RNA-seq

Die RNA-Sequenzierung oder RNA-Seq ist eine Hochdurchsatz-Sequenzierungstechnik, die RNA-Sequenzen in einer Probe identifiziert und quantifiziert.

Es kann zur Analyse von Gesamt-RNA oder spezifischen RNA-Populationen wie mRNA, tRNA, rRNA und miRNA verwendet werden. Die Technik hat vielfältige Anwendungen in der Transkriptomanalyse, der differentiellen Genexpressionsanalyse und der RNA-Editierung.

Im Falle der Analyse spezifischer Populationen muss der interessierende RNA-Typ von den anderen RNAs isoliert werden. mRNAs können mit Oligo-dT-Sonden isoliert werden, die komplementär zu den Poly-A-Schwänzen sind, die auf mRNA-Transkripten vorhanden sind. MicroRNAs, die in der Regel etwa fünfzehn bis dreißig Nukleotide lang sind, werden durch größenbasierte Extraktionsmethoden isoliert.

Alternativ kann kontaminierende RNA, wie z. B. ribosomale RNA, unter Verwendung von Oligonukleotiden entfernt werden, die zu der Verunreinigung komplementär und kovalent an magnetische Beads gebunden sind. Die hybridisierte ribosomale RNA wird mit einem Magneten von der Probe getrennt, wobei die interessierende RNA zurückbleibt.

Die gereinigte RNA wird von dem Enzym reverse Transkriptase als Matrize verwen