A Computational Pipeline for Intergenic/Intragenic Enhancer RNA Quantification in Mouse Embryonic Stem Cells

Myunggeun Oh; Seunghwa Jeong; Seung-Kyoon Kim

doi:10.3791/69400

JoVE Journal
Genetics

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A Computational Pipeline for Intergenic/Intragenic Enhancer RNA Quantification in Mouse Embryonic Stem Cells

小鼠胚胎干细胞基因间/基因内增强子 RNA 定量的计算管道

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06:02 min

October 28, 2025

DOI: 10.3791/69400-v

Myunggeun Oh*¹, Seunghwa Jeong*¹, Seung-Kyoon Kim¹

¹Department of Convergent Bioscience and Informatics, and Graduate School of Biological Sciences,Chungnam National University (CNU)

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

该协议为量化新生增强子转录本提供了简化的计算管道。通过整合染色质可及性、染色质特征和转录数据，它可以对复杂基因内区域的增强子活性进行准确检测和链特异性分析，同时研究人员无需接受大量生物信息学培训即可访问。

我们团队研究增强子表观遗传学和表观转录组学，重点是开发准确定量增强子RNA作为增强子激活指标的方法。由于基因内增强子与宿主转录本共存，区分增强子的DER信号并精确定量具有挑战性。开始时，打开终端并输入命令，准备增强器识别所需的文件和引用。

在终端输入命令进入工作目录。然后执行将增强器识别脚本复制到当前目录的命令。然后执行相应命令，生成启动子区域、基因体和蛋白质编码基因的BED文件，使用基因代码注释。

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