Name: EasyFiji：斐济用户友好荧光图像处理的图形界面 (视频) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-02-20T15:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 9 s
Description: 学习使用EasyFiji图形界面简化Fiji荧光图像处理流程。该插件提供直观的色彩调节、去噪锐化及漂白校正工具，帮助生命科学研究人员高效分析多通道显微图像数据。

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感谢圣犹达细胞与组织成像中心以及生物图像信息学中心成员对本文手稿提出的宝贵意见。生物学图像由以下人员慷慨提供：图2：Melissa Marzahn 和 Tanja Mittag；图3：Peng Wei 和 James Morgan；图4A：Aaron Pitre；图4B：Aaron Pitre 和 Woo Jung Cho；图5A：Helen Chen 和 Heather Mefford；图5B：Sauradeep Sinha 和 Giedre Krenciute。

<ol><li>Schindelin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fiji%3A+an+open-source+platform+for+biological-image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fiji: an open-source platform for biological-image analysis.</a> Nat Methods. 9 (7), 676-682 (2012).</li>
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<li>Taylor, A. B., Ioannou, M. S., Watanabe, T., Hahn, K., Chew, T. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Perceptually+accurate+display+of+two+greyscale+images+as+a+single+colour+image%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microsc%22%5BJournal%5D)">Perceptually accurate display of two greyscale images as a single colour image.</a> J Microsc. 268 (1), 73-83 (2017).</li>
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<li>Schanda, J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSchanda%2C+J+%22Colorimetry%3A+understanding+the+CIE+system%22">Colorimetry: understanding the CIE system</a>. , Wiley Interscience. Hoboken. (2007).</li>
<li>Dunn, K. W., Kamocka, M. M., McDonald, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+practical+guide+to+evaluating+colocalization+in+biological+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Physiol+Cell+Physiol%22%5BJournal%5D)">A practical guide to evaluating colocalization in biological microscopy.</a> Am J Physiol Cell Physiol. 300 (4), C723-C742 (2011).</li>
<li>Miura, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bleach+correction+ImageJ+plugin+for+compensating+the+photobleaching+of+time-lapse+sequences%5BTitle%5D)+AND+%22F1000Res%22%5BJournal%5D)">Bleach correction ImageJ plugin for compensating the photobleaching of time-lapse sequences.</a> F1000Res. 9, 1494(2020).</li>
<li>Reid, R. C. Jr, Shapley, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Brightness+induction+by+local+contrast+and+the+spatial+dependence+of+assimilation%5BTitle%5D)+AND+%22Vision+Res%22%5BJournal%5D)">Brightness induction by local contrast and the spatial dependence of assimilation.</a> Vision Res. 28 (1), 115-132 (1988).</li>
<li>Stauffer, W., Sheng, H., Lim, H. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((EzColocalization%3A+an+ImageJ+plugin+for+visualizing+and+measuring+colocalization+in+cells+and+organisms%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">EzColocalization: an ImageJ plugin for visualizing and measuring colocalization in cells and organisms.</a> Sci Rep. 8 (1), 15764(2018).</li>
<li>Taylor, A. B., Ioannou, M. S., Aaron, J., Chew, T. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Model-free+quantification+and+visualization+of+colocalization+in+fluorescence+images%5BTitle%5D)+AND+%22Cytometry+A%22%5BJournal%5D)">Model-free quantification and visualization of colocalization in fluorescence images.</a> Cytometry A. 93 (5), 504-516 (2018).</li>
</ol>

作者声明不存在任何竞争性财务利益或其他利益冲突。

Fiji 是一款开源的图像处理与分析软件，在图像分析人员中广受欢迎。然而，其复杂的菜单界面以及在荧光图像显示与处理方面有时不够直观的操作方式，为非计算背景的生命科学家带来了挑战。EasyFiji 为生命科学家提供了一组经过精心设计、按主题组织并配有工具提示的按钮和滑块，这些控件在处理荧光图像时始终表现出针对特定通道的规范化行为。所有处理命令均可撤销，支持交互式操作，并可自动记录且以纯文本形式随图像保存，便于存档。对于尼康和蔡司点扫描共聚焦显微镜，系统会显示图像解读所需的关键采集参数。作为 Fiji 的插件，EasyFiji 在保持简洁的同时并不限制功能，用户始终可通过 Fiji 原生菜单系统访问全部 Fiji 命令。除简化后的用户界面外，EasyFiji 还提供多种专门设计的多通道渲染技术，以及用于稳健漂白（衰减）校正的新方法。EasyFiji 有意不提供定量分析功能或批量处理功能，因为定量图像分析应仅在生物图像分析专家的协助下进行。
尽管生命科学家可能因多种原因将多个荧光通道合并为一幅彩色图像，但原生的 Fiji 主要提供一种多通道 RGB 叠加渲染技术。在此技术中，每个像素的显...

Fiji（Fiji Is Just ImageJ）是一个广泛应用于生物图像分析领域的功能强大且可扩展的开源图像处理软件包1,2Fiji 拥有大量通用算法代码库，以及宏语言和插件接口，计算分析人员可便捷地利用这些功能，为几乎任何图像处理或分析问题提供解决方案。然而，对于缺乏计算经验的生命科学用户而言，Fiji 的 &#62;1,100 个命令分布在层级复杂的下拉菜单系统中，可能令人难以有效导航和使用。为简化 Fiji 的手动操作，已提出多种方法。Fiji 的搜索栏可作为菜单导航的替代方案，能够访问详尽的帮助文档，但前提是用户必须知道所需算法的名称。Fiji 的工具栏按钮可自定义，以快速访问用户定义的命令，但该过程需要编写宏代码，并预先判断哪些命令最为常用。ActionBar 插件提供了一个独立的图形用户界面（GUI）窗口，其中包含可自定义和可组织的按钮阵列，但同样需要编程和经验才能有效配置按钮。3这些方案均无法满足缺乏图像处理经验的生命科学研究人员的需求。
除了用户界面问题之外，许多使用荧光显微镜图像的生命科学研究人员还需要针对不同通道进行特定的显示和处理操作。然而，一些常用的 Fiji 命令默认情况下并不具备通道识别能力。例如，用户可能希望以同等显著的方式将伪彩着色的不同通道合并显示，或特别突出显示各通道间强度相似的区域，或在显示荧光信号的同时保留形态学信号的灰度对比度。在这些应用场景中，Fiji 的 RGB 复合图像渲染技术会在感知层面上掩盖所需的信息。在处理多通道图像时，Fiji 自带的图像滤波器（即 Process | Filters）要么仅处理当前激活的二维位平面，要么处理图像窗口中的所有位平面（即由 ImageStack 类定义的“图像栈”）。第一种行为无法针对某一通道在 z 维度或 t 维度上进行跨层面处理，而第二种行为几乎总是不恰当的，因为每个通道都具有独特的染色模式和信噪比，因此必须使用针对特定通道的处理参数。Fiji 自带的漂白校正命令（Image | Adjust | Bleach Correction）在应用于多通道荧光图像时也会产生错误结果，原因在于这些命令在整个图像栈上进行校正，而通道数据在图像栈中是交错排列的，正确的做法应是在每个通道内部独立地沿 z 维度或 t 维度进行校正。
为解决生命科学家在处理荧光显微镜图像时面临的挑战，我们开发了 EasyFiji，这是一个为 Fiji 定制并提供引导的图形用户界面插件。EasyFiji 是一组经过精心组织的主题式命令集合，支持针对不同通道的图像渲染与处理。该插件包含四个分栏面板：显示、处理、保存 和 图像信息，每个面板均设有与主题相关的按钮和滑块，并配有工具提示以辅助执行命令。其他便捷功能包括：用于交互式处理的撤销功能、可自动将修改像素的操作步骤与图像一同保存的简易纯文本操作记录器，以及以格式化方式展示对图像解读至关重要的采集参数设置。EasyFiji 还提供了新的图像渲染和漂白校正工具。需要注意的是，EasyFiji 不支持定量图像分析或批量处理功能，因为这些操作应仅在专业生物图像分析人员的指导下进行。尽管 EasyFiji 在设计上力求简洁，但所有原生的 Fiji 命令仍可通过 Fiji 原生菜单系统随时访问。我们认为，EasyFiji 针对特定用户群体的设计4 将有助于提升生命科学家对 Fiji 的使用率。本文将介绍 EasyFiji 的设计理念、实现方式及其在荧光显微镜图像中的应用。该插件可通过 Fiji 更新站点轻松安装（https://imagej.github.io/list-of-update-sites/ 和 https://imagej.net/plugins/EasyFiji_plugin），开源代码也可通过 GitHub 下载；插件及其源代码均可免费获取（https://github.com/stjude/EasyFiji）。&#160;

<table><tbody><tr><td>EasyFiji GitHub 网站</td><td>开源</td><td></td><td>https://github.com/stjude/EasyFiji</td></tr><tr><td>EasyFiji Image.sc 论坛</td><td>开源</td><td></td><td>https://forum.image.sc/t/宣布推出EasyFiji：一款面向Fiji的用户友好型图形界面插件/117617</td></tr><tr><td>EasyFiji ImageJ.net 网站</td><td>开源</td><td></td><td>https://imagej.net/plugins/EasyFiji_plugin#快速入门</td></tr><tr><td>FIJI 软件</td><td>开源</td><td></td><td>https://imagej.net/software/fiji/downloads</td></tr><tr><td>VLC 媒体播放器</td><td>开源</td><td></td><td>https://www.videolan.org/vlc/</td></tr></tbody></table>

easyfiji：用于fiji中用户友好型荧光图像处理的图形界面

EasyFiji: A Graphical Interface for User-Friendly Fluorescence Image Processing in Fiji

Fiji（Fiji Is Just ImageJ）是一个功能强大且可扩展的开源图像处理软件包，被生物图像分析领域广泛使用。然而，对于非计算背景的生命科学家而言，手动操作Fiji的众多功能需要学习并 navigating 一个层次复杂的菜单系统。此外，某些命令的默认行为在荧光图像的显示与处理方面并不理想。为了提高生命科学家处理荧光显微图像的效率，我们开发了EasyFiji——一个为Fiji定制的图形用户界面（GUI）插件。每个EasyFiji命令均通过带有工具提示的按钮和滑块执行，并始终针对荧光图像所需的各个荧光通道独立运行。对像素强度进行修改的命令还支持单击撤销，以实现更交互式的图像处理，并可自动记录和保存为文本格式用于存档。图像信息面板可显示对图像解读至关重要的参数设置。插件还提供了新的图像渲染和漂白校正功能。该插件可免费在GitHub上获取，并作为Fiji的更新站点提供。本实验方案详细说明了使用EasyFiji界面进行荧光显微图像可视化与处理的具体步骤。

多通道荧光图像的伪彩渲染可用于展示信号之间的空间关系或强度关系；然而，Fiji 原生仅提供一种 RGB 叠加渲染技术，该方法在感知层面上本质上会混淆颜色与亮度信息。为说明这一问题，图2 使用了 N-Myc 与 RNA 聚合酶 II（RNAPolII）的双通道图像。图2A 中，各通道以灰度单独显示，因此不存在任何（可能造成干扰的）色彩信息。图2B 中，通道以 Fiji RGB 叠加渲染方式共同显示，使用了所有可能的原色和/或间色组合。如图所示，不同颜色的渲染在感知层面上传达了截然不同的信息（下文将对此进行量化）。因此，Fiji RGB 叠加渲染所呈现的信息在感知上任意依赖于各通道所分配的颜色。科学图像的渲染应被合理设计，以有效传达特定信息。
生命科学家可能希望采用多通道渲染来评估两个信号之间的整体（空间和强度）关系，其中每个信号在视觉上都具有同等的可感知性，而不受所用颜色的影响。EasyFiji 的<str...

EasyFiji 是 Fiji（ImageJ）的一个图形用户界面插件，为生命科学家常用的一系列荧光图像可视化与处理工具提供了精选整合。

EasyFiji：用于Fiji中用户友好型荧光图像处理的图形界面

Fiji（Fiji Is Just ImageJ）是一个广泛应用于生物图像分析领域的、功能强大且可扩展的开源图像处理软件包。

如果你曾经使用过Fiji，就会知道它功能有多么强大，同时也容易在众多菜单和设置中迷失方向。EasyFiji通过简单的按钮、滑块和智能工具，让图像处理变得轻松无忧，操作直观且高效。它就是更友好的Fiji。安装 EasyFiji 的推荐方法是通过 Fiji 更新站点。只需点击帮助、更新，然后点击管理更新站点并输入 EasyFiji。请记住勾选此项，然后点击应用并关闭。应用更改，然后重启 EasyFiji。高级用户也可以选择从 GitHub 网页下载 JAR 文件。对于颜色通道调整，我们可以打开任意多通道图像，并通过通道颜色选项卡，选择不同的调色板。我们可以选择红色、绿色、蓝色、额外通道，或选择黑色以禁用特定通道。我们可以使用所有通道来显示所有通道的颜色，也可以仅使用单个通道来显示特定通道。对于增益滑块，我们可以使图像变得更亮。如果图像过暗，我们可以将其调亮。对于偏移图像，可以设置图像上的最低强度。因此，我们可以调整所有通道的颜色，或仅调整特定通道的颜色。对于通道视图，打开感兴趣的图像。这是一幅多通道图像，因此每个单独的通道具有不同的强度和位置。对于共定位按钮，它将使用两个通道生成RGB图像，并通过将两个通道强度相似的区域以黄色像素显示来突出这些区域。FFMerge按钮也会将两个通道合并为RGB图像，但采用的是另一种方式。此处，每个通道均保持相同的可见度。这使得重叠区域更易于解释，同时不破坏通道间的平衡。FGMerge 按钮可将一个或多个通道叠加到绿色通道上。当与绿色调图像（如微分干涉差（DIC）或电子显微镜图像）结合使用时，该方法利用绿色通道的尺寸保留各通道信息，整体对比度可显著提升图像质量。以下是使用 FGMerge 的另一个示例图像。对于图像堆栈的显示，EasyFiji 插件提供了最大强度投影、正交切片视图以及显微轨迹图（kymograph）等功能。图像处理选项卡。打开图像后，点击记录按钮以开始记录命令。平滑功能将应用高斯模糊，去噪功能将应用中值滤波器，锐化按钮将应用二维非锐化掩模，而分离背景将应用滚动球信号，即使用滚动球算法去除背景。应用查找表将根据显示面板中指定的增益和偏移进行调整。我们可以看到，在应用此处理命令后，图像质量得到显著改善。接下来，我将演示如何使用局部校正按钮来应用校正因子，使每帧的中等强度值局部匹配拟合曲线的数值。局部校正和全局校正可依次应用于同一数据集。此处显示了漂白校正前后的强度分布曲线。可以看出，信号已得到校正。此处我们展示不同的保存选项。保存面板面向非专业用户，帮助其为特定用途选择正确的文件格式。我们可以将图像保存为原始数据集。它将包含图像的全部信息。我们可以将图像保存为JPEG格式用于展示，也可以保存为PNG格式。此外，还可以将图像序列保存为视频。图像信息面板，该面板以人类可读的方式显示迄今为止获取的图像的厂商特定采集元数据。观看本视频后，您应能够充分理解如何使用此插件来可视化和处理生物医学图像。我们开发 EasyFiji 的目的是使生命科学家的图像分析更加简便、快速和易于获取。无论您是在调整对比度、应用滤镜，还是在探索图像元数据，EasyFiji 都旨在让您的 Fiji 使用过程更加顺畅和愉快。

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