Name: 使用实时显微镜和开源软件对 阿斯珀吉卢斯尼杜兰 生长速度的定量分析 (视频) | JoVE Journal
Uploaded: 2021-07-24T15:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 30 s
Description: 学习使用透射光显微镜和开源软件对构巢曲霉进行无标记活细胞成像，定量分析菌丝尖端生长动力学。该方法比传统菌落直径测量更灵敏，可准确追踪真菌生长动态。

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

本工作部分由以下项目资助 &#34;一个用于可视化和监测基本生物过程的希腊研究基础设施（BioImaging-GR）&#34; （MIS 5002755）在行动下实施 &#34;加强研究与创新基础设施&#34;，由运营计划资助 &#34;竞争力、创业与创新&#34; （2014–2020 年国家研究与创新基金）由希腊和欧盟共同资助

1. 接种体制备
注意：所有步骤均应在超净工作台内进行。
<ol>
	<li>从甘油保存液（-80 ℃）中划线接种目标真菌菌株 &#176;C）使用无菌接种环，将菌种接种至添加了与所检菌株相应的适当营养成分的最小培养基（MM）平板上&#160;[MM：10.0 g/L 葡萄糖，20 mL/L 盐溶液（盐溶液：26 g/L KCl，26 g/L MgSO₄·7H₂O，52 g/L NaNO₃，170 g/L 蔗糖），1 mL/L 微量元素溶液（微量元素溶液：4.4 g/L FeSO₄·7H₂O，1.1 g/L ZnSO₄·7H₂O，0.7 g/L H₃BO₃，0.5 g/L MnCl₂·4H₂O，0.5 g/L CuSO₄·5H₂O，0.2 g/L (NH₄)₆Mo₇O₂₄·4H₂O，0.1 g/L CoCl₂·6H₂O，50 g/L EDTA 二钠），pH 6.5]4&#183;7H2O, 76 g/L KH2PO4，2.0 mL/L 氯仿）和 1 mL/L 微量元素（微量元素：40 mg/L Na2B4O7&#183;H2O，400 mg/L CuSO₄4，8 g/L ZnSO₄4，800 mg/L MnSO₄4，800 mg/L FePO4），用 1 M NaOH 将 pH 调至 6.8，加入 1 %（w/v）琼脂及所需补充成分，具体如所述16 和高压灭菌] (图1). 
	注意：盐溶液、微量元素溶液和添加剂需进行高压灭菌。</li>
	<li>在37℃下孵育2-3天 &#176;C.</li>
	<li>使用无菌牙签（或接种环），轻轻接触单个菌落，转移少量分生孢子至完全培养基（CM）平板中（CM：10.0 g/L 葡萄糖，2.0 g/L 胰蛋白胨，1.0 g/L 酵母提取物，1.0 g/L 酪蛋白氨基酸，20 mL/L 盐溶液，1 mL/L 微量元素溶液，5 mL/L 维生素溶液（维生素溶液：0.1 g/L 核黄素，0.1 g/L 烟酰胺，0.01 g/L 对氨基苯甲酸，0.05 g/L 盐酸吡哆醇，1.0 mg/L 生物素），用 1 M NaOH 调节 pH 至 6.8，加入 1% (w/v) 琼脂及所需补充成分，具体如所述16 和高压灭菌]。将维生素溶液高压灭菌后，置于暗瓶中，4 ℃保存 &#176;C. 
	注意：若真菌生长过于密集而无法识别和分离单个菌落，需重新划线接种至新的琼脂平板以获得单菌落。</li>
	<li>在37℃下孵育3-4天 &#176;C.</li>
	<li>获得约 2 x 106 细胞/mL，使用无菌牙签刮取 CM 琼脂平板上培养的产孢真菌菌落表面 1 cm 范围内的孢子图 S1). 
	注意：必要时，使用血细胞计数板对分生孢子进行计数。</li>
	<li>收集分生孢子 A. nidulans 在无菌的1.5 mL离心管中，加入含有0.05%（v/v）Tween 80的1.0 mL高压灭菌蒸馏水，以减少分生孢子团块的数量。 
	注意：分生孢子可在 4 ℃ 保存长达 2–3 周 &#176;C，且无明显活力损失（A. Athanasopoulos 和 V. Sophianopoulou，未发表数据）。然而，建议过滤和/或洗涤分生孢子悬液以去除菌丝片段和营养物质，从而防止分生孢子膨胀。</li>
</ol>
2. 准备用于成像在琼脂（固体）培养基上生长的丝状真菌
注意：采用“倒置琼脂法”的改良版本17,18。
<ol>
	<li>最初，点样10 &#181;剧烈涡旋后的分生孢子悬液（约 2 x 104 细胞/mL）分装至多个培养皿中（&#216;9 cm）含1%（w/v）琼脂的MM培养基15 mL图2). 
	注意：使用改良版“倒置琼脂法”，可在对生长中的菌丝无明显不利影响的情况下，对真菌样品进行长达数小时的成像。</li>
	<li>根据拟研究的发育阶段孵育实验培养物。</li>
	<li>切下一块 &#8776;0.8 mm2 使用无菌手术刀切取含有菌落的琼脂块。 
	注意：所切琼脂块的尺寸取决于后续放置设备的尺寸。在本研究中，采用8孔 &#181;-使用载玻片（见下文）。</li>
	<li>倒置并将琼脂块放入孔板的一个孔中 &#181;- 适用于活体成像的八孔盖玻片或类似的带盖玻片的载玻片 
	&#8203;注意：如果透射光显微镜将与荧光（标记）显微镜结合使用，可在成像前将琼脂块倒置在含有活细胞染色染料的液体培养基液滴上。</li>
</ol>
3. 液体培养基中丝状真菌成像前的准备
<ol>
	<li>取10 µL充分涡旋振荡的分生孢子悬液（约2 x 104 个细胞/mL），加入含有200 µL适当添加物（见上文）的液体MM培养基的8孔µ载玻片孔中。</li>
	<li>在所需温度下孵育至所需时间（图3）。 
	&#8203;注意：若需将透射光显微镜与荧光（标记）显微镜结合使用，液体培养具有显著优势，可在实验过程中的任意时间点加入荧光染料19。</li>
</ol>
4. 采集图像
注意：显微镜的选择取决于可用的设备。无论何种情况，显微镜装置都应包含倒置载物台、环境控制室，或至少配备精确控制空气温度的房间。
<ol>
	<li>将恒温显微镜腔室预热至 37 °C（除非另有说明或根据所用真菌种类的需要进行调整），以在开始前稳定温度。该腔室可在延时实验期间调节显微镜光学系统和样品载物台的温度。需注意，当在 37 °C 或更高温度下使用常规浸油（设计用于 23 °C）时，会引入光学像差20。 
	注意：若预算有限，可使用纸板和隔热包装材料21 或 3D 打印机22 自制培养腔室。</li>
	<li>打开显微镜、扫描仪电源、激光电源和计算机，启动成像软件。将先前制备的 µ载片放入显微镜载物台并调焦。</li>
	<li>选择包含孤立且不重叠（或至少不过于密集）细胞的视野，以便在图像分析过程中便于测量生长情况。每个样品至少采集 50 个正在生长的细胞&#160;，以确保统计分析的可靠性。</li>
	<li>选择所需的透射光显微成像方式。为尽量减少真菌细胞的光漂白，应降低曝光时间或激光功率、像素驻留时间，和/或增大针孔直径，具体方法如其他文献所述23,24。</li>
	<li>设置显微镜以按所需时间间隔采集图像，并开始时间序列图像采集。 
	&#8203;注意：为校正随时间发生的焦平面漂移（尤其在长时间实验中），由于热漂移、细胞大小差异及细胞运动，若显微镜软件支持，应采用自动对焦策略&#160;。</li>
</ol>
5. 图像分析
注意：本节介绍处理延时显微镜图像以测量构巢曲霉（A. nidulans）生长速率的关键步骤。图像的打开、可视化和处理均使用开源软件 ImageJ/Fiji25 完成。
<ol>
	<li>使用 Fiji 导入图像 插件 | Bio-Formats | Bio-Formats 导入器 从 Fiji 菜单中使用默认设置（图4A). 
	注意：检查 Bio-Formats Importer 是否正确识别图像标定。图像窗口上方信息栏中显示的图像尺寸必须与原始图像尺寸一致图4B）。按压 Shift + P 在 ImageJ/Fiji 软件中显示和更改图像属性。</li>
	<li>在需要时，使用直方图匹配26 用于不同帧之间的照明校正（图像 | 调整 | 漂白校正 | 直方图匹配) (图4C).</li>
	<li>在需要时，使用 SIFT 算法（插件 | 配准 | 使用 SIFT 进行线性堆栈对齐用于对齐或匹配图像堆栈的）图 4D）。选择 &#34;众所周知，丝状真菌的菌落生长主要依赖于菌丝/菌丝体顶端生长速率的变化，通常通过比较固体培养基上菌落的大小来宏观估算。然而，对遗传背景不同的真菌菌株或在不同环境/生长条件（如pH、温度、碳源和氮源、抗生素等）下的菌株进行生长速率的定量测量仍具挑战性。因此，为了更深入理解真菌细胞的生长机制，迫切需要开发互补的方法来量化生长动力学。此外，已有研究明确指出，包括曲霉属（Aspergillus spp.）在内的丝状真菌在固体培养基上的气生条件或液体培养中表现出截然不同的生长与分化模式。本文详细描述了一种定量显微分析方法，用于研究模式真菌构巢曲霉（Aspergillus nidulans）在液体培养和固体培养条件下的生长动力学，结合活体成像技术进行分析。我们利用开源免费的生物图像分析软件（如Fiji），以可重复且可靠的方式采集图像，并对不同真菌菌株的生长速率进行分析与量化，该方法无需使用者具备图像分析的专业背景。&#34; 从预期的变换菜单中进行校正应足以消除任何x-y方向的漂移。 
	注意：也可使用其他插件对图像切片序列进行对齐，例如 Image Stabilizer（https://imagej.net/Image_Stabilizer）&#160;或 StackReg（http://bigwww.epfl.ch/thevenaz/stackreg/）。</li>
	<li>选择与盖玻片平行生长的菌丝，避免倾斜的菌丝。务必选择通过极性延伸方式生长的菌丝，避免存在侧向和/或顶端分枝的菌丝。</li>
	<li>使用 MTrackJ（插件 | MTrackJ）插件追踪生长中的菌丝尖端（图 4E)27. 添加轨迹，请选择 添加 在工具栏中点击按钮，使用鼠标左键在菌丝尖端放置第一个点。时间序列将自动跳转到下一帧。要完成追踪过程，请在最后一个点处双击鼠标（或按下 Esc 键）图4F). 移动到初始时间帧中的另一个感兴趣区域（即正在生长的菌丝尖端），并通过测量另一根菌丝的生长速率重新开始该操作流程。 
	注意：要安装 MTrackJ，请遵循 https://imagescience.org/meijering/software/mtrackj/ 上提供的说明</li>
	<li>点击 测量 MTrackJ 对话框中的按钮图 4G）以打开输出表格。保存轨迹测量值（文件 | 另存为）为所需的文件格式（例如，csv），进行分析并绘图（图4H). 
	注意：通过选择 视频 按钮，可生成显示图像和轨迹进展的视频。</li>
</ol>

<ol><li>Kumar, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Aspergillus+nidulans%3A+A+Potential+Resource+of+the+Production+of+the+Native+and+Heterologous+Enzymes+for+Industrial+Applications%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Aspergillus nidulans: A Potential Resource of the Production of the Native and Heterologous Enzymes for Industrial Applications.</a> International Journal of Microbiology. 2020, 8894215(2020).</li>
<li>Kück, U., Bloemendal, S., Teichert, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Putting+Fungi+to+Work%3A+Harvesting+a+Cornucopia+of+Drugs%2C+Toxins%2C+and+Antibiotics%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Pathogens%22%5BJournal%5D)">Putting Fungi to Work: Harvesting a Cornucopia of Drugs, Toxins, and Antibiotics.</a> PLoS Pathogens. 10 (3), (2014).</li>
<li>Paterson, R. R. M., Lima, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Filamentous+Fungal+Human+Pathogens+from+Food+Emphasising+Aspergillus%2C+Fusarium+and+Mucor%5BTitle%5D)+AND+%22Microoraganism%22%5BJournal%5D)">Filamentous Fungal Human Pathogens from Food Emphasising Aspergillus, Fusarium and Mucor.</a> Microoraganism. 5 (3), (2017).</li>
<li>Wang, C., Wang, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Insect+Pathogenic+Fungi%3A+Genomics%2C+Molecular+Interactions%2C+and+Genetic+Improvements%5BTitle%5D)+AND+%22Annual+Review+of+Entomology%22%5BJournal%5D)">Insect Pathogenic Fungi: Genomics, Molecular Interactions, and Genetic Improvements.</a> Annual Review of Entomology. 62, 73-90 (2017).</li>
<li>Etxebeste, O., Espeso, E. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Aspergillus+nidulans+in+the+post-genomic+era%3A+a+top-model+filamentous+fungus+for+the+study+of+signaling+and+homeostasis+mechanisms%5BTitle%5D)+AND+%22International+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Aspergillus nidulans in the post-genomic era: a top-model filamentous fungus for the study of signaling and homeostasis mechanisms.</a> International Microbiology. 23 (1), 5-22 (2020).</li>
<li>Riquelme, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fungal+Morphogenesis%2C+from+the+Polarized+Growth+of+Hyphae+to+Complex+Reproduction+and+Infection+Structures%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiology+and+Molecular+Biology+Reviews+MMBR%22%5BJournal%5D)">Fungal Morphogenesis, from the Polarized Growth of Hyphae to Complex Reproduction and Infection Structures.</a> Microbiology and Molecular Biology Reviews MMBR. 82 (2), (2018).</li>
<li>Athanasopoulos, A., André, B., Sophianopoulou, V., Gournas, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fungal+plasma+membrane+domains%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiology+Reviews%22%5BJournal%5D)">Fungal plasma membrane domains.</a> FEMS Microbiology Reviews. , (2019).</li>
<li>Pantazopoulou, A., Peñalva, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Organization+and+Dynamics+of+the+Aspergillus+nidulans+Golgi+during+Apical+Extension+and+Mitosis%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Biology+of+the+Cell%22%5BJournal%5D)">Organization and Dynamics of the Aspergillus nidulans Golgi during Apical Extension and Mitosis.</a> Molecular Biology of the Cell. 20 (20), 4335-4347 (2009).</li>
<li>Bayram, Ö, Feussner, K., Dumkow, M., Herrfurth, C., Feussner, I., Braus, G. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Changes+of+global+gene+expression+and+secondary+metabolite+accumulation+during+light-dependent+Aspergillus+nidulans+development%5BTitle%5D)+AND+%22Fungal+Genetics+and+Biology%22%5BJournal%5D)">Changes of global gene expression and secondary metabolite accumulation during light-dependent Aspergillus nidulans development.</a> Fungal Genetics and Biology. 87, 30-53 (2016).</li>
<li>Yu, J. -H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+Development+in+Aspergillus+nidulans+and+Aspergillus+fumigatus%5BTitle%5D)+AND+%22Mycobiology%22%5BJournal%5D)">Regulation of Development in Aspergillus nidulans and Aspergillus fumigatus.</a> Mycobiology. 38 (4), 229-237 (2010).</li>
<li>Tomkins, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Measuring+growth%3A+The+petri+dish+method%5BTitle%5D)+AND+%22Transactions+of+the+British+Mycological+Society%22%5BJournal%5D)">Measuring growth: The petri dish method.</a> Transactions of the British Mycological Society. 17 (1-2), 150-153 (1932).</li>
<li>Gifford, D. R., Schoustra, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modelling+colony+population+growth+in+the+filamentous+fungus+Aspergillus+nidulans%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Theoretical+Biology%22%5BJournal%5D)">Modelling colony population growth in the filamentous fungus Aspergillus nidulans.</a> Journal of Theoretical Biology. 320, 124-130 (2013).</li>
<li>Kasprowicz, R., Suman, R., O'Toole, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterising+live+cell+behaviour%3A+Traditional+label-free+and+quantitative+phase+imaging+approaches%5BTitle%5D)+AND+%22The+International+Journal+of+Biochemistry+%26+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">Characterising live cell behaviour: Traditional label-free and quantitative phase imaging approaches.</a> The International Journal of Biochemistry & Cell Biology. 84, 89-95 (2017).</li>
<li>Aknoun, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+phase+microscopy+for+non-invasive+live+cell+population+monitoring%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Quantitative phase microscopy for non-invasive live cell population monitoring.</a> Scientific Reports. 11, (2021).</li>
<li>Chessel, A., Carazo Salas, R. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((From+observing+to+predicting+single-cell+structure+and+function+with+high-throughput%2Fhigh-content+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Essays+in+Biochemistry%22%5BJournal%5D)">From observing to predicting single-cell structure and function with high-throughput/high-content microscopy.</a> Essays in Biochemistry. 63 (2), 197-208 (2019).</li>
<li>Todd, R. B., Davis, M. A., Hynes, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+manipulation+of+Aspergillus+nidulans%3A+meiotic+progeny+for+genetic+analysis+and+strain+construction%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Protocols%22%5BJournal%5D)">Genetic manipulation of Aspergillus nidulans: meiotic progeny for genetic analysis and strain construction.</a> Nature Protocols. 2 (4), 811-821 (2007).</li>
<li>Hickey, P. C., Swift, S. R., Roca, M. G., Read, N. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Live-cell+Imaging+of+Filamentous+Fungi+Using+Vital+Fluorescent+Dyes+and+Confocal+Microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Live-cell Imaging of Filamentous Fungi Using Vital Fluorescent Dyes and Confocal Microscopy.</a> Methods in Microbiology. 34, 63-87 (2004).</li>
<li>Trinci, A. P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Kinetic+Study+of+the+Growth+of+Aspergillus+nidulans+and+Other+Fungi%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+General+Microbiology%22%5BJournal%5D)">A Kinetic Study of the Growth of Aspergillus nidulans and Other Fungi.</a> Journal of General Microbiology. 57 (1), 11-24 (1969).</li>
<li>Lichius, A., Zeilinger, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+Membrane+and+Cell+Wall+Selective+Fluorescent+Dyes+for+Live-Cell+Imaging+of+Filamentous+Fungi%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Application of Membrane and Cell Wall Selective Fluorescent Dyes for Live-Cell Imaging of Filamentous Fungi.</a> Journal of Visualized Experiments. (153), e60613(2019).</li>
<li>Oomen, L. C. J. M., Sacher, R., Brocks, H. H. J., Zwier, J. M., Brakenhoff, G. J., Jalink, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Immersion+oil+for+high-resolution+live-cell+imaging+at+37%C2%B0C%3A+optical+and+physical+characteristics%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Microscopy%22%5BJournal%5D)">Immersion oil for high-resolution live-cell imaging at 37°C: optical and physical characteristics.</a> Journal of Microscopy. 232 (2), 353-361 (2008).</li>
<li>Distel, M., Köster, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+Vivo+Time-Lapse+Imaging+of+Zebrafish+Embryonic+Development%5BTitle%5D)+AND+%22CSH+protocols%22%5BJournal%5D)">In Vivo Time-Lapse Imaging of Zebrafish Embryonic Development.</a> CSH protocols. 2007, (2007).</li>
<li>Walzik, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+portable+low-cost+long-term+live-cell+imaging+platform+for+biomedical+research+and+education%5BTitle%5D)+AND+%22Biosensors+and+Bioelectronics%22%5BJournal%5D)">A portable low-cost long-term live-cell imaging platform for biomedical research and education.</a> Biosensors and Bioelectronics. 64, (2014).</li>
<li>Frigault, M. M., Lacoste, J., Swift, J. L., Brown, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Live-cell+microscopy+-+tips+and+tools%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Cell+Science%22%5BJournal%5D)">Live-cell microscopy - tips and tools.</a> Journal of Cell Science. 122 (6), 753-767 (2009).</li>
<li>North, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Seeing+is+believing%3F+A+beginners%27+guide+to+practical+pitfalls+in+image+acquisition%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">Seeing is believing? A beginners' guide to practical pitfalls in image acquisition.</a> The Journal of Cell Biology. 172 (1), 9-18 (2006).</li>
<li>Schindelin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fiji%3A+an+open-source+platform+for+biological-image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Fiji: an open-source platform for biological-image analysis.</a> Nature Methods. 9 (7), 676-682 (2012).</li>
<li>Miura, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bleach+correction+ImageJ+plugin+for+compensating+the+photobleaching+of+time-lapse+sequences%5BTitle%5D)+AND+%22F1000Research%22%5BJournal%5D)">Bleach correction ImageJ plugin for compensating the photobleaching of time-lapse sequences.</a> F1000Research. 1000, 1494(2020).</li>
<li>Meijering, E., Dzyubachyk, O., Smal, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Methods+for+Cell+and+Particle+Tracking%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Enzymology%22%5BJournal%5D)">Methods for Cell and Particle Tracking.</a> Methods in Enzymology. 504, 183-200 (2012).</li>
<li>Strovas, T. J., Lidstrom, M. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Population+heterogeneity+in+Methylobacterium+extorquens+AM1%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiology%22%5BJournal%5D)">Population heterogeneity in Methylobacterium extorquens AM1.</a> Microbiology. 155, Pt 6 2040-2048 (2009).</li>
<li>Biratsi, A., Athanasopoulos, A., Kouvelis, V. N., Gournas, C., Sophianopoulou, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+highly+conserved+mechanism+for+the+detoxification+and+assimilation+of+the+toxic+phytoproduct+L-azetidine-2-carboxylic+acid+in+Aspergillus+nidulans%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">A highly conserved mechanism for the detoxification and assimilation of the toxic phytoproduct L-azetidine-2-carboxylic acid in Aspergillus nidulans.</a> Scientific Reports. 11 (1), 7391(2021).</li>
<li>Athanasopoulos, A., Boleti, H., Scazzocchio, C., Sophianopoulou, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Eisosome+distribution+and+localization+in+the+meiotic+progeny+of+Aspergillus+nidulans%5BTitle%5D)+AND+%22Fungal+Genetics+and+Biology%22%5BJournal%5D)">Eisosome distribution and localization in the meiotic progeny of Aspergillus nidulans.</a> Fungal Genetics and Biology. 53, 84-96 (2013).</li>
<li>Vangelatos, I., Roumelioti, K., Gournas, C., Suarez, T., Scazzocchio, C., Sophianopoulou, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Eisosome+Organization+in+the+Filamentous+AscomyceteAspergillus+nidulans%5BTitle%5D)+AND+%22Eukaryotic+Cell%22%5BJournal%5D)">Eisosome Organization in the Filamentous AscomyceteAspergillus nidulans.</a> Eukaryotic Cell. 9 (10), 1441-1454 (2010).</li>
<li>Athanasopoulos, A., Gournas, C., Amillis, S., Sophianopoulou, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+AnNce102+and+its+role+in+eisosome+stability+and+sphingolipid+biosynthesis%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Characterization of AnNce102 and its role in eisosome stability and sphingolipid biosynthesis.</a> Scientific Reports. 5 (1), (2015).</li>
<li>Peñalva, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tracing+the+endocytic+pathway+of+Aspergillus+nidulans+with+FM4-64%5BTitle%5D)+AND+%22Fungal+Genetics+and+Biology%22%5BJournal%5D)">Tracing the endocytic pathway of Aspergillus nidulans with FM4-64.</a> Fungal Genetics and Biology. 42 (12), 963-975 (2005).</li>
<li>Versari, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Long-term+tracking+of+budding+yeast+cells+in+brightfield+microscopy%3A+CellStar+and+the+Evaluation+Platform%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+The+Royal+Society+Interface%22%5BJournal%5D)">Long-term tracking of budding yeast cells in brightfield microscopy: CellStar and the Evaluation Platform.</a> Journal of The Royal Society Interface. 14 (127), 20160705(2017).</li>
<li>Adams, T. H., Wieser, J. K., Yu, J. -H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Asexual+Sporulation+in+Aspergillus+nidulans%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiology+and+Molecular+Biology+Reviews%22%5BJournal%5D)">Asexual Sporulation in Aspergillus nidulans.</a> Microbiology and Molecular Biology Reviews. 62 (1), 35-54 (1998).</li>
<li>Lagree, K., Desai, J. V., Finkel, J. S., Lanni, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microscopy+of+fungal+biofilms%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Opinion+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Microscopy of fungal biofilms.</a> Current Opinion in Microbiology. 43, 100-107 (2018).</li>
<li>Brunk, M., Sputh, S., Doose, S., van de Linde, S., Terpitz, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((HyphaTracker%3A+An+ImageJ+toolbox+for+time-resolved+analysis+of+spore+germination+in+filamentous+fungi%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">HyphaTracker: An ImageJ toolbox for time-resolved analysis of spore germination in filamentous fungi.</a> Scientific Reports. 8 (1), 1-13 (2018).</li>
<li>Baum, T., Navarro-Quezada, A., Knogge, W., Douchkov, D., Schweizer, P., Seiffert, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((HyphArea-Automated+analysis+of+spatiotemporal+fungal+patterns%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Plant+Physiology%22%5BJournal%5D)">HyphArea-Automated analysis of spatiotemporal fungal patterns.</a> Journal of Plant Physiology. 168 (1), 72-78 (2011).</li>
<li>Barry, D. J., Williams, G. A., Chan, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Automated+analysis+of+filamentous+microbial+morphology+with+AnaMorf%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechnology+Progress%22%5BJournal%5D)">Automated analysis of filamentous microbial morphology with AnaMorf.</a> Biotechnology Progress. 31 (3), 849-852 (2015).</li>
</ol>

作者无任何利益冲突需要披露。

通过延时显微镜监测真菌细胞生长和表型，是一种强大的方法，可用于实时评估细胞行为，并定量、准确地确定特定药物处理和/或遗传干预是否随时间产生可检测的细胞生长或表型差异。
本研究描述了一种可靠的活细胞成像方法，用于测量和定量分析真菌的发育过程，包括 A. nidulans中芽管和菌丝尖端生长的动态变化。利用透射光显微镜技术对形态变化进行时间序列监测，有助于识别处于应激、濒死或死亡状态的细胞。在单细胞水平上深入了解这些动态过程，不仅能够评估混合细胞群体内的异质性，而且从长期角度来看，还有助于揭示细胞响应内源性和环境信号的通路及详细机制。
该方法的一个优势在于其基于无标记成像技术（但也可轻松结合荧光显微镜使用），利用细胞固有的光折射特性产生图像对比度，无需引入染料或标记物，从而避免对实验结果造成干扰。尽管荧光标记可用于标记细胞区室和蛋白质，并显著促进细胞的分割与追踪，但透射光显微镜避免了对细胞进行基因工程改造的需要，使研究人员能够省去染料/标记物优化过程中所需的成本和耗时，同时规避可能由光毒性引起的效应&#160;来...

丝状真菌具有重要的社会经济和生态价值，在工业和农业中作为酶和抗生素生产的关键工具1,2 以及作为农作物病原体3，害虫4 和人类3此外，丝状真菌如 曲霉属&#160;nidulans 被广泛用作基础研究的模式生物，例如遗传学、细胞生物学和进化生物学研究，以及菌丝延伸的研究5丝状真菌是一类高度极性的生物体，通过持续供应膜脂质/蛋白质以及 从头合成 细胞延伸尖端的细胞壁合成6在菌丝顶端生长和极性维持中起核心作用的是一种称为“Spitzenkörper”（SPK）的特殊结构，该结构高度有序，主要由细胞骨架组分构成，并含有高尔基体的极性分布6,7,8.
环境刺激/信号，如水-空气界面、光照、CO2浓度以及营养状态，是决定这些霉菌发育命运的关键因素9。在液体培养条件下，A. nidulans的分化受到抑制，菌体通过菌丝顶端延伸进行生长6。在营养生长期，无性孢子（分生孢子）通过顶端伸长萌发，形成相互连接的菌丝细胞网络，即菌丝体；只要营养和空间充足，菌丝体可无限生长。相反，在固体培养基上，菌丝顶端延伸，并在经历一段特定的营养生长期（发育能力期）后，启动无性繁殖过程，菌丝体的特化足细胞会向上延伸出气生的分生孢子梗 stalk6。这些结构进一步发育为称为分生孢子梗的特化多细胞发育结构，产生大量成串的单倍体分生孢子10，在适宜的环境条件下可重新启动生长。
测量丝状真菌生长的一种常用方法是将孢子接种于培养皿中的营养琼脂上，数天后通过肉眼测量菌落的直径11。菌落的直径或面积主要取决于菌丝生长速率的变化，而较少受分生孢子梗密度的影响12，因此常被用作生长的量化指标。尽管测量固体表面真菌群体（菌落）大小的方法已较为充分，但它绝非最精确的生长测定手段。与群体水平的平均值（即真菌菌落大小的平均值）相比，单细胞&#160;测量能够捕捉细胞群体的异质性，并有助于识别新的细胞亚群、细胞状态13、动态变化、通路以及细胞响应内源性和环境变化的生物学机制14,15。通过延时显微镜监测真菌细胞的生长与表型，可以说是目前应用最广泛的定量单细胞观察方法。
本文详细介绍了一种无需标记的活体成像方案，利用透射光显微镜技术（如相差显微镜、微分干涉差显微镜（DIC）和偏光显微镜）进行图像采集。该方法无需结合荧光显微镜，即可用于分析和定量测定A. nidulans菌株在液体培养和固体培养基中的极性生长情况。

<table><tbody><tr><td>&amp;micro;-载玻片 8 孔</td><td>Ibidi</td><td>80826</td><td>成像载玻片</td></tr><tr><td>4-氨基苯甲酸</td><td>Merck</td><td>A9878</td><td></td></tr><tr><td>azhA&amp;Delta; ngnA&amp;Delta;</td><td></td><td></td><td>基因型：zhA&amp;Delta;::pyrGAf; ngnA&amp;Delta;::pyrGAf; pyroA4 pantoB100 / 参考文献：实验室保藏，Athanasopoulos 等，2013</td></tr><tr><td>蛋白胨氨基酸</td><td>Gibco</td><td>223030</td><td></td></tr><tr><td>生物素</td><td>Merck</td><td>B4639</td><td></td></tr><tr><td>氯仿</td><td>Merck</td><td>67-66-3</td><td></td></tr><tr><td>硫酸铜五水合物</td><td>Merck</td><td>C8027</td><td></td></tr><tr><td>葡萄糖</td><td>Merck</td><td>G8270</td><td></td></tr><tr><td>GraphPad Prism 8.0</td><td>GraphPad Software</td><td></td><td>统计分析软件</td></tr><tr><td>ImageJ</td><td>NIH</td><td></td><td>图像处理与分析软件</td></tr><tr><td>接种环</td><td>Merck</td><td>I8263-500EA</td><td></td></tr><tr><td>磷酸铁(III)</td><td>Merck</td><td>1.03935</td><td></td></tr><tr><td>Leica Application Suite X</td><td>Leica Microsystems</td><td></td><td>显微镜软件</td></tr><tr><td>七水合硫酸镁</td><td>Merck</td><td>63138</td><td></td></tr><tr><td>一水合硫酸锰(II)</td><td>Merck</td><td>M7899</td><td></td></tr><tr><td>Leica TCS SP8 共聚焦显微镜</td><td>Leica Microsystems</td><td></td><td></td></tr><tr><td>烟酰胺（尼克酰胺）</td><td>Supelco</td><td>47865-U</td><td></td></tr><tr><td>蛋白胨</td><td>Millipore</td><td>68971</td><td></td></tr><tr><td>微生物培养用培养皿</td><td>KISKER</td><td>G090</td><td></td></tr><tr><td>氯化钾</td><td>Merck</td><td>P4504</td><td></td></tr><tr><td>磷酸二氢钾</td><td>Merck</td><td>P5655</td><td></td></tr><tr><td>盐酸吡哆醇</td><td>Merck</td><td>P6280</td><td></td></tr><tr><td>Quali - 微量离心管，1.7 mL，无 DNase、RNase 和热原，无菌</td><td>KISKER</td><td>G052-S</td><td></td></tr><tr><td>Quali - 微量离心管，2.0 mL，无菌</td><td>KISKER</td><td>G053-S</td><td></td></tr><tr><td>Quali - 标准吸头，斜面，100–1000 &amp;micro;L</td><td>KISKER</td><td>VL004G</td><td></td></tr><tr><td>Quali - 标准吸头，斜面，1–200 &amp;micro;L</td><td>KISKER</td><td>VL700G</td><td></td></tr><tr><td>Quali 微量吸头，无 DNase、RNase，0.1–10 &amp;micro;L/透明</td><td>KISKER</td><td>GC.TIPS.B</td><td></td></tr><tr><td>核黄素（B2）</td><td>Supelco</td><td>47861</td><td></td></tr><tr><td>11 号手术刀片</td><td>OdontoMed2011</td><td>S2771</td><td></td></tr><tr><td>氯化钠</td><td>Merck</td><td>S7653</td><td></td></tr><tr><td>氢氧化钠</td><td>Merck</td><td>S8045</td><td></td></tr><tr><td>十水合四硼酸钠</td><td>Merck</td><td>S9640</td><td></td></tr><tr><td>VS151 (PilA-GFP 和 H1-mRFP)</td><td></td><td></td><td>基因型：pyrG89; pilA::sgfp::AfpyrG+ argB2 nkuA&amp;Delta;::argB+&amp;nbsp; pyroA4 hhoA::mrfp::Afribo+ riboB2 / 参考文献：实验室保藏，Biratsi 等，2021</td></tr><tr><td>野生型（WT）</td><td></td><td></td><td>基因型：nkuA&amp;Delta;::argB; pyrG89; pyroA4;pyrG89 / 参考文献：TN02A3 -FGSC A1149</td></tr><tr><td>酵母提取物</td><td>Millipore</td><td>70161</td><td></td></tr><tr><td>ZnSO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;</td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

使用活体显微镜和开源软件对aspergillus nidulans生长速率进行定量分析

Quantitative Analysis of Aspergillus nidulans Growth Rate using Live Microscopy and Open-Source Software

众所周知，丝状真菌的菌落生长主要依赖于菌丝/菌丝体顶端生长速率的变化，通常通过比较固体培养基上菌落的大小来宏观估算。然而，对遗传背景不同的真菌菌株，或在不同环境/生长条件（如pH、温度、碳源和氮源、抗生素等）下的菌株，其生长速率进行定量测量仍具挑战性。因此，为了更深入理解真菌细胞的生长机制，迫切需要采用互补的方法来定量分析生长动力学。此外，已有充分研究表明，包括曲霉属（Aspergillus spp.）在内的丝状真菌，在固体培养基上的气生条件或液体 submerged 培养条件下，具有显著不同的生长与分化模式。本文详细描述了一种用于分析丝状真菌生长动力学的定量显微镜方法&#160;模式真菌 Aspergillus nidulans，利用浸没培养和固体培养基中的活体成像技术。我们采用开源免费的生物图像分析软件（例如 Fiji），以可重复且可靠的方式捕获图像，并对不同真菌菌株的生长速率进行分析与定量，该方法无需用户具备任何前期图像分析经验。

按照本实验方案，我们采集并分析了丝状真菌A. nidulans在不同生长/发育阶段的多种图像。本研究中呈现的数据使用Fiji软件进行处理和分析。测量结果以csv文件格式保存，并使用商业统计软件和/或Python编程语言（借助pandas、numpy、statsmodels、matplotlib和seaborn等软件库）进行统计分析并绘制成图表。更多细节可参见所引用的原始出版物。
为了阐释种群的响应机制，确定种群内关键参数的异质性，并有效识别生理学上不同的亚群至关重要28。图5展示了azhAΔ ngnAΔ双突变菌株的生长情况，该菌株缺失了两个基因，其编码产物参与有毒植物代谢产物L-氮杂环丁烷-2-羧酸解毒与同化过程29，并与野生型（WT）菌株进行了比较。通过测定其在液体深层培养中的生长速率，我们发现双突变菌株的生长速率显著低于野生型菌株（t(715) = 20.61，p = &...

我们介绍一种无需标记的活体成像方案，利用透射光显微技术对丝状真菌A. nidulans在液体培养和固体培养基中的生长动力学进行图像采集、分析与定量。该方案可与荧光显微镜技术联合使用。

使用活体显微镜和开源软件对Aspergillus nidulans生长速率进行定量分析

众所周知，丝状真菌的菌落生长主要依赖于菌丝/菌丝体顶端生长速率的变化，从宏观上看……

在本视频中，我们介绍了一种无需标记的活体成像方案，用于通过透射光显微技术获取模式真菌构巢曲霉（aspergillus nidulans）的图像。我们利用这些图像分析并量化构巢曲霉在液体和固体培养基中的生长动力学。该方案的可视化展示有助于使用者熟悉图像采集及显微图像处理的关键步骤。测量丝状真菌生长的常用方法是在含有营养琼脂的培养皿中接种真菌孢子，数天后测量菌落的直径。然而，该方法的灵敏度不足以量化细微的生长差异。因此，开发了利用延时显微镜进行单细胞测量的方法。这些测量不仅能够提供准确且定量的结果，还能反映群体内不同细胞的生长动态。此外，该方法旨在更深入地理解真菌生长对内源性和环境信号响应所涉及的分子机制。首先，将15毫升液体营养琼脂倒入培养皿中。将盖子盖上并使其冷却。使用紫外线照射对培养皿进行灭菌。在划线接种目标真菌菌株之前，将接种环在本生灯上加热至红热，然后将接种环插入琼脂中冷却。涡旋混匀试管，用接种环在添加了适当营养成分的琼脂最低培养基表面划线。于37摄氏度培养2至3天。使用无菌牙签，轻轻接触单个菌落，转移少量分生孢子至完全培养基平板上。将平板在37摄氏度下孵育三至四天。用含有0.05%体积比吐温80的1.0毫升高压灭菌蒸馏水，在无菌的1.5毫升涡旋管中收集构巢曲霉的分生孢子，以减少分生孢子团块的数量。采用改良的倒置琼脂法对琼脂培养基表面的丝状真菌进行成像。最初将10微升剧烈涡旋的分生孢子悬液点样于含有15毫升最小培养基的培养皿中，该培养基含1%（重量/体积）琼脂，每毫升悬液约含2×10⁴个细胞。根据所要研究的发育阶段，将实验培养物进行培养。此处，在30°C下培养三天。随后，使用无菌解剖刀切取含有菌落的一块琼脂。此处我们从菌落边缘切下一小块楔形琼脂，将其倒置后放入八孔载玻片的孔中。将剧烈涡旋振荡的分生孢子悬液（浓度约为2×10⁴）各10 µL加入含200 µL添加适当补充物的最小培养基的八孔载玻片各孔中。每次孵育的时间和温度应根据实验要求进行选择。显微镜的选择取决于可用的设备。无论何种情况，显微镜的配置都应包括倒置显微镜载物台、环境控制舱，或至少配备一个具有精确空气温度控制的房间。首先将恒温器和显微镜腔室预热，以稳定至所需温度。此处将温度设定为30摄氏度。打开显微镜、扫描仪电源、激光电源和计算机，并启动成像软件。将先前准备好的载玻片放置在显微镜载物台上并进行聚焦。选择包含孤立、不重叠或至少不过于密集的细胞的视野，以便在图像分析期间便于测量细胞生长情况。选择要使用的透射光显微技术，并在需要时激活透射光检测器以及荧光检测器。将显微镜设置为按所需时间间隔采集图像，并开始时间序列图像采集。图像的加载、可视化和处理通过开源的 ImageJ Fiji 软件完成。首先使用插件按格式将图像导入 Fiji。选择默认的颜色模式和自动缩放。为了将时间戳和比例尺作为叠加显示，请进入分析（Analyze）菜单，选择工具（Tools），然后选择比例尺（Scale Bar）。设置比例尺的宽度、高度、颜色和位置等所需参数。转到“图像”→“属性”，以在 ImageJ Fiji 软件中显示图像属性。观察帧间隔信息。此处我们使用约 15 分钟的时间间隔，然后点击“确定”。然后转到图像、堆栈、标签，并将间隔设置为正确的信息。通过修改 X 和 Y 来设定标签的位置。在文本字段中设置测量单位，然后点击预览。通过选择图像、调整、漂白校正、直方图匹配，对不同帧之间的照明进行校正。一个经过光照校正的新窗口将出现。使用插件中的 MtrackJ 插件（插件 → MtrackJ）来追踪菌丝尖端的生长。要添加轨迹，请在工具栏中选择“添加”按钮，然后通过鼠标左键单击在菌丝尖端放置第一个点。时间序列将自动跳转到下一帧。要完成追踪过程，请在最后一个点上双击鼠标，或按下 Esc 键。在滚动输出表格时，计算菌丝尖端生长速度最重要的列为任意给定帧的速度。为安全保存追踪数据，请选择“文件”→“另存为”，并以您选择的文件格式（例如 CSV）保存，然后将保存的文件导入电子表格程序中，以进行可视化分析和进一步的统计检验。按下电影按钮，生成包含已绘制轨迹帧的电影，该电影为 RGB 彩色类型，可在任何标准多媒体播放器中查看。按照本方案，我们捕获并分析了与丝状真菌构巢曲霉（aspergillus nidulans）不同生长和发育阶段相对应的多种图像。图中显示了野生型与 azhAD Delta ngnA Delta 生长速率测量值的比较。azhAD Delta ngnA Delta 是一种双基因缺失菌株，缺失的两个基因参与了有毒副产物L-添加二羧酸的解毒与同化过程。在液体深层培养中，该菌株的生长速率与野生型菌株相比具有统计学上显著的降低。然而，在固体最小培养基上通过测量菌落面积时，这两种菌株之间的生长差异无法被检测到。单细胞长期活体成像在获取细胞内蛋白质动态时空信息方面具有重要意义。本方案同样适用于开展长期活细胞成像实验。此处展示的是共表达GFP标记的核心eisosome蛋白PilA和mRFP标记的组蛋白H1的分生孢子萌发过程。本文介绍了一种无需使用者具备任何前期图像分析经验，即可以可重复且可靠的方式分析真菌生长动力学的实验方案。本方案可实现对真菌生长的客观准确量化。

quantitative-analysis-aspergillus-nidulans-growth-rate-using-live

Research

科研

JoVE Journal

Biology

生物学

使用实时显微镜和开源软件对 阿斯珀吉卢斯尼杜兰 生长速度的定量分析

裂殖酵母的定量活细胞荧光显微镜分析

种子感染性真菌对谷类作物造成的破坏已促使大量研究致力于深入理解植物与病原体之间的相互作用。为了在实验室条件下研究种子与真菌的相互作用，我们开发了一种可靠的方法，通过籽粒生物测定来定量分析真菌繁殖、生物量及真菌毒素污染情况。...

利用籽粒生物测定法量化真菌定殖、产孢及真菌毒素的产生

定量适合度分析（QFA）是一系列互补的实验与计算方法，用于估计微生物培养物的适合度。QFA...

一种定量适合度分析工作流程

本文描述了一种精确生成并全面表征丝状真菌Aspergillus...

通过添加滑石微粒定制Aspergillus niger的形态

本文介绍了一种利用荧光标记的Aspergillus报告分生孢子，结合活细胞视频显微镜和流式细胞术，实时评估原代人免疫细胞抗真菌活性的实验方案。所获得的数据可揭示宿主细胞与Aspergillus之间的相互作用，包括杀菌活性、吞噬作用、细胞迁移以及对真菌生长的抑制等过程。...

人原代中性粒细胞和单核细胞对A. fumigatus反应中抗真菌活性的活体成像

我们介绍一种利用延时显微镜对酵母细胞在固体培养基上生长形成菌落过程中的单个细胞生长表型进行定量分析的方法，称为“单细胞倍增评估酵母活细胞阵列”（ODELAY）。该方法可直接观察并量化基因型相同的细胞在形成菌落过程中所表现出的群体异质性。...

ODELAY：一种用于酵母生长多参数定量分析的大规模方法

本文介绍了一种通过定量组织切片中Gomori改良银染法染色来测定侵袭性曲霉病小鼠肺部真菌负荷的实验方案。与通过肺组织真菌DNA的定量PCR评估真菌负荷的方法相比，该方法在使用较少动物的情况下即可获得可比的结果。...

组织学定量法测定实验性曲霉病中的肺部真菌负荷

本研究介绍了一种显微镜方法，可对大肠杆菌（Escherichia...

生物噪声的连续测量 大肠杆菌 使用延时显微镜

通过高通量延时成像技术，对固定化的酵母细胞在微菌落生长过程中的生长表型进行精确测量。同时，可监测其胁迫耐受性、蛋白质表达及蛋白质定位，从而生成整合型数据集，用于研究环境差异、遗传差异以及同基因型细胞间基因表达异质性如何调控细胞生长。...

高通量活体成像微菌落以测量生长与基因表达的异质性

我们描述了一种对小鼠气道中Aspergillus fumigatus分生孢子（大小为3...

基于共聚焦激光扫描显微镜的整装透明化小鼠肺组织中Aspergillus fumigatus分生孢子分布的定量分析

肠道微生物可能对宿主的健康产生正面或负面的影响 通过 特异性或保守性机制 秀丽隐杆线虫 是一种用于筛选此类微生物的便捷平台。本实验方案描述了对48种细菌分离株进行高通量筛选，以评估其对线虫应激抗性的影响，该指标被用作线虫健康状况的替代参数。...

高通量筛选影响微生物分离物 秀丽隐杆线虫 健康

学习使用透射光显微镜和开源软件对构巢曲霉进行无标记活细胞成像，定量分析菌丝尖端生长动力学。该方法比传统菌落直径测量更灵敏，可准确追踪真菌生长动态。

使用活体显微镜和开源软件对Aspergillus nidulans生长速率进行定量分析

探索更多视频