Visual Dynamics 3.0 中的新功能

我们的目标是为学术界提供一种工具，以促进利用分子动力学进行准备和模拟。我们的网络应用程序能否实现这一目标？初学者能否有效地使用它？

我们希望通过我们的软件来解答这些问题。分子动力学领域存在诸多挑战，其中尤为突出的包括配体参数化的准备过程、模拟操作指南的学习曲线，以及在实施新分析时所需的模拟时间。

我们主要致力于解决初学者在开展研究时的学习曲线问题，旨在建立一个涵盖从入门到高级用户的全流程指导体系。该工具的高需求表明了生物科学研究领域存在一定的空白。我们认为，该工具的开发代表了分子动力学应用与学习方面的重要进步。

因此，将有更多人能够在他们的研究中实施这些测试。未来，我们计划扩展具有水力场的复杂模拟的参数化和执行。首先，打开视觉动力学（Visual Dynamics）或VD网页，然后单击登录以进入系统登录界面。

登录后，可访问模拟提交区域、教程以及使用统计信息。对于 APO 酶模拟提交，请在侧边栏中点击“新建模拟”按钮，然后点击 APO。上传用于 mgv 的游离蛋白。

pdb 文件，并选择 AMBER94 力场。选择 TIP3P 水模型，然后选择立方盒子。设定蛋白质与盒子边缘之间的距离为 0.5 纳米。

选择该选项，在我们的服务器上运行以执行模拟。使用 UCSF Chimera 打开 mgv.pdb 的蛋白质-配体复合物。点击残基，并将编码设置为 D5I。

然后在文件菜单下，点击保存 PDB。选择仅保存选定的原子。将文件名设置为 ligand。

将文件保存为 pdb 格式，然后点击保存。前往 Bio2Byte ACPYPE 服务器，提交生成的配体，并从输出文件中获取 PDB 文件。

单击“新建模拟”，然后选择“蛋白质-配体”。上传 mgv 的游离蛋白质 pdb 文件，并选择在 ACPYPE 中准备好的配体文件，随后选择 Amber 94 力场。

选择 TIP3P 水模型，然后选择立方盒子，并设置蛋白质与盒子边缘之间的距离为 0.5 纳米。勾选“在我们的服务器上运行”选项以执行模拟。点击侧边栏中的“我的模拟”，然后点击“下载 MDP 文件”以下载所使用的模拟配置文件。

单击命令以下载平台执行的命令列表，单击GROMACS日志以下载包含gmx命令输出的日志文件。单击结果以下载由gmx命令生成的文件。最后，单击图形以将用于分析每个模拟步骤的图像和xvg格式图表下载到计算机。

蛋白质主链的均方根偏差小于2.5埃，且持续半径显示，在5纳秒的模拟过程中，蛋白质在X、Y和Z坐标方向上均保持了其紧密结构。如均方根涨落所示，蛋白质结构中每个氨基酸的平均波动距离在5纳秒的模拟过程中保持稳定。在能量最小化过程中，系统稳定时的最大作用力小于1,000千焦每摩尔每纳米。