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Methodenartikel

Sondenhybridisierung und Signalamplifikation in RNA in situ Hybridisierung: Eine Technik zum Nachweis spezifischer RNA-Sequenzen in Gewebeschnitten

3.2K Aufrufe

30. April 2023

In diesem Artikel

Zusammenfassung

Quelle: Outh-Gauer, S. et al. Chromogene In-situ-Hybridisierung als Werkzeug für die HPV-bedingte Diagnose von Kopf- und Halskrebs. J. Vis. Exp. (2019)

Dieses Video beschreibt eine sequentielle Hybridisierungsstrategie, bei der mRNA-Sonden mit spezifischer Ziel-mRNA hybridisiert werden. Nach der Sondenhybridisierung wird eine Signalamplifikation durchgeführt, um die Auflösung durch Reduzierung des Signal-Rausch-Verhältnisses während des RNA-CISH histologischer Proben zu verbessern.

Protokoll

Alle Eingriffe mit menschlichen Teilnehmern wurden in Übereinstimmung mit den institutionellen, nationalen und internationalen Richtlinien für menschliches Wohlergehen durchgeführt und vom lokalen institutionellen Prüfungsausschuss überprüft.

>1. Ausführen des Assays

HINWEIS: Lassen Sie die Abschnitte zwischen den Inkubationsschritten nicht austrocknen.

  1. Hybridisierung der HPV-Sonde
    HINWEIS: Stellen Sie sicher, dass die Sonden vor der Verwendung vorgewärmt werden, um eventuellen Niederschlag aufzulösen. Für diesen Schritt kann anstelle der HPV-Sonde auch die Peptidyl-Prolyl-Isomerase B (PPIB) für die Positivkontrolle oder die Dihydrodipicolinat-Reduktase (DAPB) für die Negativkontrolle (siehe Materialtabelle) verwendet werden.
    1. Tippen und/oder schnippen Sie auf die Objektträger, um überschüssige Flüssigkeit zu entfernen, und legen Sie sie in die Objektträgerablage. Fügen Sie ~4 Tropfen HPV-Sonde hinzu, um jeden Abschnitt vollständig abzudecken.
    2. Decken Sie das Blech mit einem Deckel ab und schieben Sie es für 2 h bei 40 °C in den Ofen.
      HINWEIS: Um Verdunstung zu verhindern, stellen Sie sicher, dass der Drehknopf vollständig in die Verriegelungsposition gedreht ist.
    3. Nehmen Sie das Blech aus dem Ofen und entfernen Sie den Schieberost.
    4. Entfernen Sie einen Objektträger nach dem anderen, entfernen Sie schnell überschüssige Flüssigkeit und legen Sie den Objektträger in ein Objektträgergestell, das in eine mit 1x Waschpuffer gefüllte Färbeschale getaucht ist.
    5. Waschen Sie die Objektträger in 1x Waschpuffer für 2 min bei Raumtemperatur unter ständigem Rühren. Wiederholen Sie dies mit frischem 1x Waschpuffer.
  2. Hybridisierung von AMP1, AMP2, AMP3 und AMP4
    HINWEIS: Diese Schritte umfassen die Hybridisierung im Hybridisierungsofen und AMP1–AMP4 aus dem gekauften Kit (siehe Materialtabelle).
    1. Tippen und/oder schnippen, um überschüssige Flüssigkeit von den Objektträgern zu entfernen und sie in die Objektträgerablage zu legen. Fügen Sie ~4 Tropfen AMP1 hinzu, um jeden Abschnitt vollständig abzudecken.
    2. Decken Sie das Blech mit einem Deckel ab und schieben Sie es für 30 min bei 40 °C in den Ofen.
    3. Nehmen Sie das Blech aus dem Ofen und entfernen Sie den Schieberost.
    4. Entfernen Sie einen Objektträger nach dem anderen, entfernen Sie schnell überschüssige Flüssigkeit und legen Sie den Objektträger in ein Objektträgergestell, das in eine mit 1x Waschpuffer gefüllte Färbeschale getaucht ist.
    5. Waschen Sie die Objektträger in 1x Waschpuffer für 2 min bei Raumtemperatur unter ständigem Rühren. Wiederholen Sie dies mit frischem 1x Waschpuffer.
    6. Wiederholen Sie die Schritte 1.2.1–1.2.5, aber verwenden Sie ~4 Tropfen AMP2 anstelle von AMP1 und inkubieren Sie 15 Minuten bei 40 °C. Waschen Sie die Objektträger 2x für 2 Minuten, beide Male in frischem Waschpuffer.
    7. Wiederholen Sie die Schritte 1.2.1–1.2.5, verwenden Sie jedoch ~4 Tropfen AMP3 anstelle von AMP1 und inkubieren Sie sie 30 Minuten lang bei 40 °C. Waschen Sie die Objektträger 2x für 2 Minuten, beide Male in frischem Waschpuffer.
    8. Wiederholen Sie die Schritte 1.2.1–1.2.5, aber verwenden Sie ~4 Tropfen AMP4 anstelle von AMP1 und inkubieren Sie sie 15 Minuten lang bei 40 °C. Waschen Sie die Objektträger 2x für 2 Minuten, beide Male in frischem Waschpuffer.
  3. Hybridisierung von AMP5 und AMP6
    HINWEIS: Diese Schritte umfassen nicht die Hybridisierung im Ofen, sondern die Hybridisierung bei Raumtemperatur. AMP5 und AMP6 stammen aus dem gekauften Bausatz (siehe Materialtabelle).
    1. Tippen und/oder schnippen Sie auf die Objektträger, um überschüssige Flüssigkeit zu entfernen, und legen Sie sie in die Objektträgerablage. Fügen Sie ~4 Tropfen AMP5 hinzu, um jeden Abschnitt vollständig abzudecken.
    2. Decken Sie das Tablett mit einem Deckel ab und inkubieren Sie es 30 Minuten lang bei Raumtemperatur.
    3. Entfernen Sie einen Objektträger nach dem anderen schnell überschüssige Flüssigkeit und legen Sie ihn in ein Objektträgergestell, das in eine mit 1x Waschpuffer gefüllte Färbeschale getaucht ist.
    4. Waschen Sie die Objektträger in 1x Waschpuffer für 2 min bei Raumtemperatur unter ständigem Rühren. Wiederholen Sie dies mit frischem 1x Waschpuffer.
    5. Wiederholen Sie die Schritte 1.3.1–1.3.4, verwenden Sie jedoch ~4 Tropfen AMP6 anstelle von AMP5 und inkubieren Sie sie 15 Minuten lang bei Raumtemperatur. Waschen Sie die Objektträger 2x für 2 Minuten, beide Male in frischem Waschpuffer.

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Offenlegungen

Es wurden keine Interessenkonflikte angegeben.

Materialien

Liste der in diesem Artikel verwendeten Materialien
NameUnternehmenKatalognummerKommentare
HybEZ Backofen (110 V) Fortschrittliche Zelldiagnostik Inc. Artikel-Nr.: 321710
HybEZ Schiebegestell Fortschrittliche Zelldiagnostik Inc. 300104
RNAscope 2.5 HD Detektionsreagenzien-BRAUNFortschrittliche Zelldiagnostik Inc.Artikel-Nr.: 322310Dieses Kit enthält die Amplifikationsreagenzien AMP1, AMP2, AMP3, AMP4, AMP5 und AMP6 sowie die Detektionsreagenzien DAB-A und DAB-B
RNAscope 3-Plex Negativkontrollsonde Fortschrittliche Zelldiagnostik Inc.320871DAPB
RNAscope 3-Plex Positivkontrollsonde Fortschrittliche Zelldiagnostik Inc.320861PPIB (Englisch
RNAscope-Sonde - HPV16/18 Fortschrittliche Zelldiagnostik Inc.311121
RNAscope Waschpuffer-ReagenzienFortschrittliche Zelldiagnostik Inc.310091Waschpuffer 50X x4
)

Tags

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