5.9: Chromatin-Verpackung

Chromatin Packaging
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Molecular Biology
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Chromatin Packaging

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02:21 min
November 23, 2020

Overview

Each human somatic cell contains 6 billion base-pairs of DNA. Each base-pair is 0.34 nm long, which means that each diploid cell contains a staggering 2 meters of DNA. How is such a long DNA strand packed inside a nucleus measuring only 10 – 20 microns in diameter? 

The chromatin

In combination with specialized DNA binding protein called Histones, the DNA double helix forms a compact DNA: protein complex called chromatin. The chromatin itself is further compacted into higher-order structures. The highest level of compaction is achieved during the cell cycle's metaphase, where the chromatin condenses to form the chromatids of a chromosome.

Nucleosomes

Nucleosomes are the basic functional and repeating unit of chromatin. A nucleosome consists of 8 histone proteins wound around by 147 base pairs of DNA. Under electron microscopy, the chromatin appears as a structure resembling beads on a string due to nucleosomes' presence along its length. This packaging shortens the fiber length by seven-fold.

Solenoid model

The nucleosomes are further coiled into 30 nm fibers, so-called because of their diameter of approximately 30 nm. Such a compaction is explained by a widely accepted hypothesis – the solenoid model. A solenoid refers to the structure of a wire coiled on a central axis. This model proposes that nucleosomes are arranged in a left-handed helical conformation with six or more nucleosomes per turn. One of the non-core histone proteins, H1, plays an essential role in nucleosome compaction; in its absence the chromatin fiber turns into irregular clumps of nucleosomes.

Chromatin packaging is an active area of research. The new emerging data has allowed scientists to view chromatin and nucleosomes not as highly defined structures, but rather as a continuum of various inter-convertible conformations at all chromatin packaging stages.

Transcript

Jede menschliche diploide Zelle enthält etwa 2 Meter DNA, die in einem winzigen Kern von nur wenigen Mikrometern Durchmesser komprimiert ist. Die Anordnung und Spiralung der DNA im Zellkern ist daher hochgradig organisiert und streng reguliert.

Zunächst wird die chromosomale DNA mit Histonproteinen assoziiert, um eine Struktur zu bilden, die als Chromatin bezeichnet wird. Die strukturelle und funktionelle Grundeinheit des Chromatins wird als Nukleosom bezeichnet. Durch die Assoziation der DNA in Nukleosomen verkürzt sich die DNA-Länge um das Siebenfache.

Als nächstes bindet ein Nicht-Kern-Histonprotein namens H1 an jedes Nukleosom. Das H1-Histon verändert den DNA-Weg, wenn es das Nukleosom verlässt, und trägt so dazu bei, den Komplex weiter zu verdichten.

Diese Nukleosomen werden dann übereinander gestapelt, wodurch eine kürzere und dickere Faser mit einem Durchmesser von 30 nm entsteht, die sogenannten 30-nm-Fasern.

Die Anordnung der Nukleosomen in der 30-nm-Faser wird durch ein weithin akzeptiertes Solenoidmodell erklärt. Das Modell schlägt vor, dass Nukleosomen in einer linkshändigen helikalen Konformation mit sechs oder mehr Nukleosomen pro Runde angeordnet sind. Dadurch verkürzt sich die DNA-Länge um das weitere 50-fache.

Jede Chromatinregion, die nicht aktiv transkribiert oder repliziert wird, liegt in der 30-nm-Faserform vor. Auf der anderen Seite liegen die Chromatinregionen, auf die aktiv zugegriffen wird, in einer ausgedehnten Perlen-auf-einer-String-Form vor.

Die 30-nm-Fasern werden weiter aufgewickelt, um Schleifen von etwa 300 nm Länge zu bilden. Diese Fasern werden dann zu 250 nm breiten Coils verdichtet.

Später in der Metaphase des Zellzyklus bilden die Chromatinfasern hochverdichtete Strukturen, die Chromosomen genannt werden.

Das Gesamtverdichtungsverhältnis der DNA in das Chromosom beträgt etwa 1:10000. Sobald sich die Zelle teilt, wickeln sich die Chromosomen wieder ab.

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