Name: 通过质谱法从临床标本中提取组蛋白进行表观遗传分析 (视频) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-11-21T12:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 54 s
Description: 学习从临床标本中提取组蛋白进行表观遗传分析的方法，利用高灵敏度质谱技术可同时定量检测多达50种组蛋白翻译后修饰。该技术为癌症表观遗传机制研究、生物标志物发现及精准治疗靶点识别提供了强有力的工具。

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我们感谢来自欧洲肿瘤研究所和Carlo Besta神经学研究所的外科医生和临床医生提供了新鲜冷冻组织、OCT包埋冷冻组织以及福尔马林固定石蜡包埋组织活检样本。我们感谢Roberta Noberini在手稿撰写过程中提供的科学与方法学讨论，以及以下基金对我们研究的支持：PRIN2022（项目编号CUPG53D23001530006）、AIRC（资助号IG-2023-28767）和Fondazione IEO-Monzino（FIEORDT-2023-BONALDI）。

作者声明无利益冲突。

本文所述方法提供了一种简单且稳健的工作流程，可高效地从以新鲜冷冻、OCT冷冻和福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）形式保存的临床样本中分离组蛋白，进而通过质谱分析对其修饰图谱进行表征。后续的样品制备流程采用SDS-PAGE分离及凝胶内PRO-PIC胰蛋白酶消化，可有效去除去垢剂、盐类及其他质谱干扰物33，并实现组蛋白赖氨酸乙酰化和甲基化的准确、稳健定量。重要的是，通过苯基异氰酸酯（PIC）对N端进行衍生化修饰，可增强短组蛋白肽段（如H4_20-23肽段和H3_3-8肽段）的质谱检测灵敏度17，也可用于分析较罕见的酰化修饰，如赖氨酸甲酰化、巴豆酰化、琥珀酰化、丙二酰化、羟基异丁酰化、戊二酰化和乳酸酰化34。本文展示了对特征最明确且丰度最高的组蛋白修饰——组蛋白H3和H4的甲基化与乙酰化——的分析6。然而，对于希望定量其他组蛋白翻译后修饰（PTM）的研究人员，已有包括本研究团队及其他研究团队报道的多种替代性赖氨酸及肽段N末端衍生化方案可供选择<sup cl...

在真核细胞的细胞核中，组蛋白与DNA组装形成核小体，核小体是染色质的基本结构单位。每个核小体包含约146 bp的DNA，缠绕在一个由两份核心组蛋白H2A和H2B以及两对组蛋白H3和H4二聚体组成的八聚体上。此外，还存在一种连接组蛋白H1，它通过结合核小体及核小体之间的连接DNA片段，促进染色质的高级结构形成1。组蛋白携带多种翻译后修饰（PTMs），这些修饰主要位于其N端尾部。这些修饰包括甲基化、多种类型的酰化（如乙酰化、丙酰化、丁酰化等）、磷酸化、SUMO化、泛素化、ADP-核糖基化以及巴豆酰化等，其中赖氨酸和精氨酸的甲基化以及赖氨酸的乙酰化研究最为深入2。特定类型、位置和组合的组蛋白修饰构成了所谓的“组蛋白密码”。该密码由组蛋白N端尾部上的各种翻译后修饰（PTMs）组成，这些修饰由特异的组蛋白修饰酶进行添加或去除。随后，这些修饰被效应蛋白识别，导致染色质结构发生改变，例如压缩或去凝集，最终影响包括DNA损伤修复、复制以及特别是基因转录在内的多种生物学过程3,4。
DNA甲基化和组蛋白翻译后修饰（PTMs）是癌症中研究最为广泛的表观遗传特征之一3。近期的实验证据表明，多种癌症类型中存在多种组蛋白PTMs水平的改变。值得注意的是，H4K20me3和H4K16ac的丢失已被报道为癌症的标志性特征，因为在几乎所有肿瘤中，其水平相较于正常组织均有所下降4。我们课题组通过基于质谱（MS）的方法量化了多种癌症与其正常对应组织中H3K14ac的减少，发现H3K14ac的丢失可能是癌症的潜在标志特征5。此外，大量研究强调了组蛋白PTMs的预后价值，表明其整体水平的改变（主要通过患者活检样本的免疫组织化学方法评估）与癌症进展、组织学分级以及治疗反应相关6,7,8。因此，在癌症样本中对组蛋白PTMs进行分析，对于发现新的诊断和预后生物标志物，以及所谓表观遗传药物（epi-drugs）的潜在靶点具有重要意义8。
分析细胞系和临床样本中组蛋白PTMs的常用方法依赖于基于抗体的技术，例如免疫印迹、免疫组织化学和酶联免疫吸附测定（ELISA）。9然而，基于抗体的方法存在多种局限性，包括交叉反应性，或相反地，表位遮蔽10交叉反应是指抗体与具有相似表位的非目标分子结合，可能导致假阳性结果；而表位遮蔽则是指由于邻近残基存在其他修饰，导致特定表位（在此为组蛋白PTM或变体）未能被检测到的现象。此外，使用抗体进行组蛋白修饰分析时通常需要较大量的组织，因为同时可检测的PTM种类有限，因此进行多重分析时需处理多个组织切片。11质谱技术（MS）已成为分析组蛋白翻译后修饰和组蛋白变体的首选方法，克服了基于抗体方法的局限性5,8质谱技术依赖于检测肽段和蛋白质的理论质量与实验测定质量之间的差异（Δm，即质量差）。该方法具有无偏性、全面性和定量性，能够鉴定和定量翻译后修饰及蛋白质变体，且无需预先假设 先验的 了解其位点，这使得质谱技术在癌症及其他病理条件下组蛋白翻译后修饰变化的高灵敏度与高准确性分析中具有重要价值8.
本文介绍了一种针对临床样本的组蛋白提取优化方案，并结合基于质谱（MS）的组蛋白翻译后修饰（PTM）分析流程，后文将此流程称为表观蛋白质组学工作流程。患者活检样本主要以新鲜冷冻（FF）样本、最佳切割温度（OCT）冷冻样本以及福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本的形式保存12。新鲜活检样本通常在液氮或预冷的异戊烷中速冻，不添加任何保存介质13；而OCT冷冻样本则含有水溶性冷冻保护包埋介质，主要成分为聚乙烯醇和聚乙二醇，有助于组织切片14。另一方面，FFPE样本经福尔马林固定并包埋于石蜡中，是临床标本最常用的保存方式，因其可在室温下长期保存数年，避免了低温或超低温储存带来的高昂维护成本15。由于不含保存添加剂，速冻样本可直接用于组蛋白提取，而OCT冷冻样本和FFPE样本则需首先去除包埋介质或固定剂。此外，FFPE样本还需进行充分的蛋白质去交联和抗原修复。
本方案详细阐述了从新鲜冷冻、OCT包埋以及福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）的临床样本中提取组蛋白的方法，通过充分考虑每种样本保存类型所特有的技术挑战，确保获得足量且高质量的组蛋白，以满足后续质谱分析的需求（步骤1）。从临床样本中纯化的组蛋白在变性条件下通过蛋白质凝胶电泳（SDS-PAGE）进行分离，随后进行衍生化处理，并通过酶解消化生成适合自下而上质谱分析的肽段（长度为4-15个氨基酸）16（步骤2）。具体而言，组蛋白采用类似ArgC的酶解策略：通常在未修饰赖氨酸（K）和精氨酸（R）的C端切割的胰蛋白酶，在使用丙酸酐（PRO）对未修饰及单甲基化赖氨酸进行化学酰化修饰后，仅在精氨酸的C端进行切割。随后，将Arg-C样酶解产生的组蛋白肽段通过添加苯基异氰酸酯（PIC）对其N端进行酰化修饰。该进一步的衍生化处理可增强肽段的疏水性，从而在反相高效液相色谱（RP-HPLC）中实现短组蛋白肽段的更好分离，提高同量异序肽段形式（isobaric peptidoforms）的鉴定与定量能力17,18（步骤3）。总体而言，本文所述方法凸显了基于质谱的组蛋白谱型分析在癌症表观遗传学研究中的强大作用。

<table><tbody><tr><td>&lt;强&gt;化学品&lt;/strong&gt;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>组织学用 Histolemon RS</td><td>Carlo Erba</td><td>454912</td><td>2.5 L</td></tr><tr><td>乙腈（ACN）</td><td>Carlo Erba</td><td>412341</td><td>1 L</td></tr><tr><td>碳酸氢铵 (AmBic)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>A6141</td><td>500 g</td></tr><tr><td>过硫酸铵（APS）</td><td>WDR</td><td>1.012.010.500</td><td>500 g</td></tr><tr><td>抑肽酶蛋白酶抑制剂</td><td>Sigma Aldrich&amp;nbsp;</td><td>A1153</td><td>5 mg</td></tr><tr><td>Benzonase核酸酶</td><td>Merk</td><td>E1014</td><td>25 KU</td></tr><tr><td>30% 双丙烯酰胺 37.5 M</td><td>AppliChem</td><td>APA36261000</td><td>1 L</td></tr><tr><td>缓冲液A：ddH₂O中含0.1%甲酸&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;O</td><td>赛默飞世尔科技</td><td>10229884</td><td>500 mL&amp;nbsp;</td></tr><tr><td>缓冲液B：ddH₂O中含0.1%甲酸和80%乙腈&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;O</td><td>赛默飞世尔科技</td><td>15431423</td><td>500 mL</td></tr><tr><td>C18 树脂</td><td>默克</td><td>66883-U</td><td>47 mm 直径</td></tr><tr><td>考马斯亮蓝即用型染色液</td><td>Abcam</td><td>ab119211</td><td>1 L</td></tr><tr><td>二硫苏糖醇（DTT）&amp;nbsp;</td><td>WDR</td><td>441496P</td><td>25 g</td></tr><tr><td>乙醇</td><td>Carlo Erba</td><td>414608</td><td>2.5 L</td></tr><tr><td>亮抑蛋白酶肽&amp;nbsp;蛋白酶抑制剂</td><td>Sigma-Aldrich&amp;nbsp;</td><td>L8511</td><td>5 mg</td></tr><tr><td>N,N,N&amp;prime;，N&amp;prime;- 四甲基乙二胺（TEMED）</td><td>Sigma Aldrich</td><td>1.107.320100</td><td>100 mL</td></tr><tr><td>NuPAGE LDS 样品缓冲液</td><td>Invitrogen</td><td>NP0007</td><td>4x</td></tr><tr><td>PBS - 磷酸盐缓冲液&amp;nbsp;</td><td>MicroGem</td><td>TL1006</td><td>500 mL</td></tr><tr><td>苯基异氰酸酯（PIC）</td><td>Sigma Aldrich</td><td>185353</td><td>100 g</td></tr><tr><td>苯甲基磺酰氟（PMSF）蛋白酶抑制剂</td><td>Sigma Aldrich&amp;nbsp;</td><td>P7626</td><td>1 g</td></tr><tr><td>丙酸酐（PRO）</td><td>Sigma Aldrich</td><td>240311</td><td>50 g</td></tr><tr><td>重组组蛋白 H3.1 人</td><td>New England Biolabs</td><td>M2503</td><td>1 &amp;micro;克/&amp;micro;L</td></tr><tr><td>测序级胰蛋白酶</td><td>Promega</td><td>V5113</td><td>100 μg</td></tr><tr><td>丁酸钠（NaBut）组蛋白去乙酰化酶抑制剂</td><td>默克</td><td>B5887</td><td>5 g</td></tr><tr><td>十二烷基硫酸钠（SDS）</td><td>Sigma Aldrich</td><td>L3771</td><td>100 g</td></tr><tr><td>三乙基铵碳酸氢盐</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T7408</td><td>100 mL</td></tr><tr><td>三氟乙酸（TFA）</td><td>赛默飞世尔科技</td><td>28904</td><td>1×10 mL</td></tr><tr><td>Tris-HCl</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T3253</td><td>100 g</td></tr><tr><td>Triton X-100 去垢剂</td><td>Sigma-Aldrich&amp;nbsp;</td><td>X100RS</td><td>5 g</td></tr><tr><td>&lt;强&gt;试剂盒/设备/软件&lt;/strong&gt;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>96孔微孔板</td><td>康宁</td><td>PCR-96-FS-C</td><td>无热原，RNase/DNase-free</td></tr><tr><td>平衡</td><td>克恩</td><td>19024</td><td></td></tr><tr><td>台式离心机</td><td>Hareus Biofuge 实验室</td><td>Pico, 23396</td><td></td></tr><tr><td>Bioruptor 超声破碎仪</td><td>Diagenode</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Branson Digital Sonifier 250</td><td>Emerson</td><td></td><td></td></tr><tr><td>细胞滤网 100 &amp;micro;m</td><td>Falcon</td><td>352360</td><td></td></tr><tr><td>浓缩仪 plus</td><td>Eppendorf</td><td>5305000509</td><td></td></tr><tr><td>Dounce匀浆器（例如&amp;nbsp; 邓斯，惠顿……)</td><td>邓斯，惠顿</td><td></td><td>1 mL 组织研磨器</td></tr><tr><td>EASY-nLC 1200 液相色谱系统</td><td>赛默飞世尔科技</td><td></td><td></td></tr><tr><td>EASY-Spray HPLC C18色谱柱</td><td>赛默飞世尔科技</td><td>ES902</td><td>2 &amp;micro;米，100&amp;nbsp; &amp;Aring;, 75 &amp;micro;m × 25 cm</td></tr><tr><td>EpiProfile2.0 脚本</td><td>https://github.com/zfyuan/EpiProfile2.0_Family</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Fiji 软件</td><td>https://imagej.net/software/fiji/downloads</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MATLAB</td><td>https://www.mathworks.com</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MaxQuant 搜索引擎</td><td>https://maxquant.net/maxquant/</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Pestel A（松散）</td><td>邓斯，惠顿</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Pestel B（紧密）</td><td>邓斯，惠顿</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Q Exactive Plus Orbitrap 液相色谱-串联质谱系统</td><td>赛默飞世尔科技</td><td></td><td></td></tr><tr><td>旋转轮</td><td>赛默飞世尔科技</td><td>11496548</td><td></td></tr><tr><td>手术刀</td><td>Kiato</td><td>13010</td><td></td></tr><tr><td>剪刀</td><td>赛默飞世尔科技</td><td>15207266</td><td></td></tr><tr><td>密封垫</td><td>康宁</td><td>AM-96-PCR-RD</td><td>自动化兼容</td></tr><tr><td>水平转子离心机</td><td>Beckman Coulter</td><td>Allegra X-15R</td><td></td></tr><tr><td>Thermomixer compact</td><td>Eppendorf</td><td>5350</td><td></td></tr><tr><td>涡旋</td><td>PBI</td><td>Vibromix</td><td></td></tr><tr><td>Xcalibur 软件</td><td>赛默飞世尔科技</td><td>OPTON-30965</td><td></td></tr></tbody></table>

从临床样本中提取组蛋白用于质谱法进行表观遗传学分析

Extraction of Histones from Clinical Specimens for Epigenetic Profiling by Mass Spectrometry

大量实验证据表明，表观遗传机制在癌症的发生、发展和复发中发挥重要作用。其中，组蛋白变体及其翻译后修饰（PTMs）通过所谓的“组蛋白密码”调控染色质的结构与动态性以及基因组的可及性，从而影响转录、复制和DNA损伤修复等关键的DNA相关过程。在癌症中常可观察到失调的组蛋白PTM模式，其中一些标志物已被证实可作为诊断和预后的生物标志物。因此，开发能够在临床样本中实现无偏倚且全面的组蛋白PTM谱型分析的新方法，对于刻画肿瘤的表观遗传图谱具有重要价值。本文介绍了一种从临床样本（包括速冻组织、OCT包埋冷冻组织以及福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）活检样本）中高效提取组蛋白的实验方案。该方法可获得足量且高质量的组蛋白，适用于后续基于高效液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）的自下而上（bottom-up）分析策略。该工作流程能够对原发性肿瘤样本中的关键组蛋白修饰（特别是赖氨酸乙酰化和甲基化）进行可靠检测与定量，为癌症的分子特征分析提供了一个额外的维度。

我们已按照上述方案，从新鲜冷冻和OCT冷冻的乳腺癌样本以及FFPE包埋的脑膜瘤样本中提取了组蛋白。如图1A所示，对于冷冻样本，我们去除了存在的OCT包埋剂，并在含有温和去垢剂（0.1% Triton，步骤1.1）的细胞核分离缓冲液中进行样本匀浆，以实现细胞核的分离。随后，我们通过添加0.1% SDS提取组蛋白；而对于FFPE样本，则进行脱蜡、复水和去交联处理，并在强变性条件下提取蛋白质（提取缓冲液含2% SDS，步骤1.3）。为评估组蛋白的产量和质量，分别取两份乳腺癌新鲜冷冻和OCT冷冻样本的核提取物的1/10，以及两份脑膜瘤FFPE样本总蛋白提取物的1/10，与1、0.5和0.25 µg的重组组蛋白H3.1（作为上样参照）一同上样，在17%聚丙烯酰胺SDS-PAGE凝胶中进行电泳分离（图1B）。
在新鲜冷冻和OCT冷冻样本中，经过细胞核分离后，我们观察到组蛋白H2A/H2B、H3和H4相较于其他核蛋白有明显的富集。基于H3.1标准品的肉眼观察及软件辅助定量分析显...

本方案可从多种临床样本中高效提取组蛋白，用于后续通过液相色谱-串联质谱法（LC-MS/MS）进行翻译后修饰分析。通过实现对关键组蛋白修饰的可靠检测，该方法可作为大规模临床队列中全面表观遗传学分析的重要工具。

大量实验证据支持表观遗传机制在癌症发生、发展和复发中的作用。其中，组蛋白变体及……

我们的研究范围是分析癌症样本中的表观遗传学变化，发现新的诊断和预后生物标志物，并确定潜在的治疗靶点。临床样本的主要挑战在于样本量有限以及固定过程引起的假象。然而，通过我们优化的工作流程和高灵敏度质谱技术，仅需1000个细胞即可定量多达50种组蛋白翻译后修饰。我们证明质谱技术可定量临床样本中的组蛋白翻译后修饰变化，有助于揭示表观遗传机制，并推动精准表观遗传治疗中的生物标志物发现和药物靶点鉴定。本方案满足了在多种类型的临床样本中对组蛋白翻译后修饰进行可靠、定量且高灵敏度分析的需求。质谱技术非常适合组蛋白翻译后修饰分析，能够实现无偏倚检测、同时进行多重修饰谱型分析以及在同一肽段上共发生的修饰检测，从而克服了基于抗体方法的局限性。首先，将新鲜冷冻组织置于冰上解冻，使用解剖刀或刀片切取约20至30毫克的组织，体积约为2立方毫米。将切好的组织样本转移至1.5毫升离心管中。用剪刀将组织剪成小块。加入一毫升新鲜配制的细胞核分离缓冲液，缓冲液中需添加指定的蛋白酶抑制剂，再次切碎组织。将样品转移至Dounce匀浆器中。先使用松散的研杵，再使用紧密的研杵，匀浆至肉眼不可见任何组织碎片为止。将匀浆后的样品通过100微米细胞滤筛过滤，以去除组织碎片。使用200微升移液器剧烈吹打过滤后的样品，充分溶解细胞膜。将样品转移至新的1.5毫升离心管中。将离心管放入台式离心机中，在4°C条件下以2,300 G离心15分钟，以沉淀细胞核。弃去上清液后，用50至100微升核分离缓冲液重悬核沉淀物，并加入0.1% SDS以溶解核膜。然后向重悬的样品中加入250单位的苯甲酸酶核酸酶，以消化核酸。充分混匀，于37摄氏度孵育2分钟。对于最佳切割温度（OCT）包埋的冷冻样本，在切碎和组蛋白提取前，先用乙醇水和PBS洗涤组织。取1.5毫升离心管中的FFPE样本，加入1毫升石蜡溶解剂，最大速度涡旋振荡30秒，直至石蜡完全溶解。将样品在室温下以16,000 G离心3分钟，然后使用装有细小吸头的移液器小心弃去上清液，避免触及沉淀。向沉淀中加入1毫升95%乙醇，最大速度涡旋振荡30秒。将样品在室温下以16,000 G离心3分钟，弃去上清液。样本重悬后，向沉淀中加入 200 µL 裂解缓冲液。使用 3 mm 微量探头，通过数字信号发生器在裂解缓冲液中匀浆组织。匀浆完成后，将样本置于恒温混匀仪中孵育，并短暂打开管盖以使甲醛挥发。离心样品后，将上清液转移至一个新的已标记的离心管中。使用手术刀切下对应于分子量在10至18千道尔顿之间的核心组蛋白蛋白的凝胶条带。切割凝胶条带后，使用同一把手术刀将切下的凝胶小块转移至一个1.5毫升的离心管中。为脱色凝胶，加入含有50%乙腈的双蒸水溶液，将离心管置于恒温混匀仪中，在室温下以每分钟1,400转的速度孵育10分钟。通过加入100%乙腈使凝胶颗粒脱水。在恒温混匀仪中于室温下以每分钟1,400转的速度混合10分钟。弃去上清液后，将凝胶小块置于真空离心机中，在室温下干燥五分钟。接着，向每管中加入15微升7.7摩尔的丙酸酐溶液和26微升1摩尔的碳酸氢铵溶液，并进行孵育。然后，用80微升1摩尔的碳酸氢铵溶液孵育样品。然后用双蒸水洗涤凝胶颗粒三次，每次孵育后弃去液体。接着向凝胶颗粒中加入50%乙腈，于室温下以1,400转/分钟孵育15分钟。然后加入100%乙腈，以彻底脱水凝胶颗粒。将样品在恒温混匀仪中于室温下以1,400转/分钟孵育15分钟。弃去液体后，将凝胶碎块置于真空离心浓缩仪中于室温干燥5分钟。向每管含有凝胶碎块的样品中加入4 µL胰蛋白酶溶液和20 µL消化缓冲液。将离心管置于冰上孵育10分钟，使胰蛋白酶充分吸收进入凝胶。待胰蛋白酶完全吸收后，向每个离心管中加入80 µL消化缓冲液，完全覆盖凝胶颗粒，并在37 °C条件下于温控混匀仪中孵育过夜。为提取已消化的肽段，向每管中加入100 µL 100%乙腈，于室温下在温控混匀仪中以1,400 rpm振荡孵育20分钟。现在，小心收集上清液，并将其转移至新的 1.5 毫升离心管中。用剩余的凝胶重复乙酸-硝基提取步骤后，合并上清液。在真空离心浓缩仪中浓缩合并后的肽段，直至体积达到 1 至 5 微升。然后加入两微升（2 µL）1 摩尔的三乙基铵碳酸氢盐和三微升（3 µL）苯基异氰酸酯溶液。将样品置于恒温混匀仪中，在 37 摄氏度（37 °C）下以每分钟 350 转（350 rpm）的速度孵育 90 分钟。为终止衍生化反应，向每根试管中加入八微升（8 µL）1% 三氯乙酸溶液。最后，通过加入100微升缓冲液A稀释每个样品，并将稀释后的样品加载至C18层析小柱上进行洗脱。采用针对每种组织类型特异的差异处理流程，已成功从新鲜冷冻、OCT包埋冷冻及福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样品中提取组蛋白。尽管富集效率较低且存在背景蛋白，但仍成功从FFPE样品中提取出组蛋白H3、H2A、H2B和H4，如泳道FFPE1和FFPE2中的条带所示，其含量与约一微克的H3.1标准品相当。对来自福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本的组蛋白进行的纳米液相色谱及质谱分析显示，在55分钟梯度洗脱中实现了组蛋白肽段的有效分离，总离子流图中呈现出清晰的保留时间峰。提取离子流图证实了H3K4未修饰及甲基化形式的检测与定量，并针对每个m/z值显示出独立的洗脱曲线，从而能够计算每种修饰形式的相对百分丰度。对正常样本与肿瘤样本之间的组蛋白修饰进行比较分析，发现肿瘤组织中某些类型的组蛋白修饰显著增加，而其他类型则减少。

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癌症研究

通过质谱法从临床标本中提取组蛋白进行表观遗传分析

通过结合天然染色质免疫沉淀与交联染色质免疫沉淀，并联合高分辨率质谱技术，ChroP...

ChroP 方法结合染色质免疫沉淀与质谱技术解析染色质位点特异性蛋白质组景观

本方案概述了一种利用质谱法（MS）全面表征组蛋白翻译后修饰的整合工作流程。该流程包括从细胞培养物或组织中纯化组蛋白、组蛋白衍生化与消化、采用纳米流速液相色谱进行质谱分析，以及数据分析的详细说明。本方案设计可在2至3天内完成。...

使用自下而上质谱法分析组蛋白翻译后修饰的完整工作流程：从组蛋白提取到数据分析

本文的目的是提供一份全面、系统的指南，用于高效纯化组蛋白H3和H4，并定量分析乙酰化组蛋白残基。...

组蛋白H3和H4蛋白的纯化及细胞与脑组织中乙酰化组蛋白修饰的定量

本方案旨在从高粱叶片材料中有效提取完整组蛋白，用于分析组蛋白翻译后修饰，这些修饰可作为潜在的表观遗传标记，有助于培育抗旱作物。...

从高粱叶片组织中分离组蛋白用于潜在表观遗传标记的自上而下质谱分析

本方案概述了如何利用三维细胞培养系统在接近生理状态下建模、处理和分析染色质修饰。...

三维肝组织细胞培养模型中组蛋白翻译后修饰的全局定量分析

基于液相色谱、捕集离子淌度质谱和飞行时间质谱（LC-TIMS-ToF MS/MS）的分析工作流程，用于高置信度和高重复性的“自下而上”组蛋白修饰分析，并依据主要参数（保留时间 [RT]、碰撞截面 [CCS] 和精确质荷比...

使用液相色谱、捕获离子淌度谱和飞行时间质谱进行组蛋白修饰筛选

本方法描述了一种简单且快速的组蛋白蛋白异构体表征与研究策略。...

利用二维-毛细管等电聚焦/十二烷基硫酸钠凝胶电泳揭示组蛋白蛋白异构体

本文介绍了一种利用同位素双联标记策略和ArgC酶解实现单细胞组蛋白翻译后修饰分析自动化的实验方案。该工作流程能够以单细胞分辨率对染色质异质性和表观遗传响应进行定量、可重复且高灵敏度的分析。...

用于单细胞组蛋白翻译后修饰多重分析（sc-hPTM2）的自动化样本制备

本文介绍了一种二维凝胶电泳（2DE）结合质谱法（MS）的技术，用于分离和鉴定人类垂体腺瘤组织的蛋白质组，该方法可获得良好且可重复的2DE图谱。在利用高灵敏度质谱分析复杂的癌症蛋白质组时，每个2DE斑点中均可检测到多种蛋白质。...

二维凝胶电泳联合质谱法分析人类垂体腺瘤组织蛋白质组

从肿瘤组织中获取高质量基因组DNA是利用下一代测序技术分析遗传变异的关键第一步。本文介绍一种简单快速的方法，可从印片细胞学标本中富集肿瘤细胞并提取完整的DNA。...

利用触印细胞学技术从临床病理标本中简单快速获取高质量肿瘤DNA的方法

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从临床样本中提取组蛋白用于质谱法进行表观遗传学分析

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