Erleichterung der Analyse der immunologischen Daten mit Visual analytischen Techniken

Summary

Visual Analytics (VA) ist ein neuer Ansatz zur Analyse von Daten interaktiv. In diesem Video sprechen wir die Daten Überlastung Problem durch High-Throughput-biologische Experimente gebracht werden, und schlagen VA als eine Lösung für dieses Problem nicht. Das Video demonstriert Analyse innerhalb und zwischen den immunologischen Datensätze mit einem VA-Tool namens Tableau.

Abstract

Visual Analytics (VA) hat als einen neuen Weg, um große Datensätze durch interaktive Visualisierung analysieren entstanden. Wir zeigten den Nutzen und die Flexibilität eines VA-Ansatz in der Analyse von biologischen Datensätzen. Beispiele für diese Datensätze in der Immunologie zählen Durchflusszytometrie, Luminex Daten und Genotypisierung (zB Single-Nukleotid-Polymorphismus)-Daten. Im Gegensatz zu den traditionellen Informationsvisualisierung Ansatz, stellt die Analyse VA Macht in den Händen von Analysten, indem der Analytiker in Echtzeit Daten Exploration Prozess zu engagieren. Wir haben uns für die VA Software namens Tableau nach der Auswertung mehrerer VA-Tools. Zwei Arten der Analyse Aufgaben Analyse innerhalb und zwischen den Datensätzen wurden in der Video-Präsentation mit einem Ansatz namens gepaart Analyse nachgewiesen. Gepaart Analyse, wie in VA definiert, ist eine Analyse-Ansatz, in dem ein VA-Tool-Experte arbeitet Seite an Seite mit einem Domain-Experte bei der Analyse. Die Domain-Experte ist derjenige, der die Bedeutung der Daten versteht, und stellt die Fragen, die die gesammelten Daten könnten Adresse. Das Tool-Experte erstellt dann Visualisierungen zu helfen, finden Sie Muster in den Daten, die diese Fragen beantworten könnte. Die kurze Verzögerungszeit zwischen der Hypothese Generation und die schnelle visuelle Darstellung der Daten ist der Hauptvorteil eines VA-Ansatz.

Protocol

1. Exploration-based Analysis auf Tableau

1. Sie haben einen Datensatz, und Sie möchten die verschiedenen Beziehungen zwischen den Spalten in den Daten zu entdecken.
   1. (Abbildung 1) Import des Datensatzes durch einen Klick auf "Daten Connect '. Wählen Sie den Typ der Datenquelle und folgen Sie den Anweisungen auf Ihrem Datensatz zu importieren.
   2. (Abbildung 1) Stellen Sie sicher, dass die Abmessungen Regal kategorische Spalten enthält, während die Maßnahmen Regal enthält numerische Spalten aus Ihrem Datenbestand. Manchmal ist eine Dimension Spalte, z. B. Thema Kennung kann als Maßnahme aufgeführt werden, wenn sie nummeriert. Ändern Sie die Abme....

Discussion

Das Aufkommen von High-Throughput-Technologien in der modernen biomedizinischen Forschung führte zu einer Explosion der Forschung Daten, die eine effizientere Methode zur Analyse erfordert. Visual Analytics (VA) ist die Wissenschaft der analytischen Argumentation interaktiven visuellen Schnittstellen (1) erleichtert. Die VA-Ansatz stellt die analytische Kraft in den Händen der Menschen Analyst, im Gegensatz zu den traditionellen Ansatz, um Muster von Computer zu erkennen. Visual Analytics hat Forschung in verschiedenen .......