A. Arkin 和 J. Skerker 对原始研究的贡献，感谢 F. AlZaben、A. Flury、G. Geiselman、J. Hong、J. Kim、M. Maurer 和 L. Oltrogge 提供的技术支持，感谢 D. Savage 在显微镜资源方面的慷慨支持，感谢 B. Blackman、S. Coradetti、A. Flamholz、V. Guacci、D. Koshland、C. Nelson 和 A. Sasikumar 参与讨论；同时感谢 J. Dueber（加州大学伯克利分校生物工程系）提供 PiggyBac 质粒。本研究由美国国立卫生研究院资助项目 R01 GM120430-A1 以及美国能源部联合基因组研究所（DOE Office of Science 用户设施）社区测序项目 1460（资助对象 RBB）支持。后者的相关工作由美国能源部科学办公室根据合同号 DE-AC02-05CH11231 提供支持。

<ol><li>Flint, J., Mott, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Finding+the+molecular+basis+of+quantitative+traits%3A+successes+and+pitfalls%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Genetics%22%5BJournal%5D)">Finding the molecular basis of quantitative traits: successes and pitfalls.</a> Nature Reviews Genetics. 2, 437-445 (2001).</li>
<li>Allen Orr, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+genetics+of+species+differences%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Ecology+and+Evolution%22%5BJournal%5D)">The genetics of species differences.</a> Trends in Ecology and Evolution. 16, 343-350 (2001).</li>
<li>Weiss, C. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+dissection+of+interspecific+differences+in+yeast+thermotolerance%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Genetics%22%5BJournal%5D)">Genetic dissection of interspecific differences in yeast thermotolerance.</a> Nature Genetics. 50, 1501-1504 (2018).</li>
<li>Stern, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+loci+that+cause+phenotypic+variation+in+diverse+species+with+the+reciprocal+hemizygosity+test%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Genetics%22%5BJournal%5D)">Identification of loci that cause phenotypic variation in diverse species with the reciprocal hemizygosity test.</a> Trends in Genetics. 30, 547-554 (2014).</li>
<li>Steinmetz, L. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dissecting+the+architecture+of+a+quantitative+trait+locus+in+yeast%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Dissecting the architecture of a quantitative trait locus in yeast.</a> Nature. 416, 326-330 (2002).</li>
<li>Scannell, D. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Awesome+Power+of+Yeast+Evolutionary+Genetics%3A+New+Genome+Sequences+and+Strain+Resources+for+the+Saccharomyces+sensu+stricto+Genus%5BTitle%5D)+AND+%22G3+%28Bethesda%29%22%5BJournal%5D)">The Awesome Power of Yeast Evolutionary Genetics: New Genome Sequences and Strain Resources for the Saccharomyces sensu stricto Genus.</a> G3 (Bethesda). 1, 11-25 (2011).</li>
<li>Wetmore, K. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+quantification+of+mutant+fitness+in+diverse+bacteria+by+sequencing+randomly+bar-coded+transposons%5BTitle%5D)+AND+%22MBio%22%5BJournal%5D)">Rapid quantification of mutant fitness in diverse bacteria by sequencing randomly bar-coded transposons.</a> MBio. 6, e00306-e00315 (2015).</li>
<li>Love, M. I., Huber, W., Anders, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Moderated+estimation+of+fold+change+and+dispersion+for+RNA-seq+data+with+DESeq2%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biology%22%5BJournal%5D)">Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2.</a> Genome Biology. 15, 550(2014).</li>
<li>Wilkening, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+evaluation+of+high-throughput+approaches+to+QTL+mapping+in+Saccharomyces+cerevisiae%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">An evaluation of high-throughput approaches to QTL mapping in Saccharomyces cerevisiae.</a> Genetics. 196, 853-865 (2014).</li>
<li>Kim, H. S., Huh, J., Riles, L., Reyes, A., Fay, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+noncomplementation+screen+for+quantitative+trait+alleles+in+saccharomyces+cerevisiae%5BTitle%5D)+AND+%22G3+%28Bethesda%29%22%5BJournal%5D)">A noncomplementation screen for quantitative trait alleles in saccharomyces cerevisiae.</a> G3 (Bethesda). 2, 753-760 (2012).</li>
</ol>

作者无任何利益冲突需要披露。

与以往的统计遗传学方法相比，RH-seq 具有多重优势。与连锁分析和关联分析不同，RH-seq 能够实现单基因水平的定位分辨率；因此，即使在研究特定物种个体间性状变异或种间差异时，该方法也可能具有重要应用价值。此外，以往的全基因组范围的互惠半合子分析尝试依赖于基因缺失突变体文库，其中部分突变体携带继发性突变，可能导致假阳性结果9,10。RH-seq 策略通过依次对每个基因产生并表征多个半合子突变体，使得单个突变克隆的遗传背景对最终结果的影响微乎其微，从而规避了这一问题。理论上，RH-seq 还可用于研究非编码位点，但在本研究中我们仅专注于基因。
RH-seq 存在一些生物学和技​​术上的特殊性，成功的实践者需要提前解决这些问题，以最大化该方法的实用性并加速获得最佳结果。从生物学角度来看，只有当两个目标物种能够杂交形成稳定且可存活的杂合子，并能进行遗传操作时，RH-seq 才具有技术意义。因此，我们无法将 RH-seq 应用于那些亲缘关系过于遥远、无法融合形成核型稳定...

自遗传学领域诞生以来，理解野生个体间变异的机制基础一直是核心目标。当我们定位到与特定性状相关的基因座时，所发现的基因可立即作为诊断和药物研发的靶点，并有助于揭示进化的基本原理。目前业界普遍采用的方法是通过连锁分析或关联分析，在群体中检测基因型与表型之间的关系1。尽管这些方法非常强大，但仍存在一个关键局限——它们依赖于可育个体杂交后产生的大量重组子代。因此，对于那些根本无法交配产生后代的物种，这些方法完全无法应用。正因如此，该领域长期以来难以对生殖隔离物种之间的性状差异进行无偏性的解析2。
在本研究中，我们报道了一种新方法RH-seq3的技术基础，该方法可用于在基因组尺度上系统调查物种间性状变异的遗传基础。该方法是互惠半合子检测法4,5的大规模并行版本，后者最初被提出用于评估在特定基因座上，两个遗传背景不同的个体之间等位基因差异对表型效应的影响（图1A）。在此方案中，首先将两个遗传差异显著的个体杂交，产生一个杂合子后代，其基因组的一半来自各自的亲本。在此杂合背景下，构建多个菌株，每个菌株均含有其中一个亲本等位基因被中断或删除的拷贝。这些菌株被称为半合子，因为其基因组除目标基因座外均为二倍体，而在该基因座上则为单倍体；同时被称为互惠半合子，因为每个菌株仅缺失一个亲本的等位基因，而保留的等位基因来自另一亲本。通过比较这些互惠半合子菌株的表型，可以判断在该基因座上的DNA序列变异是否对目标性状产生影响，因为在互惠半合子菌株之间，该基因座的遗传变异是唯一的遗传差异。通过这种方式，可以在一个严格控制的实验体系中，将物种间的遗传差异与表型差异直接关联起来。迄今为止，该检测方法的应用主要局限于候选基因框架，即研究者已预先假设某个候选基因座上的自然变异可能影响特定性状的情形。
下文阐述了利用酵母作为模式系统进行全基因组规模的反向半合子筛选实验方案。本方法通过在物种间产生可存活且不育的F1代杂交子代，并对其进行转座子诱变，从而构建一套基因组范围的半合子突变体集合。我们将这些半合子突变体混合，通过基于测序的检测手段测定其表型，并分析混合群体中携带某一特定基因两个亲本等位基因的克隆频率是否存在差异。最终获得一份目录，列出在不同物种间影响目标性状的遗传位点。我们应用RH-seq工作流程，以解析两种约在500万年前分化出的芽殖酵母——Saccharomyces cerevisiae 和 S. paradoxus 之间热耐受性差异的遗传基础6。

<table><tbody><tr><td>1-2 种质粒Gigaprep试剂盒</td><td>Zymo Research</td><td>D4204</td><td>所需试剂盒数量取决于每个试剂盒中提取的效率。该试剂盒包含5个独立的质粒提取柱。每个提取柱通过1 L饱和的大肠杆菌（E. coli）培养液，因为每柱使用超过1 L可能导致提取滤膜堵塞，从而导致DNA得率低和质量差。</td></tr><tr><td>10X Tris-EDTA（TE）缓冲液（100 mM Tris-HCl 和 10 mM EDTA）</td><td>任意品牌</td><td>N/A</td><td>使用前通过0.22 &amp;mu;m滤膜过滤除菌。</td></tr><tr><td>1M LiOAc</td><td>任意品牌</td><td>N/A</td><td>使用前通过0.22 &amp;mu;m滤膜过滤除菌。</td></tr><tr><td>300 mg/mL Geneticin（G418）</td><td>Gibco</td><td>11811023</td><td></td></tr><tr><td>52% 聚乙二醇（PEG）3350</td><td>Sigma</td><td>1546547</td><td>溶于水后，使用前通过0.22 &amp;mu;m滤膜过滤除菌。1X 转化混合液（trafo mix）：228 μL 52% PEG，36 μL 1M LiOAc，36 μL 10X TE缓冲液</td></tr><tr><td>高压灭菌的LB液体培养基</td><td>BD Difco</td><td>244620</td><td>使用任意品牌的粉末和milliQ水配制LB液体培养基，使用前进行高压灭菌。</td></tr><tr><td>水中的羧苄青霉素储备液（100 mg/mL）</td><td>任意品牌</td><td>N/A</td><td>使用前通过0.22 &amp;mu;m滤膜过滤除菌。</td></tr><tr><td>含5-氟乳清酸（5-FOA）的完全合成琼脂平板（24.1 cm × 24.1 cm）[0.2% 缺陷型氨基酸混合物（不含尿嘧啶或酵母氮源基础，YNB）, 0.005% 尿嘧啶, 2% D-葡萄糖, 0.67% 不含氨基酸的YNB, 0.075% 5-FOA]</td><td>5-FOA：Zymo Research，缺陷型混合物：US Biological，尿嘧啶：Sigma，D-葡萄糖：Sigma，YNB：Difco</td><td>5-FOA：F9001-5，缺陷型混合物：D9535，尿嘧啶：U0750，D-葡萄糖：G8270，YNB：DF0919</td><td></td></tr><tr><td>DMSO</td><td>任意品牌</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>携带pJR487质粒（CEN-/ARS+ 含piggyBac的质粒）的大肠杆菌菌株</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>向Brem实验室申请获取。</td></tr><tr><td>杂合酵母菌株JR507（酿酒酵母DBVPG1373 × 奇异酵母Z1，URA-/URA-）</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>向Brem实验室申请获取。</td></tr><tr><td>Illumina Hiseq 2500</td><td></td><td></td><td>用于SE-150测序读长</td></tr><tr><td>带可变温度设置的大型摇床培养箱</td><td>任意品牌</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>含羧苄青霉素的LB琼脂平板（100 &amp;mu;g/mL）</td><td>琼脂：BD Difco</td><td>琼脂：214010</td><td>正常制备LB琼脂平板，并在凝固前加入羧苄青霉素至终浓度100 &amp;mu;g/mL。</td></tr><tr><td>Nanodrop分光光度计</td><td>Thermo Scientific</td><td>ND-2000</td><td></td></tr><tr><td>Qubit荧光计</td><td>Thermo Scientific</td><td>Q33240</td><td></td></tr><tr><td>鲑鱼精子DNA</td><td>Invitrogen</td><td>15632011</td><td></td></tr><tr><td>39&amp;deg;C水浴</td><td>任意品牌</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>酵母真菌基因组DNA提取试剂盒</td><td>Zymo Research</td><td>D6005</td><td></td></tr><tr><td>酵母蛋白胨葡萄糖（YPD）液体培养基</td><td>BD Difco</td><td>蛋白胨：211677，酵母提取物：212750</td><td>高压灭菌后，加入过滤除菌的D-葡萄糖至终浓度2%。</td></tr><tr><td>含G418的YPD琼脂平板（300 &amp;mu;g/mL）</td><td>琼脂：BD Difco</td><td>琼脂：214010</td><td>正常制备YPD琼脂平板，并在凝固前加入G418至终浓度300 &amp;mu;g/mL。</td></tr><tr><td>YPD琼脂平板</td><td>琼脂：BD Difco</td><td>琼脂：214010</td><td></td></tr></tbody></table>

saccharomyces 酵母物种间热耐受性差异的全基因组范围相互半合子分析遗传定位

Genetic Mapping of Thermotolerance Differences Between Species of Saccharomyces Yeast via Genome-Wide Reciprocal Hemizygosity Analysis

现代遗传学的一个核心目标是理解野生生物在表型上存在差异的原因和机制。迄今为止，该领域的发展主要依赖于连锁分析和关联作图方法，这些方法通过分析同一物种内个体杂交后产生的重组子代中DNA序列变异与表型之间的关系来推进研究。尽管这些方法十分强大，却不适用于生殖隔离物种之间的性状差异研究。本文介绍一种可用于不相容物种的全基因组水平解析自然性状变异的新方法。我们的策略——RH-seq，是全基因组范围实施的互惠半合子检验。我们利用该方法鉴定了导致酵母菌Saccharomyces cerevisiae相较于其姐妹种S. paradoxus具有显著高温生长能力的相关基因。RH-seq利用转座子诱变构建一组互惠半合子文库，并通过高通量测序追踪这些半合子在高温环境下的竞争表现。本文所描述的RH-seq工作流程为解析芽殖酵母类群中古老的复杂性状提供了一种严谨且无偏倚的方法，但需注意该方法需要投入大量资源进行深度测序，以确保遗传作图所需的基因组覆盖度。随着测序成本的降低，该方法在未来有望广泛应用于真核生物的研究中。

我们将酿酒酵母（S. cerevisiae）与奇异酵母（S. paradoxus）杂交，获得一种不育的杂交子，随后对该杂交子进行转座子诱变。每个诱变克隆均为半合子，即二倍体杂交子中某一基因的一个等位基因被破坏（图 1A， 图 2）。我们通过在 39 °C 条件下共同培养这些半合子进行竞争实验，并在另一独立实验中以 28 °C 作为对照条件（图 1B），随后从每种培养物中提取 DNA。为评估各半合子的适合度，我们采用大规模测序方法定量其丰度，具体方案为：将 DNA 片段化后连接接头，再扩增转座子插入位点（图 1C）。若该扩增所用引物与方案中提供的引物不同或效率较低，则测序数据中将出现大量背景读段，导致可用读段减少，从而降低适合度估计的准确性。若测序文库构建过程中 DNA 起始投入量过低，也可能引发类似的质控问题。
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通过测序实现的相互半合子化（RH-seq）是一种强大的新方法，可用于定位物种间性状差异的遗传基础。该方法利用转座子诱变生成半合子池，并通过高通量测序结合竞争性生长来追踪其适合度。对所得数据的分析可精确定位控制该性状的基因。

Saccharomyces 酵母物种间热耐受性差异的全基因组范围相互半合子分析遗传定位

现代遗传学的一个核心目标是理解野生生物在表型上存在差异的原因及其机制。迄今为止，该领域的发展主要基于……

我们的方法是首批能够在物种间而非物种内以全基因组规模解析性状差异遗传基础的方法之一。该技术的主要优势在于高通量、高分辨率以及广泛的适用性。开始此操作时，从-80摄氏度的保存条件中取出JR507冷冻保存菌株，并将其划线接种至YPD琼脂平板上，以获得单菌落。在26摄氏度下培养两天，或直至菌落出现。随后，取JR507单菌落接种于250毫升玻璃锥形瓶中的100毫升液体YPD培养基中，在28摄氏度、200 RPM振荡条件下培养24小时，或直至进入稳定期。次日，测定过夜培养物的od600。取部分过夜培养物，用新鲜的液体YPD培养基将其回稀释，转入一个新的1升锥形瓶中，制备成OD600为0.2、体积为500毫升的新培养物。重复此操作三次，共制备四份OD600为0.2的培养物，所有新培养物均使用同一批过夜培养物。将所有培养物置于28°C、200 RPM振荡条件下培养6小时。此后，将两份500毫升的培养物混合，制成一份1升的培养物；再将剩余的两份500毫升培养物混合，制成第二份1升的培养物。首先，将每份1升的培养物分别分装到20个塑料锥形管中，每管50毫升，共得到40管。留出20个试管。将剩余的20个试管在1000 × g条件下离心3分钟，使酵母细胞沉淀。弃去上清液，每管沉淀用25毫升无菌水通过涡旋振荡重新悬浮。在1000 × g条件下离心3分钟。弃去上清液，每份沉淀物中加入5 mL 1× Tris-EDTA 0.1 M醋酸锂缓冲液，通过涡旋振荡重悬。在1000 × g条件下离心3分钟。弃去上清液，再用五毫升 1X Tris-EDTA 含 0.1 M 乙酸锂缓冲液重悬每份沉淀，通过涡旋振荡混匀。在 1000 × g 条件下离心 3 分钟。细胞离心的同时，准备至少 120 毫升含有聚乙二醇、乙酸锂和 Tris-EDTA 缓冲液的溶液。将该溶液置于冰上保存。为制备用于转化的质粒 DNA，首先将 4 mL 鲑鱼精子 DNA 在 100 摄氏度下煮沸 5 分钟，随后立即在冰上冷却 5 分钟。将20毫升浓度为538纳克/毫升的pJR487与4毫升低温鲑鱼精子DNA混合。使用前将该混合物置于冰上保存。接着，将600微升血浆与精子DNA混合物加至每个细胞沉淀上方。向每份沉淀中加入三毫升 PEG 乙酸锂 TE 混合液。通过反复吹打混匀，然后涡旋振荡。将离心管在室温下孵育 10 分钟。然后将每支试管在39摄氏度水浴中热激26分钟，期间每隔几分钟颠倒混匀一次。以1000 × g 离心3分钟。弃去上清液，每管沉淀物用10 mL YPD通过涡旋振荡重新悬浮。此后，将全部20个管中的内容物合并至一个新的玻璃烧瓶中。向另一个一升的玻璃烧瓶中加入433.4毫升液体YPD培养基，然后将66.6毫升的细胞转移至该烧瓶中。重复此转移过程两次，以用尽全部转化后的细胞体积。然后测定每个新制备的500毫升培养液的od600。将三个培养液均在28°C、200 RPM振荡条件下培养2小时。随后，向每个锥形瓶中加入0.5毫升浓度为300毫克/微升的G418，使终浓度达到300微克/毫升。将锥形瓶放回28°C、200转/分钟的摇床培养箱中。对剩余的20个离心管重复上述整个过程。此时应有六个1升的锥形瓶，每个瓶中均含有500毫升已添加G418的细胞。将这六个锥形瓶在28°C条件下以200 RPM的转速振荡培养约两天，或直至每个瓶中的OD600达到约2.3。随后，将这六个瓶中的培养物合并为一个单一的培养体系。用此混合培养物接种两个新的1升锥形瓶，每个锥形瓶中含有500毫升YPD培养基和G418，使od600达到0.2。将这两个新培养物在28°C、200 RPM振荡条件下过夜培养，直至od600达到约2.2。之后，将两个培养物合并为一个培养物，并测定合并后培养物的od600。将25毫升该培养物在1000 × g条件下离心3分钟。根据文本方案中所述方法，计算25毫升培养物中细胞的总od600单位数。弃去上清液，并将细胞重悬于适量水中，制备成od600为每毫升1.85的细胞悬液。使用玻璃珠，将1毫升重悬的细胞分别涂布于12块含有5-FOA的大型方形完全合成琼脂平板上。将每块平板在28°C下培养1至2天，或直至平板上形成菌苔。随后，使用小型无菌刮刀将每块平板一半面积上的细胞刮下，并收集至含有35毫升无菌水的离心管中。对剩余的六个培养皿重复此过程，最终得到两管悬浮于水中的细胞。将细胞悬液合并至一个烧瓶中，并以水作为空白对照，测定悬液的od600。使用水调整细胞浓度，直至od600达到每毫升44.4。接下来，按照文本方案中的说明制备细胞冻存液，并于负80摄氏度保存。在本研究中，酿酒酵母（S.Cerevisiae）与奇异酵母（S.Paradoxus）杂交形成不育杂合子，随后对其进行转座子诱变。每个诱变后的克隆均为半合子，即二倍体杂合子中某个基因的一个等位基因被破坏。将半合子菌株在高温条件下进行竞争培养，并从每种培养物中提取DNA。将DNA片段化后连接接头，利用转座子特异性引物和接头特异性引物扩增转座子与基因组之间的连接区域。通过统计扩增产物的群体测序读段数量，报告该克隆在群体中的适应性。根据此次测序获得的结果，可以比较两类半合子在两种温度下特定基因的半合子丰度：一类克隆仅依赖酿酒酵母（S. cerevisiae）等位基因为野生型且具有功能，另一类克隆则仅依赖奇异酵母（S. paradoxus）等位基因。在此代表性实验中，在八个看家基因上检测到了强烈的信号。在每种情况下，杂交菌株中酿酒酵母等位基因的转座子插入均导致其在高温下生长受损。这些低适应性插入位点代表了可能决定酿酒酵母与悖论酵母之间热耐受性差异的候选因子。现在我们已完成该实验，便可进一步解析这两个物种之间其他不同的性状，例如冷耐受性或盐耐受性。

genetic-mapping-thermotolerance-differences-between-species

Research

科研

JoVE Journal

Genetics

遗传学

通过全基因组互惠性分析,对糖母菌菌种间热耐性差异的遗传图谱

在本实验方案中，酵母（Saccharomyces...

Saccharomyces cerevisiae 的微阵列分析

HO诱导的转位检测法可监测二倍体Saccharomyces...

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绘制细菌功能网络与通路 大肠杆菌 使用合成遗传阵列

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BEST：条形码标记的四分体测序

靶向 原位 酿酒酵母组蛋白基因的诱变

我们描述了染色质内源性切割联合高通量测序技术（ChEC-seq），这是一种与染色质免疫沉淀（ChIP）正交的方法，利用微球菌核酸酶（MNase）融合蛋白在全基因组范围内定位蛋白质结合位点。...

全基因组范围内利用 ChEC-seq 技术在 Saccharomyces cerevisiae 中绘制蛋白质-DNA 相互作用图谱

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组蛋白修饰的染色质免疫沉淀（ChIP）实验——以酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）为材料

我们介绍一种在裂殖酵母中进行的简单抑制子筛选方案。该方法高效且无需诱变，  选择性  用于  突变  经常  发生于   a  单个  基因组的  位点...

一种利用深度测序辅助的裂殖酵母Schizosaccharomyces pombe自发抑制子筛选方法

本研究描述了一种在裂殖酵母（Schizosaccharomyces...

遗传筛选鉴定裂殖酵母（Schizosaccharomyces pombe）中的多拷贝抑制子

本研究描述了一种用于定量酿酒酵母（Saccharomyces...

Saccharomyces cerevisiae 单倍体交配效率的测定

本方案提供了一种用于测量秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans）减数分裂过程中交叉互换频率和分布的方法。通过实时PCR进行单核苷酸多态性基因分型，以确定染色体的来源。利用四点定位法，可确定每条染色体左臂、中心区域和右臂的交叉互换分布情况。 ...

交叉互换的频率与分布 秀丽隐杆线虫 利用实时PCR进行SNP分型的减数分裂分析

了解全基因组互惠性分析技术RH-seq，用于解析酿酒酵母与奇异酵母间热耐性差异的遗传基础。该方法通过转座子诱变产生半合子库，结合高通量测序实现高分辨率遗传图谱绘制。

Saccharomyces 酵母物种间热耐受性差异的全基因组范围相互半合子分析遗传定位

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