使用Tile/SED/Array界面在多重离子束成像显微镜上快速建立组织微阵列与拼接区域成像

多重离子束成像（Multiplexed ion beam imaging，简称 MIBI）是一种可同时对数十种蛋白质进行成像，以检测组织学组织中蛋白质表达水平的技术。利用 MIBI，研究人员能够在组织原位环境中识别、定位并表征细胞。MIBI 仪器操作中的一个关键瓶颈是为成像设置视野（fields of view，简称 FOVs）。

视野（FOV）是载玻片上200 × 200微米至800 × 800微米的区域，用户可将其定位以覆盖感兴趣的组织区域。使用制造商提供的界面来定位大面积连续组织区域或大型组织微阵列的视野时，操作十分不便。我们开发了拼接式SED阵列界面，以帮助用户通过直观的交互式图形界面快速定位大量视野。

首先，在网页浏览器中打开 TSAI 网页用户界面。然后打开光学共定位菜单，点击“复制自动共定位代码到剪贴板”。在网页浏览器中打开 MIBI 用户控制界面，按下 Ctrl+Shift+J 以打开浏览器控制台。

将代码粘贴到控制台中并按 Enter 键。单击控制台中生成的链接，将共配准结果加载到 TSAI 网络用户界面中，并将其保存为 cookie。将光学图像的 png 和 json 文件拖放到 TSAI 网络用户界面中。

打开 SED Tiler 菜单，点击顶行中的一个文本框。在光学图像上点击并拖动，选择 SED 扫描的左上角。按下 D 键，然后在光学图像上点击并拖动，选择 SED 扫描的右下角。

在 SED Tiler 菜单中，单击“复制 SED 扫描和偏移校正代码到剪贴板”。接着，在网页浏览器中打开 MIBI 用户控制界面。将代码粘贴到控制台中并按 Enter 键。

将MIBI置于QC 300设置下的SED模式，并移动至不进行成像的区域。然后调节增益、聚焦和消像散。按下Shift+T以启动拼接SED扫描。

完成后，系统将自动保存一幅拼接式 SED 图像的新 png 文件。接下来，检查拼接式 SED 扫描图像是否存在较大的错位。当拼接式 SED 图像质量满足要求时，按 Esc 键并返回 TSAI 网络用户界面。

将分块的 SED png 文件拖放到 TSAI 网络用户界面中。点击 SED 选项卡并调整缩放比例。使用 SED 图像上方的滑块选项菜单来调节线条粗细以及光标的大小、亮度和对比度。

一张拼接良好的SED图像应显示SED图块之间极小的错位。相反，次优设置会导致SED图块之间出现较大错位。为组织微阵列（TMA点阵）网格设置视野（FOVs），请打开一张拼接的SED图像。

在图块列的相关图块中，调整列和行。然后在地图中勾选或取消勾选相应的复选框。在相关图块中，单击 TMA 以打开 TMA 选项菜单。

设置组织芯片（TMA）点阵的行数和列数。如有需要，添加命名前缀，并编辑起始行和列的编号。在载玻片图像上，点击组织芯片（TMA）的四个角。

然后单击并拖动圆圈标记的角点，调整十字准线的位置，使其与TMA点阵的最佳匹配。在TMA选项菜单中，单击“构建TMA”。要检查图块的定位情况，请将鼠标悬停在图块列中的每个图块上。

单击“移动”以调整图块的位置。然后在载玻片图像上单击并拖动。为设置覆盖组织连续区域的视野，请首先在图块所在列的相关图块中调整视野参数。

在相关图块中，单击“多边形”以覆盖连续的组织区域。然后单击载玻片图像以设置待铺满区域的顶点和角点。双击以闭合多边形，并用视野（FOVs）覆盖该区域。

滚动到图块列的底部，点击新多边形图块中的三条横线按钮以查看图块地图。点击橡皮擦以关闭多个视野区域。然后在载玻片图像中的拼接视野区域上点击并拖动。

要启用多个视野，请点击点击器。然后在切片图像中被平铺图覆盖的空白区域上点击并拖动。如需在上方插入行，请点击上箭头按钮。

单击左侧箭头按钮可在左侧插入列。如需调整瓦片位置，请单击“移动”，然后在幻灯片图像上单击并拖动。