2019年9月30日
本文介绍了一种利用噬菌体展示肽库筛选结合FGFR2的小肽的详细实验方案。我们进一步在体外分析了所筛选小肽与FGFR2的亲和力及其抑制细胞增殖的能力。
与其他方法相比,本实验方案无需了解靶蛋白的水合稀释结构及构象形成,即可对新的拮抗剂、激动剂和变构调节剂进行定性和定量分析。本方案高效、操作简便、经济且试剂易于获取。将此高通量筛选方法与等温滴定量热法(ITC)分析相结合,可对功能性小肽进行定性和定量获取。
本实验操作将由本实验室的研究生 Ying Zhao 和 Qiang Wang 演示。开始此操作前,用包被缓冲液配制浓度为 10 微克/毫升的 FGFR2 溶液。取 1 毫升该溶液加入 35 平方厘米的培养皿中,反复旋转混匀,直至表面完全润湿。
在4°C条件下振荡孵育过夜。次日,倒出包被液,加入配制好的封闭液。在4°C条件下孵育至少一小时,随后弃去封闭液,并用TBST快速洗涤平板六次,注意确保平板不干燥。
将原始噬菌体文库重悬于1 mL TBST中,并加入包被的培养皿。在室温下于摇床上轻轻振荡孵育两小时。随后弃去上清液,并用TBST洗涤培养皿10次。
通过向培养皿中加入1毫升0.2摩尔的甘氨酸盐酸溶液,并在室温下轻轻摇动10分钟,洗脱结合的噬菌体。将洗脱液转移至灭菌的微量离心管中,并加入100微升1摩尔的Tris-HCl(pH 9.1)进行中和。首先,将准备好的LB培养基和IPTG X-Gal平板在使用前于37摄氏度预热至少1小时。
使用带滤芯的移液枪头,将洗脱液在LB培养基中用10倍系列稀释法稀释至100微升。当制备的大肠杆菌(E.coli)培养物达到对数生长期中期时,将200微升培养物分别加入已灭菌的微量离心管中,每种洗脱液稀释度对应一管。为启动感染,向含有大肠杆菌培养物的各管中加入50微升相应稀释度的洗脱液。迅速涡旋混匀,并在室温下孵育5分钟。
然后使用涂布棒将90微升该混合物涂布于LB和IPTG X-GAL平板上。5分钟后,将平板倒置,并在37摄氏度下过夜培养。待噬菌斑出现后进行计数。
首先,在250毫升锥形瓶中,将过夜培养物稀释于20毫升LB培养基中。加入未扩增的洗脱液,并在37摄氏度下剧烈振荡培养4.5小时。接着,在4摄氏度下以12,000 × g离心10分钟。
将上清液转移至新的离心管中。在相同条件下再次离心,并弃去沉淀。取上清液上层的80%转移至新的离心管中,加入其体积1/6的20%聚乙二醇和2.5 mol/L氯化钠。
将噬菌体在 4 摄氏度下沉淀过夜。次日,在 4 摄氏度下以 12,000 ×g 离心 15 分钟,收集沉淀的噬菌体。弃去上清液,并在相同条件下再次离心。
使用移液器去除残留的上清液。将沉淀物重悬于1毫升TBS中,并将上清液转移至微量离心管中。在4°C条件下以12,000 × g离心5分钟。
将上清液转移至新的微量离心管中,加入相当于体积1/6的20%聚乙二醇和2.5摩尔氯化钠,再次进行沉淀。冰上孵育15至60分钟。随后,在4°C条件下以12,000 × g离心10分钟。
弃去上清液,并在相同条件下再次离心。用移液器吸除残留的上清液。将沉淀重悬于 200 µL TBS 中,再离心 1 分钟以去除杂质。
然后将上清液转移至新的微量离心管中,以获得扩增后的洗脱液。本研究中,噬菌体的输入数量保持不变,而FGFR2蛋白的包被浓度逐步降低。噬菌体滴度结果显示,回收的噬菌体数量逐渐增加,经过三轮筛选后,较第一轮增加了65倍。
随后进行等温滴定量热(ITC)实验,以测定该小肽与FGFR2的亲和力。结果表明,SP1肽对FGFR2具有高亲和力。该数据证明了筛选方案的有效性。
为了研究SP1肽的生物学活性,使用CCK-8试剂盒进行成纤维细胞增殖实验。将BALB/C3T3细胞与不同浓度的SP1肽共同孵育。结果表明,SP1肽抑制了细胞的生长。
此处必须避免野生型噬菌体的污染。务必使用防气溶胶的移液器吸头。在通过噬菌体扩增进行培养时。
该方法还可用于筛选与碳水化合物、培养细胞及组织结合的小分子肽。这些肽可进一步用于诊断和靶向治疗的扩增
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本文介绍了一种利用噬菌体展示肽库筛选结合FGFR2的小肽的实验方案。该研究进一步分析了所选小肽在体外与FGFR2的亲和力及其抑制细胞增殖的能力。
针对FGFR2结合肽的噬菌体展示筛选,解决了在肿瘤学和细胞信号传导靶点中发现新型调节剂所面临的关键早期探索难题。本方案可实现肽类拮抗剂的快速、高通量鉴定与定量表征,有助于在靶点验证阶段建立预测信心并降低机制风险。该方法有助于简化项目筛选流程,加速基于肽类的治疗候选分子的开发进程。
该方案可整合到从早期靶点验证到先导物筛选及FGFR2调节肽临床前评价的整个发现流程中。