Computational Prediction of Amino Acid Preferences of Potentially Multispecific Peptide-Binding Domains Involved in Protein-Protein Interactions

H&#233;ctor Cruz; Alejandro Llanes; Patricia L. Fern&#225;ndez

doi:10.3791/66314

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Biochemistry

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Computational Prediction of Amino Acid Preferences of Potentially Multispecific Peptide-Binding Domains Involved in Protein-Protein Interactions

参与蛋白质-蛋白质相互作用的潜在多特异性肽结合结构域的氨基酸偏好的计算预测

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06:50 min

January 26, 2024

DOI: 10.3791/66314-v

Héctor Cruz^1,2, Alejandro Llanes^2,3, Patricia L. Fernández^2,3

¹Facultad de Ciencias y Tecnología,Universidad Tecnológica de Panamá (UTP), ²Centro de Biología Molecular y Celular de Enfermedades,Instituto de Investigaciones Científicas y Servicios de Alta Tecnología AIP (INDICASAT AIP), ³Sistema Nacional de Investigación de Panamá (SNI)

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我们描述了一种基于序列多样化的方法，用于估计蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）中多特异性结合位点的氨基酸偏好。在这种策略中，生成了数千个潜在的肽配体，并在 计算机中进行了筛选，从而克服了可用实验方法的一些限制。

我们提出了一种协议，用于在更具体的蛋白质 - 蛋白质相互作用中计算预测氨基酸偏好。该协议可以被视为设计这些相互作用的中介的第一步。在免疫学技术人员中，我们对使用这些介质作为特定相互作用的潜在抑制剂感兴趣。

我们用于表征特定结合位点之间氨基酸偏好的实施器既昂贵又繁琐。我们的协议是一种基于效率和系列作的生物支持技术。该策略有可能处理大量线序列，从而提供完整且一致的氨基酸偏好差异。

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关键字:计算预测氨基酸偏好肽结合结构域蛋白质-蛋白质相互作用多特异性结合干扰素调节因子 5 （IRF5）位置-权重矩阵（PWM）柔性骨架肽对接罗塞塔分子建模