Nuclei Isolation from Mouse Cardiac Progenitor Cells for Epigenome and Gene Expression Profiling at Single-Cell Resolution

Stephanie Ibrahim; Catherine Robert; Camille Humbert; Clotilde Ferreira; Gwena&#235;lle Collod; Sonia Stefanovic

doi:10.3791/65328

JoVE Journal
Developmental Biology

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JoVE Journal Developmental Biology

Nuclei Isolation from Mouse Cardiac Progenitor Cells for Epigenome and Gene Expression Profiling at Single-Cell Resolution

从小鼠心脏祖细胞中分离细胞核，用于单细胞分辨率的表观基因组和基因表达谱分析

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10:03 min

May 12, 2023

DOI: 10.3791/65328-v

Stephanie Ibrahim¹, Catherine Robert², Camille Humbert², Clotilde Ferreira¹, Gwenaëlle Collod², Sonia Stefanovic¹

¹Center for Cardiovascular Disease & Nutrition, U1263,Aix-Marseille University, ²Marseille Medical Genetics, U1251,Aix-Marseille University

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

在这里，我们提出了一个描述细胞核制备的协议。在将心脏组织进行显微切割和酶解离成单细胞后，冷冻祖细胞，然后分离纯活细胞，用于单核RNA测序和单核测定，用于转座酶可接近染色质和高通量测序分析。

该协议的主要目的是研究遗传和环境因素在心脏发育背景下的相互作用及其对先天性心脏缺陷的贡献。单核RNA-seq和单核共济失调等单核方法正在成为研究心脏发育过程中健康和疾病细胞异质性的关键方法。这些实验的一个限制步骤是所有样品必须同时运行。

在处理所有实验条件时，同时收集足够新鲜的材料可能具有挑战性。尽管近年来在单细胞领域取得了重大进展，但主要困难是处理免费样品。避免这种困难对于确定先天性心脏病缺陷的分子机制非常有益。

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