Phylogenetic Species Concept in Microbiology

Das phylogenetische Artenkonzept definiert eine Art als die kleinste Gruppe von Organismen, die einen gemeinsamen Vorfahren teilen und einzigartige genetische Eigenschaften besitzen.

Mikroben vermehren sich asexuell, zeigen eine begrenzte morphologische Vielfalt und betreiben horizontalen Gentransfer. Daher können traditionelle Artdefinitionen nicht verwendet werden.

Das phylogenetische Artkonzept eignet sich für die mikrobielle Klassifikation, da es Gensequenzen oder Ganzgenome vergleicht, um evolutionäre Beziehungen zu zeigen.

Wenn beispielsweise zwei DNA-Sequenzen etwa 98,7 % Ähnlichkeit in ihrer 16S rRNA-Gensequenz aufweisen, gelten sie allgemein als Teil derselben Art.

Die durchschnittliche Nukleotid-Identität, oder ANI, vergleicht ganze Genome und gilt als genauere Methode.

Eine Schwelle von 95–96 % ANI, was auf eine genomische Ähnlichkeit von 95–96 % hinweist, ist für die Identität auf Artebene weithin akzeptiert.

Das phylogenetische Artkonzept wird üblicherweise mit ökologischen Merkmalen und metabolischen Merkmalen kombiniert, um eine mikrobielle Art genauer zu definieren.