使用简单、经济高效的DNA分离方法分析狼疮易发小鼠的粪便微生物群动力学

所提出的DNA分离方法可用于研究自身免疫性疾病小鼠模型中的肠道微生物群动力学。提出了一种更通用、更具成本效益和更有效的方法，从粪便样本中获取与市售试剂盒相当的DNA。首先，将每只小鼠单独从笼子中取出，直接从肛门收集粪便颗粒并将其储存在零下80摄氏度直至处理。

用无菌和干净的镊子、管子和手套处理样品。将冷冻颗粒添加到预先称重的两毫升螺旋盖管中，并记录粪便重量（以克为单位），每个粪便颗粒应在 0.02 至 0.05 克之间。向沉淀中加入一层薄薄的0.1毫米玻璃珠，500微升裂解缓冲液和200微升20%十二烷基硫酸钠。

珠子在均质器中敲打管子四分钟，然后涡旋三到五分钟。将试管离心短时间以消除气泡和泡沫。要从微生物群样品中提取DNA，请将350微升样品上清液转移到新的1.5毫升卡扣帽管中，没有任何碎片。

加入500微升苯酚:氯仿:异戊醇，比例为25:24:1，涡旋一分钟。离心后，将180微升的顶部水相转移到新的1.5毫升卡扣盖管中。加入180微升氯仿，倒置混合。

由此，将180微升水相转移到新的卡扣盖管中。在生物安全柜中，加入180微升冷异丙醇和36微升5摩尔乙酸铵。倒置几次混合，然后将试管放在冰上20分钟。

弃去上清液，然后用500微升冷的70%乙醇洗涤沉淀数次。弃去上清液，将管子倒置在薄纸上风干20分钟，直到沉淀变得透明。将沉淀悬浮在50微升分子级水中，并将液体在37摄氏度下加热10分钟，以完全溶解大的DNA沉淀。

加热后，将这些管以3， 400倍G离心一分钟，以从盖子中回收冷凝液滴。测量浓度，并使用分光光度计获得260/280比率。优质DNA的比例通常在1.8到2之间。

将制备好的样品在室温下以600倍G离心一分钟，然后在零下80摄氏度冷冻24小时。然后，将浓度范围为每微升1至50纳克的20微升样品送到阿贡国家实验室进行测序。与野生型MRL / lpr相比，缺乏受体CX3CR1的小鼠品系具有不同的肠道微生物群组成，MRL / lpr-CX3CR1 GFP / GFP小鼠在某些属中显示出显着差异，与潜在致病细菌有关，例如变形杆菌门中的细菌。

小心污染样品。它必须是无菌的。此外，在新管中转移上清液时，准确移液也很重要。

该方法适用于分子分析，如PCR、限制性内切酶消化或基因组文库构建。在狼疮中，我们证明了肠道微生物群与狼疮进展之间的密切关系。