Bewertung von immunologisch relevanten dynamischen tertiären strukturellen Merkmale der HIV-1 V3-Loop Crown R2 Sequence durch Ab initio Folding

Summary

Die Krone Region unterschiedliche V3-Loop-Sequenzen von der Oberfläche Hüllglycoprotein (gp120) des HIV-1 kann strukturell in vielen Fällen gekennzeichnet durch in silico Faltung von Positionen 10 bis 22 der Schleife mit einer state-of-the-art Ab initio Falt-Algorithmus. Hier zeigen wir die Faltung und Auswertung dieser Region des V3-Loops von der R2-Stamm HIV-1, ein einzigartig Neutralisation sensiblen Stamm mit rätselhaften funktionellen Eigenschaften.

Abstract

Die antigene Vielfalt der HIV-1 ist schon lange ein Hindernis für die Impfstoff-Design worden, und diese Variabilität ist besonders in der V3-Schleife des Virus 'Oberfläche Hüllglycoprotein ausgeprägt. Wir haben bereits vorgeschlagen, dass die Krone des V3-Loops, obwohl dynamische und variable Reihenfolge, in der gesamten Bevölkerung von HIV-1 Viren auf eine immunologisch relevante β-Haarnadel Tertiärstruktur ist eingeschränkt. Wichtig ist, gibt es Tausende von verschiedenen V3-Loop-Sequenzen Krone in zirkulierenden HIV-1 Viren, die Herstellung von 3D strukturelle Charakterisierung von Trends in der Vielfalt der Viren erschweren oder unmöglich durch Kristallographie oder NMR. Unsere bisherige erfolgreiche Studien mit Faltung der V3 Krone ^{1, 2} verwendet die ab initio-Algorithmus ³ zugänglich in der ICM-Pro Molecular Modelling-Software-Paket (Molsoft LLC, La Jolla, CA) und schlug vor, dass die Krone des V3-Loops, und zwar aus Positionen 10 bis 22, Leistungen ausreichend von der Flexibilität und Länge der flankierenden stammt zu einem großen Teil verhalten, als ob es ein ungezwungenes Peptid frei Faltung in Lösung wurden. Als solche schnellen Ab-initio-Faltung nur diesen Teil des V3-Loops von einzelnen Stamm der 60.000 + zirkulierenden HIV-1 Stämme können sehr informativ sein. Hier, gefaltet wir die V3-Loop des R2 anstrengen, um Einblick in die strukturelle Grundlage seiner einzigartigen Eigenschaften zu gewinnen. R2 trägt ein seltenes V3-Loop-Sequenz als verantwortlich für die exquisite Empfindlichkeit dieses Stammes zur Neutralisation von Patientenseren und monoklonalen Antikörpern ^{4, 5.} Die Belastung vermittelt CD4-unabhängige Infektion und scheint breit neutralisierenden Antikörper hervorzurufen. Wir zeigen, wie Auswertung der Ergebnisse der Faltung kann informativ für die Zuordnung von beobachteten Strukturen in der Faltung mit der immunologischen Aktivitäten für R2 beobachtet.

Protocol

1. Methodik

1. Der erste Schritt des Protokolls ist es, die V3 Krone Sequenz, die Sie wollen in silico fach zu wählen. Für die R2-Stamm, ist die Reihenfolge für dieses Fragment KSIPMGPGRAFYT.
2. Die 3D-atomare Struktur des Peptids entsprechend dieser Reihenfolge sollte in dem Computer den virtuellen Raum gebaut werden. Die ICM-Befehl dafür lautet:
   buildpep "KSIPMGPGRAFYT"
   oder Datei: Neu: Peptide können unter dem Pull-Down-Menü ausgewählt werden
3. Verschiedene Parameter des Verfahrens werden dann gesetzt, darunter die Anzahl der Suchschritte (Länge der Suche), die Simulation Temperatur, Suchstrategie Parameter einschließlich der variablen Beschränkungen für Verzerrungen der Suche nach angemessenen Bereichen, energetisch, die Auswahl der verschiedenen Energiequellen Berechnungsmethoden, und Parameter angeben, wie die Suche, z. B. ob ein Film aufnehmen wird aufgezeichnet und wie viele Zwischenstufen Scoring Konformationen sollten aufgezeichnet werden. Alle diese Parameter wurden von früheren Publikationen (siehe www.molsoft.com) optimiert worden.
4. Die Faltung wird dann mit dem Befehl gestartet:
   montecarlo
   oder Datei: Neu: Peptide können unter dem Pulldown-Menü Molecular Mechanics gewählt werden: Minimieren: Global
   
   Im ersteren Fall, sollten die Parameter aus Schritt 3 nacheinander in der Kommandozeile gesetzt werden. Im letzteren Fall sind die Kontrollkästchen für die am häufigsten gewählten Parameter in einem Bereich vorgesehen, bevor der Befehl ausgeführt wird. Der Einfachheit halber wird die gleiche Faltung ICM-Skript für dieses Experiment und bisher veröffentlichten Experimenten verwendet hier gezeigt:
   
   Dieses Skript kann in einer Textdatei gespeichert und ausgeführt werden aus dem Betriebssystem des Computers Kommandozeile (in der Regel LINUX) schnell mit dem Befehl:
   icm _foldingscript
   

2. Secrets to Success

1. Der V3-Loop ist eine Konstante, 35 Aminosäuren lang in fast allen bekannten Stamm, so dass die Aminosäure-Positionen 1 bis 35 nummeriert sind, beginnend mit dem Ursprung Disulfid gebundene Cystin bei 1 und endet mit dem entsprechenden Disulfid gebundene Cystin bei 35. Da es Teil einer Schleife ist, sollten die Grenzen der Krone des V3 sorgfältig ausgewählt werden. Wenn eine zu große Fragment gewählt wird, ist es unwahrscheinlich ist, als frei flexible Segment verhalten, als ob es ein freies Peptid wurden, so die Faltung Simulation wird nicht korrekt beurteilen die Struktur. Wenn eine zu kleine Fragment gewählt wird, kann die informative Tertiärstruktur nicht in die Simulation zu bilden. Unsere früheren Studien zeigten, dass das Fragment von Position 10 bis Position 22 mit dem Antikörper gebunden kristallographischen Konformationen korreliert, so ist dies das Fragment einer V3-Schleife, die für die Faltung gewählt werden sollte.
2. Obwohl die Verwendung der grafischen Benutzeroberfläche und Pull-Down-Menüs ist einfach zu bedienen, bedarf der vorherigen erfolgreichen Arbeit auf Peptidfaltung in der Regel mit ICM und V3-Loops Krone Falten insbesondere die oben beschriebenen Skript verwendet werden, einfache Änderung der Reihenfolge in der buildpep Linie und den Betrieb der obige Skript von der Kommandozeile wird empfohlen.

3. Repräsentative Ergebnisse

Die Ergebnisse für die R2 Falten sind repräsentativ für die Ergebnisse für jeden V3-Schleife. Zur Auswertung der Ergebnisse sollte die Projekt-Datei (es wird mit dem Namen "newProject1.icb" aus dem obigen Skript sein) geöffnet werden und "Molecular Mechanics, Stapel, View" gewählt. Eine Tabelle des Stapels Konformationen erscheint. Der Stack Konformationen können grafisch visualisiert werden, indem Sie auf den Plot / Histogramm-Symbol. "Molecular Mechanics, Stapel, Play" wird ein Film des Stapels, um visuell zu schätzen wissen die konformative Präferenzen durch die Faltung aufgedeckt. Für die R2-Sequenz wird die Konformation beta-Haarnadel-artige wie für V3-Loops ² erwartet - vor allem in dem Fragment an den Positionen 12 bis 14, wo eine klare β-Strang-Bevorzugung im ganzen Stapel zu sehen ist, und nur sehr wenige alpha-Helices zu sehen sind. Darüber hinaus ist eine Energielücke von fast 3 Einheiten zwischen dem niedrigsten Energie-Konformation und die zweitniedrigste Energie Konformation gesehen. Aus energetischer Sicht bedeutet dies, dass die Struktur nur flackert aus der niedrigsten Energie Konformation weniger als ein Prozent der Zeit: die Faltung Ergebnisse schlagen daher vor, dass die R2 V3 Krone einer starren, anstatt flexible, Struktur ist. Möglicherweise gibt es weitere wichtige strukturelle Merkmale in das Ensemble von Konformationen werden, aber sie sind kaum systematisch zu schätzen wissen.

	JRFL	SF162_V3JRFL	SF162_V3R2
447-52D GMT 50	15	0,00061	0,00078

Tabelle 1: Relative Neutralisierung JRFL und R2 V3-Loops in maskierten und nicht maskierten Einstellungen. Die Daten wurden zuvor in Cardozo T., et al. ARHR (200 gemeldet8) und Pinter, A., et. al J. Virol (2004). SF162_V3JRFL enthält die JRFL: Kurz gesagt, wurde eine neutralisierende Aktivität mit einem Single-Cycle-Infektiosität Assay mit PSV mit dem env-defekten Luciferase-exprimierenden pNL4-3.Luc.RE-Plasmid pseudotypisiert mit dem JRFL Env oder SF162 V3 oben beschriebenen Varianten generiert ermittelt V3-Loop-Sequenz anstelle des SF162 V3-Loop-Sequenz. SF162_V3R2 enthält die R2 V3-Loop-Sequenz anstelle des SF162 V3-Loop-Sequenz. Der PSV wurden mit seriellen Verdünnungen der 447-52D mAb für 1,5 h bei 37 ° C und anschließend an CD4 + CCR5 hinzugefügt + U87 Zielzellen in 96-Well-Platten in Gegenwart von Polybren (10 mg = ml) beschichtet. Nach 24 Stunden wurden die Zellen mit RPMI-Medium mit 10% FBS und 10 mg = mL Polybren durch eine zusätzliche 24-48 h Inkubation folgte wieder zugeführt. Luciferaseaktivität wurde 48-72 h nach Infektion mit einem Mikrotiterplatten-Luminometer (HARTA, Inc.) mit Assay-Reagenzien von Promega, Inc. geometrischen Mittelwerte der Titer für 50% Neutralisation (GMT50) von 447-52D bestimmt wurden durch Interpolation aus der Neutralisation Kurven bestimmt und sind Mittelwerte aus mindestens drei unabhängigen Assays.

Discussion

Ab-initio-Falten zeigt tertiären strukturellen Eigenschaften, deren Auswirkungen sich möglicherweise nicht offensichtlich aus dem Studium einzelner Aminosäuren nacheinander. Mehrere vorher obskure strukturellen Eigenschaften der R2 V3 loop Krone durch die Faltung Simulation enthüllt. Diese beobachteten strukturellen Präferenzen können mit den beobachteten funktionellen Eigenschaften der R2-Stamm, nämlich Empfindlichkeit gegenüber Neutralisation und hyperinfectivity ⁵ korrelieren.

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
ICM-Pro	Molsoft GmbH