DNA-Isolierung und Restriktionsenzymanalyse

Unter DNA-Extraktion versteht man die Entfernung und Reinigung von DNA aus Zellen. Zuerst werden die Zellen lysiert - aufgebrochen - in der Regel durch eine Kombination aus physikalischem Aufschluss und Behandlung mit Chemikalien, wie z. B. einem Detergens, das die Zell- und Kernmembranen auflöst. SDS oder Natriumdodecylsulfat ist ein häufig verwendetes Waschmittel, das die Proteine und Lipide, aus denen diese Membranen bestehen, löslich macht. Der Inhalt kann dann frei in die umgebende Lösung schwimmen.

Als nächstes muss die DNA von den anderen vorhandenen Molekülen getrennt werden. Proteinase K, die der Reaktion zugesetzt wird, bricht Peptidbindungen auf und verdaut kontaminierende Proteine. Anschließend wird der Probe Salz zugesetzt, das die negativ geladenen Phosphatgruppen im Rückgrat der DNA stabilisiert und nach Zugabe von eiskaltem Alkohol die DNA aus der Lösung ausfällt. Der weiße Niederschlag wird gesammelt, indem er in einer Zentrifuge gedreht wird, wo er sich am Boden des Röhrchens absetzt. Nach dem Waschen und Resuspendieren in einer Pufferlösung kann die extrahierte DNA schließlich in der Forschung oder in der Biotechnologie eingesetzt werden.

Einige biotechnologische Anwendungen, wie z. B. der DNA-Fingerabdruck, mit dem neuartige Muster in der DNA identifiziert werden können, die für eine Person oder Individuen spezifisch sind, beinhalten die Verwendung von Restriktionsenzymen. Restriktionsenzyme sind Moleküle, die mit der DNA interagieren und bestimmte Sequenzen erkennen. Sobald ihre spezifische Stelle identifiziert ist, schneiden sie die DNA. Dies führt dazu, dass der Strang in ein oder mehrere lineare Stücke geschnitten wird. Wenn es sich bei der extrahierten DNA um ein Plasmid handelt, ein kreisförmiges Stück DNA, das am häufigsten in Bakterien vorkommt, führen Schnitte dazu, dass die DNA ein lineares Fragment oder Fragmente bildet. Unterschiedliche Restriktionsenzyme erkennen unterschiedliche DNA-Sequenzen, so dass die Verwendung einer Kombination dieser Sequenzen dazu führen kann, dass unterschiedliche Fragmente hergestellt werden.

Beim DNA-Fingerabdruck können wir diese Fragmente dann mit einer Technik untersuchen, die als DNA- oder Gelelektrophorese bezeichnet wird. Zur Herstellung von Gelen wird pulverisierte Agarose mit einem Puffer gemischt und erhitzt, bis sie sich aufgelöst hat. Dann wird der warmen Mischung ein Nukleotidfleck zugesetzt und dann wird diese Lösung in die Gießform gegossen. Ein Kamm wird eingesetzt, um die Vertiefungen zu formen. Nach dem Erstarren wird das Gel in eine mit Puffer gefüllte Gelbox überführt und der Kamm entfernt. Eine Referenzmischung aus gefärbten DNA-Fragmenten bekannter Länge, die DNA-Leiter, wird in eine Vertiefung gegeben und die gefärbten DNA-Proben von Interesse werden in die verbleibenden Vertiefungen geladen. Die Box ist an eine Stromquelle angeschlossen und das Einschalten induziert die Wanderung der negativ geladenen Phosphatgruppen in DNA-Nukleotiden durch das Gel in Richtung der Anode, dem positiven Ende. Kleinere Stücke bewegen sich schneller als die größeren Fragmente, die nur schwer wandern können.

Wenn der Lauf abgeschlossen ist, wird das Gel ultraviolettem Licht ausgesetzt, um die Nukleotidfärbung in den DNA-Proben sichtbar zu machen. Ihr Vorhandensein kann anhand ihrer relativen Position zu den Leiterbändern bestätigt werden. Da DNA mit unterschiedlichen Sequenzen Schnittstellen an verschiedenen Stellen aufweist, können neuartige Bandenmuster oder Fingerabdrücke erzeugt werden, die zur Unterscheidung von Individuen oder varianten DNA-Profilen verwendet werden können.

In diesem Labor führen Sie DNA-Extraktionen mit und ohne Puffer mit und ohne SDS durch, um die Bedeutung von Detergenzien bei der DNA-Isolierung zu beurteilen, und verdauen dann Plasmid-DNA mit verschiedenen Restriktionsenzymen, um die resultierenden DNA-Profile zu untersuchen.