gP2S，冷冻实验信息管理系统

要登录 gP2S，请输入您的用户名和密码。在左侧，您可以看到由项目选择器和一组导航项目组成的导航栏，其中列出了 CryoEM 工作流程的实验实体类型、由蛋白质或配体组成的样本或这两种方法的组合、网格、显微镜会话、处理会话、地图和模型。导航栏中的最后一个元素是应用程序设置部分的链接。

在这里，您将能够添加一些实体，允许您在 gP2S 中记录实验。填写它将为整个系统中使用的各种下拉列表提供信息。随附的手稿包括有关如何安装和配置 gP2S 的详细信息，以便可用于记录实验。

在这些视频中，我们只说明了其中一个配置步骤，如何注册低温样本支架，然后更详细地说明用户如何在 gP2S 中注册实验。通过导航到样品持有人部分，可在显微镜注册后配置样品持有人。注册新样品持有人时，您必须指定可以使用哪种配置的显微镜，以及它是否可以用于冷冻标本。

gP2S 应用程序以项目为导向。这意味着工作流实体只能在项目上下文中创建。相关项目必须从下降中选择。

选择项目时，工作流部分会显示与此项目关联的各类型实体的数量。您可以看到，在这个特殊情况下，已注册了 89 个样本、203 个网格、80 个显微镜会话、5 个处理会话、7 个地图和 2 个模型。当您单击任何工作流实体类型（例如显微镜会话）时，会显示这些实体的列表。

此列表由标签组成。可能还有一个标志，如在这种情况下，显示它是一个低温或负污渍显微镜会话，以及多达六个关键元数据字段。在显微镜会话的情况下，您可以看到已对哪个网格进行了成像，收集了图像的数量，会话的开始和结束日期时间，以及使用了显微镜和探测器。

选择其中一个列出的实体打开一个详细信息页面，其中列出了此项目的所有可用信息，在显微镜会话的情况下，这些信息是很多的。在显微镜详细信息下面，您可以看到所有祖先实体（如网格和样品）的摘要列表。这允许通过显示实体的血统进行非常快速的导航。

让我们跳转到模型，以更好地可视化这一点。最后，gP2S 中的任何实体都可以通过选择注释进行评论。正如您对于此特定模型看到的，一个注释已经存在。

单击它显示谁和何时创建它。您可以通过输入免费文本并选择附加一个或多个文件来添加其他评论。现在，我们已经参观了应用程序的主要部分，我们将演示如何在CryoEM实验期间注册实验实体。

在工作流程的第一步，您将被要求描述您的示例。为此，您必须首先定义至少一个组件，蛋白质或配体。添加新蛋白质只需要一个蛋白质标签，但为了帮助更好地描述蛋白质，您还可以添加纯化标识符。

此字段可以包含大量批号或用作条形码标签的位置。如果 gP2S 已定制为与蛋白质注册系统集成，则可以自动验证 PUR ID，并用于检索和显示有关该批蛋白质的详细信息。对于配体，标签和库存浓度是强制性的，另外两个领域是可选的、概念的和批次批次标识符。

样本由蛋白质和配体及其最终浓度的任何组合定义。在我们的情况下，我们将创建一个样本，其中包含一种以前在gP2S中注册的蛋白质。由于可搜索的掉落，组件很容易找到。

如果您找不到组件，则可以在此步骤中从头开始创建组件。可选地，您还可以指定样品的其他实验细节，如孵化时间和温度、缓冲区以及免费文本协议描述。当您的样品准备好，您正在制作网格时，导航到网格并创建一个新的低温网格。

选择网格类型和使用的表面处理协议，例如发光放电协议。然后指示您是准备低温网格还是负污渍网格，并从下拉列表中选择预配置的玻璃化协议之一。接下来，从向网格应用的示例的下降列表中进行选择。

如果您选择稀释或浓缩所选样品，请使用切换并指定相关的稀释或浓度因子。您还必须指定应用于网格的音量，并可选地记录孵化时间。最后，您必须定义网格存储位置。

如果您愿意，更改默认标签并保存网格。注册网格后，您将能够通过创建显微镜会话来注册数据收集实验。该表单由四个部分组成:基本信息、显微镜设置、曝光设置和显微镜控制。

第一部分包含基本信息（标签），如果您愿意，可以更改默认值。请注意，系统会自动填写开始日期和时间。完成日期和时间是可选的，因为在实验仍在进行期间，您可能会注册显微镜会话。

如果您知道完成日期和时间，您可以手动键入它或立即使用按钮输入当前按钮。然后选择对哪些网格进行成像，使用哪个显微镜。默认情况下，当前项目中最近使用的显微镜是预先选定的。

选择探测器并选择收集多少图像。显微镜会话的第三部分包含有关曝光设置的信息。在此部分中，记录以下元数据:放大、点大小、照明区域直径、曝光率、曝光持续时间和帧数。

您应该指示是否使用了纳米蛋白、计数模式、剂量分馏和超分辨率。只有在选定的显微镜和探测器具有这些功能时，才能启用它们。输入像素绑定因子后（如果有的话）后，将计算并显示一些具有实验重要性的参数。

图像处理工作记录在处理会话中。每个处理会话都与至少一个显微镜会话相关，您从下拉列表中选择该会话。如果在处理过程中合并了多个会话的数据，则可能会添加更多显微镜会话。

您还必须通过选择软件标签及其版本来指示使用了哪些软件包。还有一些地方可以做一些相关的笔记。你必须提供显微图和拾取粒子的数量。

您也可以记录目录的名称或您进行处理的完整路径。一旦获得一个或多个三维重建，地图可以沉积到gP2S中。每张地图都与处理会话关联，由实际地图文件组成。

gP2S 允许任何文件类型。输入关键元数据（如像素的大小），建议是用于表面渲染的轮廓水平、应用的对称性、用于创建地图的图像数量以及最佳部分的估计分辨率、全球平均分辨率和最差部分的分辨率。与本案一样，在 gP2S 的许多部分，验证规则会检查您的输入是否有明显的错误。

地图可能使用不同类型的关系相互关联。注册此类关联时，您必须选择关系类型和相关地图。一旦获得原子模型，就可以沉积在gP2S中。

添加模型文件、分辨率、地图或模型衍生的地图列表。此外，还可以指示模型是以前沉积模型的精炼版本。更改标签并保存记录。

如果您与其他无法访问该应用程序的研究人员合作，则可能需要生成摘要文档，然后您可以共享这些文档。为此，gP2S 提供报告功能。这将生成一个可打印的 PDF 文件，其中包括描述实体及其每个祖先实体的所有元数据，包括所有注释。

此功能在模型沉积后特别有价值，因为所有数据和元数据跟踪最终原子模型的谱系一直追溯到特定的蛋白质和小分子配体地段，通过显微镜会话和网格可在单个文档中找到。但是，PDF 可以从任何详细信息查看页面生成。如您所见，gP2S 使您能够跟踪结构良好且易于导航的各种实体。

如前所示，注册特定实体时的数据验证有助于实现比经典电子表格或笔记本更高的质量元数据。谢谢你的收看。我们希望这个视频将鼓励您尝试gP2S作为实验室信息管理系统为您的CryoEM实验室。