2023年2月10日
在这里,我们描述了一种基于免疫荧光的方法来量化细胞中单链DNA的水平。这种高效且可重复的方法可用于检查复制应激,这是几种卵巢癌的共同特征。此外,该检测与自动分析管道兼容,进一步提高了其效率。
我们的协议提供了一种高效且易于重现的方法来量化单链DNA,单链DNA是各种细胞系中复制应激的标志物。此外,其简单性允许高通量应用和屏幕。特别是,这种方法允许快速量化复制应激,这是几种卵巢癌的标志。
它还适用于主机自动分析软件,进一步提高效率。单链DNA现在正被积极考虑作为靶向DNA修复途径的化疗反应的生物标志物。因此,此方法非常适用于该方案。
复制应激存在于卵巢癌背景或BRCA1,BRCA2缺陷癌症之外。因此,这种方法可以应用于各种其他细胞类型或疾病背景。首先,通过将高压灭菌的12毫米直径盖玻片和聚赖氨酸溶液添加到50毫升锥形管中来制作聚赖氨酸涂层的盖玻片,并放在摇臂上15分钟。
在组织培养罩上吸出溶液。加入无菌水清洗盖玻片,然后将装有盖玻片的管子放回摇杆上五分钟。清洗盖玻片三次后,从管中吸出水并将盖玻片铺在无菌盘子上。
吸出剩余的水,让它们在组织培养罩中干燥一小时或直到没有水滴残留。干燥后,用石蜡膜密封盘子并将其置于 4 摄氏度。为了防止细胞在预提取步骤中从盖玻片上脱落,在24孔板的每个孔中放置一个聚赖氨酸包被的盖玻片。
一旦OVCAR3细胞达到70%至80%汇合度,从平板中吸出培养基并用5至7毫升PBS洗涤细胞。从平板中吸出PBS。吸出PBS后,加入1毫升0.25%胰蛋白酶,并将培养皿放入37摄氏度的培养箱中8至10分钟或直到细胞从板底部升起。
用5至10毫升培养基收集细胞,并将细胞悬液加入锥形管中。使用标准程序用血细胞计数器手动计数细胞。接下来,稀释细胞悬液,并获得一个在三个群体后产生70%至80%汇合度的数字。
在放置在24孔板孔中的聚赖氨酸盖玻片上加入1毫升细胞悬液,并在标准条件下在培养基中培养细胞。在一次群体加倍后,从平板中吸出现有培养基并用 10 微摩尔 IdU 脉冲细胞以进行随后的两次群体加倍。要收获细胞,请在冰上用冰冷的0.5%PBSTx替换培养基五分钟。
为了固定细胞,吸出PBSTx并在室温下用3%多聚甲醛孵育细胞15分钟。用PBS洗涤三到四次后,将固定细胞保持在4摄氏度,直到进一步使用。固定后,使用0.5%PBSTx在冰上透化细胞五分钟,确保覆盖整个盖玻片。
在室温下用1毫升0.2%PBST洗涤细胞三到四次后,吸出PBST并使用PBS制成的5%BSA在室温下封闭样品30分钟。对于免疫染色,通过将湿纸巾放在平底特百惠器皿上来准备统一的腔室。用石蜡膜盖住 24 孔板盖。
将其放入加湿室中,然后将盖玻片放在板盖上。在盖玻片顶部加入60微升稀释的抗BrdU小鼠一抗。或者,为了减少抗体干燥并使用较小的体积,将一滴稀释的抗体放在封口膜上,然后将盖玻片翻转到其上。
然后在 37 摄氏度下孵育一小时。孵育后,吸出一抗。将盖玻片放回24孔板中,并用0.2%PBST洗涤四次。
如前所述,在盖玻片上加入稀释的二抗,并在室温下在黑暗中孵育一小时。标记显微镜载玻片,并使用DAPI安装介质将盖玻片安装在载玻片上。如果需要固化或硬化,请将载玻片在室温下在黑暗中存放 24 小时。
来自未处理和用0.5毫摩尔羟基脲处理的细胞的细胞核在DAPI和IdU通道中染色和识别。对这些图像的分析包括量化每个细胞核中的病灶数量。病灶的数量与复制应激的程度成正比。
重要的是要考虑所选细胞系的倍增时间,因为IdU脉冲的时间可能会因更长或更短的倍增期而变化。或者,我们可以探测细胞中的复制蛋白A以确认结果并评估细胞中的各种复制应激反应。该技术与任何DNA损伤诱导剂一起用于许多细胞系,以检查单株DNA的积累。
因此,这种方法是广泛可访问和适用的。
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本文介绍了一种高效且可重复的定量单链DNA的方法,该方法可用于检测多种细胞系中的复制应激。该方法在研究卵巢癌方面具有重要意义,并适用于高通量应用。
通过免疫荧光定量单链DNA(ssDNA)可提供一种稳健且可重复的复制应激读数,而复制应激是卵巢癌及其他癌症中的关键脆弱环节。该方法能够快速、高通量地评估DNA损伤反应,有助于在早期发现和转化研究中建立预测信心。其与自动化分析流程的兼容性使其成为全项目范围内靶点验证和机制去风险化的可扩展工具。
这种基于免疫荧光的单链DNA定量方法贯穿从早期发现到先导物筛选及临床前研究的全过程,支持假设验证和转化生物标志物的开发。