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Embryogenese ist ein dynamischer Prozess, der am besten mit Techniken untersucht wird, die die Dokumentation von Entwicklungsveränderungen in vivo ermöglichen. Die Verwendung genetisch kodierter fluoreszierender Proteine hat sich als wertvolle Strategie erwiesen, um dynamische morphogenetische Prozesse, wie sie im intakten Organismus ablaufen, aufzuklären. In den letzten zehn Jahren hat die Entwicklung photoaktivierbarer und photokonvertierbarer fluoreszierender Proteine die Möglichkeit eröffnet, das Schicksal diskreter Subpopulationen von markierten Proteinenzu untersuchen 1. Im Gegensatz zu photoaktivierbaren Proteinen lassen sich photokonvertierbare fluoreszierende Proteine (PCFPs) vor der Photokonversion leicht verfolgen und in ihrem nativen Emissionszustand abbilden, was die Identifizierung und Auswahl von Regionen durch optische Inspektion erleichtert. PCFPs, wie Kaede2, KikGR3, Dendra4 und EosFP5, können von grün nach rot verschoben werden, wenn sie UV- oder blauem Licht ausgesetzt werden, und zwar aufgrund einer His-Tyr-Gly-Tripeptidsequenz, die ein grünes Chromophor bildet, das durch eine lichtkatalysierte β-Eliminierung und anschließende Verlängerung eines π-konjugierten Systems3 photokonvertiert werden kann. PCFPs und ihre monomeren Varianten sind nützliche Werkzeuge für die Verfolgung der Zellen6-10 bzw. der Proteindynamik11-14. In den letzten Jahren wurden PCFPs in verschiedenen Tiermodellen exprimiert, wie z.B. Zebrafisch6, Huhn7,8 und Maus9,10 zur Verfolgung des Zellschicksals. Hier berichten wir über ein Protokoll für die zellspezifische Photokonversion von PCFPs im lebenden Zebrafischembryo und die weitere Verfolgung von photokonvertierten Proteinen in späteren Entwicklungsstadien. Diese Methodik ermöglicht es, zellbiologische Ereignisse, die der Morphogenese im Zebrafisch-Tiermodell zugrunde liegen, gewebespezifisch zu untersuchen.