Methods to Assess Microbial Communities

Eine mikrobielle Gemeinschaft ist ein Konsortium von Bakterien, Archaeen und mikrobiellen Eukaryoten, die in einem gemeinsamen Lebensraum koexistieren und interagieren.

Die Struktur der mikrobiellen Gemeinschaften wird oft anhand von Reichtum, relativer Häufigkeit und Gleichmäßigkeit beschrieben.

In einer Probe ist Reichtum die Anzahl der nachgewiesenen Taxa, während die relative Häufigkeit den Anteil jedes Taxons quantifiziert. Gleichmäßigkeit beschreibt, wie gleichmäßig Individuen über Taxa verteilt sind.

Derzeit werden kulturunabhängige molekulare Ansätze verwendet, um mikrobielle Gemeinschaften zu profilieren.

Metagenomik untersucht DNA aus Umweltproben, wie Boden, und wird hauptsächlich verwendet, um die Zusammensetzung mikrobieller Gemeinschaften zu profilieren.

Metatranskriptomik ermöglicht die Bewertung der mRNA-Expression und liefert einen Überblick über die aktiven mikrobiellen Funktionen wie Enzymproduktion oder Ölabbau.

Metaproteomik und Metabolomik identifizieren Proteine und Metaboliten in der Umwelt und zeigen, wie Mikroben zu Prozessen wie dem Nährstoffabbau und biogeochemischen Kreislauf beitragen.