High-Quality Brain and Bone Marrow Nuclei Preparation for Single Nuclei Multiome Assays

Carolina Moraes Cab&#233;; Sophie Novault; Ana Jeemin Choi; Valerie Seffer; Laura Barrio Cano; Valentina Libri; Milena Hasan

doi:10.3791/65715

JoVE Journal
Biology

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JoVE Journal Biology

High-Quality Brain and Bone Marrow Nuclei Preparation for Single Nuclei Multiome Assays

用于单核多组学检测的高质量脑和骨髓核制备

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December 22, 2023

DOI: 10.3791/65715-v

Carolina Moraes Cabé¹, Sophie Novault¹, Ana Jeemin Choi², Valerie Seffer¹, Laura Barrio Cano¹, Valentina Libri^1,3, Milena Hasan¹

¹Cytometry and Biomarkers UTechS, C2RT,Institut Pasteur, Université Paris Cité, ²Microenvironment and Immunity Unit,Institut Pasteur, Université Paris Cité, INSERM U1224, ³Istituto Superiore di Sanità

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Summary

单细胞/单核转录组学和多组学的成功很大程度上取决于细胞/细胞核的质量。因此，从组织中分离细胞/细胞核及其纯化必须高度标准化。该方案描述了从脑和骨髓制备细胞核，用于下游单核多组测定。

Transcript

流式细胞术和生物标志物技术部门通过最先进的技术和管道支持生物医学项目，用于单细胞分辨率的细胞表型和分子分析。在这种情况下，我们使用不同的工具进行单细胞多组学分析，以深入了解健康和疾病中的基因表达和基因调控。流式细胞术根据独特特性识别和获取单个细胞。

最近的进展包括高通量、基于图像的光谱分选仪，这些技术在panel设计方面提供了灵活性，可以同时使用类似的染料，并管理自发荧光。使用尖端的单细胞技术时，一个主要的实验挑战是处理特别脆弱或稀有的细胞群。每种组织或细胞类型都需要经过微调的方案优化，以获得足够多的高活力细胞，从而转化为高质量的测序数据。

我们改进的单核制备方案可改善细胞核恢复并最大限度地减少对细胞核的应力。它专门针对脑和骨髓组织进行了优化，涵盖了从样品解离到细胞核纯化的所有步骤。

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