Name: 单核RNA-seq和ATAC-seq的新鲜冷冻脑肿瘤的核隔离 (视频) | JoVE Journal
Uploaded: 2020-08-25T13:45:00.000+00:00
Duration: 6 min 22 s
Description: 学习从新鲜冷冻胶质瘤组织中分离单核细胞的方法，用于单核RNA-seq和ATAC-seq研究。该方案通过密度梯度离心获得高质量细胞核，无需分选步骤，适用于存档肿瘤样本，有助于研究肿瘤异质性和治疗反应。

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感谢德国癌症研究中心（DKFZ）单细胞开放实验室（scOpenLab）提供的有益讨论。本研究由德国癌症援助基金会Max-Eder项目资助，资助编号70111964（S.T.）。

新鲜冷冻的胶质瘤样本来自德国海德堡国家肿瘤疾病中心（NCT）组织库。使用患者材料已获得海德堡大学医学院伦理审查委员会的批准，所有参与研究的患者均签署了知情同意书。
1. 实验准备
<ol>
	<li>所有步骤均需在冰上或 4 °C 下进行。</li>
	<li>将离心管、培养皿、剃须刀片、Douncer 匀浆器及研杵预先冷却至 4 °C。</li>
	<li>提前配制所有缓冲液。这些缓冲液在室温下稳定。建议进行无菌过滤，尤其是蔗糖溶液。储备液的配制方法参考自 Corces 等人19。详见表 1-7。</li>
	<li>从液氮或 -80 °C 冰箱中取出样品，并在干冰上保存，直至步骤 2.1。</li>
</ol>
2. 组织解剖与解离
<ol>
	<li>将新鲜冷冻组织样本（10–60 mg）转移至预冷的培养皿中。在冰上用剃须刀片将新鲜冷冻组织切成小块。</li>
	<li>向预冷的1.5 mL离心管中加入500 µL预冷的细胞核裂解缓冲液。将组织小块放入含有细胞核裂解缓冲液的1.5 mL离心管中，并转移至Douncer匀浆器（材料表）。 
	注意：Dounce匀浆器有两种研杵：“松”或“A”型研杵用于初步破碎样本，“紧”或“B”型研杵用于完全匀浆化样本。</li>
	<li>使用“松”型研杵匀浆组织约20次，直至摩擦阻力减小。若存在碎片，可用100 µm滤网过滤预清除样本。</li>
	<li>使用“紧”型研杵再匀浆20次，以实现组织的完全匀浆化。</li>
	<li>将匀浆液（约500 µL）转移至预冷的2 mL离心管中。加入1 mL预冷裂解缓冲液，轻轻混匀后冰上孵育5分钟。孵育期间使用宽口移液枪头轻柔吹打混匀1–2次。</li>
	<li>使用30 µm滤网过滤全部匀浆液，收集滤液至15 mL Falcon&#160;管中，再转移至新的预冷2 mL离心管。通常一个滤网即可完成全部匀浆液的过滤。</li>
	<li>在光学显微镜下检查，确认大块碎片已被去除且核膜完整。细胞核应呈圆形，核膜无变形。若仍有碎片，可对细胞核再次过滤。</li>
	<li>在台式离心机上以500 × g、4 °C离心5分钟。弃去上清液，保留约50 µL液体与含有细胞核的沉淀。用另1 mL细胞核裂解缓冲液轻柔重悬沉淀，冰上孵育5分钟。</li>
	<li>再次以500 × g、4 °C离心5分钟。小心弃去上清液，避免扰动沉淀，加入500 µL 1×匀浆缓冲液（HB）（表4），冰上孵育5分钟，期间不重悬。随后用另1.0 mL 1× HB重悬细胞核。</li>
	<li>以500 × g、4 °C离心5分钟。弃去上清液，将细胞核轻柔重悬于200 µL 1× HB中，转移至新的2.0 mL离心管。</li>
</ol>
3. 梯度离心
<ol>
	<li>加入 200 µL 的 50% 碘克沙醇溶液（表 5），使碘克沙醇的终浓度为 25%。用移液器在 300 mL 档位反复吹打 10 次，充分混匀。</li>
	<li>将 300 µL 的 29% 碘克沙醇溶液（表 6）沿管壁缓慢加入至 25% 混合液下方。使用 P1000 细尖移液枪，避免液体层混合。</li>
	<li>将 300 µL 的 35% 碘克沙醇溶液（表 7）沿管壁缓慢加入至 29% 混合液下方。使用 P1000 细尖移液枪，避免液体层混合。 
	注意：此步骤在移液过程中需逐渐抽出移液枪尖端，以避免产生过大的体积位移。</li>
	<li>将样品置于水平转子离心机中，在 4°C 条件下以 3,500 × g 离心 20 分钟，离心时关闭刹车。</li>
	<li>轻柔取出样品，避免振荡，并在光线下观察。在第二层与第三层之间应可见一条清晰的白色条带，其中含有纯度达 95% 的细胞核（图 1）。</li>
</ol>
4. 细胞核的分离
<ol>
	<li>吸去上层液体，直至留下位于29%-35%界面处的白色细胞核条带。</li>
	<li>收集该细胞核条带，总体积为200 mL，转移至新离心管中，并使用20 µm滤膜过滤（材料表）。 
	注意：过滤前无需重悬细胞核。</li>
	<li>在光学显微镜下检查，确认已去除大块碎片且核膜完整。细胞核应呈圆形，核膜无变形。</li>
	<li>使用台盼蓝染色法在血细胞计数板上计数细胞核，并分装用于单核RNA测序（snRNA-seq）或单核ATAC测序（snATAC-seq）。</li>
</ol>
5. 单细胞核 RNA 和 ATAC 测序
<ol>
	<li>使用单细胞基因表达和单细胞ATAC试剂盒（材料表）立即处理细胞核。 
	注意：10x Genomics 系统的细胞核样本浓度，snRNA-seq 为每 µL 1500–3000 个细胞核，snATAC-seq 为每 µL 3500–7000 个细胞核。可使用 1x PBS 稀释细胞核。</li>
	<li>在基因组核心设施对接产生的文库进行测序。</li>
	<li>对数据进行质量控制分析。若细胞核的唯一分子标识符（UMI）数量&#62;1000、基因数&#62;500、线粒体基因占比&#60;5%，且UMI数和基因数处于均值加三个标准差范围内，则纳入后续分析。</li>
</ol>

<ol><li>Huse, J. T., Holland, E. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeting+brain+cancer%3A+advances+in+the+molecular+pathology+of+malignant+glioma+and+medulloblastoma%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Cancer%22%5BJournal%5D)">Targeting brain cancer: advances in the molecular pathology of malignant glioma and medulloblastoma.</a> Nature Reviews Cancer. 10 (5), 319-331 (2010).</li>
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<li>Corces, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+improved+ATAC-seq+protocol+reduces+background+and+enables+interrogation+of+frozen+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">An improved ATAC-seq protocol reduces background and enables interrogation of frozen tissues.</a> Nature Methods. 14 (10), 959-962 (2017).</li>
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<li>Jakel, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Altered+human+oligodendrocyte+heterogeneity+in+multiple+sclerosis%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Altered human oligodendrocyte heterogeneity in multiple sclerosis.</a> Nature. 566 (7745), 543-547 (2019).</li>
<li>Butler, A., Hoffman, P., Smibert, P., Papalexi, E., Satija, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrating+single-cell+transcriptomic+data+across+different+conditions%2C+technologies%2C+and+species%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Integrating single-cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species.</a> Nature Biotechnology. , (2018).</li>
<li>Lake, B. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrative+single-cell+analysis+of+transcriptional+and+epigenetic+states+in+the+human+adult+brain%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Integrative single-cell analysis of transcriptional and epigenetic states in the human adult brain.</a> Nature Biotechnology. 36 (1), 70-80 (2018).</li>
<li>Stuart, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+Integration+of+Single-Cell+Data%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Comprehensive Integration of Single-Cell Data.</a> Cell. 177 (7), 1888-1902 (2019).</li>
<li>Bready, D., Placantonakis, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+Pathogenesis+of+Low-Grade+Glioma%5BTitle%5D)+AND+%22Neurosurgery+Clinics+of+North+America%22%5BJournal%5D)">Molecular Pathogenesis of Low-Grade Glioma.</a> Neurosurgery Clinics of North America. 30 (1), 17-25 (2019).</li>
<li>Venteicher, A. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Decoupling+genetics%2C+lineages%2C+and+microenvironment+in+IDH-mutant+gliomas+by+single-cell+RNA-seq%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Decoupling genetics, lineages, and microenvironment in IDH-mutant gliomas by single-cell RNA-seq.</a> Science. 355 (6332), (2017).</li>
<li>Tirosh, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA-seq+supports+a+developmental+hierarchy+in+human+oligodendroglioma%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA-seq supports a developmental hierarchy in human oligodendroglioma.</a> Nature. 539 (7628), 309-313 (2016).</li>
<li>Weng, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-Cell+Transcriptomics+Uncovers+Glial+Progenitor+Diversity+and+Cell+Fate+Determinants+during+Development+and+Gliomagenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Stem+Cell%22%5BJournal%5D)">Single-Cell Transcriptomics Uncovers Glial Progenitor Diversity and Cell Fate Determinants during Development and Gliomagenesis.</a> Cell Stem Cell. 24 (5), 707-723 (2019).</li>
<li>Neftel, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+Integrative+Model+of+Cellular+States%2C+Plasticity%2C+and+Genetics+for+Glioblastoma%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">An Integrative Model of Cellular States, Plasticity, and Genetics for Glioblastoma.</a> Cell. 178 (4), 835-849 (2019).</li>
<li>Al-Ali, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-nucleus+chromatin+accessibility+reveals+intratumoral+epigenetic+heterogeneity+in+IDH1+mutant+gliomas%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Neuropathologica+Communications%22%5BJournal%5D)">Single-nucleus chromatin accessibility reveals intratumoral epigenetic heterogeneity in IDH1 mutant gliomas.</a> Acta Neuropathologica Communications. 7 (1), 201(2019).</li>
</ol>

作者无任何利益冲突需要披露。

肿瘤内异质性领域正处于一个令人振奋的发展阶段，新型检测方法和平台不断涌现，推动并拓展了现有认知。在胶质瘤中，肿瘤内异质性是导致疾病进展以及对当前治疗手段产生耐药性的关键因素28。近年来，针对脑肿瘤的研究重点关注这一重要特性，采用单细胞转录组学和表观基因组学检测技术，以更精确地刻画同一肿瘤内部的细胞异质性29,30,31,32。目前在脑肿瘤及其他实体瘤的单细胞检测中面临的一个主要瓶颈是新鲜临床样本的可获得性。为解决这一问题，多项研究已表明，使用新鲜冷冻组织中的细胞核可作为新鲜样本的替代方案，并能成功用于解析细胞异质性18,33。
在此，我们改进了以往的单细胞核分离方法...

弥漫性低级别胶质瘤（LGG）是成人中最常见的原发性脑肿瘤，属于浸润性肿瘤，常发生于大脑半球。LGG表现出明显的肿瘤间和肿瘤内异质性，这种异质性不仅由肿瘤细胞群体驱动，还受到在肿瘤发生和进展过程中复杂参与的非恶性细胞的影响1,2,3,4,5。
在过去十年中，胶质瘤领域积累了大量的基因组学数据。这些数据主要来自肿瘤组织的大规模测序研究，极大地推动了脑肿瘤的分子特征解析及当前的分类体系5,6,7,8,9,10,11。然而，尽管这些研究揭示了与胶质瘤相关的主要分子图谱，但在治疗干预方面仍进展甚微。脑肿瘤治疗耐药的障碍之一是肿瘤内的异质性。为解决这一问题，多项研究已聚焦于肿瘤在单细胞水平上的基因组、转录组、蛋白质组以及表观遗传异质性12,13,14,15,16,17。
尽管近年来单细胞领域取得了显著的技术进步，但主要的限制因素之一是缺乏用于分离细胞并开展这些实验所需的新鲜样本。为克服这一限制，已有多种成功尝试利用冷冻组织中的细胞核而非完整细胞进行检测，例如snRNA-seq和snATAC-seq18,19。这些方法大多依赖于荧光激活细胞分选（FACS）或过滤策略。单细胞和单细胞核方法各有优势与局限。单细胞方法可保留线粒体转录本，这些转录本虽然可能提供有用信息，但因其丰度较高，也可能降低转录组的覆盖深度。而单细胞核分离方法则去除了大部分线粒体成分，从而实现了对细胞核转录本更深入的覆盖20。
近年来，已有多种市售平台被用于检测单细胞基因组学数据，包括RNA-seq和ATAC-seq。其中最突出的平台之一是10x Genomics Chromium平台，可用于单细胞基因表达和单细胞ATAC分析。由于该平台依赖微流控腔室工作，任何碎片或聚集体都可能堵塞系统，导致数据、试剂和宝贵的临床样本丢失。因此，单细胞研究的成功在很大程度上取决于单细胞/细胞核的准确分离。
本文所演示的实验方案是对 DroNc-seq 和 Omni-ATAC-seq 方案进行轻微修改后的结合体，其原理与近期利用单核RNA测序（snRNA-seq）研究人类大脑神经系统疾病及神经元细胞类型的研究相似18,19,21,22,23,24。该方案结合了对冷冻样本的酶解/机械解离、过滤及梯度离心步骤，能够快速且准确地从新鲜冷冻的胶质瘤组织中分离出单个细胞核。我们已成功应用此方案，从脑肿瘤样本的同一批细胞核制备物中获得了单核RNA测序（snRNA-seq）和单核ATAC测序（snATAC-seq）数据。

<table><tbody><tr><td>2-巯基乙醇</td><td>Sigma</td><td>M6250</td><td></td></tr><tr><td>CaCl&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;</td><td>Sigma</td><td>21115-100ML</td><td></td></tr><tr><td>邓氏匀浆器</td><td>Active motif</td><td>40401</td><td></td></tr><tr><td>EDTA (0.5 M)</td><td>Thermo Scientific</td><td>R1021</td><td></td></tr><tr><td>Falcon 15 mL 圆锥形离心管</td><td>Fisher Scientific</td><td>352096</td><td></td></tr><tr><td>碘克沙醇（又称 Optiprep）</td><td>Stem cell technologies</td><td>07820</td><td></td></tr><tr><td>MACs Smart Strainers（30 &amp;micro;m）</td><td>Miltenyi Biotec</td><td>130-098-458</td><td></td></tr><tr><td>MACS SmartStrainers（100 &amp;micro;m）</td><td>Miltenyi Biotec</td><td>130-098-463</td><td></td></tr><tr><td>Mg(Ac)&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;</td><td>Sigma</td><td>63052-100ML</td><td></td></tr><tr><td>NP-40</td><td>Abcam</td><td>ab142227</td><td></td></tr><tr><td>细胞核分离试剂盒：Nuclei EZ Prep</td><td>Sigma</td><td>NUC101-1KT</td><td></td></tr><tr><td>苯甲基磺酰氟（PMSF）</td><td>Sigma</td><td>P7626</td><td></td></tr><tr><td>预分离滤器（20 &amp;micro;m）</td><td>Miltenyi Biotec</td><td>130-101-812</td><td></td></tr><tr><td>防漏管 1.5 mL</td><td>Eppendorf</td><td>0030120086</td><td></td></tr><tr><td>防漏管 2.0 mL</td><td>Eppendorf</td><td>0030120094</td><td></td></tr><tr><td>单细胞ATAC</td><td>10x Genomics</td><td></td><td></td></tr><tr><td>单细胞基因表达</td><td>10x Genomics</td><td></td><td></td></tr><tr><td>蔗糖</td><td>Sigma</td><td>S0389</td><td></td></tr><tr><td>宽口移液器吸头（1000 &amp;micro;L）</td><td>Themo Fisher Scientific</td><td>2079GPK</td><td></td></tr><tr><td>宽口移液器吸头（200 &amp;micro;L）</td><td>Themo Fisher Scientific</td><td>2069GPK</td><td></td></tr></tbody></table>

从新鲜冷冻脑肿瘤组织中分离细胞核用于单核rna测序和atac测序

Nuclei Isolation from Fresh Frozen Brain Tumors for Single-Nucleus RNA-seq and ATAC-seq

成人弥漫性胶质瘤表现出肿瘤间和肿瘤内的异质性。直到最近，大多数大规模分子谱分析研究主要集中在基于组织块的分析方法上，这些方法推动了脑肿瘤的分子分类。在过去五年中，单细胞测序技术揭示了胶质瘤的多个重要特征。这些研究大多使用新鲜脑肿瘤标本，通过流式细胞术或基于抗体的分离方法来获取单个细胞。未来，利用生物样本库中的新鲜冷冻组织样本将为单细胞应用提供更大的灵活性。此外，随着单细胞研究领域的不断发展，下一步的挑战将是通过单个细胞或同一样本制备获得多组学数据，以更深入地解析肿瘤的复杂性。因此，建立简单且灵活的实验流程，以支持单细胞核RNA测序（snRNA-seq）和单细胞核染色质可及性高通量测序（snATAC-seq）等多种技术的数据生成，将对该领域具有重要意义。
单细胞技术领域的最新进展，结合10x Genomics平台等易于获取的微流控仪器，已推动了单细胞技术在科研实验室中的广泛应用。为了研究脑肿瘤的异质性，我们开发了一种改进的实验方案，用于从新鲜冷冻的胶质瘤组织中分离单个细胞核。该方案整合了现有的单细胞实验方法，结合组织匀浆步骤，随后进行过滤及缓冲液介导的梯度离心。最终获得的样品为高纯度的单细胞核悬液，可用于从同一批细胞核制备物中生成单细胞核基因表达和染色质可及性数据。

单细胞核基因组学是一个数据和方案均有限的新兴领域。影响单细胞核检测结果的关键因素之一是纯且完整的细胞核的分离。我们结合了两种已发表的方案（DroNc-seq 和 Omni-ATAC-seq 方案），在相对较短的时间内从新鲜冷冻的胶质瘤组织块中分离出高质量且高纯度的细胞核，从而保持转录本的稳定性（图1）。
通过结合多种过滤步骤以及使用碘克沙醇/蔗糖梯度进行梯度离心，可实现细胞核的纯化，同时去除大部分碎片（图2）。同一批分离得到的细胞核可用于单核RNA测序（snRNA-seq）和单核ATAC-seq（snATAC-seq）。重要的是，由于所用细胞核来自同一样本，因此生成的数据可通过Seurat等分析包进行联合嵌入分析，以获得聚类结果并提供多组学视角25（图3）。
为了确定本方案是否可与已发表的单核RNA测序...

肿瘤内异质性是包括胶质瘤在内的各种肿瘤的固有特征。我们开发了一种简单高效的实验方案，通过结合使用多种缓冲液和梯度离心方法，从新鲜冷冻的胶质瘤组织中分离单个细胞核，用于单细胞核RNA测序和ATAC测序研究。

从新鲜冷冻脑肿瘤组织中分离细胞核用于单核RNA测序和ATAC测序

成人弥漫性胶质瘤表现出肿瘤间和肿瘤内异质性。直到最近，大多数大规模分子谱分析研究仍集中于……

本方法的目标是从新鲜冷冻的肿瘤组织中分离细胞核，且同一批细胞核可用于转录组和表观遗传学研究。因此，我们可以提出若干关键科学问题，例如：肿瘤在进展过程中如何演化？治疗手段如何影响肿瘤的组成？该方法最大的优势在于操作简便、缩短处理时间，且最重要的是能够获得高质量的细胞核。省去分选步骤可减少对细胞核的损伤。另一优势在于该方法可用于存档的冷冻肿瘤组织。我实验室的博士后研究员 Ashwin Narayanan 将演示该操作流程。将10至60毫克新鲜冷冻组织样本转移至预冷的培养皿中。在冰上用刀片将新鲜冷冻组织切成小块。向培养皿中的组织加入500微升预冷的细胞核裂解缓冲液。然后将混合物转移至Dounce匀浆器中。先用松散的研杵匀浆组织块约20次，直至摩擦阻力减小。再用紧密的研杵匀浆20次，以实现组织的完全均质化。将匀浆液转移至预冷的2毫升离心管中，向玻璃匀浆器中加入1毫升预冷的裂解缓冲液冲洗，随后将冲洗液也加入该离心管中。轻轻混匀，置于冰上孵育5分钟，孵育期间用宽口移液器吸头轻柔吹打1至2次。用30微米滤网将全部匀浆液过滤，并收集至15毫升Falcon管中。然后将其转移至一个新的预冷的2毫升离心管中。通常，单个滤网即可满足整个匀浆液的过滤需求。在光学显微镜下检查样品，以确认大块碎片已被去除，且细胞核膜保持完整。细胞核不一定呈圆形，且核膜不应出现扭曲。若存在碎片，请重复过滤步骤。接着，在台式离心机中将细胞核离心五分钟。弃去上清液，留下约 50 微升含有细胞核的沉淀。将沉淀轻轻重悬于 1 毫升细胞核裂解缓冲液中，冰上孵育 5 分钟。再次离心后，小心弃去上清液，避免扰动沉淀。加入500毫升HB，将样品孵育5分钟，期间不重新悬浮。然后用另1毫升HB重悬细胞核，再离心5分钟，随后弃去上清液。用200微升HB重悬细胞核，并将悬液转移至新的2毫升离心管中。向细胞核中加入 200 微升 50% 碘克沙醇溶液，使碘克沙醇的终浓度为 25%，并用移液器（设定体积为 300 微升）吹打混合 10 次。然后使用 P1000 细尖吸头将 300 微升 29% 碘克沙醇溶液缓慢加入 25% 混合液下方，避免两层液体混合。再用 P1000 细尖吸头将 300 微升 35% 碘克沙醇溶液加入 29% 混合液下方，随后缓慢移除吸头。将样品放入水平转子离心机中，在4°C条件下以3,500 G离心20分钟，离心时关闭刹车。轻柔取出样品，避免振荡，并在光线下观察。在第二层与第三层之间应可见一条清晰的白色核层，纯度约为95%。为分离细胞核，需吸走上层液体以暴露位于界面处的白色细胞核条带。收集该细胞核条带，总体积为200毫升，并转移至新的离心管中。随后使用20微米滤器进行过滤。在光学显微镜下检查细胞核，以确认大块碎片已被去除且核膜完整。细胞核应呈圆形，核膜无变形。使用台盼蓝染色法在血细胞计数板上计数细胞核，并将其分

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Research

科研

JoVE Journal

Cancer Research

癌症研究

单核RNA-seq和ATAC-seq的新鲜冷冻脑肿瘤的核隔离

本视频介绍了从新鲜冷冻的胶质瘤组织中分离单细胞核的实验方案。所分离的单细胞核可作为测序技术的样本，例如单细胞核RNA（snRNA）测序和单细胞核转座酶可及染色质分析（snATAC）测序，以深入研究中枢神经系统胶质瘤中所观察到的肿瘤间和肿瘤内异质性。...

从新鲜冷冻胶质瘤组织中分离细胞核：一种获取完整胶质瘤肿瘤样本细胞核的方法

本文介绍一种从新鲜或冷冻组织中快速分离高质量细胞核的方案，适用于后续的大规模平行RNA测序。方案中包括去污剂-机械法和低渗-机械法两种组织破碎与细胞裂解方法，均可用于细胞核的分离。...

用于大规模并行单核RNA测序的成年脊髓核的分离

单个细胞核的分离依赖于细胞膜的解离和基于去垢剂的透化处理，这些步骤需要优化，且容易引入技术性假象。我们展示了一种无需去垢剂和酶的快速分离完整细胞核的方案，可直接从完整组织中获取适用于单细胞核RNA测序（snRNA-Seq）或ATAC-seq的细胞核。...

使用去污剂和酶解-free方法从完整组织中分离细胞核

我们开发了一种方法，可从新鲜冷冻组织中富集并分离人星形胶质细胞群体，用于后续分子分析。...

利用荧光激活细胞核分选技术从新鲜冷冻皮层中分离成人人类星形胶质细胞群体

本文介绍一种从冻存小鼠肾脏中分离高质量细胞核的实验方案，该方法可提高肾髓质细胞类型的代表性，并避免酶解组织解离导致的基因表达异常。...

从成年小鼠肾脏中分离细胞核用于单细胞核RNA测序

本文介绍一种从速冻保存的存档肝组织中分离细胞核的方案，用于单细胞核RNA测序（RNA-seq）、ATAC-seq以及联合多组学分析（RNA-seq和ATAC-seq）。...

从速冻肝组织中分离细胞核用于单细胞多组学分析

本文介绍了一种细胞核制备的实验方案。在将心脏组织经显微解剖和酶解离为单个细胞后，祖细胞被冷冻保存，随后分离出纯度高且具有活性的细胞，用于单核RNA测序以及基于高通量测序的单核转座酶可及性染色质分析。...

从小鼠心脏前体细胞中分离细胞核用于单细胞分辨率下的表观基因组和基因表达谱分析

本研究介绍了一种简单、快速且部分自动化的方案，用于从冷冻的哺乳动物组织中分离高质量的细胞核，以用于后续的单细胞核RNA测序。...

一种简单、快速且部分自动化的从冷冻哺乳动物组织中分离单核用于单核测序的方案

单细胞/单细胞核转录组学和多组学研究的成功在很大程度上取决于细胞/细胞核的质量。因此，从组织中分离细胞/细胞核并进行纯化的步骤必须高度标准化。本方案描述了为后续单细胞核多组学检测制备脑组织和骨髓细胞核的方法。...

高质量脑组织与骨髓细胞核制备用于单细胞核多组学分析

本方案提供了一种可靠且经过优化的方法，用于从实体瘤样本中分离细胞核，以进行基于10x...

优化从新鲜及冷冻实体瘤标本中分离细胞核以进行多组学测序

本文介绍了一种利用单细胞和单细胞核RNA测序技术生成人脑类器官并进行下游分析的综合性实验方案。...

脑类器官中单细胞与单细胞核转录组的生成及下游分析

学习从新鲜冷冻胶质瘤组织中分离单核细胞的方法，用于单核RNA-seq和ATAC-seq研究。该方案通过密度梯度离心获得高质量细胞核，无需分选步骤，适用于存档肿瘤样本，有助于研究肿瘤异质性和治疗反应。

从新鲜冷冻脑肿瘤组织中分离细胞核用于单核RNA测序和ATAC测序

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