2024年9月27日
我们提出一种使用3D打印夹具在野外固定增量钻孔样本的方案,无需将其拆包并粘贴到木质夹具上。新型GSC夹持器可将样本直接放入切片机中切割表面,并可立即转移至数字成像系统进行图像采集。
通过研发新型设备,我们旨在推动树木年轮研究领域的进步。3D建模软件和3D打印机的应用使得新设备能够快速且低成本地开发。其中一种设备是图像采集系统Skippy,该系统可在短时间内以高分辨率对生长轮表面进行数字化处理。
通常在树木年轮生态学、树木年轮地貌学或树木年轮气候学采样时,我们会对偏远地区(如高纬度地区)的树木进行采样,而这些地区的气候条件往往十分严酷。因此,节省时间至关重要。采用本方案将有助于节约时间,而时间就是金钱。
应用本方案将能够在更短时间内生成更大的数据集。首先,在与3D打印机兼容的Slicer程序中打开支架的3D模型。创建一个3D打印机可读的打印文件,并确保将其保存为G代码文件。
使用存储卡或U盘,在3D打印机上启动打印文件。打印完成后,等待支架冷却至室温。将支架所附着的打印平台从打印机中取出,轻轻弯曲平台,直至支架从表面分离。
最后,从固定器上移除所有多余的线头或附件。首先,取一把带有扭矩增强器的无绳电钻和一个增量钻取芯头。选定钻芯位置后,将钻芯头垂直于茎的生长轴放置。
然后开始钻取,直到钻芯深度至少达到茎直径的一半。通过将提取器沿钻芯旁比对来检查深度。如果使用的是无绳电钻,请取下电钻。
将手柄安装到钻头上。使提取器开口朝上,将其完全插入钻头中。然后将增量钻头向后旋转一整圈,使钻头与茎部分离。
随后,取出包含岩心的提取器。现在,将岩心从提取器中取出。检查岩心的纤维方向,以确保将岩心放入夹持器时方向正确。
然后,将岩心置于夹持器上,确保纤维方向竖直向上。用所有手指按压岩心顶部,直至其完全滑入夹持器内。使用软铅笔,在夹持器侧面标记岩心信息。
将装有岩心的夹持器放入运输箱中,并盖上运输箱的盖子。首先,将一个带盖的钢盒(盖上装有用于连接真空泵的阀门)放置在加热板上。向盒内加入约两厘米深的石蜡,等待其完全熔化。
将已固定的组织芯从运输盒中取出,把带有组织芯的持载器放入液体石蜡中,并盖上盖子。然后启动真空泵,对容器施加持续且轻微的真空。
停止真空泵后,打开盖子。取出带有组织芯的包埋模具,将其放置在网格上并冷却。如有需要,可从模具侧面去除多余的石蜡。
从运输盒或石蜡浴中取出已固定的样品芯。将带有样品芯的夹持器放入样品芯切片机的样品夹持座中。确保年轮的晚材一侧朝向刀片。
现在,拧紧样品架的螺丝,直至岩心夹持器完全固定。提起样品架,使岩心轻微接触刀片。将刀片沿岩心全长拉动,切去顶部的第一部分。
然后将刀片退至组织芯后方,将样本架抬起几微米。当表面按预期切好后,从切片机的样本架上取下组织芯架。首先,将带有平整组织芯表面的芯架放置在图像采集系统(如WSL Skippy系统)的载物台上。
将岩心夹持器与载物台或相机的移动方向对齐。调整载物台位置,使岩心夹持器位于相机正下方,确保岩心最外圈处于相机物镜视野中心。然后在岩心起始端旁边放置一个标尺,并拍摄一张图像用于校准。
在软件中设定核心的长度,并启动图像采集过程。当最后一张图像采集完成后,载物台会自动返回至起始位置。随后将样品从载物台上取下。
将下一个样品架置于相机下方。接着,使用无畸变拼接软件(如 PD GUI)将单张图像拼接成完整的岩心表面图像。将分析完毕的岩心连同样品架一起,放入由 3D 打印机制作的便携式存储架中。
标记支架,以便从外部识别组织芯。将支架存放在架子上或其他可用的存档位置。高分辨率相机系统达到的实际分辨率为 6,500 DPI,而平板扫描仪的分辨率为 1,825 DPI。
该相机系统可提供清晰的单细胞图像,从而精确识别年轮边界。该系统能够利用透射光对长达40厘米的树木年轮微小截面进行成像,适用于树木年代地貌学研究。
本文介绍了一种利用3D打印夹具在野外固定增量钻取样本的方案,简化了样品制备以进行后续分析的流程。创新的GSC夹持器可实现样品直接转移至钻取核心切片机,用于高分辨率成像。
利用3D打印支架和高分辨率成像系统实现数字化年轮样芯工作流程,可快速、可重复地处理样本,用于大规模生物数据的生成。该方法支持对结构特征进行高通量、定量分析,有助于开展可靠的假设检验并实现跨研究间的可比性。该工作流程在提升早期发现和转化研究流程中的预测可信度与运行效率方面具有重要战略意义。
该工作流程整合了从野外采样到数字成像的各个环节,支持早期发现、筛选以及转化研究阶段。