Hardy-Weinberg und genetische Drift

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  1. Klasse Simulation
    • Beginnen Sie mit dem Öffnen einer neuen Tabellenkalkulationsdatei. In Anlehnung an die Hardy-Weinberg-Gleichung, bei der p die Häufigkeit eines dominanten Allels A in einer Population und q als die Häufigkeit eines rezessiven Allels B definiert ist, gibt die Eingabefrequenz p von Allel A in Zelle B2 und die Frequenz q von Allel B in Zelle B3 ein.
    • Weisen Sie der Zelle C2 den Wert 0,5 zu.
    • Geben Sie gemäß der Gleichung 1 – p = q die Formel "= 1 – C2" in Zelle C3 ein, um die Häufigkeit q von Allel B zu berechnen. HINWEIS: Die Zellen C2 und C3 stellen den Genpool dar, der in den nächsten Schritten verwendet wird.
    • Beschriften Sie die Zellen E2 und F2 mit "Allel 1" bzw. "Allel 2", geben Sie dann den RAND-Code für die Zufallsformel in Zelle E3 ein. =IF (RAND()
    • Wählen Sie Zelle E3 aus und ziehen Sie die untere rechte Ecke der Zelle nach unten auf E27, um die Formel in 25 Zellen zu duplizieren und ein Allel für die anderen Nachkommen zu erstellen, und geben Sie die gleiche Formel, die in Zelle E3 verwendet wurde, in Zelle F3 ein.
    • Fügen Sie eine dritte Datenspalte hinzu, die mit der Beschreibung "Genotyp" in Zelle G2 beginnt, und fügen Sie die Funktion VERKETTEN zu Zelle G3 hinzu, um die beiden zufällig generierten Allele zu kombinieren und einen Genotyp zu erstellen.
    • Ziehen Sie diese Formel für 25 Zellen nach unten und beschriften Sie die Zellen H2, I2 und J2 AA, AB bzw. BB.
    • Geben Sie dann eine IF-Funktion wie hier gezeigt in die Zellen H3, I3 und J3 ein. Ziehen Sie die Formeln um 25 Zeilen pro Spalte nach unten. Die Formeln geben eine 1 zurück, wenn der Genotyp in dieser Zeile mit dem Genotyp in der Kopfzeile übereinstimmt, und eine 0, wenn der Genotyp in dieser Zeile einer der beiden anderen Genotypen ist. H3: = WENN (G3="AA";1,0) I3: =WENN(ODER(G3="AB,G3="BA");1,0) J3: =WENN(G3="BB";1,0)
    • Beschriften Sie dann Zelle D28 als "SUMME", fügen Sie die Formel zu Zelle H28 hinzu und ziehen Sie die Formel auf die Zellen I28 und J28, um die Gesamtzahl jedes Genotyps zu erhalten.
    • Als nächstes markieren Sie die Zellen H30 und J30 mit "A" bzw. "B" und markieren Sie die Zelle D31 mit "Anzahl der Allele".
    • Fügen Sie den Zellen H31 und J31 Code hinzu, um die Gesamtzahl der Allele in der simulierten Generation zu erhalten, die doppelt so hoch ist wie die Häufigkeit des jeweiligen homozygoten Genotyps, zuzüglich der Häufigkeit des heterozygoten Genotyps.
    • Markieren Sie dann die Zelle E32 mit "Allelfrequenz der nächsten Generation" und fügen Sie den Zellen H32 und J32 Code hinzu, um das Verhältnis der Allele in der nächsten Generation zu erhalten.
    • Unter Verwendung der Genfrequenzen, die in dem mathematischen Modell generiert wurden, das Sie gerade erstellt haben, passen Sie die Genpool-Werte in den Zellen C2 und C3 an die von H32 und J32 an und führen Sie 10 weitere Generationen durch, wobei Sie den Genpool jedes Mal mit der resultierenden Allelfrequenz aktualisieren.
    • Notieren Sie das Verhältnis der beiden Variablen zu jedem Zeitpunkt in der Tabelle in der Tabelle und erstellen Sie ein Liniendiagramm, um zu sehen, wie sich eine kleine Grundgesamtheit im Laufe der Zeit verändert. Hypothesen: Die experimentelle Hypothese in dieser Studie ist, dass kleinere Populationen stärker von den von Hardy-Weinberg erwarteten Häufigkeiten der Allele abweichen als größere Populationen, da kleinere Populationen anfälliger für genetische Drift sind. Die Nullhypothese ist, dass sich die Allelfrequenzen innerhalb der Populationen nicht von den erwarteten Frequenzen der Hardy-Weinberg-Gleichgewichtsgleichung unterscheiden, was bedeutet, dass die Allelfrequenzen von Generation zu Generation gleich sein werden.
    • Setze die Häufigkeit von Gen A auf 0,3 und Gen B auf 0,7 und führe das Modell 10 weitere Male aus, wobei das Verhältnis der Gene in der nächsten Generation nach jedem Durchlauf in der Tabelle aufgezeichnet wird.
    • Ziehen Sie dann die Formeln für die Zellen weiter nach unten, um das Modell so zu ändern, dass es 100 Zygoten enthält, und führen Sie das Modell weitere 10 Mal aus.
    • Speichern Sie nach dem letzten Durchlauf alle Arbeitsdaten auf einem persönlichen Speichergerät und beenden Sie das Tabellenkalkulationsprogramm.
  2. Simulation für Hardy-Weinberg und genetische Drift
  3. Verstöße gegen Hardy-Weinberg
    • Um die Auswirkungen verschiedener physikalischer und ökologischer Szenarien auf das Hardy-Weinberg-Gleichgewicht zu testen, zeichnen Sie zunächst einen Zettel, um zu bestimmen, welche Hardy-Weinberg-Annahme Sie testen werden.
    • Machen Sie eine Vorhersage, was Ihrer Meinung nach in Ihrem ausgewählten Szenario passieren könnte, bevor Sie mit dem Experiment beginnen, und notieren Sie dies an der Tafel.
    • Wenn Sie das Mutationsszenario ausgewählt haben, wählen Sie 5 Allele nach dem Zufallsprinzip aus der Menge aus und ersetzen Sie sie durch 5 einer dritten Farbe, Allel groß B.
    • Führen Sie die Simulation wie zuvor durch, indem Sie Paare von Perlen aus dem Beutel ziehen, um 20 Picks zu generieren und die Ergebnisse aufzuzeichnen. Klicken Sie hier, um Tabelle B herunterzuladen
    • Nehmen Sie nach jeder Generierung Anpassungen vor, damit die Ausgangspopulation wie zuvor mit der neuen Allelfrequenz übereinstimmt.
    • Ersetzen Sie dann wieder 5 zufällige Allele durch die neue Farbe und simulieren Sie die neue Generation für 20 Picks.
    • Wenn Sie den nicht zufälligen Paarungstest ausgewählt haben, ziehen Sie jeweils 1 Allel anstelle von 2 und koppeln Sie es dann mit einem anderen der gleichen Farbe, das aus dem Beutel gezogen wurde.
    • Wie bei der vorherigen Simulation passen Sie die Population an die neuen Allelfrequenzen am Ende der vorherigen Generation an und führen Sie die Simulation für insgesamt 10 Generationen durch.
    • Für die Genflussbedingung beginnen Sie damit, 10 Allele aus der Population zu entfernen und sie durch 10 zufällig ausgewählte Allele aus einem anderen Satz von 100 Kügelchen zu ersetzen.
    • Passen Sie die Allelfrequenz an und wiederholen Sie den Genfluss, indem Sie zu Beginn jeder Generation 10 Kügelchen entfernen und 10 Kügelchen aus einem anderen Beutel hinzufügen.
    • Wenn Sie eine kleine Populationsgröße gezeichnet haben, beginnen Sie einfach jede Generation mit 60 Allelen statt mit 100.
    • Passen Sie wie üblich die Allelfrequenzen jeder Generation an und zeichnen Sie 10 Generationen auf. Ziehen Sie in der Selektionsbedingung aus dem ursprünglichen Beutel mit Perlen, aber zählen Sie keine homozygoten rezessiven Paare, die bei der Berechnung der Allelfrequenz am Ende jeder Generation gezogen werden.
  4. Simulation der genetischen Drift
  5. Ergebnisse

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