低肿瘤含量组织中肿瘤富集的自动化解剖方案

与传统方法相比，利用自动化切片技术可更快、更高效地从福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）或新鲜冷冻组织中分离或富集微小的分散目标区域。从FFPE或新鲜冷冻组织中提取基因组物质是许多临床和转化医学研究实验室的必要步骤。自动化切片技术填补了宏观切片与激光捕获显微切割之间的显著技术空白。

首先，使用供应商提供的查看平台或开源查看器，对扫描的切片图像中感兴趣的肿瘤区域进行标注。使用数字切片作为参考时，将未染色的样本组织切片放置在载物台的第一至第四切片位置。通过打开“作业列表”并选择“创建新作业”，在自动组织解剖软件中创建铣削作业，并输入病例编号和名称以命名该作业。

转到厚度设置，使用上下箭头选项选择切片厚度。然后，进入组织处理，选择石蜡包埋或脱蜡处理。选择参考图像“来自文件”，并导入图像。

然后，从下拉菜单中选择要导入的文件作为数字参考。通过点击右下角的“扫描载物台”按钮来扫描载物台，以依次捕获位于第一至第四位置的每个样本组织切片。对于载物台上的参考样本，拖动方框在组织上创建一个矩形区域，并点击矩形区域下方的圆形按钮以获取载物台参考图像。

通过选择参考图像右上角的复制选项，将此矩形区域复制到第二至第四张位置上的其余样本组织切片中。然后根据需要进行对齐和调整大小。对于数字参考图像，将其叠加在所选的矩形区域上。

然后，大致调整数字参考图像的大小和位置，通过缩放使其与样本组织的尺寸和位置尽可能匹配。通过选择参考图像右上角的复制选项，将此矩形区域复制到第二至第四张位置的其余样本组织切片上。随后根据需要进行对齐和调整大小。

单击右下角的“扫描阶段”按钮，进入精细调整步骤。选择第一阶段位置，然后单击右侧工具栏中的变换工具图标，对参考图像进行精细对齐和缩放调整，以使其与样本幻灯片的叠加图像最佳匹配。使用屏幕底部的参考与样本滑动条，在参考图像和样本图像之间切换查看。

通过放大和缩小功能调整并实现每张切片位置的对齐。当达到最佳样本重叠效果后，选择右侧工具栏中的取色工具图标，在遮罩参考图像的彩色区域上绘制铣削路径标记。通过点击屏幕右下角的“获取注释”按钮，将铣削路径绘制到样本切片上。

当计算出铣削路径后，使用四个或更少的铣削探针捕获并收集标注的目标区域。左上角显示的探针使用数量基于所覆盖的面积和所选探针尺寸计算得出。可通过铣削探针箭头下方更改探针尺寸，探针使用数量将随之重新计算。

当在第一个载物片位置选择铣削路径后，该路径将被复制到其余的载物片位置。点击屏幕右下角的“设置”阶段按钮，以从收集管中快速加载铣削探针，并将其正确放置在载物台上指定位置。向储液槽中加入三毫升适用于该组织类型的解离缓冲液，用于后续的核酸提取。

然后，点击屏幕右下角的“Dissect”按钮。自动解剖完成后，从载物台上取下收集管和已解剖的样本载玻片。将收集管放入试管架中，载玻片放入载玻片架中。

含有异种移植性结直肠癌转移灶的福尔马林固定、石蜡包埋及新鲜冷冻小鼠肝脏切片经苏木精-伊红（H&E）染色后，在全切片成像仪上以20倍放大倍数进行扫描，作为参考切片。对H&E染色的参考切片进行标注，并对肿瘤区域进行数字掩膜处理，以用于显微切割及核酸提取。显微切割后的样本切片经H&E染色，以确认10微米和20微米切片中的切割区域。

捕获的指标证明了自动化解剖和核酸提取的成功。在尝试本方案时，请注意将注释相对准确地叠加到未染色切片上对于分离感兴趣区域至关重要。