一种基于磁珠的蚊虫DNA提取方案及其在下一代测序中的应用

这种经济实惠的基于磁珠的DNA提取方案使资源有限的实验室和研究项目能够开展高通量测序。该方案无需昂贵设备即可获得高质量DNA，在某些诊断或研究情况下尤为有用，特别是在难以获取足量且适用于高通量测序质量要求的DNA时。本方案易于复制，仅需一次演示即可掌握。

应首先使用少量样本进行尝试，以熟悉操作流程。开始时，将保存在70%以上酒精中的蚊虫组织样本用100 µL PCR级水水化，在4 °C下孵育1小时，以软化组织。孵育结束后，弃去水溶液，加入100 µL蛋白酶K缓冲液酶混合液。

然后使用微量离心管研杵匀浆组织。匀浆后，离心组织裂解液，并在56摄氏度下孵育两到三小时。为提取DNA，将100 µL组织裂解液用移液器转移至新的洁净微量离心管中。

然后加入215 µL磁珠主混合液。使用移液器将裂解液与磁珠混合液轻轻吹打10至20秒，随后在室温下静置10分钟。在孵育期间，可偶尔轻轻振荡离心管，以最大限度促进DNA与磁珠的结合。

接下来，将离心管置于磁珠分离器上，直至溶液变澄清。然后使用移液器轻轻吸出管中的液体，注意不要扰动吸附DNA的磁珠。将离心管从磁珠分离器上取下，加入325 µL洗涤缓冲液一，洗涤磁珠。

用移液器充分混匀，在室温下孵育1分钟。孵育结束后，将离心管置于磁珠分离器上，按先前所示方法吸除上清液，然后将离心管从磁珠分离器上取下，用洗涤缓冲液一洗涤磁珠一次。第二次使用缓冲液一洗涤后，以相同方式用250微升洗涤缓冲液二洗涤磁珠两次。

最后一次洗涤后，将离心管从磁珠分离器上取下，加入100 µL洗脱缓冲液。用移液器充分混匀，室温孵育2分钟，然后将离心管放回磁珠分离器上。待溶液变澄清后，将上清液转移至新的洁净0.5 mL微量离心管中，并妥善保存。

此处显示的是含有 0.5 毫摩尔 EDTA 洗脱缓冲液中蚊子 DNA 的典型微量荧光计读数。260 至 280 纳米的平均吸光度比值为 2.3。此表格展示了不同提取方法在一天工作时间内处理的样本数量及相应成本。

按照本方案进行一次提取所需的试剂和耗材成本约为每样本9.50美元。该成本与任何典型的基于磁珠的提取方法相当。本方案的主要成本优势在于无需使用自动DNA提取仪器。

处理多个样本时，务必在样本之间更换移液器吸头，以防止 DNA 交叉污染。我们使用本方法提取的高质量 DNA 进行全基因组测序。目前正利用测序数据鉴定在公共卫生和疾病防控中具有重要意义的杀虫剂抗性或免疫相关基因中的新突变。

低成本的高通量测序解决方案为群体基因组学和景观基因组学研究开辟了令人振奋的前景，这些研究旨在理解蚊虫的扩散和基因流动，而这些因素会影响多种新型遗传控制策略的成功。